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各取り組み・サービスへのコメント

 

ライフサイエンス分野のデータベース、解析ツール、メタデータ案内サイト(科学技術振興機構) へのコメント

コメント担当者の回答内容
* データベースやバイオインフォマティクスのツールがとてもよく整理されていて、自分のが詳しくない手法を使って解析を進めなければならないとき、とても役に立つと思います。もう少し内容説明を充実していただけると、さらに使いやすくなると思います。 * 説明を充実する方向で検討します。
* 0. 必要に迫られてこれらのサイトを訪れた人にとっては、いずれのサービスも貴重な情報源になると思います。必要に迫られていなくても、偶然訪れることおができれば、その人はとても幸福になれると思います。しかし、恥ずかしながら、私は(業界関係者ですが)Wingproしか知りませんでした。
1. 完全にユーザ視点でみるならば、なぜ三つに分かれているのかが分かりません。
2. Webリソースポータルで、「機能(予測)」という単語を安易に使っているという印象を受けます。機能を予測しているのか、機能に関連する情報を提供しているのか、厳密に使い分ける必要があるのではないでしょうか。
* それぞれ別々の目的で作成したので、現時点では分かれていますが、類似サービスとの統合を検討する中でコンテンツの中身についても再度見直しをしたいと思います。
* 評価が難しいです。それなりに有用な情報源になり得る気もしますが、なんとなく今後も多くの利用者を獲得することは難しい気がします。日本語で検索できるという以上の目玉のようなものがあればと思いますが。 * 今後検討します。
* 各バイオインフォマティクス、プログラム、データバンク、知識モデルなど非常に充実しています。加えて、各ツールの簡単な日本語要約があり、ユーザーが解析ツール選択をする際非常に容易です。今後「バイオインフォマティクス推進センター」のゲノム解析ツールとの差別化、役割分担されることを期待致します。
* 全体として:プラットフォームとしては有用になる可能性を秘めているが,コンテンツの充実度が足りないような印象を感じました(どの程度のコンテンツを集めることを目標としているのでしょうか?). * コンテンツの充実ならびに類似サービスとの統合を図る方向で検討します。
* あちこちクリックしてページを開いて戻ったら、どれかのクリックに反応して投票済になっていました。気持ちとしましては、一行目か二行目です。リソース詳細表示ページのカテゴリ欄の意義は良くわかりません。 * リソース詳細表示ページのカテゴリ欄は、当該ツールがリソース分類の中でどの位置にあるかを示したものです。
* さまざまな情報DBは内容もさることながら、どのようなDBが存在し、どこに探しに行けば見ることができるかという点が重要と思います。本統合 DBはそのようなニーズに応えることを意図しており、信用できる情報が相当量集積・統合されていて、かなり役立つと考えられます。このような統合DBが存在することを周知する工夫(国公立の研究機関や主要な学会のHPにリンクを張ってもらう)が必要と考えます。 * 研究機関にリンクを張ってもらう等、周知方法について検討します。
* このようなサイトがあれば便利であろうという企図は理解できますし、これだけの情報を集積された事は一定の評価に値すると思います。難を言うならば、ややユーザ目線に乏しい部分が感じられ「とっつきにくい」という印象を受けました。画面レイアウト、遷移の仕方、文言など素人が初めて使っても使いやすいようにするには(単純にヘルプやチュートリアルがあれば良いというものではないですよ)という部分を詰められたら、より良くなるかと思います。 * 利用しやすいユーザインタフェースを検討します。
* Wingproは興味深いと思います。が、各々のデータベースのエントリはwikipediaに統合した方が有効かと思いますがどうでしょうか?Webリソースポータルについては、macos/safariで文字化けが起きるようです。頻繁に利用されている、もしくは有効なサイトであるという評価はできません。MeDRについては、どういう層がターゲットなのかよくわかりません。研究者が読むことを対象にしているのでしょうか?あるいは、プログラム的に何かを抽出しやすいようにということなのでしょうか? また、メタデータ収集の対象があまりにも少ないのではないでしょうか(例えばDDBJ entryのメタデータ要素もありません) * Wingproはデータベースカタログとの連携を検討しています。文字化けが起こる環境・原因がわかりましたら、対応について検討したいと思います。MDeRは、電子データを共有するための道具、データに付与するメタデータ要素の共有をするための道具として開発しました。データやデータベースのメタデータを作成する際、既存の共通のメタデータエレメントを使うため、既存あるいは国際標準のエレメントを収集し提供しています。
* 試しにアクセスしてみたところ、いきなり提供サイトのURLがNot Foundであった。責任をもって進めるのであればやる価値はあると思う。 * リンク切れが無いよう、情報更新の充実を図りたいと思います。
* WingPro:きちんと作れば役立ちそうであるという意味でいい企画だと思う。日本語の記述であるし、本家サイトよりも充実したものもあり、素早く理解するのに助かる。入力した努力はすばらしい。ただ、分類の仕方は意義が不明なわりに説明が不十分だし、DBリストに多くの漏れがあり(せめて収集方法を再現できるようにかいてもらいたい)、サイトに書かれていない情報の出所も不明で、情報の質が高いとは言えない。Tipsなどは、本当に良い情報だ、というものがあるのか?ある程度件数があるが、質などの点が惜しい。すばらしいものにするには、まだまだ努力がいるように思う。本気でやりたい担当者がいれば、続けるのもありだと思うが、JSTの名前の元ではレベルが変わらないのではないか。現状では、良くできたフリーサイトのレベルに留まっている。質をあげるには、特定の研究室か会社の名前で行い、評判を気にするような責任をもつチームが担当したほうが良いと思う。また、これこそLSDBのカタログ、横断検索のリストと関連(統廃合)させるべき。何故、まだやっていないだろうか。 * Wingproはデータベースカタログとの連携を検討し、情報更新の充実を図りたいと思います。
* Wingpro:読み手に意味がわからないような、断片的な語句の羅列になっているページが目立つ。そのうえ、全体的に情報量が少ない。こういったところへ書き込むことに対する報酬が少ないのが原因か? * 国内の情報はデータベース提供者と利用者に更新のインセンティブを持っていただけるような方策を検討したいと思います。
* Wingpro について:ライフサイエンス統合データベースセンターの「生命科学系 データベース カタログ 」との違い,および連携はどうなっているのでしょうか? * Wingproはデータベースカタログとの連携を検討しています。
* Wingpro: まあまあぐらいのレベル。  
* MDeRとして国際標準を示すことは理解出来るが、現在では単なるタグの辞書になっているように思う。今後、これらの基準に則っているデータベースの収録やそこで利用しているタグの範囲などの情報掲載を望む。 * 今後検討します。
* MDeRは何故必要なのか説明もあまりなく伝わってこない。作成者は意義をわかって作成しているのか? * MDeRは、電子データを共有するための道具、データに付与するメタデータ要素の共有をするための道具として開発しました。データやデータベースのメタデータを作成する際、既存の共通のメタデータエレメントを使うため、既存あるいは国際標準のエレメントを収集し提供しています。
* MDeR:構築した意図が伝わってこない。
* MDeRについてですが、メタデータを収録されているのは意義のあることだと思うのですが、どのように利用していくかの視点がうまく示されていないように感じました。 * 利用しやすくなるよう検討します。
* MDeRについてはユニークなコンテンツなので続けてほしいと思います。 * 今後も続ける方向で検討します。
* MDeR:最終的にどのような利用形態を想定しているのかが分かりませんでした.収集を目的とするのであれば,どのようなデータをどの程度収集するのか? データ提供を目的とするのであれば,どのようなインタフェース/形式/内容で提供すべきか? を示すのがいいと思います. * MDeRは、電子データを共有するための道具、データに付与するメタデータ要素の共有をするための道具として開発しました。利用しやすくなるよう検討します。
* MDeR: デザイン等できは悪くないが、明らかに利用者が少なく、レコード数がそれほど多くないデータについて、DB化する意義を感じない。企画する段階で、どの程度の利用者がいるか考えて企画したのか?
* 蓄積されているデータはすばらしいと思います。役に立ちそうなデータだと思います。ですので、使ってもらう工夫が必要ではないでしょうか。格納されているデータを見るべきユーザが、要求が心に涌いてからこのデータベースを使って必要な情報を得るまでの動線の物語を作ってみて、工夫されてみてはどうでしょう。もうひとつは、”文章”や”ラベル名称”などが内容を良く知らない人にはもうひとことが足らないように思えます。たとえば、分類”について、”XXXの分類”とか”国際標準”も”XXXXの国際標準”というように、ほんのちょっとつけくわえていただけると、良いのではないでしょうか。 * より多くの方々に使っていただけるようにユーザインタフェース等の改良を検討します。
* Webリソースポータル:割とわかった学生なら、一人でやってももっといいものができそう。やめたほうがよい。 * 類似サービスとの統合を検討します。
* ウェブリソースポータル:分類が分かりにくく,ツールを検索するときに,分類を辿って目的のツールが検索できるような気がしません.また,ツールの存在しないカテゴリーが存在してますが,内部データ的に存在してもいいとは思いますが,ビューア上では表示しなくてもいいのではないでしょうか?
* Webリソースポータル: デザインを含めて、手抜き感がありあり。データの登録数も少なく、使い物にならない。国の予算を使う意義は感じられない。この程度のアクセス数なら、サーバを動かす電気代さえ無駄。税金の無駄遣い。
* Webリソースポータル:項目しか書いてないページがある。内容ができてから分類して項目を立てればよいかと思います。科学技術振興機構が公開している類似した別のサイト(http://www-btls.jst.go.jp/Links/)の方が充実しています。
* Webリソースポータル:実験結果の解析は重要であり、統計処理に用いるソフトや画像処理に用いるソフトなど必要な場面は多い。しかしながら、多くのソフトが存在しているなか選択が困難であるが、それらのソフトの簡単な要約があり選択しやすいと感じた。このようなリソースがあることを知らなかったので、もっと宣伝する必要があると思います。 * より多くの方々に使っていただけるように、周知方法について検討します。
* Webリソースポータルは文字化けしてます。よめません * 文字化けが起こる環境・原因がわかりましたら、対応について検討したいと思います。

