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各取り組み・サービスへのコメント

2. 生命科学研究の情報へ案内する

 

全般 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* PharmGKBが対象の分類で「DNA,多型」や「薬物」に出てこないなど、DBにおける分類の精査を今一度宜しくお願い申し上げます。またCYPAlleleのDB等、ファーマコゲノミクス関連のDBの充実をお願い申し上げます。 個別にご指摘いただいた件については、検討の上反映していきたいと思いますので、今後も気がつかれた点はご連絡をお願いします。
* データの一次生産者によるDBと、その公開されているデータを使って二次的に利用、付加価値を付けて公開しているDBの間の整理・連携に貢献する方策を探って欲しい。たとえばデータの一次生産者のDBの適切なcredit確保と、その一次DBのデータが更新・修正された場合に速やかに二次利用DBの公開内容に反映される共通の仕組み・ルールをつくるなど。 データ生産者へのクレジットについてはセンター内でも議論しているところです。適切な仕組みがあればぜひ利用していきたいと思います。
* どのような観点で集めて、どう整理するのかというポリシーがもう少し明快に伝わるものを期待します。それがないと寄せ集めのような印象が否めませんので。
* 科学関係の学会を含めさまざまな情報源が網羅されているので,多くの方が利用すればよくなっていくものと思います.ただ,コンテンツがたくさんあるのはよいのですが,多すぎてすぐに見つかりません.また,左のメニューの語句が短いので,誰にでもすぐに意味が分かるとは限りません.
ご意見ありがとうございます。カタログのインターフェースを改良いたします。
* 科学関係の学会を含めさまざまな情報源が網羅されているので,多くの方が利用すればよくなっていくものと思います.ただ,コンテンツがたくさんあるのはよいのですが,多すぎてすぐに見つかりません.また,左のメニューの語句が短いので,誰にでもすぐに意味が分かるとは限りません.
* このプロジェクトは、兎にも角にも、継続性が重要です。 プロジェクト後にも何らかの形でDBが継続できるように努力していきたいと思います。
* ”新着”カテゴリがあったら良いのではないか。 ご提案いただきましたように「新着」カテゴリを設置する予定です。
* Googleのような一般的検索システムが充実する中で、ライフサイエンスの中ではそれに勝る、それよりも使いやすく便利なものにしていかねばなりません。ポータルとして常にHPにしてもらえるような工夫(例えばGoogle検索や重要サイトへのリンクをはるとか、RSSを入れるとか、ライフサイエンス関連のBLOGのポータルを入れるとか)が必要ではないでしょうか。また日本語はGlobal Languageにはなり得ないのでEnglishは絶対必要だと思います。現在Web Siteの発展は早くてそれに追いつかないとおいていかれます。例えばコンテンツ・メニューのパーソナライズ機能は必要でしょう。試しておりませんがIEだけではなく他のブラウザに対応しつつAJAXなどの最新技術を入れていく事は大変だとは思いますが期待しておりますので宜しくお願い申し上げます。 今後もポータルの機能向上に努めていきます。英語化については、生命科学系データベースカタログに収録されているDBのうち英語ページのあるDBについては個々のカタログアイテムの英語化が決まっております。また、ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧については、全ページの英語化を進めておりますので、近く公開できる予定です。
* 各データベースの現状を維持していくのはかなり大変な作業だと思いますので、本カタログあるいは次の検索システムがgoogleのような市民権を得るような努力をされる一方で、各データベース管理者が現状を更新できる仕組みを公開されてはいかがでしょうか。 各DB管理者が現状を更新できる仕組みについては、各DB管理者の要望を受け付ける形で対応します。
* 見たいコンテンツを「検索」やいまのリストからだけでなく、別の角度からの階層から入っていけるとより便利かとおもいます。また、ユーザがそれぞれ独自のディレクトリーを作成しながら自分仕様の整理利用ができると助かります。また、DBやツールなどもっているものが、統合DBにおいて欲しいといった要望がある場合の対応はどうなっているのでしょうか? ご提案ありがとうございます。DB受け入れの手続きを整備いたします。
* コンテンツとして非常に有用だと思います.今後コンテンツの充実や継続的な更新を期待します.また,コンテンツのダウンロード等ができるとよいと思います. コンテンツのダウンロードについては、今回ご紹介しませんでしたが、辞書類や画像などがダウロードできます。データのダウンロードについては、それ専用のサイト構築を進めておりますので、もう少々お待ちください。
* 前回より、相当進んだ印象があります。また、便利ツールがいくつか盛り込まれていて好感が持てました。まだ開発途上なのでしょうが、現在開発中の機能や、ユーザーの声もどんどん反映させて、常に進化するDBになることを希望します。 ありがとうございます。皆様からのご意見を参考に今後も「進化」できるよう努めます。
* 基本的に便利な情報を整理して示してあると思います(開発の費用対効果についてはわかりませんが)。データベースなどへの評価の情報とその根拠となる情報(リンク数、更新頻度など)がないと、googleの方が気軽に探せるということになってしまわないかと心配です(このカタログ自体は自動的に維持されているのですよね?)。最後に英語での情報提供も行うべきだと思うのですが。 まず、カタログが自動的に維持されているかというご質問ですが、生命科学系データベースカタログに収録されているDBの稼働状況の調査は自動化されています。生命科学学協会カタログやゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧の情報については、個々の情報がばらばらにおいてありますので一つ一つ調べています。また、DB更新情報の取得と表示については今後の課題として検討いたします。コンテンツの英語化については、生命科学系データベースカタログに収録されているDBのうち英語ページのあるDBについては個々のカタログアイテムの英語化が決まっております。また、ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧については、全ページの英語化を進めておりますので、近く公開できる予定です。
* 単純に文字列検索をするだけならブラウザの機能でもこと足りる。いまは情報を各ページ細切れにして出す仕様のためにブラウザの機能による一括検索を使えないが、これはむしろ不便だともいえるだろう。 プログラムで自動的に表示しているページなどが検索でひっかかるように、パーマリンクの設定などとあわせて、改良していきたいと思います。
* こうした情報サイトをお金をつぎ込んで作成するのではなく、ライフサイエンスに関連するデータベースや学会協が進んで宣伝のために書き込むようなサイトの作成を目指して欲しい。 ユーザーが書き込むような仕組みについて、現状はコメント欄などで対応していますが、まだまだ工夫が必要です。一方で、ライフサイエンス分野の方のうち、どれぐらいの方が、”書き込み”のようなことをしていただけるのか、不安なことも事実です。ソーシャルメディアなどの仕組みの良さを普及することも必要と感じています。
* ライフサイエンスに関連するデータベースや学会協が国内にどのようなものが存在するのか一覧できるのが面白いです。 ありがとうございます。このような一覧情報は好評をいただいています。
* 更新頻度やサイト収載条件等の説明はないのでしょうか。なかにはURL変更されているサイトもあるようですが。 更新頻度やサイト収載条件等を掲載するようにいたします。定期的なメンテナンスを行っていますが、見落としてしまうこともありますので、リンク切れ等を見つけた場合にはお知らせください。ユーザーの皆様から提供される情報は、当プロジェクト全体を進めていく上でも非常に貴重です。
* 全体的にわかりやすくまとまっていると思いますし、異なるデータベースを一括して検索できるなど、単に寄せ集めただけでない工夫が見られます。特に日本語による情報を検索できるサイトとして貴重です。  ありがとうございます。今後もご利用をお願いします。
* ただの寄せ集めでしかない。新規性が感じられない。ブラウザ依存のインターフェース。 WindowsのIE6.0, IE7.0, FireFox, MacOS のSafari, Firefoxでの動作確認はしておりますが、今後はより一層、ブラウザの違いによる不具合を無くすとともに、ブラウザ上でインタラクティブで無くとも必要十分なテキスト情報を別途用意するなど、配慮していきたいと思います。今後のためにもぜひ、お使いになったブラウザをお教えいただければ幸いです。
* コンテンツは素晴しいと思います。ぜひ継続的に維持して頂きたいと思います。 ありがとうございます。今後もプロジェクトの継続維持にご支援いただければ幸いです。
* 今回案内を見て拝見しましたが、かなり充実した内容となっておりびっくりしました。 ありがとうございます。今後も充実できるよう努めます。

