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各取り組み・サービスへのコメント

2. データベース、ツール、プロジェクトのカタログ化、ポータルサイトの構築 (ステップ1)

 

生命科学系データベースカタログ へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 網羅する、数を増やすという作業自体はあまり推奨されず、以下に質の良いデータを浮かび上がらせるかという「評価」に重点を置いてもらいたい。もちろん多くの論議をかもすと思うが、それこそがDBセンターの名前を知ってもらうチャンスであろう。 (背景) 「統合データベースプロジェクト」がスタートした背景には、国内のプロジェクト(それらの多くはデータベースが最終成果物となっている)の成果公開が不十分である(すなわち最終成果のデータベースの所在や使い方が不明)という、産業界、学界からの指摘があり、それに対応するためにデータベースカタログを作成しています。 * データベースカタログについてはいただいたご意見を参考に、(1)日本のデータベースを中心に情報を収集してきたので(上記背景を参照)、万人にとって有用な海外のデータベースについても充実させる。(2)各データベースの説明などの記載内容を充実させ、お勧め度などがわかるように工夫する。間違った記載を排除する努力を怠らないようにする。(3)カテゴリツリーを改良し、様々な切り口からアプローチできるようにするとともに、検索からも辿りつけるようにする。カテゴリに馴染まないキーワードについてタグの活用を考える。(4)カタログ内の各データベースの情報が参照できるようにPermalinkをつける。(5)ブラウザによる不具合はできるだけ早期に解消するよう努める。また不具合情報を明らかにする、等を実施いたします。また、いくつかご指摘のあった統合TVへのリンクは、統合TVで解説されているDBについてリンクを設けました。
* まだ網羅できていないDBもあると思いますので、さらに頑張っていただきたい。
* 非常に有用なカタログだと思います。分類分けに用いている用語、階層化またその用語等に関するpolicyの記載を希望します。また、現在の分類 方法は熟慮されたものと思いますが、他のpolicyでの分類分けや階層化を行うことで、データベースの全体像の見え方が変わってくるとも思います。
* "脳","神経","神経系"、三つのキーワードで検索してみました。それぞれだいぶ違うものが検索されるのですが、意味的に近いものも見つかるようになるとなおよいと思います。今稼働しているかどうか、クリックする前に分かるのは便利です。
* データベースのカタログ自体は大変有益だと思われますが、検索のインタフェースをもう少し拡張された方がよいと思います。生物種と対象またはDB 型を組み合わせたような検索(例えば、「ヒト」の「遺伝子発現」データベースなど)ができるともっとよいかと思います。
* よく知っているデータベースの記載内容を調べてみましたが、間違いがあり、残念に思いました。データベースの開発者がわかっている場合には、開発者に内容を確認してもらうとよいと思います。
* 稼働状況などもチェックできるのが素晴らしいと思っています。togoTVやその他参考になる情報へのリンクなどもあるといいですね。
* わかり易くなって、使いやすくなってきたと思います。右側の詳細の記載が貧弱なDBがありますが、カタログや組織などを最低限の記述を充実させて頂けると、初心者にも利用性や利便性が向上するかと思います。
* データベースの整理はユーザーによって希望が多岐にわたると思われるのでタグ付けによる分類を追加してはどうだろうか?ユーザー参加型(ユーザーによるタグ付け)も良いと思う。
* lipid libraryが見つからなかったが良いデータベースなので追加してはどうでしょうか。
* 私のデータベースものっけていただいていましたが、すでに何年か前からアーカイブに入っているページにリンクがついていますし、カタログの部分必 ずしも正しくありません。また、組織は完全に間違っています。他のデータベースについても同様の誤りが多くあるとすれば、データの収集法に問題があるのでは?
* データベースが多くなってくると、必要なデータベースの取捨選択が難しくなってくる。検索や各データベースのさわりが簡単にわかるとよいと思う。
* インターフェイスが変更され、前年より整理され使用しやすくなっています。2層以上の階層化、Tree分類の再点検することでさらに便利になるのではないでしょうか。
* どのようなデータベースがあるのか概観するには便利だが、目的を持って調べるためにはWINGproの内容を取込むなどしてSearch機能を充実して欲しい。
* 多くのデータベースを扱っているので階層化してまとめるのには賛成だが、1層での階層化は、対象によっては少ない。例えば、タンパク質は多数あるがもっと多くの階層でまとめた方がわかりやすいように思う。
* データベースのまとめ方の方針が不明確。例えば、生物のグループに従った分類があるが、生物の進化的な関係と対応しないような並びになっている。
* Treeで検索しようとしたときに,個々のノードが何を示しているかが分かりにくいです.例えば,「プログラム」と「解析サービス」の差,「知識 モデル」と「辞典」の差,「対象」が何を意味しているかなどです.葉ノードまで辿らないと,中間ノードの時点でデータベースの一覧が出ないので,ノードの 意味が分からない点は大きな問題に感じられます.
* JavsScriptをOffにしたときに出てくるインタフェースも,場合によっては使いやすいので,こちらのインタフェースも選択できるようにしてもよいのではないでしょうか.
* WindowsXP上のFirefoxでリンクを開くと、リンク先が開かなくて、それを止めることもできなくなってブラウザを閉じなければならな くなることが、よく起こります。googleアラームからのリンクでもそうです。Firefoxは新しいものに更新しています。このアンケートフォームを Firefoxで初めて開いてからは3回Firefoxがフリーズしたので、I.E..8.0.6で開く事にしましたが、データベースカタログの右のフ レームで、Firefox..3.5.3のタグが[詳細]となっていて下にリンク先サイトの説明が表示されるのに、I.E..8.0.6ではタグが[参照 履歴]となっていてリンク先サイトの説明は表示されなくて「データは存在しません。」と書かれています。良く見ると、中央の欄のフレームも違っているし、 カタログの表示数も表示配列も違います。ブラウザ毎に別々に作ってあるのでしょうか?
* 統合TVで扱かったものに関しては当該リンクを付けると、より対象DBのイメージが素早く掴めて良いのでは、と思いました。あとDBへのコメントですが、他人がポストしたものも編集できそう (実際はポストした時点で延々とwaitingになったが) のは少し気になりました。
* 各ページへの permlink がないとブログやマイクロブログなどで引用できません。引用できないサービスはPageRankが上がらないので検索されにくく、存在しないのと同じだと思います。リソースが重要なだけに残念です。

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生命科学系学協会カタログ へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 学協会に優劣はつけがたいし、この作業自体、DBセンターがするべき内容ではないと思う。文科省とか、総合科学技術会議とか、そういうところがするのでは。 (背景) データベースの統合は、生命科学研究の推進、あるいは、生命科学研究の質の向上や効率化を目的として行っています。生命科学研究の推進につながる広い意味でのデータベースの利用には、関連する周辺の情報(例. 文献の情報など)を整理して、提供することが望ましいと考えています。学協会の情報もそのような周辺情報の1つとして、カタログ形式で提供しています。 * 上述のように学協会カタログは国内の生命科学情報を統合データベースとしてまとめるためのバックボーンデータの一つと考えており、JSTやUMIN等で構築されているデータを最大限活用し、生命科学に特化させることによって利便性をあげたいと考えています。学協会で公開されている論文誌や学会要旨などの検索をJSTやNIIで開発中のAPIなどを利用して横断的に検索できるようにするとともに、それぞれの学協会が運営されているデータベースやリソースに関する情報についても提供する予定です。また学会研究会情報などの各学協会のアクティビティに関する情報もプログラムによる収集になりますが、あわせて収集表示したいと思います。カタログに記載のデータについて、収集分類方法や参考資料についてその根拠となる情報を準備いたします。
* Web画面が直接表示されるとスクロールしなければならず、学会一覧であれば、テキストで表示されて、クリックしたら右欄にWeb画面が出て来る 方がよいと思いました。一方、データベースの方は、完成度を直感的に知る上でも、Web画面が最初から出て来るのは有効です。
* 広く学協会の全体像を一覧できることのメリットがあると思います。
* 総会のカレンダー表示があれば良いかと思います。
* ユニークなサービスで役に立ちそうですが、本来は統合データベースプロジェクトが担当する内容ではないと考えます。
* できる範囲で良いと思いますが、学会の日程を示したカレンダーとのリンクなどもあると、自分が興味のあるキーワードで検索して、スケジュールに合う学会に参加、といったこともできて良いかと思います。
* 学会サイトのポータルは今まであまりなかったと思うので、有用だと思います。
* トップ画面での表示で有用性がわかりにくかった(表示される学会が「新着情報」だったので一見マイナーなサイトかと思ってしまいました)ので、アクセスの多い学会にするなど、工夫されたらいかがでしょうか。
* 新しい学会、廃止された学会、新しく追加された学会等についての情報(what's new的なもの)があれば、見に来て興味深いものになると思います。
* 各学会の最新動向など、もっと情報があると良いと思います。アップデートが大変とは思いますが…
* 2種類のカタログに関しどのように情報収集しているのかの記載とか、未記載に関する情報受付窓口みたいなのはないのですか。
* 学会略称で検索できない場合がありました(例:JFOS)
* 各ページへの permlink がないとブログやマイクロブログなどで引用できません。引用できないサービスはPageRankが上がらないので検索されにくく、存在しないのと同じだと思います。リソースが重要なだけに残念です。