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KazusaAnnotation (かずさDNA研究所) へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 何をしたいのか説明するページを設けたほうが良いと思います。アノテーションとは何かから説明しなければ、なぜ、ソーシャルアノテーションが必要なのか伝わらないでしょう。またそれを実現できるインターフェイスになっているか不明でした。アノテーションがしたいのか、アノテーションツールを作成したいのか、アノテーションコミュニティを作りたいのか、わかりにくいため、プロジェクトの目的を整理しなければ継続する意味を見つけるのは難しいと思います。 * ご指摘、ありがとうございます。言い訳になってしまいますが、このサービスは、今回ご協力いただいた評価方法の限られた枠内では説明しにくいものであることが残念です。このプロジェクトの大目標は「ゲノム上へのアノテーション情報の大量蓄積による情報統合」でありますが、個別の開発や事業としては、ブックマークによるアノテーションシステム自体の提案、その作業を効率化する為のインタフェイスの開発、その活用のためのコミュニティ形成サイト (KazusaNavigation, KazusaWiki) 、遠隔雇用アノテータによる低コストで高効率なキュレーション系の開発といった、複数のラインでの事業展開を行っており、それらの恊働による推進状況をこの評価に際し、われわれが説明しきれていませんでした。プロジェクトの終了に際し、蓄積したノウハウと情報の両方をコミュニティに活用していただけるようにわかりやすく提供したいと考えます。どうぞよろしくお願いいたします。
* 思想はすごくよいと思いますし、開発方法として今後ますます盛んになると思いますが、ユーザーとしては使い方がいまいち分からないというのも事実だと思います。実験研究者のユーザーに対してもっと親切なへプルや啓蒙活動が必要と感じました。 * 思想や開発の方向性を評価くださりありがとうございます。ご指摘のとおり、今後、実験研究者を念頭に置いたヘルプや文章の充実をはかるとともに、ライフサイエンス統合データベース講習会等での啓蒙活動をとおしてユーザーの方々への利便性をはかるとともに、プロジェクトへの理解をしていただくように努めたいと思います。
* KazusaAnnotationについては、該当コミュニティに使わせることができれば有効になると期待できる。(i) どの程度の人数を巻き込むことができたのか (ii)どの程度アノテーションが改善されたのか、に関する定量的な情報が、評価の際(上記)に提示されるべきだったと思う。また、WikiとGFF、 GBrowseの統合的な運用は期待できるアプローチとして評価できる。ただ本評価の次点でgffの出力時にエラーが発生しており、動作の確認ができなかったのが大変に残念である。http://nandemo_gff.kazusa.or.jp/gff3/SS120/?id=http://wiki.kazusa.or.jp/Genome:
Prochlorococcus_marinus_SS120/Photosystem_I
* コミュニティによるKazusaAnnotationの可能性を評価くださり、ありがとうございます。コミュニティによる新規ゲノムアノテーションに関する詳細なデータを提示せずに、申し訳ありませんでした。(i) 参加人数は、学生5名を含む総勢31名で、内訳は11の研究機関、6の大学でした。(ii)アノテーション期間は2泊3日のアノテーション合宿とその後の2週間で、7.2 Mbpのゲノムサイズ、6948個の推定遺伝子に対して、2000以上のアノテーションを改善することができました。GFF変換プロキシーサーバについては、評価いただいたときに動作しておらず申し訳ありません。現在は動作しております。
* ツールとしては良いと思う。が、結局のところ、アノテーションが良くなるかどうかは、それぞれの生物についてよく知っている人材の厚みにや言語とも関わりあり難しい。ツールと知見を捨てる必要はないが、評価は日本が「科学」研究と「博物学」研究をどう位置づけるかによって変わってくると思われる。 * オミックス以降の生物学研究では、自分の専門分野外の網羅的な知見の効率的な利用が重要度を増しており、良くアノテーションされたデータベースの重要性は異論の余地がないと考えます。しかし、実際には、ご指摘のとおりアノテーションの善し悪しは、専門家の知識や人材の厚みに依存しており、アノテーション行為自体(博物学)は、現在の科学研究の体系では評価されません。そのためにライフサイエンスのデータ整備を目的としたDBCLSのような公的機関が、その役割を担うのはひとつの解決方法だと考えております。一方で、そのような役割を担う人材の育成やキャリアパスは、一定の評価を与える仕組みが出来ないと持続は難しく、国内では厳しい状況でもあることは認識しております。これらの問題は制度設計や科学政策に関する問題を含んでおり、昨今議論されていますが、一朝一夕には解決しません。今後とも粘り強い啓蒙活動やよりよいデータベースを提供することを通して理解を得られるように努力していきたいと存じます。
* このアプローチがどの程度までの他の生物に適用可能か、に興味を持った。研究開発寄りという印象を持ったが、DBCLSでしかやれないのであれば、このまま継続や発展などを望む。 * アノテーションツールとしての評価をいただき、ありがとうございます。このプロジェクトに先行して、平成18年度に実施されたユーザアンケートの結果から、ゲノムアノテーションへの永続的な改善と高度化が求められていることがわかりました。そこで、我々はKazusaAnnotationを開発しました。このツールは、多様なアノテーション様式に柔軟に対応し、恊働作業の支援をとおしてアノテーションコストを低減することが出来ます。ツールの本体は、主としてアノテーションのための入力インタフェース、エディタ、データベースの役割の部分を優先的に開発しており、入力されたデータの検索、閲覧インターフェイスは今後も改善が必要であると考えております。
* この評価項目が,アノテーションされたデータ(および検索等の閲覧インタフェース)を評価すべきなのか,アノテーションツールを評価すべきなのかが分かりませんでした.(アノテーターでない一般ユーザのための)データの閲覧という点で見ると,表示される内容には,アノテーション付けのための情報も含まれており,見たい情報の収取選択が必要であることから,あまり使い勝手はよくないように思いました.一方,(ある程度限定されたユーザのための)アノテーションツールとしてはインタフェースはよく考えられていると思います.アノテーションデータ(ないし,アノテーションのビューア)は広くよく使われている一方,アノテーションツールはユーザが少ないこともあり,重要であるにも関わらず評価されにくいように思います. * 入力されたアノテーションデータ自体は、CyanoBase(http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase)やBiomart(http://mart.kazusa.or.jp/)、ゲノムブラウザ(http://genodive.org/)など、目的に特化したデータベースやアプリケーションから、参照、閲覧、再利用可能になっております。今回の評価では、その点の説明が不足しており申し訳ありませんでした。
* コンセプトは優れていると思うし、今後重要になる分野だと思うが、残念ながら十分な実績が上がっているようには見えないし、今後、遠隔地キュレータが大きく増える見通しもないのでは。仕分け的発想からいうと、見直すべき事業だと思います。 * また、ご指摘のとおり個別のアノテーション(生物種、生物学的概念など)は、必ずしもユーザーの人数が多くなく、評価に結びつきません。しかし、「研究ではなくサービスを提供する」という統合データベースプロジェクトの理念とは一致するものと考えております。
* 使い方が分かりませんでした。 * 利用方法が不案内で申し訳ありません。ヘルプや文章の充実をはかり操作性の向上に努めます。
* 使い方がよくわかりません。
* 使い方が分かりにくい。もう少し操作しやすいよう画面の工夫をお願いします。
* 使い方がまったくわからない
* 植物のゲノムデータベースは、日本ではこれしかありません。これを軸にして、色々な植物関連のデータベースを広げて行く事が重要かと思います。仕様や内容は、まだまだ検討の余地はありそうですね。 * ポジティブなご意見を賜り、ありがとうございます。プロジェクトの成果としての開発結果や蓄積したデータが活用されるよう、今後とも努力していきたいと考えます。
* そもそもかずさDNA研究所のデータベース全体に”名前”がついておらず、個々のデータベースのユーザインタフェースやアノテーションの方法なども、統一されていないようです。個々のプロジェクトが個々のデータベースを作成していくことは重要ですので、不要ということではありませんが、統合DBのプロジェクト内で行うのであれば、個々の研究者がシーケンサやアレイでデータを生産した際のデータベース作成のガイドラインを示すようなコンセプトがあればよいのではないでしょうか。 * ご意見ありがとうございます。ご指摘とおり、かずさDNA研究所全体のデータベースに関しては、(i)データベースごとに予算の出先が異なる(ii)実験開発している研究室や担当者が異なるなどの理由から、データベースのインタフェースやアノテーション方法の統一もとれておりません。かずさDNA研究所は、これまで我が国のゲノム研究の推進に寄与してきたと自負していますが、決定したゲノム情報の提供にとどまらず、これまで集積してきたゲノム解析やゲノムデータベース作成に関するノウハウと、効率のよい信頼できるアノテーションづけの方法論などを、このプロジェクトで生み出された成果を通じて提供していくことで、研究コミュニティに還元し役立てていただけるように、ひきつづき努力したいと思います。
* データベースの統合化においてステップ4まで進んでもまだαバージョンというのはいかがなものでしょうか。 * システムの完成度はあがっていますが、「アルファ」の看板を外すタイミングを逸していました。対応いたします。ご指摘ありがとうございます。
* 面白そうなのに、使い方も含めてわかりにくい * 我々の取り組みを評価してくださり、ありがとうございました。利用方法が不案内で申し訳ありません。ヘルプや説明文章の充実をはかり操作性の向上に努めます。今後ともよろしくお願いいたします。
* トップ画面の作り方に問題がある印象。もう少し幅広いユーザの指向を考慮したページ作成にした方がよいと思います。どれだけのヒトがリピータとなり利用しているのか疑問である。 * 忌憚のない貴重なご意見、ありがとうございます。ご指摘のとおり、「遺伝子に関わる文献を入力し蓄積することで、ゲノム上に文献情報を集約・統合する」という作業を効率化するための作り込みをおこなってきた結果「このサイトから利用していただく」ためのインタフェイスの提供が後手後手にまわってしまったことは否めません。生物学者が恩恵を得るという観点の使い勝手としては、このサイトで集約した結果を、他サイトで統合的に活かしている事例をご紹介します。ブックマーク元であるCyanobaseの特定の遺伝子のページを閲覧していただくと、KazusaAnnotationを用いて文献情報を集約した結果を、リファレンスリストとして展開し提供している箇所があります。例として、Synechocystis PCC 6803 の slr1311: psbA2遺伝子のリファレンスリストは以下のような形で提供しています。http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr1311#gene_annotations ここをご覧いただくとKazusaAnnotationでゲノム上の遺伝子に統合した、当該遺伝子に言及した文献380報の完全なリストがあります。KazusaAnnotationに新規の文献が追加されると、ただちにこのページに反映されることで、この分野の生物学者にとって最新かつ網羅的な文献の情報源となっています。このように、直接利用していただくと少々わかりにくいのですが、特定の観点で再利用してもらえるようなAPI等の整備を行っておりますので、今後、さまざまなマッシュアップによる活用法を提案し、推進していきたいと思います。
* ちょっとごちゃごちゃして、使い方がわからない印象。やっている人たちの自己満足で作っている感じで、ユーザにはあまり役に立たないのでは?研究としては有りだと思いますが、統合DBとしてサポートするのはどうかと思います。

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植物・哺乳類オミックス情報および蛋白質構造実験情報 (理化学研究所)