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生命科学系データベースカタログ へのコメント

コメント担当者の回答内容
* データベースカタログは、これだけでも非常に価値が高い。 ありがとうございます。このような一覧情報は好評をいただいています。
* データベースカタログは、大変役に立ちます。
* 様々なデータベースをカテゴリー毎、組織毎などで一覧できるのは、非常に便利である。
* コメント重複しますが、どのようなDBが存在するのかとのカタログとしての機能はすばらしく今後も拡充を期待いたします。ほしいデータを得るという面から見ますと情報が多すぎて、どこから見ていくかと戸惑います。網羅するカタログの役割と、ほしいデータを得る検索の役割が整理されるとよりよくなると思います。 カタログのインターフェースを改良することで情報量の多さを整理し、欲しいデータに容易にたどりつけるよういたします。その他にも、カタログデータの記載内容を充実させて、検索を改良していくとともにカタログデータの一括ダウンロードも可能にする予定です。
* "カタログ" にNAR の DB 特集号の検索ページ、カナダの Bioinformatics Links http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory もあったら良いと思う。 ご提案ありがとうございます。NARのDB特集号に対応したいと思います。
* どのようなDBが存在するのか分かるだけでも大きな価値がある。更新状況や正確性、網羅性、独自性などのユーザー評価のようなものも検討してほしい。 ご指摘いただいたユーザー評価の点はコメント機能によって実現しています。また、ユーザー評価インターフェースの改良とDB更新情報の取得と表示を検討いたします。
* 生命科学系データベースカタログは、画面に現れる情報が多過ぎて、どこから何を見ていくべきかがわかりにくくとまどいました。今後、データベースの数を充実していけばいくほど、さらに大変になると思われるので、デザインから考え直して頂く方がよいと思いました。 生命科学系データベースカタログのインターフェースを改良いたします。
* 多くのデータベースがリスト化されているのは便利。休止中の表示があるのもよい。ただ案内なのだから、難しいのは想像できるがもう少し俯瞰で眺められる仕組みがあったほうがよい。また、各データベースに対して客観的なだけでなく、もう少し踏み込んだ主観的な評価も含めた記述もあるとよいと思う。
* メタデータベースのアルファベティックリストのデータベース名の横に、どのようなデータベースかの簡単な説明がほしい。また、データベースの性質によって階層的に分類されたものがほしい。
* データベースカタログは将来的に登録数が増えた時に利便性が損なわれない工夫が欲しい。たとえばどれくらいのユーザーがリンクをたどっていったかという表示で、その有用度が推し量れる (現状ソートできるが改善すべき)。 データベースカタログのアクセス数を表示できるようにいたします。
* 生命科学系データベースカタログのコメントが充実してくるとデーターベースのコンセプトを理解しやすくなる。適切なコメント内容の管理と継続が重要。 各DBに対するコメント欄をつけていますが、現状では十分集まっておりません。ユーザーが進んで入力したくなるように、より良いインターフェースと管理ができるよう工夫したいと思います。これを実現するためのアイディア等お持ちでしたらぜひご提案下さい。
* このまとめ方はたいへん役に立ちます。おそらく研究者が密接に関連するDBについてはそれぞれ常時検索できる体制になっていると思いますが、関連分野のDBを即座にサーベイする際に傍においておきたいDBとして発展させて下さい。サイドメニューのまとめ方、登録DBの更なるサーベイに工夫が必要かもしれません。 ご意見ありがとうございます。サイドメニューのまとめ方については、インターフェースを改良する際に検討いたします。登録DBについては足りないところをご指摘いただければ検討して盛り込みたいと思いますので、今後もご指摘をお願いします。
* DBカタログは自分の専門に近い部分を覗いてみたが、最近の活きのよいのは載ってなくて、あの人は今みたいな感じのものが載っている。リンクを辿るとやはり5年も6年も更新されてなくて、改めて死亡が確認された。分野が広いので困難だと思うが、穴だらけなので頑張って埋めて欲しい。 今後もカタログを継続的にメンテナンスしていきます。今後内容の正確性にはより注意を払い、DB管理者への確認等、正確性をさらに高めるための検討も行っていきたいと思います。しかし、すべての分野を同じような精度と正確性で網羅するのは困難ですので、内容の誤りや登録DBの不足をご指摘いただければ検討して盛り込みたいと思いますので、今後もご指摘をお願いします。
* どのようにして生命科学系データベースカタログを作られたのか、存じ上げませんが少なくとも私の研究グループのデータベースおよび関連のデータベースについて記載内容が間違っています。内容も違いますし、データベース名が違っているものもあります。organization, catalogなどの項目も誤りがあります。プロジェクトの趣旨は理解できますが、正しい情報を載せていただかなければ困ったことになると思います。データベースの管理者に確認してもらうなどの作業が公開前に必要なのではないでしょうか?
* 生命科学系データベースカタログですが、ツールごとのビューで title タグにツール名が入っていたほうが良いと思いました。ソーシャルブックマークされたときにタイトルとして名前が入る、などSEO的に有利などの理由です。検索して出てこない情報は無いのと同じなのでそのあたりの工夫があると、このような素晴しいツールをもっとユーザに届けることができるのではないでしょうか。 ご提案ありがとうございます。ページのメタタグの改良を検討したいと思います。

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生命科学学協会カタログ へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 「生命科学学協会カタログ」は、まだすべての学会は網羅されていないのだと思いますが、日本人類遺伝学会、日本遺伝子診療学会がカバーされていません。 掲載漏れがあり失礼いたしました。日本人類遺伝学会、日本遺伝子診療学会を追加いたしました。今後もアップデートに努めます。また、お気づきの点等ございましたら随時ご連絡下さい。
* 学協会カタログは医学とか理学とかの分類が古臭く、学際的なものはあちこちみないとどこにあるか分からない。工夫が欲しい。 現在のバージョンは日本学術会議や情報学研究所のデータをもとに、手作業で学部単位の分類を行いました。今後はより内容に沿った分類も加えていきたいと思います。
* 他の2つの学協会カタログとプロジェクト一覧はなかなかまとまった資料がないので、貴重だと思いました。 ありがとうございます。このような一覧情報は好評をいただいています。
* 学会がいかに細分化されているか、Sample Searchでよく分かった。トップページの検索だけでなく、規模やアクティビティなどが分かるとさらにありがたい。 学会の年会情報を今年度中に掲載する予定です。また学会の規模などをわかりやすく表示するようなインターフェースを検討いたします。
* 学協会カタログも、各学会やその機関紙の情報を調べるのに便利だと思う。強いて言うならば、掲載している学会の順番を五十音順にして頂ければ、より使い易くなるのではないかと思います。 ご提案ありましたように五十音順のリストを加えたいと思います。また学会の発行する機関誌がオープンアクセス可能かどうか等の情報を掲載する予定です。
* 生命科学学協会カタログは、個別のビューにPermaLinkをつけたほうが良いと思います。ブログやSNSでの引用、ソーシャルブックマークやReblog, microblogなどでリンクされにくく、SEO的にも不利です。検索して出てこない情報は無いのと同じなのでそのあたりの工夫があると、このような素晴しいツールをもっとユーザに届けることができるのではないでしょうか。 現在、カタログの個別ビューに対してのURLがありませんが、クローリングやブックマークが容易になるように是非パーマリンクをつけるようにしたいと思います。

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ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* ゲノム主要プロジェクトの中に、JICST(JST)によるシーケンシングプロジェクトが含まれていない。 ご指摘いただきましたJSTシーケンシングプロジェクトの情報を追加しました。この他にもお気づきの点等ございましたら随時ご連絡下さい。
* 他の2つの学協会カタログとプロジェクト一覧はなかなかまとまった資料がないので、貴重だと思いました。 ありがとうございます。このような一覧情報は好評をいただいています。
* ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクトが明らかになってたいへん便利だと思います。
* プロジェクト一覧は、興味深いが記述の濃淡が気になった。 今後もプロジェクト一覧を継続的にメンテナンスしていきますが、プロジェクトによって公開されている情報に元々濃淡があるという現状もあります。一様な情報を提供できるよう努めてまいりますが、この点についてご理解いただければ幸いです。またプロジェクト一覧で提供している情報よりも詳細な情報をお持ち、ご存知でしたらぜひお知らせください。
* プロジェクト数も少ないのだから、生物種に関しては大まかな系統樹を作成してそのカテゴリーが多いのか等、概要がわかるようにして欲しい。 プロジェクトの関係をどのように表示するかについては、今後検討したいと思います。

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3. 国内外の様々な情報の検索サービスを提供する

 