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ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* もう少し内容をわかりやすく表示し、GOLDのように論文化して欲しい。 * 内容については、随時追加、更新しています。論文化は現在のところ予定しておりませんでしたが、前向きに検討いたします。
* 一覧の順番がよくわかりません。開始年や実施省庁などの項目でソーティングすることはできないのでしょうか。 * ソートは各項目で可能です。最初に表示される一覧は、開始年でソートされるように表示します。
* ゲノム特定領域の幅の広さに驚かされました。全体像の把握には大いに役立ちました。具体的に研究業務にどう生かすかについてはまだ判断できておりません。 * ぜひ、ご活用ください。
* 統合データベースプロジェクトが担当する内容ではないと考えます。 * 本プロジェクトはその名が示す通り、散在したデータベースの統合(おもに我が国で開発されたデータベースを対象として)を行うこと、具体的にはポータルサイト構築、複数のデータベースのシームレスな検索サービス実現、複数のデータベースからの知識発見支援、が主な目的ですが、これを実現するには、我が国にはそもそも統合化すべきデータベースとしてどういうものがあるのか、また、いまだデータベース化や公開はされていないが、産業界、学界から必要とされるデータ(国家プロジェクトで産出、生命科学データベースカタログの背景説明を参照)としてどういうものがあるのかを知る必要があります。主要プロジェクトカタログ(およびデータベースカタログ)はこのためのものです。せっかく収集整理したこれらの情報を統合データベースプロジェクト内にとどめておくのはもったいないので、一般にも広く公開しております。
* 研究代表者名、予算額なども表に出して頂けるとより有用になるのではないでしょうか。 * 一覧表に表示する項目の見直しついて検討いたします。
* イネゲノム解析プロジェクトの行が長くて全体を見通しづらい。現在進行中のプロジェクトがあまりないように思うのですが? * 表の見やすさの改善を検討します。随時、内容の追加更新を行っています。
* プロジェクト間で記述に濃淡がある点と、画面表示で行の多い場合少し見にくい(例:イネゲノム解析プロジェクトなど)ように思いました。今後の更なる改善に期待します。
* プロジェクトの概要を把握できるサイトはあまりないので、有用と思います。 * ありがとうございます。
* 開始年、終了年が分かるのはとても便利です。
* 下記に挙げられているとおり、海外プロジェクトのものがあれば、更に興味深くなると思います。また逆に、日本のプロジェクトを英語で発信していた だくことも検討してはいかがでしょう。日本のプロジェクトに対するアクセシビリティをあげる、という意味では日本語のサマリページだけでは不十分かと思います。 * 現在まで、大量のデータ産出が伴う国内のプロジェクトやデータベースあるいはバイオインフォマティクス関連の国内のプロジェクトを中心に情報を収集してきました。今後は、その他の国内のプロジェクト情報も収集し、網羅するように進めていきます。余裕があれば、順次、海外のプロジェクトについても調査や情報収集を広げていきます。

* 下記のURLで英語版を公開しております。
http://togodb.dbcls.jp/lsdb_project_en
* 4省すべてのプロジェクトの成果を閲覧できることは有用と考えます。各省、各プロジェクトの関係性が鳥瞰することが可能でした。本分野に該当する プロジェクト及び研究の量は海外のものも非常に多く、今後の展開としてGlobalなプロジェクトをカバーされていくとさらに有用と考えます。
* 海外プロジェクトの日本語説明を追加すれば,より有用度が増す気がします.
* 海外のプロジェクトの方が多いと思うので、出来れば海外のものも追加していって欲しい。
* 日本のプロジェクトしか紹介しないのなら、あまり訳にたたないのでは。
* 他の方のコメントにもあるとおり、この一覧は海外のプロジェクトとのリンクがあるととても良くなると思います。余談ですが、ゲノムネットワークプロジェクトのHPが進んでいるので驚きました。

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DBCLSメタ用語集 へのコメント

(背景) メタ用語辞書に関して、目的や利用法などの説明が不足していたにもかかわらず貴重なご意見を多数ありがとうございました。メタ用語辞書は、従来紙媒体でしか流通していなかった学術用語や学名和名を、著作権の問題をクリアしながら、電子化版としてオープンにすることで、単に辞書として閲覧するためだけでなく、検索キーワードの展開や、論文の自動翻訳など、様々なアプリケーションへの取り込みを通じた2次的な利用を期待しています。また、流通する用語の統一にも役立つと考えます。現在公開しているメタ用語集はそういう理由から、サイト訪問者がすぐに利用できるスタイルにはなっておりませんが、皆さまのご意見をもとに、簡易的なものではありますが検索閲覧機能を設けるなどし、普及に努めたいと思います。

コメント担当者の回答内容
* スペルミスや誤用を発見するメカニズムがないと、単に情報を集めただけに終わってしまう。 * 原典のテキストを字面通り収集することを第一歩としています。スペルミスや誤用は、集めた情報が多くなればなるほど、正しいものの濃度が高くなり自動的に排除される仕組みです。
* 生命科学文献を対象とするテキストマイニングの研究者に役に立ちそうだと思いました。 * ありがとうございます。
* 重要な取り組みだと思いますが、中には更新されていない辞書もあるようです。更新が定期的に行われることを望みます。 * まずは複数の情報源や年度を重ねて集めており、ここでは正誤の判断はあえてしておりません。更新については今度検討してまいります。
* 多くの方に、成果として理解できることも大切かと思います。”使われている”だけでは、門外漢は理解不能です。 * メタ情報の分類等を実施すると共に、説明資料の充実にも努めたいと思います。参考までに、辞書構築の目的と過程をまとめたサイト(http://lifesciencedb.jp/bdls/)を作成しましたのでご覧ください。
* 具体的な活用方法を示さないと、多くの人にメリットを理解してもらうことは難しいかもしれません。
* この用語集は大変重要に思いますが、素人には誰がどうやって利用すれば用語の整理・統合が進むのか、自分にも参加できるのかどうかがなどがわからないので、易しい解説を加えて頂けると助かります。
* 使い方が分かりにくいので、ヘルプなどがあると良いと思いました。
* 興味深い試みだと思います。ぜひ継続していただきたいと思います。が、ファイルの中身を少し拝見しましたが、フォーマットや各IDの意味がよくわ かりません。ヘッダには「名称やIDの意味については冊子体やオンライン学術用語集等をご参照ください」とありますが、IDの意味については、少なくとも オンライン学術用語集(の見つかりやすいところ)に記載は無いようです。「著作物でなく観察データ」との意図は理解できますが、データの中身についてはき ちんと記載していただけた方が、再利用しやすくなると思います。
* 目的はとても良いと思いますし、誰しも何らかの形で必要になる内容だと思うのですが、いま一つ使い勝手が良くない気がします。
* ライフサイエンス辞書に比べて、使い勝手が悪いのでは。目的が違うのかもしれませんが
* メタ用語・メタデータを便利に使った事が無いので、ピンと来ていません。
* 大変有用と思います。(特に「施設名辞書」はユニークですね)が、他の方もコメントされているように検索機能とデータ定義の発展を希望します。 * メタ情報の分類等を実施致します。データを用意することに重点を置いているため、検索などのインターフェースは用意されていませんが、 UNIX の端末でgrep等を行ない易いテキスト形式のデータとなっています。検索などのンターフェースは、検討を行なうことに致します。
* 内容が有用なことはわかるのですが、ブラウズしたり検索できるようなインタフェースがないと、具体的にどのように活用できるかがわかりにくいです。 * データを用意することに重点を置いているため、検索などのインターフェースは用意されていませんが、 UNIX の端末で grep 等を行ない易いテキスト形式のデータとなっています。検索などのンターフェースについては、検討を行なうことに致します。
* 利便性をはかるためには、検索インターフェースは必須かと思います。また、本データをEPWING互換もしくはmacos X付随の辞書データ等としてまとめていただけると、利便性が増すと思います。
* 遺伝子名シソーラス検索ツールと同様な検索ツールが独立してあったほうが分かり易いと思います。
* すぐに見れる概要版がおいてあるのが親切だと思いました。 * ありがとうございます。

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生物アイコン へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 統合データベースプロジェクトが担当するべき内容なのかどうか、疑問です。 * 生物アイコンの狙いは、研究者が論文やDBなどを作成するときに、研究情報をより分かりやすく表現するためのイラスト素材として利用して頂くことです。特定モデル生物だけでなく、多種多様な生物種のデータと日常的に関わり合わざるをえない現代では、イラストによる生物種の直感的な理解が情報共有に欠かせないと考えております。ですから、対象とする種も、生命科学分野で研究材料として扱われている生物を優先しており、地球上のあらゆる生物を収録する電子標本等を目指しているわけではありません。今後は「モデル生物」「ゲノム解読済」などのカテゴリを設けてその他のアイコンとの区別をするような、コンセプトの伝わりやすいインターフェースの工夫を心がけたいと思っております。
* 個人的には面白いと思うのですが、統合データベースプロジェクトが担うべきかについては疑問を感じます。
* 200種類はあまりに少ない。やるなら1万種とか頑張るべきだし、中途半端にやるべきではない。
* 収集のされ方が中途半端な気がします(分類の細かさに差がある)。また、ただのアイコンための画像よりは、高画質の電子標本のようなものを目指しては?
* 細胞性粘菌が菌類に分類されてたりしますが大丈夫でしょうか? * ご指摘をどうもありがとうございました。校正作業が遅れてご迷惑をおかけしたことをお詫びします。現在は修正を完了いたしました。コメント欄やメールによる専門家の方のフィードバックを踏まえた編集を心がけたいと思っておりますので、今後ともご協力を頂けますと幸いです。
* フリーで使えるのはとても便利だと思います。これらの生物種を対象として扱っている研究室が直感的に分かるよう、ホームページに貼り、相互リンクなどすると、面白いと思いました。 * ご提案をありがとうございます。生物種ごとの研究情報へのリンクについては、こちらでも課題として捉えておりまして、現在、ライフサイエンス統合データベースセンターで公開している研究資料の執筆研究者を対象に検討中です。ご意見を励みに、取り組んで参りたいと思います。
* 生物種を直感的なイメージでとらえられるので、面白い試みだと思います。 * ありがとうございます。種を直感的に把握するためのイラスト素材、という生物アイコンの趣旨をご理解頂けたことを大変嬉しく思います。
* 生物の写真が出ているのが良いと思いました。個人的には、死滅した恐竜まで含まれているのが面白いと思いました。
* 「一つの生物種について複数のアイコン」というコメントに賛同します。また、写真版のものがあるとさらに良いと思います。複数のアイコンを選択してダウンロードできると便利だと思いました。 * 現在のところは、その種を識別する上で、研究者が有効と考える典型的な特徴を表すポーズに限定し、種の数を増やすことを優先課題としています。発生段階別などの種の中でのイラストのバリエーションについては、そのような素材を必要とするDBやHPコンテンツが今後増えていくか、様子を見ながら検討したいと考えています。
* 背景の有無、サイズの大小も選択できるのが非常に便利ですね。大きいサイズの全体図があれば一部を切り取って使うこともできてよいなと思いました。
* 素人にも難しい名称や用語が氾濫するライフサイエンスをわかってもらおうとするならば、このアイコンのような活動を是非広めて頂きたいと思います。他の方も記載されておられますが、生物種だけでなくパーツだとか、装置だとかライフサイエンスに関連する他の用語などにも拡大されることを期待します。
* 一つの生物種について、複数のアイコンを提供していただけると、選択肢の幅が広がっていいと思います。あと、モデル生物の組織、細胞株などもあれば、更に利便性が広がります。
* アイコンとしてだけでなく他の用途にも使いたい事があると思うので、もう少し大きいサイズを提供して頂けると嬉しいです。また、動植物全てにおいて言えると思うのですが、各パーツ毎(植物なら葉/花/茎/根.動物なら頭部/手/足など)のアイコンがあるとなお良いのではないでしょうか。
* 非常にいいと思います.現在ほぼ成体のものだけだと思いますが,可能な範囲で幼生のものもあればいいと思います.
* アイコンへのURLが示されているのが良いと思いました。ただ分類の階層などに permalink があればなお良いと思います。 * ご提案ありがとうございます。同じ分類に属すアイコンリストをユーザー間で共有できると大変便利だと思いますので、今後検討をしていきたいと思います。