コメント担当者の回答内容
* 哺乳類オミックスの統合DB:本DBが,データ/ゲノム情報を semaintic web で表現することを目的としているのか,理研内に存在する種々データベースをまとめて,表示することを目的としているのかが不明でした.前者の場合,(Semantic Web自体はそれほど理解している訳ではないのですが),どういった利用を想定しているのか,また,その semantics を HTML で(RDF等のタグを抜いて) Web 上に表現することにどういった意味があるのかが分かりませんでした.後者の場合,ユーザが理研内のデータベースにアクセスするまでに行うべき手段が自明でなく,インターフェースを考え直す必要があるように思います. * データの一括ダウンロードができ、利用ライセンスを明確化して再利用がしやすいデータ流通の窓口を提供することを目的としています。RDFはデータ受け渡しのコンテナとして使っていますが、テーブルでのダウンロードもできます。インタフェースをより分かりやすくする改良を継続しています。
* PosMedについて:コンセプトは面白いと思います.ただ,PosMedのロゴが,よく見ると全然違うのですが,PubMedと似ているため,(データベース名も割と似ていることもあり)一瞬見ただけだとPubMedと見間違えてしまいますので,改善を検討していただければと思います. * 新しい名称に変えていきたいと思います。
* 理研にあるいろいろなデータリソースのなかで、どこに情報があるかを知るには有用だろうと思いますし、理研の中での統合化の第一歩として評価できます。ですが、データベースを横断して検索するだけでは、googleなどと比較して、あまりメリットがあるとは言えないかなという気もしました。 * 検索して絞り込んだデータをテーブル形式で一括ダウンロードできるように改良して、検索サイトよりはダウンロードサイトという印象に近づけていきます。
* 大量データが格納されているということはよくわかるのですが、もう少しサーチしやすいインターフェースにしていただけると嬉しいです。アイコンが目立つのですが、それが何を意味しているのか分かりにくことがあり、情報を付加していないように思います。それより文字を大きくして、目的とするサーチ結果に早くたどりつけるように工夫してはどうでしょう? * より分かりやすいインタフェースになるように改善していきます。
* 綺麗に作られていますし、有用な情報が多数、蓄積されているのだろうと思います。難点としては、画面中の情報量が多すぎませんか。少なすぎるよりは良いでしょうが、多すぎても見づらいですよね(20歳代のユーザ限定ではないでしょう?)情報を捨てろという意味ではないのですが、もう少し目に優しく。。 * 統合が進むと情報過多になる傾向があります。データの見せ方に関する工夫を研究します。
* データとしては非常にいいものだと思うのですが、重くて使いやすいサイトにはなっていないと思います。PDBやBMRBのように、登録しなければ論文のアクセプトまでいかないというような、外部からも登録可能でかつ質の高いデータベースになればうれしいです。 * 外部者もデータ登録できるようになっています。今後は分かりやすくする工夫を行っていきます。
* 重要なデータが蓄積されていると思います。利用側からの要望はいろいろあるので、それを良く分析されるのが良いのではないでしょうか。 * 今後も改良を続けます。
* 良くできていると思いますが、使いやすい感じではないです。それなりには使われているようですが、規模を考えるとアクセス数が少ないですね。統合DBでサポートしているのに、「理研PSC, NES soft」と出るのはどうなんでしょうか? * オリジナルDBを寄託してもらった際に、作成者のクレジットを残しています。理研PSCやNECはオリジナルDBの作成者です。

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ゲノムネット医薬品・化合物データベース (京都大学)

コメント担当者の回答内容
* 医薬品添付文書情報との統合は大変有効だと思います * どうもありがとうございます。引き続き有用な情報を統合するという観点から開発を進めたいと思います。
* 大変有用なデータベースだと思います。ただ、KEGG DRUGで商品名が英語では引けないようなのが気になりました。それと、KEGG DRUGでは各データの登録日、更新日は表示しないのでしょうか。 * コメント、どうもありがとうございました。KEGG DRUG に表示している英語の商品名は DailyMed という米国のデータベースの情報をもとにしています。現在は、キーワード検索の対象になっていませんが、DailyMed の開発グループとも相談して、引けるようにしたいと考えています。データの登録日や更新日については KEGG の他のデータベースと同じ方針で統一しており、現在のところ表示する予定はありませんが、今後の検討課題としたいと思います。
* それぞれ、データベースの目的が明確で、それにしたがったユーザインタフェースが用意されていて、たいへん良いと思います。統合は、統一されたコンセプトで個別のデータベースを充実させていくことでもあると思います。 * どうもありがとうございます。今後とも関連データベースの開発と統合を充実させたいと思います。
* 内容や機能はよいと思うが、他の化合物DBやソフトウエアと並行して使いたいときに不便を感じる。フォームや利用環境が統一されることを希望する。 * ツールや構造解析に関しては、現在のところ、KEGG データベースが中心となっていますので、可能な範囲でデータベースを増やすことを検討したいと思います。
* さすがにKEGGは良くできていますが、予算を取っては機能を付け足して成長した感が有ります。とっている予算の割には、追加されている部分はそれほどでもないかと。だんだんとDBを巨大化していっていますが、それほど新規性は感じないですね。 * コメント、どうもありがとうございました。より使いやすいデータベースを目指して開発を進めます。予算に関しては、例えば UniProt では KEGG の4倍程度です。アクセス数は KEGG も UniProt もほぼ同じ程度なので、一概には言えませんが、予算の割には利用されていると考えています。
* 添付文書や薬価を調べたいときに利用してます。著作権等の問題は度外視した上での話になりますが、添付文書だけでなくインタビューフォームや申請資料などともリンクされると、製薬業界の関係者・薬剤師等の利用も増えると思います。KEGGDrawもすばらしい描画ソフトと思いますが、社内の事情によりダウンロードしておりません。ChemDrawやISISDraw等市販ソフトでも利用できるような環境になると構造検索の利用頻度も増え、製薬業界により認知されると思います。 * コメント、どうもありがとうございました。現場で役立つ情報の追加を今後検討します。また、KegDraw 以外の描画ソフトについても、基本的には MDL/MOL 形式を扱うようにしていますので、対応を検討したいと思います。

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統合医科学データベース構築方式の開発 (東京医科歯科大学、大阪大学)

コメント担当者の回答内容
* 臨床データを入れる器としては、それなりにできているようですが、臨床研究として本当に使えるレベルに持っていくためには、このプラットフォームをもとに、複数の臨床研究において実際に使えるものとして進化させていく必要があると思います。厚労省の班研究などでも使用してもらうなり、協力して改良を加えていくことが望ましいと思います。 * ご意見ありがとうございます。今後の発展のため、他機関との協力体制などについて検討を進めて参ります。
* 「臨床オミックス解析」以外については地道ながら重要な仕事だと思います。「臨床オミックス解析」に関してはツールとしての面白さはありますが、誰がどのような目的でこれを見るのか、イメージが湧きませんでした。 * 「臨床オミックス解析」は医師または研究者が臨床・病理・分子情報を横断的に解析し、病態と遺伝子との間にどんな関係があるかを調べることを目的としています。例えば疾患マーカーの探索などを目的としています。
* 大変な努力だと思います。よりデータを拡充されていくことを期待します。 * ありがとうございます。今後もデータ数を増加できるよう鋭意努力して参ります。
* 症例の多い病気のデータベース化は、今後個人DNA解析が進むにつれ重要性が出てくると思います。
* 英語のページも用意されているようですが、ぜひ海外から多数利用されるようなデータベースを目指していただきたいと思います。 * ご意見ありがとうございます。海外からの利用についても十分考慮し、開発を進めて参ります。
* 臨床情報の選択、主成分分析・遺伝子解析のパラメータ選択と進めてゆくと解析結果が得られ、臨床研究・トランスリレーショナルリサーチのためのデータベースという志向が明らかな、特徴のある取り組みだと思います。臨床電子データの個別な蓄積は進んでいるので、これを公開データベースで扱う研究倫理面での困難を乗り越えて、他の疾患についてもDBを充実し公開できるように、インターフェース開発を進めてほしいと思います。 * ご意見ありがとうございます。疾患DBを保持する各機関の倫理的な問題もありますが、より簡易にDBを提供できる仕組み作りを検討して参ります。
* 患者が使えるところまで行ったらすばらしいと思います。 * 現時点におきましても、一部データにつきましては一般公開を行っておりますので、閲覧いただくことが可能となっております。
* 蓄積されているデータはたいへん有用だと思います。現状のように解析手法で検索の入り口を区別する方法もあると思いますが、遺伝子検索のように利用する場合のユースケースを意識したユーザインタフェースが提供されることを期待します。 * ご指摘ありがとうございます。より分かりやすいインターフェースとなるよう改良を進めて参ります。
* 電子カルテなど研究のために利用できれば、症例の種類も増え、有意義と思う。 * ご意見ありがとうございます。応用的な利用についても検討を進めて参ります。
* 私自身専門家でないので、このデータの応用の仕方はよく分かりませんが、素人が見ても、よくできている印象を持ちました。もう少し解析方法が分かりやすいとよいと思います。 * ご意見ありがとうございます。解析方法につきましては、操作マニュアルの充実とともに操作説明の動画なども順次提供いたします。
* 良くできていますね。今後の発展に期待できます。 * ありがとうございます。

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ヒトゲノムバリエーションDB (東京大学医学部、東京大学付属病院、東海大学医学部、日立製作所)

