【6】育種データの統合利用に向けた作物の系譜情報のRDF化と可視化

発表者

○鐘ケ江弘美（農研機構）、 松下景（農研機構）、 川島秀一（DBCLS）、林武司（農研機構）、 菊井玄一郎（農研機構）、 桂樹哲雄（農研機構）、稲冨素子（農研機構）、矢野昌裕（農研機構）、米丸淳一（農研機構）

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p006

概要

作物の系譜情報は育種には必要不可欠であり、交配親の選定において極めて重要である。スマート育種システムなどにおいて、系譜情報を効率的・横断的に利用するためには、語彙やデータフォーマットの統一が重要である。また、特定の作物だけではなく、様々な作物に対応したスキーマの設計が必要となる。本研究では系譜情報を効率よく活用するためにオントロジーを構築し、系譜情報をRDF化することで、ゲノム情報などの既存のRDF化されたデータベースやオントロジーとも統合することを目的としている。
系統を「ノード」、系統間の関係を「エッジ」として、系譜情報をネットワーク状のデータ（グラフ）として表現し、可視化する仕組みを構築した。SPARQLでRDFデータを検索することにより、世代数を指定して系統の祖先および後代の系譜情報を取得・表示が可能となった。系統の特性データも合わせてRDF化することにより、系譜と特性の関係を把握することが容易になった。これにより、これまでは困難であった多様なデータベースを統合的に検索するといった高度なデータ利用が可能となり、育種データの統合利用が可能となった。データ処理の効率化・AI適用の加速化につながると期待される。

発表資料

• 育種データの統合利用に向けた作物の系譜情報のRDF化と可視化（PDF：0.97MB）