全般 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 研究者の情報発信・入手は英語が基本と思いますが、それをサポートするテクニシャンやこれから入門する学生は英語が苦手な人が多いと思います。テクニシャンレベルの人の情報発信・入手能力向上により、最先端の研究の裾野・土台が広がりが望めると思います。日本語での各種機能の拡充を今後も期待いたします。
* 全般的に日本語で検索できるのは、非常に有用だと思います。
わかりやすさの点ではやはり日本語で利用できることが重要と考えています。今後も充実に努めます。
* 日本語の文献や報告書を表示する際、その中にに出現する英語や略語、遺伝子名など、全角を含まない文字列に関して、WikipediaやBioTermNetやAllieの情報とマッチするものをハイライトしてくれて、ワンクリックでそれらに飛べると嬉しいです。特に、バイオの知識が少ない情報系の人間や、バイオ系の若い学生には、有用ではないかと思います。 是非検討したいと思います。その際、過剰で不要なサービスにならないよう気をつけたいと考えます。現在、英語で文献検索をした際に出現する単語から、その単語を含む日本語文献へワンクリックで飛べるようなサービス提供を目指して技術開発および日英辞書の整備を始めました。
* Google等の検索エンジンとの差異を出し、この分野においてはGoogleではできない検索・達成できない精度を出していくことは並大抵の仕事ではないが、非常に重要な課題である。長期的に取り組むべき。 Googleと比較し、検索結果の精度向上がこのサービスの存続に必須ですが、各DB毎の記載を分析し重要な部分を抜き出す、エントリー毎の重要度のランキング法を検討する、遺伝子・タンパク名辞書を充実させるなどが必要です。すぐに対応はできませんが、クリアしていく予定です。また、Googleのインデックスに比して、データ更新の間隔も問題になってきますが、掲載DB数が増えてくると現在の計算環境では毎日アップデートするのは不可能ですが、定期的に行いその日付をわかりやすく公開するなどして対応する予定です。
* 勉強したい学生の役に立ちそうである。どんな場面でどのように使えるというシナリオ例があるとさらによい。普通の検索エンジンとの違いが分かる場面が、利用者の声といった形で書くのはどうか。 利用ガイドやヘルプがまだ十分整備できておりませんが、ユーザーの立場に合わせてシナリオを構成し、テキストや動画での説明を増やしていきたいと思います。また、ユーザーにもご協力いただいて、使用法を集める努力をし、検索の向上に努めたいと思います。
* 全てのサービスに共通して感じることとして、”他を使用しないでこれを使用するとどのような利点があるか”がよくわからないものが多い。また実際に問題解決形式で、具体的にどのような問題を解決するのに有用なのかの例が欲しい。
* 日本語での検索は分かりやすく、新しい情報源としてとても有用だと思う。特に日本語専門誌バックナンバー検索の拡大・充実を行ってほしい。 今後も学会や出版社に働きかけ、日本語情報を拡充させる予定です。
* 日本語リソースをもったことは便利に思うが、それ以外では Google や GEO と際立った差異を感じない。 現状、検索機能はGoogleとあまり変らず、検索結果は満足のいくものでないかもしれません。生命科学に特化していることで、辞書キーワードを利用したり、分子DBと特許データが同時に検索できるなどの長所を伸ばしていきたいと思います。
* 著作権の問題などが生じる場合には、強いて整備する必要はないと思われる。 著作権の問題の無いところから充実させていきたいと思います。
* 役立つと思います。この方式でどのくらい網羅できるかが問題です。 ありがとうございます。情報の絞り込みについては、遺伝子や蛋白質名の辞書、またDB相互のリンク情報などを利用して、より充実させて行きたいと思います。
* どのデータベースをどのように使っていったらいいのか、インフォマティクスの専門家でなくても分かりやすいようにしてほしい。 個々のDBの使い方については統合TVにいくつかご紹介しています。生命科学データベース横断検索いについては、検索結果の表示を工夫する予定です。
* まさに、統合DBならではの情報を提供できる可能性がる。まだ不十分なようでもっと網羅してもらいたい。一方で、玉石混淆のなかから必要なものを検索できるようなツールや実験データや解析結果の客観的評価ができるようなツールも開発提供してもらいたい。 具体的にどのような方法が提供できるか、検討していきたいと思います。今後もご指摘をお願いします。
* 各省のファンディングの情報から研究成果、学会発表、文献、特許までできるだけ網羅してもらえると有用性が高まると思います。その際、ファンディング、研究成果などの区分毎に上位の結果が出る様になっていると見やすいのではないかと思います。 一度に全ての情報を提供するのはなかなか難しいですが、有用と感じていただけるような情報を抽出し、提供していきたいと考えています。
* ブラウザ依存のインターフェースなので利用できなかった。 WindowsのIE6.0, IE7.0, FireFox, MacOS のSafari, Firefoxでの動作確認はしておりますが、今後はより一層、ブラウザの違いによる不具合を無くすとともに、ブラウザ上でインタラクティブで無くとも必要十分なテキスト情報を別途用意するなど、配慮していきたいと思います。今後のためにもぜひ、お使いになったブラウザをお教えいただければ幸いです。
* 検索結果のRSSを出力できるようにしてほしいです。これが実現すればRSSリーダと合せるとキーワードの定点観測が可能になります。 今のところインデックスの更新頻度があまり頻回ではありませんのでお役に立てるかどうかわかりませんが、検索エンジンの機能によっては可能なので検討いたします。
* まだ開発段階なのでやむをえないと思いますが、対象に偏りがあります。ライフサイエンス系の科研費など網羅的に行なえば違ったものになると思います。 予算規模の大きいプロジェクト研究のデータは、科研費などのデータとは異なり、研究者やコミュニティだけでなく、より幅広いデータ共有が必要と考え、そちらから重点的に行いました。今後は個別の科研費研究なども網羅していきたいと思います。

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生命科学データベース横断検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* データベースなどの横断的検索は便利ではあるのですが、結果を見る限りでは特定のデータベースへのヒットが多数並んで表示されることが多く、現状ではデータベースを指定して検索するのとあまり変わらないように感じました。例えば、まずデータベースの一覧を表示してどのデータベースに対してどれだけヒットしたかを表示するようにしてはどうでしょうか。 ご指摘の通り、DB内部、DB間のエントリーの冗長性をうまくまとめて結果を表示させる必要がありますが、今のところよい具体策を持っておりません。今後十分検討を重ねたいと思いますので、ご協力いただけると助かります。また、結果をGoogleのように表示させるだけでなく、件数のみを表示するインターフェースなども選択できるようにしたいと思います。
* 特に横断検索では、結果の表示方法(並べ方、グルーピングなど)一工夫合った方が、一般の検索エンジンにない特色が出せるのではないでしょうか。
* 特に生命科学データベース横断検索の文献検索に関しては、Medline、PubMedレベルでありながらより情報を絞り込めるような形式で行なうことは可能でしょうか。
* もっと強力なサーチ機能を使えないと、横断検索として、このサイトを積極的に使おうとは思えない。 機能や検索結果については、利用者に十分ご満足いただけるにはまだまだ改良しなければならないと認識しています。当プロジェクトは(まず国内)DBの統合化を目指しているため、各DBの分析や統合に力を配分しており、検索エンジンそのものの開発は国内外のオープンソースなどを利用しています。今後はそのオープンソースに生命科学分野に特化した機能を追加することで、より良い物にしていきたいと思います。
* 生命科学データベース横断検索は、役に立ちそうなアイデアだと思いますが、自分に関係する分野の検索を試みた結果、現状では網羅的というにはまだほど遠いと感じました。さらなる充実をお願いします。 ご評価いただいた時点では全部で30DBが検索対象でしたがH21年度は検索対象DBを200に拡大する予定です。その上で過不足を調整し新しいDBの追加も順次行っていきます。
* 串刺し検索がどれだけ有用かは不明。例えば遺伝子名で検索するのであれば Entrez で検索してリンクをたどったほうが勝るのではないか。global Entrez のように各DB のエントリー数をまず表示するようにしてはどうか。 今のところ英語や専門用語、内容が十分理解できるプロの研究者についてはEntrezや各分野のDBやツールのほうが有用と思います。少し専門を離れたDBや、学生やアノテータ等を対象には、私たちの現状のサービスなどをきっかけにしてもらえればと思います。そのためにも、利用ガイドやシナリオなどを整備したいと思います。検索結果の表示については、Entrez同様に数のみを表示するインターフェースを選択できるようにしたいと思います。
* 横串検索には網羅性がキーとなる。あるいは他では絶対に得られない(簡単には得られない)結果が得られる必要がある。 ご指摘の通り、今年度は散在する国内DB約250件のうち、200件掲載することを目標に網羅性を高めたいと考えています。そこで普通の検索では発見できないような結果が得られることが理想ですが、DBの中には注釈が少ないものもあり、それらへの対応がなければ、数を増やしただけでは良い効果が望めないと思いますので、結果を見て検討したいと思います。
* 特許検索ができるのはありがたいです。全文検索を行う上では特許電子図書館より使いやすいと思います。 ありがとうございます。評価時点では成立特許(登録特許)のみが対象でしたが、2008年11月12日(水)より特許権が成立していない出願についても検索いただけるようになりました。今後は、継続的に情報を更新していく予定です。
* 生命科学データベース横断検索,DNAデータバンク,GEOの再構築の有用性は疑問です.これらのデータベースはいわばミラーサーバ的なシステムだと予想されますが,その場合,オリジナルのデータベースとの間で更新の遅延が生じるのではないかと思われます.そうした場合,特に強い再構築によるメリットがない限りは,最新の情報へアクセスできるオリジナルのデータベースへ直接アクセスすることになるのではないでしょうか?また,日本語化に関して,日本語の情報に日本語のインタフェースをつけることは有用だと思いますが,英語の情報に日本語のインタフェースをつけることで得られるメリットが分かりません. ご専門の研究者の方には英語での情報入手は全く問題ないと思いますが、新しい分野の情報を理解するためにはやはり日本語のわかりやすさは重要ではないかと考えています。更新状況については、生命科学データベース横断検索のインデックス情報およびGEOについては3-4か月に一度行っています。DNAデータバンクについても年4回のmajor updateに合わせて更新しています。
* 横断検索は、ちらっとみた限りでは google で十分な気もした。PNE をはじめ様々な日本語文書が無料で気軽に検索できるようにすることは、とても有意義だと思うが、本プロジェクトで力をいれるべき課題なのかどうかには若干疑問がある。 検索についてはGoogleが持たない情報、また特許と分子DBなど生命科学に関連するものの検索結果を同時に取得することで、Googleに無い価値を持たせたいと思っており、今後は検索結果の表示方法や、ユーザーカスタマイズ画面の設置などを行う予定です。プロジェクト内で何に重点を置くかは、他との重複などに配慮しつつご意見をいただきながら進めていきたいと思います。
* 横断検索でどのサイト由来なのかが、タイトルの横に書いてありますが、少しみにくいです。アイコンや右側にうまく表示するのはどうでしょうか? ご指摘の通り、情報を付けてはおりますが生かされておりません(お気づきいただいて恐縮です)。アイコンなどでわかりやすく表示できるよう改良したいと思います。