コメント担当者の回答内容
* レポジトリ型のデータベースなのであれば、ローデータはDDBJ/CIBEX/DRA等へ、その解釈はこちらへ、との一体統合運用が望ましいのではないか。また、同様な他データベースとの協力によるデータ標準化、データ交換も期待したい。 * コメント有難うございます。ローデータの取り扱いにつきましては、個人情報の保護など倫理面についての配慮も含めて、今後もPJ内で議論を進めて参ります。データ交換に関しましては、現在、海外の同様なデータベースとの協力について交渉中であり、国際的な枠組みで進めようとしております。
* 各種遺伝子変異の膨大なデータは基礎研究、創薬などの応用研究に大変有用と考えます。こうしたデータは各研究者独自のデータと共に組み合わせて解析を行うことが多いため各自端末へダウンロードできるようになると更に利便性が増すと考えます。若干、アクセス数が少ないようですが、前述機能の実装により多くのユーザーが本DBを十分に活用できるようになると考えます。 * コメント有難うございます。現在もダウンロードサイトを用意しております。データのレベルによりまして、簡易申請が必要なデータ、審査が必要なデータがございます。http://gwas.lifesciencedb.jp/gwasdb/db_policy.htmlにまとめてあります。ダウンロードサイトがわかりにくいかと思いますので、Helpを充実させました。リシークエンスデータベースは公開後間もないため、まだアクセス数が少ない状況です。また、ゲノム医学領域のデータベースですので、一般のデータベースに比較して利用者の数が少ない傾向は否めないと考えます。
* GWAS-DBおよびCNV-control DB:ゲノムビューワは海外のものも充実しているので、やはり生データをDLし、利用者自ら他のビューワで他のデータと一緒に表示するか、手元(local)に解析することを想定して、さらなる更新を望む。 * コメント有難うございます。現在もダウンロードサービスを行っております。(1つ上の回答も参照下さい)個人情報の保護など倫理面についての配慮も必要ですので、すべてのデータがダウンロードできるわけではないことを、ご了解下さい。
* Neurodegenerative Disordersの臨床現場で役立つ~の使い方は評価不能ですが、前二者のDBは研究時のバックグラウンド情報としての活用を意図していると考えてよいでしょうか。そうであるならばダウンロード関係のサービス拡充が望まれるかと思います。 この意図であるなら同一ユーザが短期間中に頻繁に検索する使われ方ではない気が致します。 * 1つ上の回答を参照ください。
* Mutation Database は有用だと感じた (この中の疾患の1つをExome解析したので)。いつアップデートしたか、の情報が遺伝子個別のページに見つからないので改善してほしい。 * 承知いたしました。
* (ひとつ前のコメント修正) 比較のURLは http://projects.tcag.ca/cgi-bin/variation/xview?source=hg18&view=locus&id=chr1:245141053-247134313http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/cnvdb/cnv_pos.cgi?id=affy6_norm_bird1&vartype=CNV&chr=1&spos=245141053&epos=247134313 です。すいません。 * コメント有難うございます。こちらのデータベースはGWAS-DBを実施したときに同時に解析(チップから解析)しましたCNVのみを取り扱っておりますので、多様な実験結果を同時に登録するDGVとは目的が異なっており (こちらでは、CNVのケースコントロール解析をするための同一条件での健常者CNVとなります)、内容の多さもデータの質も異なるため、表示も異なります。”他のゲノムブラウザーで活用できる形"の点ですが、http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gbcnv/がdistributed annotation system (DAS)対応となっており広く使われている"GBrowse"で表示してあります。ご意見慎んで拝聴し、今後、改善に努めます。
* http://projects.tcag.ca/cgi-bin/variation/xview?source=hg18&view=locus&id=chr1:245141053-247134313http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/cnvdb/cnv_pos.cgi?id=affy6_norm_bird1&vartype=CNV&chr=11&spos=107954824&epos=108128930 を見てみるとゲノムブラウザーでの表示に改善の余地がずいぶんとあるように思う。他のゲノムブラウザーで活用できる形に、の意見に賛成する。
* http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/cnvdbhttp://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gbcnv/affy6_norm_CGHseg/ はどのような違う目的で同じ画面からリンクされているのかが理解できなかった。 * 申し訳ございませんが、質問の意味がよくわかりません。ブラウザが2種類用意されているということでしたら、Browse whole genome (study list)からリンクされているブラウザは独自で開発したもので、もうひとつのブラウザではできない複数の異なる計算方法の結果の比較などもできるようにしてあります。後者のブラウザはDAS対応となっており、UCSC、Ensembleなどの他のDAS databaseからこちらのデータを表示する、もしくは、その逆を行うために用意しております。
* http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gbcnv/affy6_norm_CGHseg/ は遺伝子トラックすら表示出来ないように見えた。もしそうならユーザーはなぜCNVをゲノムブラウザー上で見て、何を考えたいのかを、一度考えてみるべきでは? * コメント有難うございます。こちらのURLは、DASですのでアノテーションの追加のところで、EnsembleやUCSCのDASのエントリーポイントを追加していただきますと、先方の遺伝子データを表示できます。もし、他のDBを使わないで表示させたいようでしたら、"Browse whole genome"からリンクを辿りますとこれらのデータと同時に遺伝子トラックが表示できるようになっております。わかりにくいと思いますのでHelpを充実させました。
* Mutation Databases for Neurodegenerative Disorders:画面表示の意味で分かりにくいのは、"Original exp"の上にある赤い棒グラフ状の表示。ヘルプを見ると、ちょうどその項目が棒グラフ上ではなく三角形での表示であり、実際とヘルプが異なっているように、思う。もう少し時間をかけて見直す必要がある。 * ご指摘ありがとうございます。見づらいと思いますが、ヘルプと実際の表示は同一の矢印表示でございます。高さが短いと三角形に、高いと棒に見えると思いますので、ヘルプのところに注意書きをしておきました。
* 個人情報保護とからんだ問題が予想されるので、データ検索と同時に、位置情報をダウンロードできるサービスがあれば良いと思います。それをIGVなどのビュアーで確認できればなお良いです。 * コメント有難うございます。公開用DBのデータダウンロードはデータ利用申請をしていただいた後のID、 password認証になっておりますので、バルクでのダウンロードのみをサポートしております。現在は内部用データベース(データ登録研究者とその共同研究者のみがアクセス)のみが、検索結果をダウンロードできるようにしております。ご意見承りました。検討いたします。
* 蓄積されているデータは貴重だと思います。構造変異のデータはSNP、CNV、Insertion、Deletion等、複数の遺伝子を条件に検索して、ヒットしたリストをダウンロードできるのでしょうか?最終的には、その他のデータと”組み合わせて領域を絞る”必要があるので、検索結果を手元にいったんもってこれると良いかもしれません。
* 良くできていますが、ちょっとごちゃごちゃしてわかりにくいです。役に立ちそうな気もしますが、この程度のアクセス数なら存在意義を疑われます。 * より広くデータをサブミッションしていただき、ご利用いただけるよう改善していきたいと存じます。ただ、リシークエンスデータベースは公開後間もないため、まだアクセス数が少ない状況です。また、ゲノム医学領域のデータベースですので、一般のデータベースに比較して利用者の数が少ない傾向は否めないと考えます。
* 使い方がわからない * データベースの意義をより良く理解していただけるよう、ヘルプを充実しております。

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統合データベース開発:多型知識表現技術開発 (九州大学)

コメント担当者の回答内容
* 興味深いプロジェクトだと思う。せっかく一定の方法で評価しているので、個別のデータセットについて、他のデータと比べて結局どうだったのか(どこまで使えるのか、利用の際には何について気をつけるべきなのか)についての踏み込んだ解釈までを期待したい。その結果は論文として報告される価値があると思われるので、(i)QCに関する論文、(i)そのサポートデータとしてのデータベースの拡充、を期待したい。 * 本データベースの拡充とそれを踏まえた日本におけるGWASとそのデータの品質に関して論文とすることを今後検討したいと思います。
* GWASのデータの品質評価はこれまで統一的に考慮されたことがなく、本データベースにて統一的かつ客観的なQCができるようになっていると考えます。本データベースにより別途に行われた研究が比較可能にもしくはメタ解析することが可能となると考えます。 * そのためにも本データベースの拡充に努力する必要があると思っております。
* 我国の公的資金で行われたGWASデータに限っているが、同様のフローで海外のデータも同じDBに技術的には収録可能であろう。実現できればメタ解析等での利用者が増えると見込まれる。 * そのとおりですが、海外のデータは桁違いに大規模であり、これを解析対象とするにはプロジェクトの規模拡大が必要です。
* 非常に興味深い観点のDBですし、存在する意義はあると思います。難点は、いつ誰がどのくらい使うか、ですね。それでも無いよりは有った方が良いようには思います(あまりに高コストなら別ですが)。 * 今後拡大すべきデータベースだと思っております。
* データの品質保証という考え方は重要だと思います。 * 本データベースに関するご理解感謝しております。
* 基本的な品質評価が、研究者にどのようなメリットを与えるのかがわかるようなユーザインタフェースを作成されてはどうでしょう。 * 本データベースはGWASを既に行っている、或はこれから行おうとしている研究者を利用対象者としており、これら対象者には十分な説明を既にしてあるはずです。
* 本当に意義のある内容なのか、ホームページを見た限りわからない。「データセットの基本的な品質評価」というのが、どのような意味を持つのだろうか。 * 本データベースはGWASを既に行っている、或はこれから行おうとしている研究者を利用対象者としております。
* 意義は有りそうですが、どの程度のユーザ数がいるかは疑問です。 * 本データベースはGWASを既に行っている、或はこれから行おうとしている研究者を利用対象者としております。単にユーザー数が多いことを目指しているものではありません。

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糖鎖関連データベースの統合 (産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター)

コメント担当者の回答内容
* 糖鎖研究を実際に行ったことがないので、どれくらい役に立っているのか詳しくは分かりませんが、プロトコル集や実験のサポートをする仕組みがあるのは、研究者にとってありがたいことだと思います。他の分野でこのような例はあまり見たことがないので、個人的には、成功事例にして他の分野でも同様な取り組みが開始されることを望みます。 * ありがとうございます。今後ももっと努力して皆様の研究の支援になるものを構築して参ります。同じ研究領域の先生方のご協力があり、プロトコル集を構築することができました。今後も糖鎖と係わりのある周辺分野の研究者をサポートするためにプロトコルの更新を続けて参ります。
* http://jcggdb.jp/idb/flash/GlycoEditor.jspのプラグインか何かが 必要なところがミニモバイルでパーク表示されませんでした。 * 利用になられている環境とAdobe flash playerとの組み合わせに依存するものと思われます。貴組織のIT技術者にお問い合わせください。それでも解決できない場合には、お問い合わせ下さい。
* 専門外なのでよくわかりませんが、良くできているように思われます。一般論的には検索結果のリスト情報をダウンロードできるような仕組みがあるとユーザ側で扱いやすいかもしれません。 * ありがとうございます。今後もバージョンアップを重ねて、より使いやすいインターフェースの開発を行って参ります。貴重なご意見ありがとうございました。
* 良く作り込まれており、今後にわたって、世界的にそれなりの地位を確保できるDBになるのではないかと思います。 * ありがとうございます。今後ももっと努力して皆様の研究の支援になるものを構築して参ります。海外勢は糖鎖の研究とDB構築の勢いが一度衰えましたが、昨年から欧米諸国が多額の投資を行っております。我々は、地位の確立を優先するのではなく、糖鎖の基礎研究から感染や癌などの研究からでてくる幅広いデータを収集し、研究領域のカバー率とデータの質を高める努力を行っております。日本のDBに関して、NEDOやCRESTプロジェクトの成果など日本固有のデータと独自の技術を使い、日本の特長を生かした糖鎖統合DBの構築を行っております。その後で、地位が確保できていれば良いと考えております。

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生体分子の熱力学データと構造データの統合 (九州工業大学)

コメント担当者の回答内容
* 地味ですが重要な仕事だと思います。  
* ProThermおよびProNITについては、それなりに役に立つ印象。熱力学データを含む文献の自動収集の部分については、意義を感じられない。 * 利用者には文献収集の自動化の意義はわかりにくいかもしれませんが、熱力学データは文献から収集しているので、データベース開発者にとって自動化はかなり役に立っています。小規模の専門データベース開発を促進するためには、文献収集やデータ抽出の自動化の方法を開発することは重要だと考えます。

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次世代シーケンサ由来データのアーカイブと解析パイプライン (国立遺伝学研究所)