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アナトモグラフィー/BodyParts3D へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 世界の類似の取り組みへのリンクがあるとより便利だと思いました。 * ご意見ありがとうございます。ご指摘の解剖周辺動向の解説はどこかにご用意します。
* 座標情報を含む3次元モデルとして公開される予定はあるでしょうか? * 分かりにくくて申し訳ございません。既に一部公開しております。「生命科学 系データベースアーカイブ」に登録されておりますので、そこから ダウンロードできます。ダウンロードページへはアナトモグラフィー/BodyParts3D画面上部の「ダウンロード」タブからもたどれます。
* 医学部の解剖の実習にも利用可能なレベルになりそうですか? * 将来的には、医学、コメディカル教育向けに利用可能なレベルまで考えています。現在、解剖学教科書(主に「グレイ解剖学」(Gray's Anatomy for Students))に記述されている人体構造に関する様々な指標をチェックして作成しております。形状データだけなく、その質を判断していただける解剖学指標もメタデータとして公開していきたいと考えております。
* アイコンやアナトモグラフィーのような試みは多少専門家から見ると不十分な点があっても、ライフサイエンスの知識を得ようとする様々な人たちをガイドする統合DBの重要なツールになり得ますので、是非お進め頂きたいと思います。 * コメントありがとうございます。
* FMAのontology temを付与されているようですが、そのこと自身に関する情報が明示的でないのが残念でした。FMA, OBO foundry, AmiGO等へのリンクがあればよかったと思います。さらに FMEとの共同開発等は検討されるのでしょうか? * ご指摘ありがとうございます。うかつでした。「世界の類似の取り組みへのリンク」とともにFMA等の情報も整理していきます。FMEとの共同開発は現在のところございません。FMAの責任者のMejiro博士とアナトモグラフィー/BodyParts3Dプロジェクトリーダである大久保教授とは学会等で交流がありますので、情報交換は行っております。
* 脳単や骨単のような情報もつけてもらえると、より有用になるのではと思いました。 * 解剖学教科書としての機能を充実するという意味であると解釈いたしますと、3次元モデル作成時に解剖学指標を教科書から参照していますので、形状データとともに公開できればと考えています。それを用いれば解剖学教科書としての利用も可能になるのではないかと考えています。
* parmalink がどこにあるのかわかりませんでした。リソースとしてはほかになく有用だと思います。 * アナトモグラフィー作成画面の左側ペイン内の「SAVE」タブからpermalinkとして保存できます。分かりずらくて申し訳ございません。改良していきたいと思います

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WINGpro へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 無いよりましかもしれないが、はっきり言って使えない。  
* 生命科学系データベースカタログとの統合の検討が必要と思います。(統合できない理由が明確でなければ国家予算の無駄使いとも受け止められないと思います。) * 半年間のパイロットプロジェクト段階(平成18年度)に提供を開始し、その後データベースカタログが作成されるという経緯がございます。国内に新たに提供されるデータベースについてデータベース提供者から投稿いただける機能を活かしたデータベースカタログとの統一が望ましいと考えています。
* このようにたくさん登録されている場合、知りたい内容に合わせてフィルタリングする機能を、より強化すると使いやすくなると思いました。 * MediaWikiに用意されている機能を利用することで経費をほとんどかけずに実現できるか検討します。
* 同じく、独立して存在する意義がなければ、データベースカタログと統合しては。 * カタログをROIS(情報・システム研究機構)で作成しておられますので、本サイトの活用方法があるか検討していただきたいと思います。
* 同様の意見になりますが、データベースカタログと統合しても良いかと思われます。
* 生命科学系データベースカタログと融合すべき。
* ホームページのメニューでデータベースカタログと分かれており、一見すると関係がないように見えるのが残念。
* 既に内容が古くなりつつあるものが出てきていると思いますが、最新の情報をどのようにしてあつめるのか(ユーザに任せるのであれば、どのようなインセンティブを提供するのか)についての方向がつかめないのが残念です。 * 一般的にカタログのような情報を更新することは経費がかかります。国内の情報はデータベース提供者そして利用者からの情報で更新したいところです。統合データベースプロジェクト全体に言えることと思いますが、インセンティブを持っていただけるような方策が重要と思います。
* 生命科学系データベースカタログとの違いは? 統合してもよいのでは? * ユーザーが新規データベースの情報を即時に提供できる機能があることです。データベース内容を多く提供できる機能があります。

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MDeR へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 集めたデータの構造を再分類しているにすぎず、労力をかけずしてデータだけを水増しした典型例。もっと人手をかけて使いやすい、わかりやすい内容を目指さないと駄目。 * 電子データを共有するための道具、データに付与するメタデータ要素の共有をするための道具として開発しました。標準も多く存在しますので、注釈等を付けると活用の場も広がると思います。
* 多くの方に、成果として理解できることも大切かと思います。
* 結果をどう見るのか、メリットがどこにあるのかよくわからなかった。
* 使いたい人しか使わないのだと思いますが、どんな使われ方を想定しているか、実際どのように使われているか、できれば使っている論文一覧などへリンクしていると親切だと思います。 * データやデータベースのメタデータを作成する際、既存の共通のメタデータエレメントあるいは標準エレメントを使うため、既存あるいは国際標準のエレメントを収集し提供しています。米国では政府で収集するデータに適用していました。
* 活用方法やそのメリットについて、利用者に向けた平易な説明が必要かもしれません。 * データベースの標準化という際にメタデータエレメントの共有化のための道具として、機会があれば分かりやすく、利用しやすい道具として発展させたいと思います。
* このメタデータ要素を利用して、メタデータを構築するツールや検証するツールなどがあるとよいと思います。 * 考えてみます。
* Dublin CoreとFuGe等、対象もレベルも異なるもののメタデータ要素を集める、ということに関する利点がよく理解できません。 * FuGeの中にネット上のResource DiscoveryのためのメタデータエレメントセットであるDublin Coreの要素が組み込まれています。このように標準は既存標準を組込ながら構築されます。新しいタイプのデータのメタデータエレメントの構成を検討する際に役立てられるよう、対象など異なるように意識して収集しました。
* 各ページへの permalink がないとブログやマイクロブログなどで引用できません。引用できないサービスはPageRankが上がらないので検索されにくく、存在しないのと同じだと思います。リソースが重要なだけに残念です。 * 考えてみます。

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3. データベースやツールの使い方と教材の提供 (ステップ2)

 

統合TV へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 内容を良いものにしていけば使えると思うが、何よりもまず、統合TVというふざけた名称と、これまた人を馬鹿にしたようなアイコンは即刻やめるべき。 * ご意見ありがとうございます。我々としましては非常に真剣に取り組んでおります。もし、適切と思われる名称等がありましたら、mail1.pngまでご助言いただければ幸いです。偶然ではありますが、東京大学でも東大TV http://todai.tv/ という名称の動画配信サイトを運営されておりますので、あながちふさわしくない名前ではないと考えております。
* 海外を含めてツールやデータベースを作った知り合いの人に出演依頼をしていくと、面白くなると思います。 * 統合データベース講演会等でツール、データベースを作成した人に出演を依頼して統合TVのコンテンツとしていくことは是非今後進めていきたいと考えております。
* 初心者向けには有用かもしれませんが、あまり重点を置くべきものではないように感じます。 * 初心者向けのコンテンツがある程度揃ってきたので、今後は中上級者向けのコンテンツを用意していく予定です。
* 統合データベースプロジェクトの「もともとの使命」は、存じませんが、初心者への教育や未知の領域の概要把握には役に立ちます。(SOSUIとTMHMMを使って膜タンパク質の膜貫通領域を予測するを拝見しました。) * 初心者向けの教育、自分が不馴れな分野への概要把握を目指して作成しております。
* 初心者への教育に、非常に役立っています。 * ありがとうございます。
* 統合データベースプロジェクトは海外のデータベースを紹介することがその使命だったのですか?方向性を誤っていると思います。 * 国内のデータベース、ツールも統合TVでは紹介させていただいております。それだけではカバーしきれない、普段からよく使われているものに関しては海外のものも紹介させていただいております。
* 現時点でもツールの入門・トークの視聴が出来、有用だと思います。また「鎌状赤血球症を引き起こす変異ヒトヘモグロビンをJmolで確認する」などはそれぞれの分野では入門レベルですが、うまく毛色の違うツールをくっつけていて良かった と思います。 * 複数のデータベース、ツールの「合わせ技」は有用で、今後主に紹介していきたいと考えております。
* 統合TV音声無しツールは解像度を改善していただければ、よりわかりやすい教材となると考えます。 * 制作開始当初は解像度が低かったのですが、最近ではそれなりに高い解像度で提供させていただいております。
* 過去に見た番組をもう一度見たいときに、キーワードが思い出せず番組にたどり着けないことがたまにあります。番組の説明文を検索できるだけでも十分便利なのですが、欲を言えば番組中のテロップも全文検索できるとさらに良いと思います。また暇つぶしに見る番組を適当にsuggestしてくれると、調べごとがなくても実験の合間などに視聴する機会が増えると思います(笑 * 「番組中のテロップ」の全文検索も検索出来るよう、解説文に加えるようにしております。また、suggestする機能に関しても開発しており、順次公開していきますので、ご期待下さい。
* 入門編としては良いと思います。ただ、「使い倒す」レベルかと云われると疑問が湧きます。 * 「使い倒す」レベルといっていただけるよう、今後は中上級者向けのコンテンツを用意していく予定です。
* 字が小さく、画像が荒いためわかりにくい。 * 制作開始当初は解像度が低かったのですが、最近ではそれなりに高い解像度で提供させていただいております。全画面表示もできるようにボタンもありますので、拡大してご覧ください。
* 音声ガイドもあった方がよい。 * 音声を入れることは自動読み上げ機能を利用する方向で現在検討中です。
* やるのだったら、Ensembleや Galaxyのインストラクションのレベルのものを作成してほしい。 * EnsemblとGalaxyのインストラクションも作成しておりますが数が少ないのが現状です。それを増やしていきたいと考えております。

