国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【19】公共NGSデータとその関連データの検索(2020年版):SRA/BioProject/BioSample

発表者

○仲里猛留(DBCLS)、大田達郎(DBCLS)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p019

概要

次世代シーケンサー(NGS)のデータは、NCBI/EBI/DDBJによって収集され、公共データベースSRAとして提供されている。SRAの公開が始まって10年以上が経ち、現在は約27万のプロジェクトのもと、17P baseのデータが格納されている(https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/)。その間、ロングリードなどの新しいタイプのシーケンサーの誕生や、GEOなどの他のデータベースとの連携のためのBioProject/BioSampleの公開など、さまざまな拡張・変更を経てきた。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、これらに対応するためにDDBJと連携して公共NGSデータ検索サイトのリニューアルを行っている。 新しい検索サイトはSRAだけでなくBioProjectやBioSampleの検索も行うことができる。また検索APIも提供しており、プログラムからの検索結果の取得も可能である。

発表資料

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