コメント担当者の回答内容
* 1次データベースの共有はDDBJのプレゼンスを示していくためにも、日本の研究を支える基盤として、かならず進めて欲しいと思います。発現情報データベースのようにならないようあらゆるリソースを投入するべきだと思います。Pipelineに関しては統合TVでの紹介動画だけでの評価で申し訳ないですが、マッピングなど基本的な解析については有用さを感じました。 * 今後、1次データベースはより一層重要になってくるので、あらゆるリソースを投入して進めていきます。
* 他のレポジトリ(CIBEXやGWAS-DB等)ときちんと協調した上で進めるべきと思います。 * 現在 DDBJ では CIBEX に代わる定量データのためのアーカイブを準備中であり、DRA と協調して開発を進めています。
* 「大容量データを動かすのは大変なので、アーカイブへ処理を持って行こう」というのは分かるが、このやり方がいいのかどうかは分からない。 * いくつかの研究プロジェクトとの間で DRA への登録と Pipeline での解析をセットにした共同研究を推進しており、参画研究者からはデータの移動が少なくてたすかる、という評価をいただいています。
* 解析パイプラインに独自性があり、非常に評価されるべきデータベースであり今後とも是非充実を図っていただきたく思います。一方、アーカイブは海外等の他の機関(NCBIなど)に任せることでよりよりユニークな解析パイプラインを構築できるかもしれません。 * アーカイブは DDBJ/EBI/NCBI の国際共同事業であり、メタデータスキーマの策定や登録ツールのプログラム提供など様々なレベルで協力しながら進めています。
* パイプラインについては,ある程度の計算機リソースを持った組織内でインハウスに使いたいという場合に向けて,システムをパッケージングして公開するのも面白いかと思いました. * 将来的にパッケージの配布なども検討したいと思います。
* 一次データの共有は困難ですが重要なことだと思います。 * 今後もデータ共有基盤の構築を推進していきます。
* 内容が分かりにくい。NCBIと常に比較されて評価されているが、いっその事、共同事業にしてインターフェイスを同じにすれば?そうじゃ無くて独自性をだしたいのであれば、何かに特化した方向性を出せた方が良い。 * データの検索システムを11月に公開し、 DRA 独自の生物名、研究カテゴリー、登録した組織名とシークエンサの種類での絞り込み機能の提供を開始しました。今後、データ検索機能の充実とインターフェースの改良を進めていきます。また、DRA 独自の登録用メタデータ作成ツール MetaDefine では直感的に分かりやすいインターフェースに内容を入力していくだけでメタデータを作成することができます。NCBI/EBI にデータを登録する際にはメタデータを XML ファイルとして作成する必要がありますが、それに比べると DRA への登録は簡便である、というユーザからの評価も頂いています。参考にしたいという NCBI/EBI からの求めに応じて、MetaDefine のソースコードを NCBI/EBI に提供しました。
* 新型シークエンサの使用者にこのDBがあることを業者とタイアップするなどして大いに宣伝していただきたい。 * シークエンサのベンダーと受託解析会社とは個別に話し合い、DRA の宣伝をお願いしています。今後、DDBJ 独自の広報活動も含め、データベースの宣伝を進めていきます。ご要望があればデータベースの講習をいたします。
* データを蓄積するための窓口業務としてはたいへん重要な役割を担っておられると思います。データ利用については、蓄積されたデータを個別の研究で、フレキシブルに利用できるようなインタフェース(ユーザインタフェースはNCBI/EBI/にまかせておいて、APIやダウンロード可能な関連付けデータ)を多彩にそろていただけると独自性が増すのではないでしょうか。DDBJそのものはとても重要なお仕事をされているので、DDBJそのものを遺伝研配下から切り離し、生物情報を統合的に蓄積・公開する独立した機関(お役所)として運営するようにしたほうが良いように思うのですが。 * DRA を含む DDBJ が提供している一次データベース群、それから Pipeline との連携を深め、より使いやすい登録・解析システムを構築していきます。
* archivesよりannotation pipelineに注力した方がよいと思う。
* 解析のサポートが得られる点は、一部のユーザーにとって役に立つように思われるが、どの程度知られているのか。 * 学会、セミナーでの宣伝、DRA データ登録者への個別の案内などの効果もあり、ユーザ数は増えています。今後、Pipeline の拡充と宣伝を進めていきます。
* DDBJ自体、NCBI/EBIと比較してほとんど存在意義を感じない。コストパフォーマンスが悪すぎる。この程度のアクセス数のDBは存在意義が無いです。税金の無駄遣い。DDBJはこれまでさんざん予算をつぎ込んできて、NCBI/EBIとまともに渡りあえるものを作れていないので、閉鎖したほうがいいのでは? * DRA については、DRA 独自の機能を実装したデータ検索システムを11月から公開したところ、アクセス数が2割程増えました。今後、コンテンツを充実させ DDBJ が提供する他の一次データベースや解析 Pipeline との連携の強化、統合検索システムの開発を進め、システム全体として、その利用価値を高めていきます。また、今後次世代シークエンサの利用、一次データの公的データベースへの登録の推奨、必須化が進めば、一層アクセス数は増えると予想しています。
* 重要なデータベースであるはずなのだが、アクセス数が少ないことは問題である。予算を増やせという意見には同調できない。一般の研究者があまり利用しないのなら、まずはDDBJの研究者が研究に活用したらよいだろう。 * DRA の検索システムを11月に公開したところ、アクセス数が2割程度増えました。また、DRA へのデータ登録と Pipeline での解析をセットにし、いくつかの研究プロジェクトや遺伝学研究所の研究者との連携を始めており、データベースの利用頻度は増えています。
* 欧米に比べて、もう少し早くアクセスできると便利なので、さらに、予算を増やして欲しい。また、木村資生を生み出した遺伝研らしく、進化解析ツールを拡充して欲しい。そのためにもさらなる予算拡大をお願いします。 * 予算が許す限り、インフラを整備し、より高速なデータ転送や解析システムの構築を進めていきます。ユーザからの要望を聞きながら、独自の解析ツール開発にも取り組みたいと考えています。

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ワークフロー開発 (産業技術総合研究所生命情報工学研究センター)

コメント担当者の回答内容
* より良いpredictproteinを目指している、という理解でよいのでしょうか?いくつかのプログラムを一度に実行し結果を返すサービスは、ワークフローとは通常言わないと思います。誤解を招くと思います。 * タンパク質の解析ツールに限定することなく、Activeワークフローにあります様に広く解析ツールの統合化を目指しております。また誤解を招くワークフローの表現については検討いたします。
* 残念ながら、あまり意義がわかりませんでした。 * ワークフロー紹介ビデオ等を作成し、より分かりやすい説明資料を作成するようにいたします。
* 立体構造を構築するのであれば、精度評価まで公開すべきだと考えます。 * 個々のツールの精度によります。モデリングの部分はMODELLERの精度により、全体の精度評価については検討いたします。
* データベースとして作る必要性は無い。 * 本サイトは、主として解析ツールの統合化を進めており今後はDBとの連携も含め開発を展開させる予定です。
* アクティブワークフローにおいて、欲を言えば化合物との結合予測情報なども欲しいです。 * 今後の課題であるDB連携で実現できるように検討いたします。
* Activeワークフローの取り組みは、他のデータベースでも同様の取り組みができるようお手本になるといいですね。 * 今後も他の研究機関と連携して統合化を進めていきたいと思います。
* Active ワークフローのシリーズで、windows以外のOS対応も充実させて欲しい。 * 現在、LINUXやMACのOSに対応したActiveワークフローのシリーズを開発中です。
* 良くできている印象ですし、役に立ちそうです。ただ、売りが少しはっきりしない印象。 * 解析要素を繋げた組み合わせ型によるプラットフォームの中で具体的な解析例を提示できればと思います。
* PDBjとの違いはなんですか?立体構造未知なところ?? * 立体構造予測については、本サイトでは自動化されより使い易く設計されています。また利用者によりパラメータ設定が可能であり、複数の鋳型構造をもつ配列でも一括して構造予測可能です。

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「アノテータ・キュレータの教育」における取り組み (長浜バイオ大学)

コメント担当者の回答内容
* 出前実習に関しては統合DB全体のアクティビティを伝えるためにも役に立っているはずである。それぞれのデータベースの宣伝が必要という意見に対する答えにもなるので、戦略的に継続すべきだと思います。 * 学会等で発表する際にも、DBに関する分野区分だけでなく、教育に関する分野でも発表を行ったことで、他大学等への広報が行えたと考えています。出前実習を受け付けている旨や、連絡先を明記してきました。これまでに他大学3校(国内2、海外1)ならびに7高等学校での出前実習を実施した。実習を含まない講義形式では2他大学、13高等学校で、統合DBの作成したコンテンツの内容を含む講義を実施してきました。
* アノテーション・キュレーション教育のモデルケースを作る意味では良いプロジェクトだと思う。このような教育を目的としたプロジェクトは評価が難しいが、tRNADB のような成果物が出ているのが素晴しい。今後も様々な機関でこのような活動を続けて欲しい。 * tRNADBは、ENA (European Nucleotide Archive, EMBL nucleotide sequence databaseを包含するアーカイブ)からの相互参照についての依頼を受け、現在調整を進めています。Nucl. Acids Res. の2011年度のDB号での紹介論文が受理されているので、アクセス数も更に増加すると思います。この活動をタンパク質合成系関係の遺伝子類へと広げていければと考えています。
* 「アノテータ・キュレータの教育」の成果としては、既に広く有用性が認められているデータベースにおいて何人がアノテータ・キュレータとして活躍するようになったか(もしくはそれに類するもの)、が提示されるべきではないだろうか。新しく作成したデータベースは、仮に有用であったとしても直接の評価対象ではないと思われる。 * 国立大学でDBに関係している人材が3名、民間企業で国立機関や大学が作成するライフサイエンス分野のDBの構築に係わっている人材が1名おります。学部生は、新卒では任期制度のない企業や機関へ就職することを考えているので、その点に制度上の問題があります。
* すみません。あまり責任のあるコメントではありませんが、一般論としてあのテーターの育成は重要だと思いますが、ここでやられているのは、普通の大学の教育であり、特にこのプロジェクトで支援する意義が感じられません。 * ライフサイエンス分野のDBの内容をよく理解した教員が揃っていることで、それらDBを有機的に連携させ、学生が興味を持って学べる教材を作成してきたと考えています。現実に学生実習で使用し、その成果ならびにアンケート等で学生の理解度を把握した上で、他大学でも利用できるように、あるいは個人でも利用できるように作成した教材は有用と考えています。DBCLSやJSTの作成したポータルサイトや横断検索や統合TVやアナトモグラフィー等を教材中で積極的に利用しており、DBCLSの活動の広報の意味も果たしていると考えています。
* アノテータの養成教育は大変重要な取り組みだと思います。学生さんばかりでなく研究者もノテータとして活躍の道が開ければ、蓄積した知識の継承に役立ちます。この取り組みで作られた教材を使ったE-ラーニングを進めたり、これで教育を受けた人にDBへのアクセス権を付与して、アノテーションやそのスーパーバイズができる仕組みがあれば良いと思います。 * tRNADBでは、専門家が氏名入りでのアノテーションを付加する機能を追加しました。学会等でこの活動を広報したいと考えています。tRNADBの経験から考えると、本格的なアノテーション付加については、専門知識提供の形式で謝金支払いが可能であれば、多様なDBの高品質化に繋がると考えています。
* データベースの内容はともかくとして、試み自体は非常に面白いと思います。丁度草野球チームが増えるような、ベースが定着して行くと野球が盛り上がるのと同じで、統合データベースにもそういう品評があっても良いのかも * メタゲノム配列や次世代シーケンサーが産出したゲノム配列データのように、研究者がアノテーションを行っていない素データが公的DBに大量に集積しています。これらを学生実習に使用すると、学生による新規発見が可能で、教育効果も高まります。シニア世代の精査と組み合わせれば、実用性の高いDBにもなります。本学でこれからも継続して行くだけでなく、学会等で発表をし、他大学等へも呼びかけて行くことを考えています。
* このような教育事業は今後の研究の裾野を広げる意味でも非常に重要だと思いますし、資料の公開によって参加していない研究者でも理解が深まるので、ぜひ続けていただきたい。 * 学生、現役世代の研究者、シニア世代の複数の専門家が共同作業としてDBの作成を行うことは、集合知の形成の出発点となると考えています。学会等での呼びかけを行えば、本格的な集合知の形成が可能になると思います。
* 教育活動用の教材pdfは、リンクを沢山集めた形になっているようであるが、より教科書的なものにすべきではないか。 * ライフサイエンス分野の情報爆発の時代に必要な人材育成のための教材の一例が出来たと考えています。DBCLSやJSTの作成している多様なコンテンツ類を実習で活用するための実教材ともなっているので、DBCLSやJSTと相談して、教科書的にしてみたいと考えています。
* tRNADB-CEは良くできていると思います。教育の部分も意義がある内容なので、もっとDBCLSとしてももっと売り込んでいいのでは。 * シニア世代の専門知識を基にキュレーションを依頼しましたが、シニア世代側からDB内の検索等に関しての利用者の立場に立った多様な依頼を受けました。それらを順次拡充することで、能率的な知識発見を行える利用価値のDBとなりました。当初には想定していなかった効果であり、DBの利用側の意見聴取が行えたことは、有意義と考えています。