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Webリソースポータルサイト へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 画面をもっと見やすくする工夫はできると思う。複数の項目に当てはまるサイトなどはどう分類するのだろう。 * 半年間のパイロットプロジェクト段階(平成18年度)に提供を開始し、ゲノム解析を中心に試験的に作成してみました。下記のコメントを今後に生かせる機会がありましたら挑戦したいと思います。
* タンパク質構造解析の分野はほとんど収集できていないようですね。
* 解析ツールは進歩が早いので、情報の更新を定期的に行っていただきたい。
* 色々なリソースが活用できるのは有用であるが、目的のリソースを探すのに手間取るので、検索手法など、もう少し工夫して欲しい。
* リソース詳細表示で提供サイトや参考文献など記述のないものが目に付きます。
* エキスパートによる定期的なメンテナンスが必要なリソースだと思いますが、現時点では、網羅性等に欠けるようです。Wiki等による運用も検討の 余地があるのではないでしょうか。また、Webサービスを使う際にはデータベースも必要になるのですし、WingPro等ともまとめて、一つのWikiと して集約し、ユーザによる更新に対するインセンティブを与える等を検討してみてもいいのではないでしょうか。
* UIですが、そのツールの簡単な説明はわざわざクリックせずとも表示した状態がデフォルトの方が良いように思いました。入れ子が深く、全体的にUIがこなれていないと感じました。またupdateがいつだったのかを表示してほしいとも思いました。
* ダウンロードのCSV形式で入手できるファイルの形式がカンマ区切り形式ではなくタブ区切り形式だったのが気になりました。
* 探しにくいです。複数語検索は出来無いのでしょうか?1単語で検索をかけると結果表示されるのですが、2単語入れると返ってきません。
* 登録されていてしかるべきものが登録されていなかったり、登録される場所に間違いがあるものがある。例えば、「構造を比較する」にあるConSurfは、構造比較のツールではないし、開発者らによって新しい別のプログラムが報告されている。

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「バイオデーターベースサーバー構築演習」の取り組み へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 重要な取り組みだと思いますが、習得者数なども示して頂かないと評価できません。 * (回答1)評価アンケートサイトの「参考資料」にある「H20成果目標&進捗状況」をご覧ください。表示されるPDFファイル「統合データベースプロジェクト成果目標と進捗状況(平成20年度)最終版」の2ページ目の3行目に受講者の所属と進捗状況の記述があります。受講者はライフサイエンス統合データベースセンターの研究者2名、自治医科大の大学院生1名、東大情報生命科学専攻の大学院生8名です。習得者数は、受講者8名がデータベース構築に必要な基礎技術の習得、6名がウェブアプリケーションプログラミングの基礎を習得、2名がEnsemblウェブサイトの基本部分のミラーサイト構築まで修了しました。
* これからやりたい人にはとても役に立つものだと思います。  
* 私も、取り組み自体の重要性を理解しつつも、初学者がこれで演習できるかどうかというと全く不可能であると思いました。 * (回答2)大学で情報処理の授業を受けていれば問題なく演習できます。
* こういった取り組みは必要と思います。が、内容を見る限り、演習を行うよりは、手順(配布テキスト)をHPにまとめるほうがよさそうに思われます。 * (回答3)手順(配布テキスト)についてはウェブにまとめてあります。受講者のレベル・進捗に合わせてアドバイスしながら演習を進められるのが演習形式の利点であり、テキスト配布だけでは不十分であると考えています。演習では作業手順に従って進めてもエラーが出る場合があり(OSのバージョンが異なる、アクセス権の設定が異なる等の理由)、問題が起きた時にどう対処すればよいかを学んでもらうことも重要です。ウェブ上の情報や書籍などで勉強し足りない情報を補い、受講者が自力で問題を解決することができれば理想的ですが、それが難しい場合には講師がアドバイスする必要があります。
* 「高性能サーバー」を使う意味がわからないという意見が↓にありますが、その点は激しく同意です。せっかくなら「安価に作るバイオ解析サーバ」くらいにして、 典型的なBlast検索やアラインメントに要する時間がCPUの種類やクロックによってどのくらい異なるか、メモリはどのくらいあればいいのか、システム 構築に要する時間は熟練者でどの程度なのか(初心者は大ボケで予想外の時間がかかる場合が多々あるので最少時間のほうが参考になる)、DBダウンロードに 必要な時間はどのくらいの速度の接続で何時間くらいなのか(理論値でなく実測値)、などのガイドラインを示すと、とても役に立つと思います。 * (回答4)今後の演習では参考にしたいと思います。ただ、独自のデータベース構築ができるよう基礎技術を習得することが演習目的なので、Blast検索の時間測定などは趣旨が異なるかもしれません。高性能サーバーを使う理由は、初歩的な技術を学んだ後にEnsemblデータベースのミラーサイトを構築するためです。
* 初歩的な技術の演習を「高性能サーバー」を使って実施する意味が理解できない。無駄です。いったい誰を対象に演習をしたのでしょうか。何人が技術を習得できたのでしょうか。 * 回答1、4を参照してください。

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「データベース高度利用者養成」の取り組み へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 「利用者養成」などと、ユーザーを増やしてどうするのか。堂々と、データベース構築者養成をすべきではないか。 * データベースを継続して運用するには、構築する人だけでなく、データベースの情報を知識発見へと繋げられるようにメンテナンスする人が必要です。構築者の様にハードウエアや基本ソフトに詳しくなくとも、ソフトウエアを組んで大きなデータを扱う人材が必要と存じます。
* DBを作れる人、まとめられる人がこれだけ足りない現在、初心者向けのチュートリアルなどをおこなっている暇は無いはずである。 * 貴重なご意見ありがとうございます。短期間に人材を育成するには、その人が持つ背景を活かし、足りない部分を補完するのが大切と考えます。初心者向けのチュートリアルは、足りない部分を補完するものであり、人材育成を効率よく行うために行っております。
* 幅広い層の専門人材が必要という考え方には賛同します。 * ありがとうございます。
* 同じような意見ですが、目的と内容が一致していないような印象を受けます。 * 前述の通りの考えにより、本事業を実施いたしております。
* 「統合TVおよび自習用教材の開発・作成」に活用されることが目標ならは、ちょっと「高度利用者」がもったいないですねえ・・・目指すべきは(表現は適切でないかもしれませんが)「広義のアノテータ」養成ではありませんか?個別分野の専門知識を持ち、「ツールを活用しつつ」データへ知識の肉づけをしたり、そこから新たな発見をする能力をもった人材こそが求められているのであって、「ツールの使い方」インストラクターの養成が目的ではないと信じます。 * おっしゃるとおり、広義のアノテータ育成を目指しております。統合TVで活躍している人材は、目標ではなく過程であり、このように統合DBに関わる事で、新たな知識を発見できる人材へと発展していくと考えております。
* お茶大の中で普通にバイオインフォの講義をしているだけであり、統合データベースプロジェクトと関係がないように思える。お茶大関係者しか参加していないのではないか。 * 昨年度は学外への宣伝が効果を得ず、結果的に学内の受講生ばかりとなりましがた。本年度は宣伝方法を変更した結果、学外の社会人からも受講生を得ております。
* 「高度利用者」が指しているものが何なのかが分かりにくいです.Web経由でない方法(ダウンロードしたデータから?ネットワークアプリケーショ ンとして?)でデータベースを利用する人のことでしょうか? (統合)データベースの開発・運用をする人のことでしょうか? もしくは,データベースからデータを取り出して何らかの解析をする人のことでしょうか? * 上記に示した通り、広義のアノテータ、データを整理し知識発見への土台を作る人の事を指しております。お示しの言葉ですと、データベースの運用および解析を指しております。
* 講義はそれなりに行われているようですが,いつ行われているのかといった情報をキャッチしにくいです。 * 申し訳ありません。宣伝方法の改善をいたします。
* 統合TVとまとめてしまっては? * 広くツールの使い方を紹介する統合TVとは目的が異なり、プログラムを組んで必要なデータを再構成する人材育成を行っております。このためには、動画ではなく実際に人と人とが会うハンズオンの教育、及び、紙として印刷できる資料が必要と考えております。

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「アノテータ・キュレータの教育」における取り組み へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 非常に重要な取り組みだと思うが、成果が外に明らかになっていない。具体的にどのような人材が、どのように活躍しているのだろう。シニア=池村先生のことなのか? * 京都大学(2名)、弘前大学(1名)、自治医科大(1名)を退職した、計4名の実験系の研究者に、tRNA遺伝子DBの精査をお願いしています。具体的には、これらシニア世代研究者と学部生や若手研究者との共同作業で、世界で最大規模・最高品質と考えられるtRNA遺伝子DBを作成し、公開しています。シニア世代から若手への知識継承の場にもなっています。Nucl Acid ResのDB特集号や、遺伝学会、分子生物学会、生化学会で発表をしております。池村はこれらの活動の統括的な役割をしています。
* 幅広い層の組み合わせで新しい知識を発見する取り組みは面白いと思います。シニア研究者には、今後増えるであろう退職した研究者なども含まれると面白くなると思います。 * 現在はtRNA遺伝子を中心に、DBの精査やDB機能向上の活動を、退職したシニア世代の研究者にお願いをしていますが、ライフサイエンスの他の分野へも少しずつ活動を広めようと計画しています。
* このような取り組みは重要だとは思いますが、単発の取り組みではなく、継続・発展させていけるような仕掛けがあるとよいと思います。 * 色々な大学等を退職したシニア世代が、学部生を含む若手人材との共同作業として、高品質なDBを作成する試みは、知識継承の場ともなっており、シニア世代が積極的・意欲的に取り組んでいます。着実に成果を挙げているので、このような具体的な取り組みをプロトタイプとして、より継続的に発展させるための方針を考える時期に来ていると感じています。統合DBセンタ-の事業の全体像における意味付けもあり得るように思えます。
* 高度な専門性に裏付けられた知識と経験のあるシニアが活躍し、研究・教育活動へ貢献することはとても重要です。応援しています。こういった取り組 みのできるシニアがどの程度いるかは不安がありますが、少しずつ裾野を広げていければよいのだと思います。高度な専門知識あるシニアは体系だてた物事の考え方を身につけているはずで、内容は最先端でない場合もあるかもしれませんが、考え方を学ぶという観点から、協同作業としての研究機会をもてる学生は幸せ と思います。 * 退職後のシニア世代研究者が若手人材と共同して高品質のDBを作成することは、シニア世代にとっても自分が携わって来た分野の最新の知識に触れることになり、高品質DBの公開等を通じて、その分野における存在感をある程度は明示・維持できることになります。この様な活動に意欲を持つシニア世代が、我が国にはかなりの数おられると思えるので、オーガナイザー的な人材がいれば、他大学でも実践可能に思えます。DBの精査のような地味に見える作業は、現役世代の研究者よりもシニア世代に適しているように思えます。この点も、統合DBセンタ-事業の全体的視点における意味付けもあり得るように思います。
* 取り組み1はシニア研究者の人材活用法として画期的な取り組みであり、興味深い。今後のモデルケースとなりうる。 * 今後のモデルケースとなるために、tRNA遺伝子DB以外に、もう一つの別分野の高品質DBの作成と公開に挑戦する計画です。
* tRNAデータベースのキュレーションモデルがどのように確立されたのか、上記リンク先からだけでは不明でした。また「学部教育としてのデータ ベース構築」についてもその目的と意義がよくわかりません。テキストが成果なのでしょうか?データベースが成果なのでしょうか?データベースだとすると、 学部生のアノテーションについて、どのようにクオリティコントロールするのでしょうか? * ご指摘の通り、DBの説明文やNucl Acid Resの論文では、キュレーションモデルをどのように確立し、どのように運用しているのかが不明です。日本語で書いた紹介論文がありますので、DBの説明文のReferenceの項で、この日本語論文へのリンクをはりました。長浜バイオ大の学部実習でDBを作成し、その実践を基に他大学でも使用可能な実習教材を作成しています。統合DBセンターのWebページからもダウンロード可能です。「持続可能型社会や健康への貢献遺伝子データベース」は、現時点では実習で作成したものが中心であり、クオリティコントロールが不十分です。この学生実習で作成したDBを素材に、tRNA遺伝子DBのシニア世代チームとは別個なシニア世代チームを形成して、特定分野の高品質DBの作成を計画しています。
* 取り組み1のアウトプットは何でしょうか?キュレーションされたデータベースでしょうか? キュレーションモデルでしょうか? 両方とも有用であり,、続ける価値はあると思いますが、これらと「アノテータ・キュレータの『教育』」との関係性についての説明が欲しいところです。 * 世界に通用する高品質DBの作成を実践しながら、キュレーションモデルを構築しようと計画しました。tRNA遺伝子DBは、年間で180万件程度のアクセスのあるDBになりましたので、初期の計画は達成したと考えています。シニア世代と若手人材が共同作業として、高品質DBを作成することの意義は、DB作成における責任感の習得を含めて、単なる知識習得以上の教育効果があると考えています。本年度は、次世代シーケンサーが産出する、超大量なゲノム塩基配列のアノテーションを実習に組み入れてました。我が国のライフサイエンス分野が必要としている人材の養成であり、そこで作成する教材も重要になると考えています。