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学会要旨統合検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 学会要旨検索を充実してもらえるとありがたい。関連研究の状況を見つけやすくなり、研究の幅を広げることに役に立つ。学会側にとっても会員増加に結びつくのでは。協力学会が現状のように少ない場合は、意味のある情報を得にくい。
* 学会要旨集がデータベースとしては少なく、もっと充実してほしい。
* 複数学会にわたる学会要旨の検索は画期的だと思います。copyrightの問題等あると思いますが、ぜひ進めていただけるとよいです。
* 学会要旨の統合検索は、素晴らしいです。是非、充実をお願い申し上げます。
当初より学会要旨検索は、掲載学会数を増やしサービスを充実するべきとご指摘をいただいておりますが、学協会への働きかけが不十分で数を増やすにいたっておりません。今年度も許諾などのことを考えますと数個の学会に留まるかもしれませんが、引き続き努力したいと思います。また字が見づらい、学会の規模やその他の情報をわかりやすく表示してほしいなどのご意見を取り入れ、インターフェースを改良したいと思います。
* 学会要旨統合検索ですが、検索できる学会を増やすと有用性が高まると思います。尚、左側に学会の要旨集の写真が出ているようですが、要旨集のタイトルが小さくて読みにくいこともあるので、別の箇所にタイトルを明記して頂きたいと思います。
* 学会要旨も重要だという意見があるが、MedlineやISI Web of Scienceのようなサービスに比較して内容の質が低い。かける予算と利用率の様子を見ながら、継続すべきかどうかは厳しく判断すべきだろう。 現在、掲載学会数などが少ないため、まだ得られる情報に限りがあり、申し訳ありません。掲載数を増やすよう努力していく所存です。研究者が一定の労力を割きながら死蔵している要旨のような日本語テキストの有効活用に努め、それらを無料でどこからでも利用できるよう、さらに低コストで実現することを念頭において進めていきたいと思います。
* 学会要旨検索結果はabstract全文が表示されてほしいです。
* 蛋白質核酸酵素,学会要旨の検索は(学会や出版社サイトなど)他のサイトでは提供されていない,ほぼオリジナルなものだと思われますので有用だと思います.今後,権利関係の整理や,検索対象を増やしていただければと思います.
* 蛋白質核酸酵素全文検索や学会要旨統合検索のように日本語で検索して結果を読めるものがあると助かります。その意味ではabstract全文が表示されてほしいです。
著作権や許諾の問題などをクリアしながら、より全文検索、全文表示に近づけられるよう工夫するとともに各学協会にも働きかけを行っていきたいと思います。
* 学会どうしで、公開(公衆への説明)に対する姿勢の違いがうかがえてたいへん興味深いです。 雑誌やデータベースの公開状況について、まとめて公表するようなサービスやサイトができはじめました。本プロジェクトでも各学会の雑誌や要旨の公開状況について掲載していく予定です。
* 学会要旨検索はトップページがごちゃごちゃしていて、どこから何を始めればよいか、わかりにくいかもしれません。 ご指摘の通り、検索の入力窓などが直感的には分かりにくいインターフェースと思います。今後ご意見を反映して改良いたします。

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遺伝子発現バンク(GEO)目次 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* DNAデータベース総覧と検索 や 遺伝子発現バンク(GEO)目次 の生物群区分をより細かくしたり複数選択したりして検索できそうか。 今後の開発予定として取り組ませていただきます。
* DNAデータベース総覧と検索(DDBJ/EMBL/GenBank)、遺伝子発現バンク(GEO)については残念ながら新しく検索サイトをもうける理由がわかりません。現行のもので十分使いやすいのでそこへのリンクだけで十分ではないかと思います。 GEO内のデータ分類(データセット、サンプル[測定に附された生体試料]、プラットフォーム[測定プロトコル])を、生物種と実験手法の2つの観点で分類したインターフェースで閲覧できます。GEOに登録されている情報を探すことを、書籍を読む動作に例えれば、一般的な全文検索は書籍末尾の索引からたどる方法であるのに対して、このインターフェースで閲覧することは書籍先頭の目次からたどる方法に似ています。機能の説明が十分でなく、ご不便をお掛けして申し訳ありません。なるべく早くヘルプページ等を改善いたします。また、英語化も検討いたしております。
* 生命科学データベース横断検索,DNAデータバンク,GEOの再構築の有用性は疑問です.これらのデータベースはいわばミラーサーバ的なシステムだと予想されますが,その場合,オリジナルのデータベースとの間で更新の遅延が生じるのではないかと思われます.そうした場合,特に強い再構築によるメリットがない限りは,最新の情報へアクセスできるオリジナルのデータベースへ直接アクセスすることになるのではないでしょうか?また,日本語化に関して,日本語の情報に日本語のインタフェースをつけることは有用だと思いますが,英語の情報に日本語のインタフェースをつけることで得られるメリットが分かりません.
* GEO の検索は利点を感じられない。本家で検索したほうがずっと良いと思う。日本語で見たい人が利点を感じられるかもしれないが、いかにも学生、専門外の人向き、というように見える。サービス全体の中でこのGEOのように”生命科学を志す学生の勉強向け”のようなサービスが多く、企業の研究者が現場の仕事に生かせるようなものが少なく感じられる。
* GEOの日本語表示は評判が良いようだが、GEOの積極的な利用者ではない評者には、志が小さいように思われる。
* GEOは日本語化されていて非常に便利。 ありがとうございます。
* DNAデータベース総覧や遺伝子発現バンク目次のように、世の中pull型データベースが多いなかで俯瞰的な見せ方を試みているのは面白い取組みだと思いました。
* GEOの目次は非常に便利で利用させてもらっています。組織名、疾患名など専門分野でないと英語がピンとこないので日本語化はとてもありがたいです。また、本家のデータベースの検索より、こちらの目次のほうがずっと便利だと思います。こういう例をぜひ増やしていっていただきたいと思います。 ご利用いただきありがとうございます。ご要望に沿えるように努めていきます。