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「データベース高度利用者養成」の取り組み (お茶の水女子大学)

コメント担当者の回答内容
* 実務にマッチした良い教材だと思います。iTunes U や統合TVなどの連携があると良いですね。 * ありがとうございます。ここ1、2年で日本語の教育系動画も増えてきているので、関連する物にはリンクを張るなどの対応を考えたいと思います。
* iTunes Uでのコース作成までも期待したい。 * 動画配信も一つの方法として検討いたしました。しかし、その場で受講生の行っている内容からのフィードバックが、受講生の能力向上に欠かせないため現状は教材の公開のみにとどまっております。
* 教育や啓蒙に投資するのであれば、e-learning のような、特定の大学での教育でなく、全国規模の利用者を相手にするような工夫をすべきなのでは。 * E-learning等の形式も考慮に入れたのですが、本講習の目的は、一般向け多数のものではなく、統合DB開発に役立つ少数の人材育成であり、それに合致するE-learning形式に良い物がありませんでしたので、取り入れませんでした。今後の参考にさせていただきます。
* ここでの資料は新人研修などにも利用できると思いますので、積極的に活用させて頂こうと思います。 * ありがとうございます。是非、ご活用頂ければとおもいます。
* バイオインフォマティクスをこれから取り入れていこうと考えている実験研究者にとって、基礎知識を学べる有意義な事業だと思います。基礎から実践へ活用するときにフォローアップをしていただける仕組みがあればさらにいいと思います。 * ありがとうございます。フォローアップするには、その過程を見守る人材の雇用も必要と思われます。また、最近Web上で質問と回答を得るLife Science QAサイトもライフサイエンス統合データベースセンターに構築されましたので、こちらを利用したフォローアップなど、形式を考えたいと思います。
* 作るだけでなく使い方の情報を提供することは使われるために必要です。 * 同意いたします。本講習では実際にハンズオンで作成する事を目的としましたが、統合TVなど使い方の提供をすることも必要と考えています。
* ある時期からは不要になるだろうが、現在は啓蒙活動は大切。 * ありがとうございます。ご指摘の通り、ツールが成熟したら、作成する必要性は薄くなるでしょうが、現在のように機器の進展著しいなかでは、必要であると考えております。
* 非常に重要な取り組みだと思います。要望としては、バイオインフォマティクスが専門ではない実験研究者向けの高度利用教育というアプローチも考えていただけると良いのでは。 * 本講習が広く一般向けではなく、統合データベースで働ける人材の育成を目材していた関係で、一定の知識を仮定いたしておりました。頂いたご意見の通り、バイオインフォマティクスが専門ではない方向けの養成も考えられると良いと思っております。
* 非常に重要な事業だと思いますので、もっとアナウンスメントがあるといい思います。 * ありがとうございます。広くアナウンスするよう努めます。
* 重要で意義があると思いますが、もっとアピールするといいと思います。
* 地味に思えますが、重要な取り組みだと思います。今回初めてこのような取り組みを知りました。例えば、製薬協の研究部会などへのアナウンスするなど広報活動の充実もご検討いただければと思います。

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バイオデーターベースサーバ構築演習 (東京大学新領域創成科学研究科)

コメント担当者の回答内容
* この分野のデータベース構築や管理は非常に重要で、その人材育成も重要だと思います。それだけに、学外にも広く受講者募集する必要があると思いますが、その努力にやや欠けてる気がします。 * 受講者の人数と進路は次の通りでした
受講者合計21名。DBCLS:2名、研究員:2名、博士課程在学中:5名、修士課程在学中:3名、就職:6名(IBM, JR東日本, 日立,野村総研など)、不明・その他:3名。
* 受講者募集方法について
受講者募集のため、BioJapan2008・BMB2008の「統合データベースプロジェクト」ブース展示でのリーフレット配布や、東大情報生命科学専攻での告知を行いました。その結果受講者は東大情報生命科学専攻以外からは、DBCLS・自治医大・東大医学系研究科からの受講がありました。
* どのようにして受講者を募集したのか、何人程度の受講があったのか、受講生はここで培ったスキルをどのように活かしているのか等、受講者についての情報が欠落しており評価が難しい。
* 非常に有用な試みだと思います.しかし,参加者の募集について,この演習の開催を,演習を受けたいと思うような人に向けて告知できているのかどうかが分かりませんでした.何名程度の受講生を集めることを想定していて,どの程度達成できているのでしょうか?
* この演習を初めて知ったのですが、この演習は一般向けに開放されており、アナウンスされているのでしょうか?  
* 素晴しいコンテンツだと思います。バイオインフォマティクスの書籍やサイトは増えてきていますが、このコンテンツのようにデータベース周辺の知識にフォーカスしたものは少ないのが現状です。そのような状況のなか、このコンテンツは、ほかの組織でも参考になるカリキュラムであり教材だと思います。  
* 生命科学分野でデータベース構築は今後益々重要になると思われますが、洗練されたサーバ構築学習サイトだと思われます。データベース構築に必須の知識に加え、「各種プログラミング演習」、「バイオデータ解析演習」などバイオインフォマティシャンをの人材育成、学習に大変有効であると考えます。  
* 大変有効な取り組みと思います。ただし、生物から入る技術者と情報から入る技術者と2つの入り口という観点から自ら学ぶべき参考情報への誘導を行うような工夫が欲しいです。  
* 人材育成は重要で、よい取り組みだと思います。  
* はじめて知りましたが、これはすごく役に立ちますね。これが機能して、オンラインで学習できるのなら、それを教育する為の人が不要になる恐れがあるくらい、このプロジェクトはすごいと思います。  
* 若い頃、このようなサイトがあったらもっと早く自分でいろんなデータベースを作れたと思います。  
* 生物情報に特化した演習はないようなのですが、生物情報を扱う技術者として必要なスキルが網羅されているという意味では有用だと思います。  
* ウェブサイトとしては有用だと思いますが、統合化プロジェクトとしては予算がどれくらいついているのでしょうか。それにより評価が変わります。 * 平成22年度の予算は1254万円でした。

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専門用語辞書管理システムと専門用語解析技術 (奈良先端科学技術大学院大学)

コメント担当者の回答内容
* 類似文脈は新しい試みとしては面白いと思います。どのように役に立つのか例を示すのが大切だと思います。実験生物学者に少し使ってもらって結果を評価してもらう、などのテストが必要でしょう。 * 一つの目的として、既存のシソーラスには登録されていない用語、あるいは、登録されているが、シソーラスコードが未確定の用語のシソーラスコードを決定する作業の支援に使うことを考えています。京都大学のライフサイエンス辞書の拡張に使っていただくなど、実際に使用していただけるまでに整備することが重要と考えています。
* Cradle-LSDのインターフェイスはとても良くないと思います。あの膨大なフォームになにか入力しないとならない気になってしまい、表示した瞬間に多くのひとが戻るボタンを押すのではないでしょうか。検索フォームはひとつだけにするべきです。より詳細に検索したいひとのために、現在のような詳細検索フォームへのリンクだけを表示しておくのは良いでしょう。 * このシステムには管理者用のインタフェース(すべての辞書項目を表示し、編集できる)と、利用者用インタフェース(必要な情報のみ表示、検索できる)が用意されています。今回のデモでは、管理者用のインタフェースが見えるようにしたため、表示項目が多く煩雑な画面になってしまいました。インタフェース表示部の簡潔化と見た目のわかり易さを追求して改良したいと思います。
* どういう用途を想定した機能なのか、開発の動機が不明確。 * 今回は、機能のみのデモになりました。特に類似文脈検索機能は、新しい用語の意味カテゴリ(シソーラスコード)の決定支援に利用する予定ですので、そのためのインタフェースとの連携を今後の課題にしたいと思います。
* ユーザに対してどのように活用して欲しいかを示し、その活用方法を提示する必要があると思います。
* 何を知りたい人が使うのか、を考えたデータベースとしてほしい * 辞書管理システムは辞書の検索と編集、医療專門用語検索は、用語の使用文の検索、類似文脈検索は入力された用語と類似の文脈で用いられている他の用語の検索ですが、今のままではマニュアルが不備のためわかりにくいことは認識しています。今後、オンラインマニュアルや使用例を提示できるようにする必要があると考えています。
* 何ができるかは分かりましたが,どのようなユーザや利用場面を想定されているのか(そのような場面が存在するのか)が分かりませんでした. * 特に類似文脈検索の利用場面がわかりにくかったと思います。シソーラスの拡張支援を一つの目的としていますので、それがわかるような説明と、シソーラス拡張のためのインタフェースとの連携を今後の課題にいたします。
* バイオ専門語の辞書としての機能、ヒットした文章の全文閲覧ができないと、googleと変わらなくなるのでは? * 全文の表示は確かに必要な機能なので、実装したいと思います。
* ちゃんと作れば有用だと思うのですが、現在の状態だとまだまだだと思います。まだ、研究者の趣味の段階で、ユーザのことを考えた作り込みがされていません。蛋白質核酸酵素は休刊しているので、今後の新しい用語には対応しないということ? * 今後、実際の利用目的が明確になるオンラインマニュアルと、他のツールとの連携を容易にするように修正したいと思います。なお、例文となるテキストデータの追加は可能ですので、利用可能な雑誌や論文があれば、取り込んでいきたいと考えます。