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4. 目的、用途ごとのデータベース統合化、解析ワークフロー (ステップ3)

 

標準用SNPデータベース へのコメント

コメント担当者の回答内容
* SNPやGWASはどうしてこれらが採択されたかが不明瞭で、なぜDBセンターがサポートするのか、外部に説明する必要はあると思う。しかし、臨床の医者にとって非常に役に立つことは間違いなく、こうした試みは積極的に進めるべきである。下のコメントにもあるように他DBとの連携は必須だと思う。 * 役立つとの評価に感謝いたします。採択理由等については統合DB中核機関と相談の上でWeb上に明記したいと思います。また、他のDBとの連携につきましては、倫理上の問題などを検討した上で、積極的に進める方針です。
* こういったデータがどんどん変化し、各国でも生成されそうなデータは、データベース同士連携するのが理想と思います。そういう仕組みになっているのでしょうか? * 海外とのデータのやり取りに関しましては、同意書の内容を含め倫理上の問題を考慮した上で、連携の話し合いを進めつつあります。
* きわめて有用な情報源です。ぜひ進めてください。 * 有難うございます。
* JSNPへのリンクはないようですが統合化はいつですか? * 統合データベースプロジェクトとしての方針に沿って判断いたします。
* SNPサーチについては、他データベースとの違いがよくわかりませんでした。また、ゲノムブラウザについては、あちこちのリンク切れており、使い物になりませんでした。
(1) http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gbrowse/snpdb/?name=SNP%3ANRS6870660
(2) http://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gbrowse/snpdb/?name=NRS10006421
(3) http://gwas.lifesciencedb.jp/gbrowse_help.html#LD
(4) http://gwas.lifesciencedb.jp/gbrowse_help.html#tag_snps
* 申し訳ございません。ヘルプのリンクが切れていましたので、修正いたしました。
(1) こちらで確認したところ正常に表示されました。リンクではなく、開いているブラウザー上に表示されます(但し、表示項目にチェックが入っていないと表示されません。)
(2) 現在SNPDBに登録している頻度データに該当NRS10006421のデータがないため、データがないとの表示が出ます。(現在公開しているデータはaffy500Kとaffy6.0であり、ともにrs10006421のSNPがありません)
(3)(4) ヘルプを修正し、このリンクは削除いたしました。
* 現時点ではjSNP/dbGAPとの差別化があまり見えないのが気にかかる。 * dbGAPとは異なり、日本およびアジア諸集団のデータにターゲットを絞って蓄積しております。また、データの配布などに関しては、倫理検討委員会による審議が終了し、2009年12月上旬に方針を公開いたしました。JSNPは、理化学研究所関連のデータのみを取り扱っており、本プロジェクトでは、これ以外に国内から産生されるGWASデータの収集に努めています。

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GWAS データベース へのコメント

コメント担当者の回答内容
* GWASは一般的に使われる言葉なので、実際にどの程度このDBが使われ、GWASという言葉でどの程度このDBを指してくれているのかがわからない。評価できないと書くのが正しいが、しかし、重要な活動なのでうまく作り上げて欲しい。 * 有難うございます。DBの充実に努めます。
* Genome-Wide Association Studyの略ですね。現在の状況はともかく、今後には大いに期待します。
* 検索した結果例や活用例が示されていると便利だと思います。 * ご指摘有難うございます。例示をいたします。
* 各SNPへのリンクやAPIを用意すると、実際に使うには便利だと思いました。おそらく手元の結果とGWASデータベースの情報を較べるような使い方で、そのような場合はひとつひとつクリックして見るばかりではないからです。 * ご指摘のAPIにつきましては、来年度の実装を予定しております。

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日本糖鎖科学データベース 横断検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 単なるリンク集ではあるのだが、糖鎖に携わる人が、どのDBの内容が正確でどれが不正確か、そしてどの程度情報があるのか調べたいのも事実。統合DB全体についていえることだが、データの中身の評価にも踏み込まない限り、良い仕事をしているとは決して言われないと思う。 * 今後は、各詳細ページに評価機能を設けるつもりです。評価の積み重ねで信頼できるかどうかを客観的に判断できると思います。統計・集計の機能を充実させる予定です。
* 既にコメントがあるとおり、独立して存在する意義がわかりません。 * 枝別れ構造があるなど、DNAやタンパク質とは全く異なった生体高分子であるので、様々な視点で作製されたそれぞれの糖鎖関連データベースを『糖鎖』に特徴的な方法論で括って使いやすく整理をした上で、ライフサイエンス全体の中に位置づけて統合をしていく計画です。
* 統合データベースプロジェクトの中での位置づけがよくわかりませんでした。
* 「統合ホームページ」トップの横断検索で提供されるべき機能なのではないのでしょうか? 独立して存在する意義がよくわかりません。 * 横断検索用インデックスをLSDBに提供しております。我々の計画の中で横断検索が最終目的ではありません。
* 検索結果をクリックすると同窓表示なので戻ってくるのが大変.フレーム表示して欲しい。 * 別ウインドウや別タブで表示しております。
* 現時点では単なるリンク集のように見える。 * 横断検索自体、複数のDBを一括で検索しているだけなのでそう見えても仕方ありません。

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日本糖鎖科学データベース 構造検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 使い方がわからないし、一度書いた図形の修正等、苦労する。出来が非常に悪い。 * 早急にヘルプを作成する予定でおります。もう暫くお持ちください。
* 使い方が良く分かりませんでした。
* クリックしたが表示されなかった。 * もう一度お試しください。表示されない場合はjcggdbのサイト管理者にお問い合わせください。

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日本糖鎖科学データベース 分子量検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 分子量の検索がどの程度役に立つのかは不明。そもそも、分子量を載せていないデータソースも多い。 * 分子量や組成から構造を推測する研究者が多いが、構造の複雑さを理解するためには「分子量検索」と「単糖組成検索」は重要です。
* クリックしたが表示されなかった。 * もう一度お試しください。表示されない場合はjcggdbのサイト管理者にお問い合わせください。
* JCGGDBは視覚的に楽しいので使ってみたくなるのですが、ちょっとHelpが欲しいです。 * 早急にヘルプを作成する予定でおります。もう暫くお持ちください。

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日本糖鎖科学データベース 単糖組成検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* クリックしたが表示されなかった。 * もう一度お試しください。表示されない場合はjcggdbのサイト管理者にお問い合わせください。

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ゲノムネット医薬品データベース へのコメント

コメント担当者の回答内容
* JAPICが責任を持って添付文書を管理し、検索DBまで作っているというのに、そこから丸ごとダウンロードした内容でクローンを作るとは何事か。JAPICの検索が使いづらいなら、そちらをサポートすべきである。日本国内で競合して何が良いのか全くわからない。JAPICを「サポート」することが統合DBの任務ではないのか。 * 本データベースはJAPICとは正式に契約を取り交わした上で作成しているものであり、競合している訳ではありません。むしろJAPICデータベースの宣伝・普及に役立っていますので、JAPICをサポートしていることにもなると考えています。
* 将来的に、患者の役に立つようになったら面白いと思いました。 * どうもありがとうございます。患者、医師、研究者に、よりいっそう使いやすいものに改良していきたいと思います。
* 国内外情報を製薬会社においては、開発中、上市医薬品についての情報を随時ワッチングしております。比較的高価なDBを使っているところが多いか と思いますが、dataupdateのタイミング頻度は、満足いくものです。当該DBのc/pは、そうしたものとの比較になるかと思います。 * 添付文書情報は JAPIC による更新にしたがっており、毎月最新のデータを取り込んでいます。
* ↓そんなに使われているのですか? 内訳を知りたいですね。 * アクセス元にはプロバイダ系からの一般ユーザー、製薬会社、大学など幅広いドメインが含まれています。大まかな内訳としてはプロバイダ系からの一般ユーザーが全体の半分程度で、日本の一般企業と大学関係がそれぞれ5%ずつ程度です。
* 申請資料、日本・海外における臨床試験情報等の追加を行って頂きたいです。 * LinkDBにおいて、医薬品データベース関係のリンクとして追加できるものであれば、入れていきたいと考えています。
* 平成20年度に1億2000万円が投入されているが、費用対効果の面からみてどうなのであろうか。薬学部や製薬会社でどのくらい利用されたかによって評価すべきであろう。 * ゲノムネット医薬品データベースの開発には本予算の一部を使っています。本プロジェクトでは、それ以外にも、LinkDBを拡張することによる化合物、医薬品データベースの統合化と化合物構造検索などの解析・検索ツールの開発も進めており、そちらにも本予算を利用しています。