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蛋白質核酸酵素全文検索 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* タンパク質核酸酵素検索も有り難いものです。 ありがとうございます。どんどんご利用ください。
* 蛋白質核酸酵素の全文検索は評価したい。他の出版社にも働きかけて欲しい。 他の出版社にも働きかけを行いたいと思います。医学系の総説誌なども加えて、生命科学の和文総説検索に幅をもたせられるよう努力します。
* 蛋白質核酸酵素,学会要旨の検索は(学会や出版社サイトなど)他のサイトでは提供されていない,ほぼオリジナルなものだと思われますので有用だと思います.今後,権利関係の整理や,検索対象を増やしていただければと思います.
* 蛋白質核酸酵素の検索機能も便利で、PDFファイルを閲覧できるのは非常に有用だと思います。できれば、他の有名な国内雑誌でも、同様の機能があると便利ではないかと思います。
* 蛋白質核酸酵素全文検索や学会要旨統合検索のように日本語で検索して結果を読めるものがあると助かります。その意味ではabstract全文が表示されてほしいです。 表示方法についてより見やすく、もしくは利用者が表示方法を選べるような工夫をしたいと思います。みなさんのご支持とご意見により、このようなサービスを継続させていければと思います。
* 蛋白質核酸酵素だけではなく、他の雑誌(学会誌を含む)などでも同様のサービスはできないか? 今後、他の学会にも要旨集の公開と利用をお願いする予定です。著作権の問題をなるべくクリアするためには、各学会の会員の方のご協力も今後ますます必要になると思われますが、著作権に関する問題も専門家と当事者をまじえて取り組んで行く予定です。

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DNAデータベース総覧と検索(DDBJ/EMBL/GenBank) へのコメント

コメント担当者の回答内容
* DNAデータベース総覧と検索や遺伝子発現バンク(GEO)目次の生物群区分をより細かくしたり複数選択したりして検索できそうか。 今後の開発予定として取り組ませていただきます。
* DNAデータベース総覧と検索(DDBJ/EMBL/GenBank)、遺伝子発現バンク(GEO)については残念ながら新しく検索サイトをもうける理由がわかりません。現行のもので十分使いやすいのでそこへのリンクだけで十分ではないかと思います。 INSDに登録されているデータを更にまとめ上げて "プロジェクト" と呼んでおります。それらプロジェクトを、生物種とプロジェクト種類の2種類の観点で分類したインターフェースで閲覧できるようにしたものです。 INSDに登録されている情報を探すことを、書籍を読む動作に例えれば、一般的な全文検索は書籍末尾の索引をただどることに似ているのに対して、このインターフェースで閲覧する方法は書籍先頭の目次からたどることに似ています。機能の説明が十分でなく、ご不便をお掛けして申し訳ありません。なるべく早くヘルプページ等を改善いたします。また、英語化も検討いたしております。
* 生命科学データベース横断検索,DNAデータバンク,GEOの再構築の有用性は疑問です.これらのデータベースはいわばミラーサーバ的なシステムだと予想されますが,その場合,オリジナルのデータベースとの間で更新の遅延が生じるのではないかと思われます.そうした場合,特に強い再構築によるメリットがない限りは,最新の情報へアクセスできるオリジナルのデータベースへ直接アクセスすることになるのではないでしょうか?また,日本語化に関して,日本語の情報に日本語のインタフェースをつけることは有用だと思いますが,英語の情報に日本語のインタフェースをつけることで得られるメリットが分かりません.
* DNAデータベース総覧と検索(DDBJ/EMBL/GenBank)の使い方がよくわからない。
* 「DNAデータベース総覧と検索(DDBJ/EMBL/GenBank) 」はDDBJやEMBL, GENBANKで検索することに較べてどんなメリットがあるか、もう少し説明があっても良いと思います。またHelpを見ても「研究プロジェクト」の意味がよくわかりませんでした。
* DNAデータベース総覧や遺伝子発現バンク目次のように、世の中pull型データベースが多いなかで俯瞰的な見せ方を試みているのは面白い取組みだと思いました。 ありがとうございます。

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4. 情報整理や抽出の道具を提供する

 

全般 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 利用のメリットが見えてきません。関連情報収集の補助として、生命科学系データベースカタログを相補する形のものが理想的だと思います. 現在のところカタログ情報と関連するツールはないのですが、今後何らかの連携ができるか検討していきたいと思います。
* まだ十分に概要をみるまでにはいたっていないものの、データセットだけでなく、統合DBの価値を決定するのが一連の利用可能なツールだとおもいます。ざっと見たところ、今、提供されているそれぞれのツールだけでも(利用者層の厚さの違いあるものの)利用価値がありそうで、期待できるが、もっと、どういったツールが必要とされているか要望を募る仕組みや、またベータ版的にこういうツールは使えそうかと試用ユーザを活用するようなシステムもあるとよいのでは。 ありがとうございます。ツールについても皆様からのご意見を参考にしていきます。
* 提供されているサンプルやテスト検索をみる限りでは、どれもまずまず便利そうな印象を受けました。ただし、これらは基本的に世の中に次々に発表されるwebツールと同じ土俵で評価されるべきで、(お金をかけずに)宣伝に力をいれ、これからどれだけ多くの人に受け入れられ、利用されていくかをモニターしていくべきだと思います。
* 情報の整理の道具ではあるかもしれないが、情報抽出の道具というほどのものは含まれていないように思える。もっとコンテンツを充実してほしい。
* それぞれ便利なツールかと思います。ユーザーからも自由にツールが提供されるような環境作りと、BodyParts3Dの様なツールは標準的にみんなで使い合うようになるような環境作りが重要かと思います。 BodyParts3Dは様々な用途が考えられると思いますが、ご指摘の”みんなで使いあうようになる”ために、まず3D人体画像上に手軽に情報を記録できるようにし、情報が共有される仕組みを作成する予定です。具体的には、3D人体の任意位置へのマーキングとコメント付加、保存、検索機能です。例えばグーグルマップでは任意の場所や建物に吹き出しをつけてコメント付加できますが、その人体版です。現在開発中の機能です。

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アナトモグラフィー/BodyParts3D へのコメント