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基盤技術開発 (ライフサイエンス統合データベースセンター)

コメント担当者の回答内容
* データベース統合のアプリケーションのひとつであるパイプライン処理に不可欠なSWとパイプラインシステムの提供は、ある意味、統合DBの完成の形であると思う。無駄にデータベースを増やすよりもよっぽど有用でしょうよってこのような活動こそ推進されるべきでしょう。今後も必ず進めてほしい。 * コメントありがとうございます。私たちもそのような考えに基づきこれまでの開発を進めてまいりました。平成23年度からJSTで実施されるライフサイエンス データベース統合推進事業の基盤技術開発プログラムにおいてもセマンティックウェブ技術および解析パイプラインを用いることが示されておりますので、今後も そのような方向性で開発が進められるものと思います。
* DBCLS Galaxy、MiGAP、TogoDB;CUIに慣れてない研究者にとって、このような取り組みはとても役に立つと思います。 * コメントありがとうございます。実際の幅広い研究者のニーズに応えるために、このようなGUIのサービスも重要だと認識しております。
MiGAPについては配列を投入してボタンをクリックすれば結果が出るb-MiGAPから始まって、利用者が手を加えられる度合いに応じて、s-MiGAPおよびg-MiGAPを用意しました。
* galaxyの上で、togoWSをバックエンドとして利用するアイデアは、汎用性が期待でき将来的に見込みのあるアプローチと思われる。MiGAPについては、DRAパイプラインとの協調を考えてはどうだろうか。 * コメントありがとうございます。汎用性と専門性の両立は難しい課題ではありますが、私たちはそれを重視してサービスの開発に努めております。
MiGAPについては、新世代シーケンサ由来の配列をMiGAPで解析している事例がすでに発生しているので、利用者からみて最適なMiGAPとDRAパイプラインの協調を目指します。
* TogoWSは今後利用してみようと思います。 * コメントありがとうございます。詳しい利用方法は、http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_2/W706.full をご覧ください。
* TogoDBは興味深い取り組みだと思います。 * コメントありがとうございます。TogoDB は生命科学系データベースアーカイブ(http://dbarchive.lifesciencedb.jp/)、サプリメントデータからシンポジウムの要旨集(http://togodb.dbcls.jp/symposium2009/)まで幅広く利用されています。
* とりあえず、ネットワーク知識伝達、伝承の過渡期にある現在では、必要なことだと思います。 * コメントありがとうございます。より有用なものにしていきたいと思います。
* 統合化プロジェクトにおいて、各プロジェクトではこの標準化を採用、目標としているのでしょうか。 * 本プロジェクトの参画機関や産総研(BIRC, CBRC)へはこの標準化の採用を提案しており、実際にH-InvDBやその関連DBで利用がすすめられています。
* 慣れない研究者に自信をもって薦められる程ではなく、更なる改良を期待します。 * 多くの研究者のニーズに応えられるよう、改良をすすめていきたいと思います。
* うーん。いまいちわかりにくい印象です。もう少しわかりやすくしないと、一般の研究者はユーザとして使ってくれないです。 * コメントありがとうございます。日本語のドキュメント、チュートリアルの充実化をすすめ、より分かりやすいように改善につとめて行こうと思います。
* このような取り組みはもっと高く評価されるべきで、公的な資金をもっと投入すべきものだと思います。これからのますますの発展を祈念しております。 * ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。今後も私どものできる範囲でご期待に沿えるような活動を続けてまいりたいと思います。
なお、当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続してお使いいただけます。

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ポータル&コンテンツ (ライフサイエンス統合データベースセンター)

コメント担当者の回答内容
* JST の「Wingpro」とDBCLSの「生命科学系 データベース カタログ」とが一見重複しているように思います.同じプロジェクト内で実施されていますので,特に分ける理由がないのであれば,一緒にした方が(特にユーザにとっては)いいのではないでしょうか. * データベースカタログはWingProと統合一元化し、平成23年度以降はJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)でサービスを継続していきます。経産省、農水省、厚労省のデータベース情報も統合される予定です。また、メタデータもBioDBCoreなど国際的なものにも対応していきます。
* 生命科学系 データベース カタログとWingproなど、一部、他のプロジェクトとかぶっているものがあり、そのあたりの分担は考えたほうがいいと思います(「統合」したほうがいいと思います)。
* 特に統合TVは今まで初学者がみんな欲しかったけど、無かったコンテンツだと思います。今後もますます発展していけばいいと思います。教養の授業を受けている学部生や高校生に対しても十分有効なコンテンツですので、教育関係に対しても積極的なアピールをお願いします。 * いつも統合TVをご利用いただきましてありがとうございます。統合TVのコンテンツをさらに充実させるために、ぜひともみなさまから取り上げて欲しいデータベース/ツールのリクエストを「お問い合わせ」からいただければと思います。また、今後とも、展示会や講習会、学術雑誌等を通じて統合TVの広報・普及を積極的に図っていきたいと考えております。
* 統合TVは使ったことのないツールやデータベースをはじめて使う際に、とても役に立ちます。さらに充実させて欲しいです。
* 様々なツール・データベースが統合されてもなお、これだけ多様な利用形態になってしまう。利用者からすると、異なるサービスを利用する際、使い方を最初から学ばねばならず、非常にストレスを感じる。そう考えると、すべてのサービスについてのコンテンツが統合TVに用意されることが望ましいと考える。
* 統合TVにはいつもお世話になっております。Webツールの利用にとても参考になります。
* 統合TVはとても意義があるので、もっと一般の研究者にアピールして知らせることができればと思います(ほとんどの研究者は知りません)。
* BodyParts3D/Anatomographyのポリゴンデータが公開されたのはよいことです。 * ご評価いただきありがとうございます。まだ開発中ではありますが、全身のポリゴンデータを自由に利用できるように公開している例は他では見かけておりませんので、BodyParts3Dの利点のひとつであると考えております。
* BodyParts3D/Anatomographyはすばらしい! * ご評価いただきありがとうございます。
* 非常に優れたサービスであり、取り組みだと思いますが、研究室内の大学院生ですらほとんど存在を知りません。もっとアピールすることで認知度を上げる必要があると思います。 * ありがとうございます。「統合データベースプロジェクト」の取り組みやサービスを普及することを目的として、ニュース配信やプレスリリースのほか、全国各地の大学や研究所での講習会の開催(http://motdb.dbcls.jp/?MotDB)、学会等でのブース展示、シンポジウムやランチョンセミナーの実施、年1~2回の主催シンポジウム(http://symposium.lifesciencedb.jp/)の開催などを行ってきました。
しかしながら、知名度や認知度については、ご指摘のようにまだまだ改善する必要があると思いますので今後も課題としていきます。
* 統合TV、BodyParts3D/Anatomographygは教育に有用なコンテンツと思います。企業ベースはなかなか進めてもらえないタイプのサービスと思いますので、貴機関で進めていただきたいです。研究者だけでなく、教師にも積極的にPRしてはいかがでしょうか。
* 統合TV、BodyParts3D/Anatomographyは特によく利用し、他の研究者に紹介することも多い。生命科学系データベースカタログもよく出来ていると思うので、知名度が上がって、もっと利用されるようになればと思う。
* このような取り組みはもっと高く評価されるべきで、公的な資金をもっと投入すべきものだと思います。これからのますますの発展を祈念しております。 * ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。今後も私どものできる範囲でご期待に沿えるような活動を続けてまいりたいと思います。
なお、当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続してお使いいただけます。
* このような取り組みはアイデアはあっても作り上げることは簡単ではなかったと推察します。もっともっと突っ走ってください。期待してます。

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検索 (ライフサイエンス統合データベースセンター)

コメント担当者の回答内容
* TogoProt:ローカル検索でヒットするはずの論文が見つからないことが多いと感じています。また、PDFの取り込み時に解析エラーが出るものがまだまだ多いので改善を希望します。システムとしては非常に使いやすいので、今後も使用したいと考えています。 * (TogoProtでは、論文やPDFを直接扱っていないので横断検索へいただいたコメントとして下記でお答えしています)
不具合のご指摘ありがとうございます。PDFを閲覧できないエラーについて改善を図ります。このような利用者の方のフィードバックが大変助かります。今後ともよろしくお願いいたします。
* 横断検索が使いやすくて助かる。だが、ライフサイエンス限定でやるべきことなのかは考えた方がよさそう。 * 重要なご指摘です。まず、プロジェクトのミッションとして、生命科学系のデータが大量に生産され、DBが林立していく状況で、どこにどういうDBがあるのか所在を明らかにし、一ヶ所から検索できるようにするという課題があり、横断検索はそれに答えるものとして開発いたしました。その際、横断検索のシステム開発には、オープンソースを多用し、既存のものの再開発にならないようにしました。対象を生命科学のDBに限定することによって、Googleなど様々なページを扱う検索エンジンよりも早く目的のものを探し出せる、またGoogleにインデックスされないディープウェブにあるレコードなども検索可能になっているなどの長所があると考えます。
* 挑戦的なインターフェイスが面白い。実験生物学者からみて、一般的なウェブUIに比べて使いやすいと感じられるのかどうかを評価してもらいたい。TogoProt の中身については知識がないので評価できませんでした。 * 横断検索のユーザインタフェースは、なるべくシンプルになるよう、検索ボックスにキーワードを入力するだけでいいように作成しました。またDBの分類をツリーで表現し、わかりやすさを心がけました。しかし、より見易いデザインにする、幅広い利用者のニーズに答えられるようにするなど、今後も改良を行う必要があると認識しています。最終年度の成果として、これまでにいただいたご意見を取り入れ、Entrezなどを参考にした新インタフェースを公開します。公開後、ウェットとドライ両方の利用者に実際に使っていただいて、評価していただくようにしたいと思います。
* もっと使いやすくしていただけると、たすかります。
* 使いやすい検索システムだと思います。もっと知名度が上がれば使うユーザーも増えるでしょう。
* InterProやNCBI, KEGGと比較してのアピールポイントは何でしょうか。 * 横断検索は対象とするデータベースをクロウリングしインデックスを作成するGoogleライクな検索サービスで、ご質問のInterProやNCBI、KEGGのような統合データベースではありません。このため、検索キーワードを含むレコードや文書を横断的に探すことはできますが、ひとつの検索結果から、それに紐づく知識を得ることは今のところできません。平成23年度からは、セマンティックウェブ技術を活用し、新しい形の統合検索を開発する予定です。コメントの趣旨がTogoProtへ向けてのものであるといたしますと、TogoProtは多数のデータベースから特定分子に関する情報を集めて示すという意味ではこれらのサービスと似ていますが、対象データベースは理論計算・物性・計測から事典・図鑑に至る、より多様なジャンルをカバーしており、意外な発見ができるようなサービスを目指しています。一方で基幹データベース群の情報はUniProtなどへのリンクで補うようにしています。
* 横断的に検索できるシステムは今後も成長を続けて欲しい。 * ご指摘の通りと考えます。検索サービスの中には、より複雑で高度な検索が可能なものもありますが、今後もDBが増加すると予測される状況で、とりあえず全てを一括してキーワードで検索するサービスは、今後も需要があると考えます。対象DB数が増加した際にも、より使いやすいものにするよう機能向上を図りたいと思います。
* 使い方も簡易で、とてもよいと思う。知名度が上がれば、さらに利用されるようになるのでは。 * ありがとうございます。「統合データベースプロジェクト」の取り組みやサービスを普及することを目的として、ニュース配信やプレスリリースのほか、全国各地の大学や研究所での講習会の開催(http://motdb.dbcls.jp/?MotDB)、学会等でのブース展示、シンポジウムやランチョンセミナーの実施、年1~2回の主催シンポジウム(http://symposium.lifesciencedb.jp/)の開催などを行ってきました。
しかしながら、知名度や認知度については、ご指摘のようにまだまだ改善する必要があると思いますので今後も課題としていきます。
* さらなる内容の充実を期待しています。もっと、一般の研究者へのアピールをすべきだと思います(プロジェクト全体についてですが、学会だけでなく、国内の主な大学、研究所に出向いて講習会を開いてアピールするなど)。 * ありがとうございます。講習会については、平成19年より毎年6回程度、全国各地の大学や研究所で開催してきました。詳細は、こちらをご覧ください(http://motdb.dbcls.jp/?MotDB)。 ただし、ご指摘いただいていますように今後も継続的なアピールは欠かせないと思いますので、知名度や認知度の向上については、今後も課題としていきます。
* このような取り組みはもっと高く評価されるべきで、公的な資金をもっと投入すべきものだと思います。これからのますますの発展を祈念しております。 * ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。今後も私どものできる範囲でご期待に沿えるような活動を続けてまいりたいと思います。
なお、当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続してお使いいただけます。
* 日本の科学技術の導入の歴史は、日本語訳が整っていることにある。翻訳された教科書は、日本人の研究に大いに役立っている。なぜならば、考える時は、日本語で考えるからである。もちろん、国際化を考えることは重要であるが、いろいろと進んだ科学技術を日本語で導入してきたことも日本の底辺を広げることに役立ってきたのだから、今後とも日本の科学技術の底辺を補強するためにも予算を増やし、頑張っていただきたい。 * ご意見いただいておりますように日本語のコンテンツは重要であるという認識のもと当プロジェクトを行ってまいりました。その一環として、例えば統合TV(http://togotv-curated.dbcls.jp/)などのサービスを開発・維持しています。今後も日本語コンテンツの充実に努めてまいりたいと思いますので、引き続きご支援賜りますようお願いいたします。