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タンパク質アノテーションワークフロー へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 得られた解析結果をまとめて総合的にアノテーションするような機能はあるでしょうか? * 現時点ではございません。どのようなアノテーションが加わると良いでしょうか?機能追加を検討致します。
* オンデマンド検索サービスも必要とは思いますが、計算時間の節約の意味も含め、最類似の既知タンパク質についてのアノテーション結果を示す場合と比べた時の利点がはっきりしません。 * 本ワークフローは、最も類似した既知タンパク質の情報が存在しない(もしくは、そのまま使えない)場合を想定しています。挿入・欠損や置換が多く起こっている領域があると、構造や機能に影響が出る場合がありますので、その情報を予測で示すことを目的にしています。
* 可能であれば、Threadingなど、二次構造予測よりも高次な立体構造予測や機能予測のプログラムも加えると良いと思う。タンパク質比較情報ワークフロー との違いが分かりにくい。なぜ、別のシステムにするのか? * タンパク質比較情報ワークフローは保存部位等の推定を目的としていますので、網羅的な情報を提供するタンパク質アノテーションワークフローとは別物との位置付けとなっております。タンパク質立体構造予測ワークフローは、別途開発して、http://togo.cbrc.jp/web.html から公開しました。
* 時間のかかりそうなのをやらないオプションがあるとうれしいかも。 * 今後のバージョンアップ等で対応を検討致します。
* 構造にかなり偏った形で作成されており、機能の解析についてもっと充実させてほしい。例えば、相互作用の予測などはこのフローでは得られない。
* ワークフロー、というよりはメタサーチもしくはメタサービス、というのが適切なのではないでしょうか?また、Meta-PredictProtein のvariationと考えて良いのでしょうか? * 本ワークフローは、複雑な条件分岐を含んでいませんので、考え方としては、Meta-PredictProteinに近いとは思います。

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タンパク質比較情報ワークフロー へのコメント

コメント担当者の回答内容
* タンパク質アノテーションワークフロー との違いは何か?何故、別のシステムなのか? * タンパク質比較情報ワークフローは保存部位等の推定を目的としていますので、網羅的な情報を提供するタンパク質アノテーションワークフローとは別物との位置付けとなっております。
* フローの途中から入ったり、一部を利用することを可能にしてほしい。また、ユーザインタラクティブな処理もできるようにしてほしい(例えば、全長 のロゴは欲しくないので、指定したところだけでロゴ作成ができるとか、配列アライメントから必要な部分だけで系統樹を作成するなど)。 * 今後のバージョンアップ等で対応を検討致します。

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統合医科学データベース へのコメント

コメント担当者の回答内容
* かなり複雑な仕組みのようですが、「日本語版OBO」+「症例DB」と理解しました。優先的に構築を推進すべきデータベースと思います。 * ご理解いただきありがとうございます。今後もご期待に沿えるよう鋭意努力いたします。
* アクセスにIDを要求する理由は何なのでしょうか? 「申請内容によっては、登録を拒否する」ということですが、どういう場合が該当するのでしょうか?IDの申請には、データの利用目的を記載する場所があり ませんが、名前/所属だけで審査を行うのでしょうか?臨床情報の利用規程が明示されていない状態で、名前/所属だけでの審査を行うのは意味があるのでしょうか? * 現状では早期公開に向けた暫定的な取り組みの一環として、どのような方が利用を希望されているかを把握する目的で利用登録をお願いしております。利用登録に際して虚偽の申請が確認された場合、または登録後に利用規定(案)に著しく逸脱した利用が確認された場合には、ID発行の拒否あるいは取り消しをさせていただいております。ご指摘いただいた登録に際してのデータ利用目的の項目につきましては追加すべきであるか検討させていただきます。今年度中には倫理規程案(草案中)に基づいたデータのアクセスレベルを設け、一部のデータにはフリーにアクセスできる環境の構築を目指しております。
* 医療従事者ではありませんので「責任をもって評価できない」にしましたが、軽く動くし見易いくて便利と思いますが、サンプルの検索ページが正確に作動しているのか、左のツリーと中央の検索欄がどう関連しているのか、良く判りませんでした。 * 左のツリーは統合データベースマップ(疾患オントロジー分類における該当DBの表示)となっており、中央に配置しております検索欄とは連動しておりません。今後は、画面上やヘルプにそれぞれの詳細を明記する等、使用者に分かりやすいよう修正を進めてまいります。

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かずさアノテーション へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 面白い試みと思いますが、評価する段階ではないようです。現状に対する評価でつぶれてしまう可能性があるとすれば、もったいないと思います。 * 将来性を評価いただき、ありがとうございます。ご指摘の通り、評価いただいた現状のかずさアノテーションシステムは、それ単体では、蓄積されているデータの種類や量の見通しが悪くなっております。これは、現在の文献情報抽出アノテーション (Gene Indexing)において、かずさアノテーションをデータの中間的な蓄積場所と位置づけており、別のシステムから、データを抽出、整理、表示利用しております。今後、かずさアノテーションシステム内でのGene Indexingアノテーションの利用性向上のために、全体の統計情報や生物種ごとの文献情報のまとめ表示などを充実させていきたいと考えております。
* 興味深い試みだと思います。が、全体像の見通しがよくないという印象をうけました。対象となる生物種が明示され、かつ、各生物種に対するアノテーションの統計情報等があれば、見通しがよくなるのではないでしょうか。 * ご指摘をありがとうございます。今後、かずさアノテーションシステム内でのGene Indexingアノテーションの利用性向上のために、全体の統計情報や生物種ごとの文献情報のまとめ表示などを作成し、全体像の見通しを向上させたいと考えております。
* 全体的にサイトが重い気がします。 * 申し訳ありません。当初の見積もりよりも蓄積したデータ量が増えたため、ご指摘の通りサイトの動作が緩慢になっております。現在、対策としてシステム内部データベースシステムの動作改善、キャッシュ機能の追加による表示など各種高速化に取り組んでおります。システム高速化の改善成果の一部はすでに本環境に反映しております(平成21年11月現在)。例えば、検索応答では改善前と比較して、数倍から数十倍程度の高速化を実現しております。
* リンク先のトップと思われるページが心なしか重い気がします。それと、細かい指摘ですが「かずさアノテーションはソーシャル・ゲノム・アノテーションツール。」は日本語としてどうかと思います。せめて「です」を入れませんか。 * システム動作の緩慢な部分に関しては、上記対応を行っております。ご指摘ありがとうございました。サイトトップの文言を「かずさアノテーションはゲノム・アノテーションを支援するツールです。」に修正いたしました。
* AutoPagerizeに対応させているのにメニューが画面下にある理由が不明。 * ご指摘ありがとうございます。今後、メニューを含むUIのレイアウトに関して見直し改善していきたいと思います。

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生体分子の熱力学データと構造データの統合 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* ProThermやProNITのエントリとPDBjのエントリのクロスリファレンスが、どれほど難しいことなのか、リンク先サイトからのみでは不明でした。 * 熱力学データベースは、収集した文献を研究者が読んで手作業で情報を抽出しています。構造データとのクロスリファレンスの情報も研究者が作成しています。熱力学データベースには変異蛋白質も多く含まれていますので、対応するすべての構造情報を探す必要があります。また、同一生物種の蛋白質の構造情報がない場合もあるので、配列の類似した蛋白質の構造にもリンクを張るようにしています。

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植物オミックス情報およびタンパク質構造情報 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* データとアノテーションをライフサイエンス統合データベースセンターへ提供した、ということですが、ライフサイエンス統合データベースセンターからは入手できないようです。
* http://dbarchive.lifesciencedb.jp/jp/dblist.html
* http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=1
* プレスリリース後に再配布が可能になる予定です。
* 植物関係のデータベースは動物関係に比べて遅れているので、どんどん増やしていって欲しいです。また、出来ればシロイヌナズナだけでなく他の植物種についても増やしてほしいです。 * 他生物種に関する情報の導入も積極的に進めていきたいと考えています。

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5.データベースやツールの統一的、シームレスな検索、利用の支援 (ステップ4)

 

生命科学データベース横断検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 細かいことですが、以前と比べて画面レイアウトが大変使いやすくなったように思いました。 * 今年度は、ユーザー評価や学会等のアンケートでいただいたご意見に沿ってインタフェースの改良を行う予定です。より直感的に利用できるようなものに近づけて行きたいと思っています。検索対象について、200を超えたことで必要な情報に辿り着きにくくなってはいけないので、絞り込みのカテゴリー分類を行うとともに、文献や分子のデータベースから著者名やIDなどの情報を取得できるようにする予定です。
* 横断検索である以上、網羅的が重要であると考えていました。昨年度から本年度で200以上のデータベースが追加されており、飛躍的に網羅性が高まり研究に役立っています。

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Allie へのコメント

コメント担当者の回答内容
* ALICEの問題だと思いますが、略語の正式名称でないものも拾っています。例えば、PGD2の正式名称はprostaglandin D2ですが、eicosanoids-PGE2 (これは正式名称はprostaglandin E2)やprostaglandin f2-alpha (略称PGF2alufa)などを拾っています。さらなる機能の改善に期待します。 * ALICEの機能改善につきましては課題の優先順位を定めて対応させて頂きたく存じます。ご存知のこととは思いますが、実際のMEDLINEに記述されている略語とその展開系の表記方法は非常に多岐にわたっており、計算機による自動抽出ではその検出性能に限界があることを予めご承知置きください。
* 検索結果の permalink が欲しいです。 * Permalink への対応を検討しております。

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Wired-Marker へのコメント

コメント担当者の回答内容
* ユーザーのブラウザはFirefoxばかりではないので、他ブラウザにも展開して欲しいところではあります。 * IEでの開発も手掛けるのは正直かなり負担が大きいので、当面Firefoxのみでのご提供となります。ご容赦ください。