コメント担当者の回答内容
* BodyParts3Dに期待しますが、個々のパーツのリアルさがもっとほしいところです。 完成度につきましては日々改良を続けておりますが、臓器単位にフェーズ番号という形で完成度を表示しておりますので、ご利用の際は参照ください。また、リアルさについては、複数の解釈がありえますが、特定の個人を忠実に再現するというリアルさではなく、情報共有ツールとして利用できるモデル人体の構築を目標にしています。
* 三次元データをVRML形式などでダウンロードできたら、とてもインパクトがある。作るのに手間がかかるので、どこも非公開にしているが、だからこそ公開にすると、世界中で使われるようになると思う。 2008年8月11日からフェーズ2データのSTL、 VTK形式でのダウンロード公開を開始しました。VRML形式も検討中です。
* アナトモグラフィーのアイデアは良いと思います。 ありがとうございます。
* アナトモグラフィーは使い勝手が向上することに期待する。継続して開発してほしい。 使い勝手の点も改良に努めます。
* BodyParts3Dは他の生物種もほしい。 少なくともH21年度は、ヒトデータの完成度向上に全力を尽くします。
* BodyParts3Dに期待。View画面上でマウスで直感的に操作(転、拡大縮小)させたい。3次元データをいくつかの3Dファイル形式でダウンロードして使えるとありがたい。バーチャル切片もできればよい。3次元データを外部から読み込んでこのシステムを利用できるようになれば、他の生物でも利用できるようになると思われる。 画面上でのマウス操作の件は検討いたします。ダウンロードについては、2008年8月11日からフェーズ2データのSTL、 VTK形式でのダウンロード公開を開始しました。VRML形式も検討中です。バーチャル切片(断面の表示のことでしょうか)は現在のところ考えておりません。他生物につきましても3次元モデルデータがあれば、是非取り込んでいきたいですが、利用可能なものがほとんどありません。具体的にご教示いただけると幸いです。
* BodyParts3Dに大変期待しています。これは多くの研究者が利用するようになるのではないだろうか。 ありがとうございます。皆さんに使っていただけるよう充実に努めます。
* アナトモグラフィーは、専門外、一般のユーザが使うツールとしても、非常に面白いものではないかと思います。
* アナトモグラフィーは非常にユニークなツールだと思います。NCI-60やGNF GeneAtlasのような広く使われている発現データなどをマップした結果がサンプルなどで提供されるようになるとさらにユーザが増えるのではないかと思います。 NCI-60やGNF GeneAtlasで用いられている解剖名称がBodyParts3Dに登録されていることが前提ですが、検討いたします。
* アナトモグラフィーは他の生物種へも対応したり,様々な生物や組織の立体モデルを収集したデータベース等への発展も期待できると思います. 同様なご意見が他にもありましたが、3次元データの構築に手間がかかるため、立体モデルのDBは世界的に公開が進んでいないのが現状です。現在のヒトの3次元モデルの有用性を示して、他生物でも3Dデータの構築・公開が促進されるきっかけとなればとも考えています。
* BodyParts3Dの様なツールは標準的にみんなで使い合うようになるような環境作りが重要かと思います。 BodyParts3Dは様々な用途が考えられると思いますが、ご指摘の”みんなで使いあうようになる”ために、まず3D人体画像上に手軽に情報を記録できるようにし、情報が共有される仕組みを作成する予定です。具体的には、3D人体の任意位置へのマーキングとコメント付加、保存、検索機能です。例えばグーグルマップでは任意の場所や建物に吹き出しをつけてコメント付加できますが、その人体版です。現在開発中の機能です。
* BodyParts3Dは実際に利用しているサイトがあれば、利用例としてリンクしてあると良いです。 個別に利用例を集めたり、作成することは重要ですが、将来的にはYouTubeのように、作成した解剖図譜(アナトモグラム)をコメント等のメタデータ付きで気軽に匿名投稿できる仕組みを実装し、利用例がおのずと集まれば理想的だと考えています。
* BodyParts3Dで説明されている「フェーズ」は、絵の完成度の進行状況を教えてくれるので、有益な情報を提供してくれます。関心のある部位のフェーズが上がるのが楽しみです。 ありがとうございます。多くのパーツについてフェーズを上げていけるよう努めます。
* できあがる絵のqualityが低い。直観的に使えない。 3次元モデルのクオリティにつきましては、日々改良を続けておりますが、臓器単位にフェーズ番号という形で完成度を表示しておりますので、ご利用の際は参照ください。また、リアルさについては、複数の解釈がありえますが、特定の個人を忠実に再現するというリアルさではなく、情報共有ツールとして利用できるモデル人体の構築を目標にしています。公開中の画像は、形状が複雑な人体をできるだけ高速に描画するため、データ(ポリゴン)数を削減しています。拡大表示では、実際のモデル精度よりも粗い表示に見える場合がありますので、その際は精度の高いモデルを表示する工夫をしたいと考えています。
* アナトモグラフィーの表示の調整(拡大・縮小・回転・深さ)をもう少し感覚的に扱えると良いです。選択した部位が今見ている部位と比べて非常に小さい場合にその部位を指し示す矢印が出てくれると(特に不勉強な私には)助かります。 画面上でのマウス操作の件は検討いたします。”その部位を指し示す矢印”につきましては、マーキング機能が実装されれば可能かと思います。マーキング機能とは、3D人体の任意位置へのマーキングとコメント付加、保存、検索機能です。例えばグーグルマップでは、任意の場所や建物に吹き出しをつけてコメント付加できますが、その人体版です。現在開発中の機能です。
* アナトモグラフィーを、授業に使ってたいへん便利でした。また、分散した学術情報統合の画期的な手段だと思います。 授業でのご利用ありがとうございます。

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Allie へのコメント

コメント担当者の回答内容
* OReFiLやAllieは何が嬉しいツールであるのかの説明がほしい。 ご意見いただきありがとうございます。今後、日本語や英語での説明を充実させていきます。
* Allieは完全英語のシステムですが、検索結果の Long Form の所に、LSDでやってたような逐語訳を付けてくれるとか、用語の大まかなカテゴリ(物質名、反応、生命以外の学術用語、一般用語など)の推定結果を日本語で示してくれると、検索結果が長い場合に手早く選べるような気がします。 いただいたご意見は今のところ対象機能からはずれていますが、参考にさせていただきます。
* AllieでGFPをサーチしてみると,GFP融合タンパク質を作ったさまざまなタンパク質名がすべてでてきました.これは無意味な関連づけのように思います.関連づけにももうすこし工夫が必要です. Allieで調べられるのは、論文中に出現するある略語とその書き下し形の組合せで、例えば、複数の意味を持つ略語が示す正確な内容を把握することができます。その対象を研究した論文かどうかは判断基準になっていませんので、ご指摘のようなGFP (Green Fluorescent Protein) に関する研究や論文の検索には向いていません。Allieの効果的な使い方については、もう少し説明を追加する予定です。
* AllieはRelated Abbreviation機能があるところが良いと思います。 ありがとうございます。今後は、英語のみならず日本語の略語検索もできるように開発を予定しています。また、表記ゆれの辞書を開発し、搭載することで今まで同一の略語として表示されなかったものをひとくくりに扱えるよう進めています。
* Allieは意外と役にたつと思います。 ありがとうございます。

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OReFiL へのコメント

コメント担当者の回答内容
* OReFiLやAllieは何が嬉しいツールであるのかの説明がほしい。 OReFiLについては、「ヘルプ」をクリックしていただくと一問一答式の使い方マニュアルを用意しています。利用者がそちらヘ容易にたどりつけるようリンクに工夫を致します。また、英語でのマニュアル整備も視野に入れています。
* OReFiLをalignmentで検索してみると、確かに、配列データをクラスタリングしたデータベースとalignmentツールがごちゃ混ぜでヒットします。利用者としては、ツールの部とデータベースの部を分けて結果表示していただけるとよいと思いました。 今後の検討課題とさせていただきます。

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Wired-Marker へのコメント

コメント担当者の回答内容
* Wired-Markerは対象としたユーザーがわからない。類似ツールとの競合になりやすいものをわざわざ開発する強い動機があったのだろうか。 Wired-Markerは、科学研究での論文作成(Referenceと引用センテンスの整理など)やインターネットを利用した調査などにお使いいただけます。少し専門的になりますがご指摘にあるような類似ツールは全てキャッシュしたページにマークを残すものですがWired-Markerではウエブ上のページの位置にマーカーを残しますのでRest様のURLは転送共有可能です。電子論文をマークする際などには非常に便利です。Linux Pro Magazineでの論評をご参照ください。
* Wired-Markerでマークアップ情報を階層的に一覧してみると、相互関係の把握・発見にとって有益だと実感します。これはいいですね。 ありがとうございます。今後はウェブページだけではなく、PDFファイルでもお使いいただけるよう開発を進めていく予定です。今秋より、マークされたページがキャッシュに自動的に保存される機能を加えましたので、ページが変更になってもデータを参照できます。

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5.DB統合に必要な新しい基盤技術を創る

 

全般 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 遺伝子・分子視点の百科事典型DBはcentral typeで中央に大きな一つのDBを作り、疾患や薬剤応答性などの形質(表現型)視点のDBはfederation typeで、virtualな統合を図っていくことが研究者のincentiveの面からも、各分野の進歩の早さからも、資金の確保の面からも現実的である。そのためのkey technologyは生命科学に特化した新しい検索エンジンとともに、各DBが独自性を保ちつつも最低限、対話・連携できるための文法・ルールを持つことではないだろうか。 ひとつの固まったデータベースを作ることは想定しておりませんが、ご指摘のように文法やルールの整備はデータを関連付けるためにも必要なものだと考えております。
* DB構築や維持管理、さらには有効活用に向けた改変などは専門家あるいは専門組織の助力が必要であり、研究成果の普及・活用も含めて進めてほしい。統合検索については便利なことは確かですが、検索のメインキーや更新状況、検索方式の差異などで、本来のサイトでの検索と結果が異なることもあると思われるので、どこまでサポートするのか難しい面もあると思います。 ご意見、ご指摘ありがとうございます。DBの有効活用に向けてサポートできるように努力してまいります。統合検索の具体的な方式については鋭意検討中です。
* 今後の運用を見て評価したい。 使用法やDBに関する情報等のメタデータを整備して表示いたします。
* イメージがわかないため、どのようにして使えばいいのかがいまいちわからないので、何か例を出して説明すると共に、このサービスを使って実現化した実際のデータベースをリンクするなどして、有用性を明確にしてほしい。
* アイデアとして大変有用だと思いますが、どのように実現するのか、具体策がわからないので評価できません。
* 具体的にどういう時に利用すると役に立つのかの実例が欲しい。
* 良さそうには見えるが,実際にうまくできるのかわからない.
* 概念しかなく、いわば理想像しか描けていないので、全く評価できない、というのが実情。
* 現状は具体的な内容にまで踏み込んで評価できる段階ではないと思うが、基本的な精神としては、これぞ本プロジェクトで本来力をいれるべき内容だと思います。ただ、データベース(技術)の普及は技術の優位性だけではないと思いますので、ある程度のものができた段階で、積極的に外部に発信・交渉して、世界の標準化に向けて努力していくべきだろうと思います。 ありがとうございます。皆さんにお使いいただけるものはどんどん公開して、ご意見を伺ってまいります。
* 画期的なサービスだと思います。 ありがとうございます。