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論文解析&アノテーション支援 (ライフサイエンス統合データベースセンター)

コメント担当者の回答内容
* TogoDoc と Wired-Marker以外を評価しましたが、どのツールも素晴しいコンテンツだと思います。インターフェイスも一般的で馴染みやすいと感じました。 Allie は13インチのディスプレイで表示すると、検索結果が画面下部40%程度にしか表示されていない状態なので「検索条件」などは折り畳むか、サイドバーにするともっと良くなると思います。inMeXesの説明文も下にあったほうが良いでしょう。あとこれに対応して頂けると嬉しいです http://blog.itoshi.tv/2010/08/pubmed_search_on_chrome/ * コメントありがとうございます。Allieのインターフェースについては現在新たなものを構築中です。inMeXesの説明につきましては対応しました。また、最後のご指摘につきましては以前より対応済みです。今後ともよろしくお願いいたします。
* Wired-Markerはとても便利だと思います。実際、しばらくの間、使用していました。しかし、Evernoteのアドオンが Firefoxでリリースされた後、全く使わなくなってしまいました。ページ上で特定箇所をマークしておく便利さより、様々なマシンで同期がとれることを優先してしまったからだと理解しています。Evernoteの長所とWired-Makerが融合したら良いのにと常々思っております。 * おっしゃるように個人メモにはEvernoteはとても便利で私も使っています。そのうえでWired-Markerが必要だった理由は、「この記事のこの部分」という情報を他人に伝える際に記事中にマークして配布すると「著作権法違反」になるからです。このせいでデータにアノテーションをつけた論拠などを示す際も書誌情報しかつけられません。Wired-Markerで切り取られた「このURLのこの座標」という情報は雑誌を購読している人にだけが復元できるマーカーとして記事全体を違法にコピー再配布することなく流通させられます。ただしリクエストにこたえる形でキャッシュ機能をつけるなどして本来の機能が見えにくくなったことは反省しております。
* これらの取り組みは更新し続けることが必要ですので、発展していくことを希望します。国や大学が開発し、大学や国公立研究機関が無償で利用できることに意義があると思っています。もっとアピールをして利用者を増やすことが重要ではないでしょうか。 * ありがとうございます。当プロジェクトで開発したサービスはJSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続して無償でお使いいただけます。また、「統合データベースプロジェクト」の取り組みやサービスを普及することを目的として、ニュース配信やプレスリリースのほか、全国各地の大学や研究所での講習会の開催(http://motdb.dbcls.jp/?MotDB)、学会等でのブース展示、シンポジウムやランチョンの主催、年1度の主催シンポジウム(http://symposium.lifesciencedb.jp/)などを行ってきました。
その一方で知名度や認知度については、ご指摘のように向上の余地がありますので今後も課題としていきます。
* 出版社との対応が難しそうですね。 * ご心配ありがとうございます。ご覧いただいたサービスは現在一般に公開されているデータをもとに構築されておりますので、特定の出版社との交渉が必要なものではありませんが、もし、何かお気づきの点がありましたら、具体的にご指摘いただけますとありがたいです。ご意見よろしくお願いします。
* これらのツール類は更新やユーザ対応を行う必要があるので、公的機関が数年単位で開発を続けることが望ましい。作りっぱなしで維持をしないとしたら最悪です。 * ご意見ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も維持されていきます。
* このような取り組みはもっと高く評価されるべきで、公的な資金をもっと投入すべきものだと思います。これからのますますの発展を祈念しております。 * ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。今後も私どものできる範囲でご期待に沿えるような活動を続けてまいりたいと思います。
なお、当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続してお使いいただけます。
* この辺のツールは役に立つと思いますが、わざわざ国や大学が開発しなくても良いと思います。企業でも充分開発可能です。 * コメントありがとうございます。企業において開発可能であるかもしれませんが、同等機能かつ同条件(日本語インターフェース、非課金、随時更新)のものは現に存在しておりませんので一定の意義があると考えております。よろしくお願いいたします。

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データベース&アーカイブ (ライフサイエンス統合データベースセンター)

コメント担当者の回答内容
* 「生命科学系データベースアーカイブ」は永続的なデータベースの提供という意味で必ず進めていってほしいと思います。ほかの2つは元のデータベースよりインターフェイス、コンテンツともに見るべきところがないので、必要があるとはまったく思えませんでした。 * 生命科学系データベースアーカイブについては、好意的なご意見をありがとうございます。今後もより一層努力すべきだと思います。
DNAデータバンク総覧と検索とGEO目次は検索しかできない巨大データの「目次」として企画しました。本を例にすると索引があって目次がないのは辞書と電話帳ぐらいです。データベースを電話帳として使う方には用がないかもしれません。特定のキーワードで検索結果を得たときに「意味の近い拾い忘れはないかしら?」と思う気持ちがある利用者には「引っかからないデータの大まかな特徴や量」も意識しながらフィルターをかける目次方式の価値がわかってもらえるかと思われます。ただし目次のための分類器には大いに改善の余地があります。
* 「DNAデータベース総覧と検索」はDDBJと独立に開発・維持するのではなく、一体としてやった方がいいのではないか。「遺伝子発現バンク (GEO)目次」については、CIBEXとGEOの間でデータを交換し、CIBEXのインターフェースを強化する方向にすべきでなかったのか。 * 厳密にはCIBEXはデータのアーカイブ事業ですので目的が違います。DNAの総覧のための分類器をGEOのメタデータにアプライした同じ仕組みの別の表現型ですのでCIBEXよりもDNA総覧に近いサービスです。
* DBを作るだけ作ってアーカイビングされていない日本の現状は非常によくないので、何をおいても続けて行くべきである。資料が将来的にも散逸しないような方策が必要である。 * ありがとうございます。将来データが散逸しないためにも、継続性を最優先で考えております。
* 「DNAデータベース総覧と検索」の分類表示はわかりやすく有意義で、これからも利用したい。「遺伝子発現バンク(GEO)目次」も今後データ数が増えれば、ますます便利なツールになると思われる。 * ご利用ありがとうございます。今後も定期的に最新のデータに対応していきます。
* (この評価対象ではなく、プロジェクト全体についてのコメントですが、各場所が無いのでここに書きます)DBは使われてこそ価値があるものなので、もっと、一般のユーザにアピールしていった方がいいと思います。多くの研究者はDBの使い方を良く知りません。一方、ユーザに全く向いていないDBもいくつか有ります。製作者の自己満足で、使われていないDBには価値が有りませんので、年間10,000 visit, 20,000 page程度に届かないDBは停止にすべきだと思います。税金の無駄遣いです(少なくとも年に数千万円を使う価値は有りません)。数千円/visitですから、有り得ないです。統合DBのプロジェクトについての記述がほとんど無いものも多いです。かなりの予算をもらって行っているのですから、記述するのは義務だと思います。 * ありがとうございます。「統合データベースプロジェクト」の取り組みやサービスを普及することを目的として、ニュース配信やプレスリリースのほか、全国各地の大学や研究所での講習会の開催(http://motdb.dbcls.jp/?MotDB)、学会等でのブース展示、シンポジウムやランチョンセミナーの実施、年1~2回の主催シンポジウム(http://symposium.lifesciencedb.jp/)の開催などを行ってきました。
しかしながら、知名度や認知度については、ご指摘のようにまだまだ改善する必要があると思いますので今後も課題としていきます。また、本プロジェクトで提供されている個々のDB/サービスについては、今年度が最終年度ということもあり、今後の対応についてはプロジェクトの評価などを踏まえて継続についての可否などが別途検討されるものと思いますが、既にできあがっているものについてはできるだけ活用していきたいと考えています。
それから、クレジットの表記に関するご指摘ありがとうございます。ご指摘のように統一したクレジットの明記がなされていないケースもあると思いますので、確認して対応するよう努めます。
* このような取り組みはもっと高く評価されるべきで、公的な資金をもっと投入すべきものだと思います。これからのますますの発展を祈念しております。 * ありがとうございます。当プロジェクトは、平成23年3月に終了いたしますが、同年4月よりJSTのライフサイエンスデータベース統合推進事業に継承される予定です。今後も私どものできる範囲でご期待に沿えるような活動を続けてまいりたいと思います。
なお、当プロジェクトで開発したサービスは、JSTに新設されるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が運営するサイトに徐々に移行する予定ですので、4月以降も継続してお使いいただけます。

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