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DNAデータベース総覧と検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 植物と真菌を一緒にしていますが、系統的には全く別物です。真菌は動物と同じ系統です。 * INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) のフラットファイルの division を元にしています。
* このデータベースの目的が不明です。どういう利用者が、どのような目的に使用することを想定しているのでしょうか? HELPを見てもINSDの目的等の説明はありますが、このツールの説明はないように思います。 * トップページ上部の「詳細 >>」をクリックすると説明が表示されます。レイアウトについては改善を検討します。
* 登録国単位の切り替えが要るのかどうかが分かりません。 * 政策面での利点や、生物の種類やプロジェクトの種類などの観点から全体を俯瞰して、どのような研究が行なわれているかを把握するという利点もあります。ユーザー層によって好みは分かれるようで、行政関係者やシニア研究者の間では好評を頂いております。
* "このインターフェースで閲覧する方法は書籍先頭の目次からたどることに似ています"とありますが、そのようにデータを見ることの科学的なメリットがわかりません。一方、科学政策などの立場からならメリットがあるかもしれませんが。

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遺伝子発現バンク(GEO)目次 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 独自のUIが本家に対して強くアドバンテージを持つように感じられませんでした。 * 検索は、ヒットしなかったものは表示されないので見落とされます。一方、目次のインターフェースではそのようなことが起こらないので検索を補完的するものとして提供しています。政策面での利点や、生物の種類やプロジェクトの種類などの観点から全体を俯瞰して、どのような研究が行なわれているかを把握するという利点もあります。
* このインタフェースの存在理由や想定利用目的(利用者)などを説明する必要があると思います。
* "このインターフェースで閲覧する方法は書籍先頭の目次からたどることに似ています"とありますが、そのようにデータを見ることの科学的なメリッ トがわかりません。日本の税金を使って、米国GEOのコピー&独自UIをつくる理由となる強いメリットが必要だと思います。

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DDBJトレースアーカイブ/DDBJリードアーカイブ へのコメント

コメント担当者の回答内容
* DDBJとの関係が不明確。1本化し、すべての面で統合的に進める方が生産的ではないでしょうか。 * 実質的に統合的に開発・運用が進んでおります。DRAはDDBJ Read Archiveの略称であり、DRAのデータ受付・蓄積・公開のシステムはライフサイエンス統合データベースの補完課題ならびに科学技術振興事業団バイオインフォマティクス推進事業として、DDBJにおいて開発と運用を進めています。第2世代シークエンサのデータからみると、シーケンサからの生データのためのアーカイブがDRAで、解析処理を経た配列データのためのアーカイブが従来型のDDBJ配列データベース、という関係になります。また、データ受付システムの共通化や、DRA登録データを解析し、解析結果をDDBJ登録形式で出力する解析パイプラインの構築をDDBJの事業として進めています。
* SRAは、今後最も重要なデータベースになる可能性があります。が、単純に日本語の窓口対応、というだけでしたら、SRAに直接submitした方が早い、と考える研究者が続出すると思います。DRAを今から立ち上げるにあたって、(i)SRAの現時点での問題を解決するリーダーシップ、(ii) 迅速かつ適切な対応、 (iii)中国/韓国を巻き込んだアジアの拠点としての体制作り、が重要になると思います。 * DRAに先行して、米国SRAと欧州ERAが運用されておりましたが、2009年5月に日米欧3極が協力してread archiveを協力して構築することになりました。その後、3極でメタデータやスキーマの設計について議論する機会が増え、11月には国内研究グループからのデータ登録をきっかけとして、iluminna1.4パイプライン由来のデータについてDRAから問題提起をしました。
* 活発な研究からの実データあってこそリーダーシップを発揮できる可能性が高まりますので、国内研究グループはもとより、シーケンサ販売業者やシーケンシング代行業者と連携を深めて研究の状況と動向を把握すべく努めています。また、登録システムについては、バリデーションツールを含むWeb登録システムの整備が進んでいますので、NCBIに直接御登録いただくより円滑にご登録を進めていただけるようになるものとご理解下さい。
* 中国/韓国を巻き込んだ拠点としての体制作りは必須と認識しておりますが、現在の事業規模では組織的・継続的取組は著しく困難とお答えせざるを得ません。
* 非常に有用なデータベースだと思います。着実に進めていって欲しいと思います。しかし、統合DBプロジェクトとの関係性、統合DBプロジェクト内での位置づけがどのようになっているのかは分かりませんでした。 * 統合DBプロジェクトは、ライフサイエンス分野において新しい技術や観点から生まれてくるデータもタイミング良く統合利用可能にしていくことが求められていると考えます。DRAは他の一次データベースと同様に統合DBプロジェクトを介して「部品」として研究コミュニティーによって活用されていくものと想定しています。
* 発現データベースの二の舞にならないよう、着実に進めているようなので安心しました。 * ありがとうございます。発現データベースについては、第2世代シーケンサの普及動向を見て、全く新たに、定量データに対応するデータベースとしてDDBJ Omics Archive (DOR)の開発に着手致しました。今後も御支援のほどよろしくお願い致します。

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6. 今後当プロジェクトで提供すべきサービスについて

 

