【34】理研BRCのバイオリソース種横断的に検索可能なカタログシステムの開発

発表者

○臼田大輝（理研）、櫛田達矢（理研）、小林紀郎（理研）、桝屋啓志（理研）

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p034

概要

理研BRCでは、マウス、植物、培養細胞、遺伝子クローン、微生物株の5種類のバイオリソースを提供している。生命科学では、遺伝子、疾患との関連性、物質産生など、様々な生物特性情報と紐づけてバイオリソースを利用するため、情報統合に適したセマンティックWeb技術を用いたバイオリソースカタログを開発、運用することとした。
我々はBRCの各担当部署が管理しているデータを整備し、標準化策定が進みつつあるバイオリソース用スキーマに合わせてRDF形式でデータを作成することで、リソース種横断的に検索できるだけでなく、NCBI Geneなどの公的データベースで登録されている遺伝子間のマッピング情報を持つEnsemblのRDFデータと結合することで、オーソログを含んだ遺伝子シンボルによる検索を可能にした。今後は疾患などの情報と連結させ、利便性を向上させていく計画である。
本システムはBRCのホームページ（https://brc.riken.jp/）にあるバイオリソース検索からアクセスすることができる。RDF化したデータについても公開しており、RDFの問い合わせ言語であるSPARQLもしくはファイルをダウロードして利用することができる（https://knowledge.brc.riken.jp/bioresource/）。

発表資料

• 理研BRCのバイオリソース種横断的に検索可能なカタログシステムの開発（PDF：1.60MB）