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誰でもデータベースが構築できる TogoDB へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 費用がかからずデータベースを作れるのは、画期的と思います。方法についてもう少し詳しい説明があると良いと思います。 使用方法についてまだマニュアルが整備できておりませんので分かりづらい箇所もあるかと思いますが、なるべく早くマニュアルなどの文書を整備いたします。
* どの程度のカスタマイズが可能なのか、もう少し詳細な説明があると、DBのノンプロが応募するかどうか決めるための参考になると思います。 カスタマイズについてもマニュアル等の文書中に盛り込めるか検討します。
* TogoDBはブログサービスのバイオDB版(定型データベースのホスティング)だと思いますが、DBを公開したい人は見た目でも独自性を出したいのではないでしょうか?現在は無味乾燥でどれも同じに見えますが、ブログパーツのようなお飾り系のツールが大量に使えるようになるとか、派手なテンプレートがあるとか、ユーザ作のテンプレートが投稿できるというのでもいいかもしれません。DBを公開したい人は、楽をしてDBを公開するだけでなく、楽をして派手で魅力的な見栄えを手に入れたい筈だと思います。 カスタマイズに関連すると思いますが、利用者のニーズを探りながら今後の検討課題とさせていただきたいと思います。
* 誰でもデータベースを作れるというサービスは、もし本当にできるのであれば、とても画期的だと思う。 ありがとうございます。現状では、まだ運用には至っておりません。しかし、今回はご紹介しませんでしたDBの受け入れ事業では、この仕組みを用いて他機関で作成されたDBの受け入れ・公開を支援していきます。運用開始まで今しばらくお待ちください。
* 埋もれている種々のDBを抽出、統合するのに便利かと思いますが、ユーザがこれを見てもよくわからないと思いますので、使用法をもう少し丁寧に解説する必要があるかと思います。 使用法やDBに関する情報等のメタデータを整備して表示いたします。
* TogoDBの左側にあるテーブルが受け入れたデータベースでしょうか。何のデータベースなのか説明がないのが気になります。テーブルの目的・内容及び列の説明がないと公開されても他の人がうまく利用できないと思います。
* データベースのユーザは多いでしょうが、データベースを構築する人はそれほど多くないかもしれません。このサービスを利用してデータベースを構築した例を示してもらえると多くの人にもイメージがわくかもしれません。
* 各種プロジェクト終了後も構築されたデータベースが継続して利用できる受け皿として期待します。 ありがとうございます。ご期待に沿えるよう努めます。
* TogoDBは、実際にもっと使ってみないとわからないところもあるものの、概念としては(とくに個別研究からでてくるデータなどを有効に収集データベース化していくうえで)大いに役に立つはずです。データをもっている個人がどんどんこれを使ってDB化することで何かしらクレジットが得られ、利用したくなるような仕組みも必要とおもいます。 クレジットについては、利用許諾の整備を行い表示することで対処する予定です。
* データベース構築に関しては是非進めていってもらいたいです.ただし,一般にはデータベースシステムの構築の手間もさることながら,使用方法等のドキュメンテーションの作成(日本語/英語)や,維持管理に関わるデータ更新などにも結構な手間がかかるように思います.上記説明文上ではシステム構築のサポートについては書かれていますが,後者の件については,当然考慮されているとは思いますが,記述が見つかりません.その辺りのサポートについてもご説明いただければと思います. DBについては提供者にメタデータの記述をお願いすることで、概要がわかる情報をつけていただくことから始めています。現在では、まず受け入れ作業を進めることが中心で、受け入れ後の更新についてはまだ検討できておりませんが、今後の検討課題であると思います。
* これは重要なプロジェクトだと思います。DBを登録するのでない一般ユーザーの意見として、費用対効果を簡単でよいので統合されたDBを一括して利用した結果整理して表示する画面があったり、BodyParts3Dのようなツールに貼り付けたりできると有り難いです。 ウェブサービス等も活用したパーソナライズ化の可能性について検討します。
* TogoDBは、データベースを作成したいと考えている人達には非常に有用なツールだと思いますが、統合DBでの受入れの基準などを明記しておいた方がよいのでは? ご指摘ありがとうございます。受け入れ基準や方針の整備を行い、表示するよういたします。
* TogoDBとTogoWSは地味でマニア、玄人受けするサービスですが、重要なプロジェクトだと思います。例えば、統合TVやMotDBと協力して普及活動を行うなどして、様々な人に知ってほしいと思います。 インフラとしての価値を評価して頂きありがとうございます。統合TVなどで具体的な利用手順を周知する予定です。

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国内ウェブサービスの統合 TogoWS へのコメント

コメント担当者の回答内容
* TogoWSは国内のデータベースと書いてありますが、国内で完結するような研究は現在の自然科学にはあり得ないと思いますので、国内だけを対象にするのではあまり役に立たないと思います。 ドキュメント整備が遅れていますが、NCBI、 EBI の主要データベースと BioMOBYの一部には対応しています。今後、さらに必要なものをサポートしていく予定です。
* TogoWSの整備は国内4センターのAPIを整備し誰でもマッシュアップを作成できるようにするものと理解しますが、このAPIは内部では例えば生命科学データベース横断検索とかに利用されいるのでしょうか。 横断検索には対応を予定しています。TogoDB と連携することで本プロジェクトで受け入れたDBをカバーしたいと考えています。
* TogoWSのような裾野を広げるのではなく、開発者を助けるツールというのは一般的には評価されにくいと思いますが重要な仕事なので長く続けてほしいです。華々しい応用例を求める声もあるかと思いますが、縁の下の力持ちのようなツールはそういった評価とは別の次元でされなければならないと思います。 インフラとしての価値を評価して頂きありがとうございます.検索のインターフェイス統一など今後もインフラ整備を進めていく予定です。
* TogoWSも実際に使い勝手をもっと見る必要があるが、活用度が高まるよう有機的に統合するのは必須とおもわれます。 ワークフローが実現可能な仕様の統一化などを推し進めると共に、機能の使い方やマッシュアップの方法をドキュメント化し、活用度を高めたいと考えています。
* TogoDBとTogoWSは地味でマニア、玄人受けするサービスですが、重要なプロジェクトだと思います。例えば、統合TVやMotDBと協力して普及活動を行うなどして、様々な人に知ってほしいと思います。 インフラとしての価値を評価して頂きありがとうございます。統合TVなどで具体的な利用手順を周知する予定です。TogoWSについては統合TVに掲載しましたので、ご覧ください。

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6. DBの未来を担う人材を育成する

 

