国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【46】植物・食品メタボローム解析メタデータのRDF化および測定生データの再解析に向けて

発表者

○長崎英樹(理研)、大澤祥子(かずさ研)、荒武(京都大)、福島敦史(理研)、高橋みき子(理研)、小林紀郎(理研)、櫻井望(遺伝研)、平川英樹(かずさ研)、有田正規(遺伝研)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p046

概要

多様な代謝物の同定を行うメタボローム解析は、手法、解析機種、その設定も多種多様でそれらを収めたメタデータも複雑になる。統合化推進プロジェクトにおいて我々はメタボローム解析メタデータのResource Description Framework (RDF) というデータ形式でのアーカイブ化を計画している。RDFはデータに意味や属性を持たせるため、複雑なメタボロームのメタデータも検索等のデータ処理が容易になる。
かずさDNA研究所で所有するメタボローム解析メタデータは植物、食品の104プロジェクト、1,466サンプルでデータベース化されMetabolonote(https://metabolonote.kazusa.or.jp)として公開されてきたが、登録者の利便性を図って一部自由書式で登録されている。このため我々は改めてデータの意味付け、関連付けを人の目を介してRDF化を行った。
また、そのメタデータの測定生データは解析してから数年たつものが含まれているので、再解析を計画しているが、植物由来の生データだけでも数にして約2,700あるため、PowerGetBatch (Sakurai and Shibata, 2017) 等のソフトウェアをスーパーコンピュータ上で稼働させるなど効率化を図っている。

発表資料

注意事項

ポスターや発表スライド等の著作権は、別途記載がない限り発表者・発表者の所属機関に帰属します。
ポスター・スライド内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくよう お願いいたします。

ページの上部に戻る

お問い合わせ・ご意見

本ページの内容やNBDCが運営するWebサービスのお問い合わせ、研究データ・データベースなどに関するご相談などお気軽にお寄せください。