今後当プロジェクトで提供すべきサービスについて へのコメント

コメント担当者の回答内容
* アナトモグラフィーは画期的なプロジェクトですね。今後は、マウス等のよく使われる動物種も対象に含めてもらえれば非常に役立つことは間違いないと思います。 * コメントありがとうございます。マウス等の他生物のニーズは高いです。ただ、ヒトデータの質も中途半端でありジレンマがあります。
* ラボワークの研究者が左右に置ける統合DBを目指して頂きたいと思います。調べようと思う遺伝子やタンパク質あるいは新規でたどり着いた遺伝子/ タンパク質の基本情報を一覧で表示し、実験のストラテジーを立てる上で真にミニマムな情報提供をできるDBが望まれます。そのためには、現在の統合DB内 の個々のDBの有機的リンクが重要になるかと思います。 * 現在、「横断検索」をさらに進めた「統合検索」について、検討を進めています。結果の見せ方についても、個々の研究者の方のニーズが多様であると思うので、ある程度パーソナライズできる方式など、様々な方式が検討されています。今後も皆さんのニーズを、mail1.pngにいただけるとありがたいです。
* データベースを頻繁に使用する研究者であれば、自分の研究目的や解析イメージに合うデータベースを探せるし、逆にどういうデータベースがあるから どんな解析ができるのか、ということもイメージできます。しかしまだまだデータベースは縁遠いと感じる研究者がほとんどで、意欲があっても必要な情報に到 達できない状況は、データベースの統合という有効性を理解するのに大きな障壁になっていると感じます。たとえば PubMedで幾つかの論文を選んだときに、それらで使用引用されるデータ(もしくはデータベースそのもの)から、お勧めや競合するデータベースもしくは 統合TVなどへのリンクがたどれるなどの、NeedsとSeedsをつなげるポータル機能の強化もより必要になってくるのかもしれません。 * コメントありがとうございます。
* 日本語化や利用者教育に注力していることは評価できますので今後も継続して頂きたいです。 * ありがとうございます。日本語情報のデジタル化、権利クリアーに注力していきます。
* データベースカタログはどの程度の頻度で更新されているのでしょうか?例えば最近 Entrez に加わった peptidome はまだないようです。このようなカタログはどうしても最新状態を保つことは難しいのでGoogle で検索することになりますが、単なる Google 検索ではたくさんヒットが多すぎるので Google 検索のヒット効率を上げるようなウイザードのようなものがあれば便利かもしれません。 * データベースの更新については、マイナーなものは頻繁に行っていますが、メジャーなものは年に1度のものもあります。更新については内部でも議論になっており、今後やり方を見直していきます。
* 「巨大DB事業として、日本で統一的に動く」には賛成します。その際、議論はあると思いますが、中核とすべきはDDBJであろうと考えます。その 上で、「光る小グループの活動」を単なるリンク集とせず、有機的に生かすための統一的な「情報交換」の仕組みが不可欠と思います。 * DDBJ自体は国際協力ですから日本の都合では方針も内容形式も変えられない事業です。ただ、DDBJとの関係も考慮しながら、日本のプロジェクトデータを戦略的に使えるようにするための仕組みを考えていきたいと思います。
* 別の項目でも書きましたが、巨大なデータベース事業としては、日本で統一的に動く方がいいのではないでしょうか。もちろん、各個人、小グループな どの活動からのデータベースは、多様性が重要で、それらを統一すべきというものではありません。単位統合データベース事業とddbJとの関係、運営に関することです。
* データベース間リンクについて、真剣に取り組んでほしいと思います。データ交換フォーマットを統一化し、相互に無矛盾な形でやりとりできる枠組みが必要です。また、データごとに更新情報をもたせ、信頼性指標なども取り込んだ記名・匿名第3者注釈をとりいれ、一定の要件を満たした記名注釈は、確認過程を経てデータベースの本体に取り込まれる仕組みがあって良いと思います。 * データベース間リンクについては今後の検討対象となっています。様式の統一など、それに向けて具体的に取り組んでいきます。ご意見ありがとうございます。
* 論文を投稿する際に参考になる情報(各雑誌が扱っているテーマ、インパクトファクターなど)の一覧があると、自分の研究を投稿する雑誌を選ぶ際に参考になっていいかと思いました。 * インパクトファクターはトムソンの固有の評価数値なので当プロジェクトでは使えませんが、何らかの指標がほしいということでしょうか?
* すでに英語で存在するサービスをただ日本語にしただけでは重要性が薄いと思います。 * 日本語化ではなく、日本語の情報を集めること、日本の研究者が使いやすくなる情報提供の場を最優先に考えています。
* データごとにデータベースにまとめるためのフォーマットはそれぞれ適するものはばらばらです。したがってデータの種類に応じてどのフォーマットで まとめるのが一番良いか素人の研究者に指南できるデータベースがあると助かります。データフォーマットデータベースのようなものです。遺伝子発現データな らMISFISHIE、GeneOntology,配列データならFasta、解剖学的な知見だとAnatomicalOntology、DNAマイクロ アレイだと~といったフォーマットでなど.それから海外での認知度がまだ低いように感じます。 * 具体的なご提案ありがとうございます。参考になります。多くのサービスにおいて、対象をまず日本人/日本語としておりますので、海外の認知がまだ低いことは事実ですが、海外でも受け入れられるサービスを心掛けて、認知度を上げていきたいと思います。
* サービスの性格上、扱う分野はとても広くなります。それに対し、本プロジェクトへの参加(担当)機関が極端に偏っているように感じます。プロジェクト参加者を募られると良いでしょう。またプロジェクト終了後も、運営してもらえればと思います。 * プロジェクトの参加者(分担機関、補完課題)については、文部科学省による公募を実施し、プロジェクト外の評価者により、採択されたものです。当プロジェクト実施期間内においては、新たに公募が行われる予定はありませんが、偏りのないデータベースにしていくためには、どのような機関に参加いただくとよいのかについて、今後も皆さんの意見をうかがっていきたいと思います。今後ともご意見をぜひ、mail1.pngにいただけるとありがたいです。
* 英語によるサービス提供が開始されたのは素晴らしいと思います。ただ、まだコンテンツが薄いようですので、順次拡大されることを期待しています。 * ありがとうございます。ご指摘の通り、英語コンテンツはまだ少ないのですが、英語による提供が有用との声が多いものについては英語化していきたいと考えています。
* 多岐のサービスを把握するためにポータルサイトがより充実した形になれば、と思います。上で言われているガイドの冊子は実現してほしいですね。 * 各サービスをA4・1枚で説明するリーフレットを統合ホームページから閲覧・ダウンロードいただけます。しかし、それ以上詳しいものはご用意していませんので今後の課題として検討したいと思います。
* 統合DBで提供しているサービスを、それぞれA4見開き程度の詳しさでガイドする冊子を発行されてはいかがでしょうか。
* 各DBには使いやすいものがありますが、まだ統一感がないように感じます。横断的な検索機能やDB間のつながりがあれば、更に使いやすくなるように思います。 * すでにキーワードによる横断検索の機能はご提供していますが、DB間のつながりについては今後充実させていただきたいと考えています。
* 散在する多数のデータベースをカタログ化するコンセプトは研究活動に非常に有用です。一方、目的の情報に迅速に探すという観点からすると若干の不足を感じました。検索機能を充実させることで解消されると利用者の増加し、本プロジェクトが生命科学の情報処理推進を大きく加速させると考えます。 * ありがとうございます。データの更新頻度の向上などを検討しています。
* 統合DBプロジェクト全体としての方向性や目的と,その評価は行われないのでしょうか? * プロジェクト2年目の終了後には、有識者の方々による中間評価を実施しました。次回同様の評価を行うのは、プロジェクト終了時を予定しております。
* 個々のサブプロジェクトには有用なものも含まれているかと思いますが,プロジェクトとしての統一感がなく,インタフェースがバラバラであったり,一緒にした方がよいようなデータベースが別々に開発されていたりする印象があります.また,プロジェクト内で作成するデータベースについての,基準,規定,インタフェースのルールなどは用意されていないのでしょうか?統合DBプロジェクト内のプロジェクト間の統合が必要な気がします. * 現状ではまず、統合のもととなる様々な情報を集めている段階で、その段階でも利用可能な「横断検索」の仕組み等をご提供しています。今後、集められてきた情報を統一感を持った形で、かつ情報間のリンクを充実させた「統合検索」へと発展させていく予定ですので、その際には、全体的な見直しも併せて進めたいと考えています。「統合検索」については、現在具体的な方式を検討中です。皆さんからのご要望をもとに、検討を進めたいと思いますので、ご意見をmail1.pngに随時お寄せください。
* 個々のコンテンツの使い勝手、機能はそう悪くはないと思うのですが、如何せん登録されている項目が多すぎて整理しきれていないように感じます。それが「なんとなく使い難い」と思わせる大きな原因だと思います。目的の項目に中々たどり着けない事も多々あり、統合DBから探し出すのに時間を費やすのならば他の特化型サービスを最初から使う、になってしまいます。もう少し内容を整理してみては如何でしょうか。
* コンテンツが多すぎて何が含まれているのかわかりにくい.
* 統合DB全体を俯瞰できるサイトがあると良いと思います。
* 現時点ではさまざまな実験的な試みの寄せ集めという印象を持った。今後は研究者が持つデータのデータベース化支援と、横断検索サービスの機能向上に重点を置いていただきたい。
* 個々の哲学で収集されたDBの寄せ集めの観がぬぐえないと思います。やむをえないのかもしれませんが、統合することの意味意義をもう一度見直すことが必要ではないでしょうか?利用する側のニーズがあまりにも多様であるので、リクエストが利己的で申し訳ありません。
* ソフトやDBのデータベースなどに少し重複があるようなので統合されてはどうでしょうか?
* 非常に多くの機能や特徴を備えており,チュートリアルなども充実しているとは思いますが,自分にとって必要なものが必ずしも多くないように感じているので,頻繁には使用していません.他サイトのサービスで使いやすいと感じるのは,UCSCのGenomeBrowser, NCBI, PDBなどです.これらもそれぞれに欠点がありますが,「使いたい」と思わせるコンテンツの充実があります.統合DBプロジェクトのコンテンツは,機能的・内容的にはこれらを上回っているかもしれませんが,自分が使い込んでいないことも手伝って,目指す内容に届きにくい印象があります.具体的解決案はありませんが,上記の「なんとなく使いにくい」感が改善されると,もっと使用したくなるように思います. * 「使いやすさ」や「わかりやすさ」に留意しながら、今後もサービスの見直しをしていきたいと思います。
* YUI を多用しデスクトップのようなアプリのUIが目指すよりも、ウェブらしいUIを追求してほしい。YUIによって、個々のページに parmalink が張れないようなUIになってしまっては、引用されずPageRankが上がらず、検索にヒットしなくなります。それでは存在に気付かれません。これは本末転倒だと思います。 * Permalinkへの対応を検討しています。
* 個々のサービスには光るサービスがあるが、プロジェクトの全体像やビジョンがみえないので明確にしてほしい。 * データベースの統合化は、「データベース統合化への道のり」 で示すように、様々な段階を経て辿りつけると考えています。まずは、カタログやポータル、ツールの構築や整備を行います。次に、用途別(例えば、糖鎖やGWASデータ)のデータベースを構築し、それらを横断的に検索できる仕組みを提供します。最後にこれらのサービスを統一的なインターフェースでシームレスに検索できる統合検索や知識発見を支援する環境を整えます。現状では各ステップを部分的に並行して進めており、事業成果、あるいはサービスとして横断検索まで提供できています。プロジェクトの残りの期間を使って、統一的なインターフェースや統合検索、知識発見を支援する仕組みの開発を進めていきます。
* 「データベース統合化への道のり」で書かれた方法論には賛成しますが、ステップ間での連携がうまく取れていない(それぞれのステップでの特徴やメ リットが生かされていない)と思います。下流のステップの目標を達成するには、上流のステップをどのようにすべきかなどの評価が必要と思われます。 * それぞれのステップを実際にやってみると、また問題が出てきたりするので、なかなか、ステップ間の強固な連携を初めから想定することが難しいのが現状です。ご意見はごもっともだと思いますので、今後、事業を進める上で、ステップ間の連携についても考えながら進めていきたいと思います。

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8. ユーザー評価の方法/形式について

 

ユーザー評価の方法/形式について へのコメント

コメント担当者の回答内容
* ユーザーによる評価は必要なので、実施するという方向性はよいと思います。単なるマルバツ式や五段階評価だけでは不充分なので、文章による記載内容を重視する本方式はよいと思います。 * ありがとうございます。
* 評価しやすかったです。たいへん良いと思います。
* 評価者がほかのコメントも閲覧しながら自分のコメントを記入できるので、頻出の意見を改めて書かずに済むため良い方式だと思います。
* 評価者が必ずしもすべてのDB・報告書を利用・閲覧しているわけではないので「責任をもって評価できない」との選択肢を設けたことは適正な評価のために非常によいことと思います。
* 評価すべきサイトへのリンクやテスト検索ボタンがあるのが素晴しいと思います。
* 量が多くて、途中で時間切れになりました。できたところまでやりました。設問数があらかじめ分かっていると助かります。 * 今回は、前年に比べて評価いただく項目数が増えてしまい大変申し訳ありませんでした。次回は、あらかじめ設問数を説明文中に記載するなどいたします。
* 確かにアクセス数などの統計情報も重要かもしれません。 * 次回のユーザー評価に向けてアクセス数などの統計情報の提供について検討いたします。
* 公開したデータベースの利用者数を示してもらうと評価がしやすいと思います。
* 項目が多すぎます。これは本プロジェクトの内容が多岐にわたっていることの裏返しですが。評価を求められて、初めて存在を知った機能も多かったくらいです。 * 今回は、前年に比べて評価いただく項目数が増えてしまい大変申し訳ありませんでした。貴重なお時間を使って参加いただいている評価なので、参加するメリットがある仕組みにしたいと考えてこのような形式を用いました。ユーザー評価への参加が新しいサービスや機能を知る機会になれば嬉しい限りです。
* 全部に目を通すのは大変ですが、回答しながら『こんなサービスもあるのだな』ということを知るきっかけにもなりました。
* 投票後にこれまでの集計が見れるのは非常に良いなと思いました。 * ありがとうございます。
* 多分,いろいろな新しいものを作ったことをこの機会に紹介するのが,このアンケートのねらいなのでしょうが,完全に評価するのは難しいと思います. * 次回のユーザー評価の課題として検討いたします。
* 項目が多すぎて、評価が億劫だと感じました。 * 今回は、前年に比べて評価いただく項目数が増えてしまい大変申し訳ありませんでした。項目数が多いにも関わらずご協力くださりありがとうございました。
* 投票ボタンを押すと結果表示され、序に次の項目に飛ぶようにしてあるようですが、コメントを記入するのに少しバックしなければならないのが些か面倒でした。また、これはブラウザの問題かもしれませんが、次の項目どころか遥か先に飛んでしまう事もありました。投票ボタンを押してもその場に留まっていてくれた方が良かったです。 * ありがとうございます。改善できるか検討いたします。
* リンクされているサイトにとぶと、評価のページに戻れないので、その点を改善してほしいです(ブラウザの問題かもしれませんが)。 * ありがとうございます。改善できるか検討いたします。差し支えなければ、お使いの環境についてあとでお知らせいただけますと幸いです。
* 回答項目が多いので、途中で一時保存する機能があると便利だと思いました。 * ありがとうございます。そのような機能が実装可能か検討いたします。
* 先にコメントされている方もいらっしゃいますが、誤って入力したコメントを訂正できるようにして頂けたら、と思います。
* 誤って入力してしまったコメントを削除できるようにしてほしいです。
* 今日再ログインした時には、このトップページでの投票欄に数字が表示されていたのですが、他の項目を答えてここに戻ったら、表示されていたはずの投票数字が消えていました。理由がはっきりわかりませんがこのままにさせて頂きます。 * ご指摘ありがとうございました。同じブラウザで閲覧する場合には、数字が表示される仕様になっているはずですが、動作を確認し、必要であれば次回に向けて改善できるか検討いたします。
* 「投票」ボタンクリック後結果表示までに10秒程度かかることもありストレスを感じました。投票項目が多いので一覧形式とするなどストレス軽減の仕組みを希望します。 * 大変失礼いたしました。評価サイトをお知らせした翌日(2009年9月18日)の午前中は、サーバー不具合のためサイトの動作が遅くなり一部の方にはご迷惑をおかけしました。

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