全般 へのコメント

コメント担当者の回答内容
* バイオインフォマティクスについて何をどう学んでいけばよいのかとの情報が世の中に乏しいです。文献のリストもありますが何から手をつければよいのかわかりません。 MotDBなどで提供している教材など参考にしていただければと思います。具体的なご質問などありましたらぜひご相談ください。
* 定年後ではあるが十分な能力を持っている研究者の活動・貢献の場としても考えては如何か。 ご提案ありがとうございます。長浜バイオ大学では定年を迎えられた専門家の先生方に学部学生の実習を指導していただくという取り組みを試みています。この取り組みの成果として学生と若手研究者とシニア世代の共同作業により「エキスパートがキュレートしたtRNAデータベース(tRNADB-CE)」を作成して、現在公開しております。
* 標榜するようなコンテンツを提供するには、このプロジェクトだけでは無理ではないでしょうか?むしろ教育機関や関連組織からコンテンツを提供してもらい、それらを一元的に提供する枠組みにした方がよいのでは。 人材育成については賛否両論のご意見をいただいています。いただいたご意見については今後検討していきます。
* 重要な視点だと思いますが、現在のコンテンツを見る限り、人材育成に貢献できるかわかりません。更なる充実を期待します。
* 人材育成については無理がある。役に立たないとは言いませんが、《否定の連続》、、。
* 本気で人材育成するのは,このようなやり方では難しい.きちんとした教育機関の責任だと思います.
* 大学の教育、研修の材料としてはそれなりに使えるのではないだろうか。企業で人材育成に使おうとするためには誰かがこの中から有用なものをピックアップする努力をしないといけないので難しい。 ありがとうございます。アカデミック、企業の隔てなく、お話をいただければできる範囲で協力させていただきたいと考えています。
* 人材育成という観点からいうと、これは統合DBに限らず、どの組織にあっても重要課題であることには間違いないものの簡単ではないとおもいます。とくに「英語ができる人材を育てる」といった課題と同じく「情報」や「英語」だけできても実際にはあまり役に立たず、複合的にさまざまな分野の専門性も同時に育つようなアイデアやシステムが必要かとおもいます。確かに短時間で習得できすぐに応用できるようなセルフチュートリアル的なコンテンツは役に立つかとおもいます。利用法のQ&Aをさらに活用してアイデアにつなげ新しいツールへと発展させ、その過程でユーザをうまく開発に(例えばまずはアイデアだけから、うまく啓蒙すればそれを実現するためのアルゴリズム化などいつのまにか、といった形ででも)組込んでいけると理想かもしれません。周りをみるとやはり必要に迫られて触りはじめたのがきっかけでこの道に入ったという専門家もよくみますので。 ご意見ありがとうございます。コンテンツを充実させると同時に、講習会などの場で利用者の要望を取り入れたり、人的交流なども行っております。そのような場も活用して人材の育成につなげていきたいと考えています。ウェット系・ドライ系双方に言えることですが、周りに聞ける人がいるというのは、新たな分野の知識を提供したり、興味を持ってもらうためには必要だと思いますので、そのような機会を講習会やオンラインなどで提供していきたいと考えています。
* なかなか評価されにくいですが,重要なサービスだと思います.今後,これらのサービスの有用性を示すことが可能な,何らかのよい評価方法を考えられることを期待します. ありがとうございます。
* 学生さんや分野外の研究者、技術者に役に立つと思います。
* アカデミアでも企業でもデータベースや情報ツールの使いこなしは不十分であると思うし、改善するためにはこのようなオンライン講習や人材育成は進める必要がある。
* フォーカスが重要になるかと思います。現場が実際にどんな知識を求めているのか、をどのように吸収しコンテンツ作成に活かすか、が今後重要になっていくのではないでしょうか。 講習会や学会、またウェブサイト上でも広く意見を受け付けていますので、お寄せ下さい。

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統合TV へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 統合TVをもっと充実させてほしい。単にデータベースの使用法だけではなく、JSTバイオインフォマティクス人材養成などで作成された講義ビデオなども含めてみては? 今秋には統合TVのコンテンツ数が100を越えました。今後もコンテンツ充実には努めていきますのでご期待下さい。ご提案いただいてる件については関係者と検討してみます。
* 統合TVで講演を録画したものはスライドの字が見えません。スライド中心の方が良いと思います。 ご意見ありがとうございます。今後動画を作成する際の参考にさせていただきたいと思います。
* 統合TVはとても良いのですが、講師の説明を音声付きで録画したものはスライドの字が見えず、音声なしでスライドに説明をスーパーインポーズしたものは説明の情報量が乏しいような気がします(ついでに展開が早い時があります)。その中間、つまり「講師が音声付きで説明しているんだけどスライドがアップで映っているので字がよく見える状態」の方が理解しやすいし手間も省けると思います。
* 統合TVはとても興味深い。海外のお客さんが日本に来た時のビデオなども載せて行って、聞き逃した講演を聴けるようになると知名度が上がると思う。 そのような機会があれば、ぜひ協力をお願いしていきたいと思います。
* これで人材育成をしたと言えるのなら、YouTubeはインターネット大学を名乗れるだろう。 統合TVはオリジナルなコンテンツを提供しています。YouTubeからもご覧いただけます。
* 統合TVのアピアランスのセンスは肌に合わないが、利用者サービスとしては良質のものだと思う。ただ、それを「DBの未来を担う人材育成」のために本プロジェクトで行うことが妥当なのかどうか。 人材育成については賛否両論のご意見をいただいています。いただいたご意見については今後検討していきます。
* 統合TVは一種のOCWといったところでしょうか。体系的なメニュー構成になっている方が使い易いような気がします。 サイト内検索やカテゴリーのリスト表示などが可能です。ぜひ一度お試しください。
* 統合TVはこのサイトを訪ねて見るよりも、疑問がわいたときにGoogle等で検索しても出てくる、紹介されたソフト、DB等からも見られるのが理想。 検索エンジンで検索した際に、なるべく上位にくるよう努力しています。現在、海外発のツールも多いため日本語の動画を提供元からリンクしてもらうのは難しいのではないかと思います。むしろ、ツールの制作者自らが解説動画等をチュートリアルとして作成し、自らのサイトに掲載してもらうようお願いしていきたいと考えております。
* 統合TVは、重要な試みだと思うが、実際のユーザの需用を調べた上で内容を充実させた方が良いのではないか? 講習会や学会、またウェブサイト上でもリクエストを随時受け付けています。具体的なコンテンツのご要望がありましたらお寄せ下さい。
* 統合TVのタイトルを拝見しました。すごく勉強になりそうです。授業で紹介しようと思います。 ありがとうございます。ぜひお願いします。

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MotDB へのコメント

コメント担当者の回答内容
* 人材育成は重要なことは理解できる。AJACSのような活動をすることも理解はできる。しかし人材育成プロジェクトとして行うのならば、3年後、5年後に定量的に評価できる形であるべき。それには何回講習会を行った、ではなく何人のどのような人間が育った、という形だと考える。 ご意見ありがとうございます。講習会だけではなく、本プロジェクトに参画している機関において講義や実習なども実施しています。
* MotDBは、(少なくともこのサイトから見る限りは)アノテータ、キュレータ、システムデータベース管理者向けというよりは、バイオインフォマティクス初級者向けの教材のように見える。データベース自体が多様であるので、ある程度専門化した教育が必要なのでは? ライフサイエンス統合データベースセンターが開催してきました講習会の内容は主に初級者向けのものでしたが、今後は上級者向けのものも実施を予定しています。その他の教育機関の教材を最後までご覧いただければ、最終的には専門的な内容の実習などをこなしていることをご理解いただけるかと思います。
* MotDBのようにアノテータ、DB管理者などゴールを絞り、自習可能な教材、書籍の紹介(この本の次はこの本)などが拡充されるとよいと思います。 自習教材としては、MotDBでも講習会に使用したパワーポイントなどを一部ご紹介しています。また、統合TVもコンテンツ数が日々増えておりますのでご利用いただければ幸いです。
* 「MotDBとは何か」を説明したものが結局見つかりませんでした(トップページのようこそだけではよく分かりませんでした)。 MotDBについては講習会参加者に主にご利用いただくことを想定しておりますので、講習会での説明を中心とさせていただいています。それ以外の方がご覧になることも配慮して説明を加えたいと思います。
* MotDBもわざわざお金をかけて本プロジェクトでやる必要はないような気もします。 ご意見ありがとうございます。DBの利用者のスキルを向上させることも、DBの有用性を高めることにつながると考えています。

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7. 今後当プロジェクトで提供すべきサービスについて

 

今後当プロジェクトで提供すべきサービスについて へのコメント

* 「データベースの索引をどのような形で作成するか」が多様な興味とバックグランドをもった利用者に対する、ナビゲーター機能、および活用頻度の向上という点で重要なポイントだと思います。たとえばゲノム・ポストゲノム分野のプロジェクトに関しても、段階的な要請(学問としてのニーズ)があって進められたものであり、相互の関係が視覚的に分かるエントリー画面などがあると、より有機的に使い易いのではないでしょうか。
* ユーザーの対象として 1.研究者が先端分野をより深く 2.研究者が関連分野へより広く 3.テクニシャンがより深く 4.学生など未経験者への入門 また、DBの性質として A.カタログとしての網羅性(すべての情報) B.ナビゲーターとしての利便性(不要なものはばっさり捨てる) のそれぞれ組み合わせがあるとよいかと思います。
* 例えばネイチャーやサイエンスの日本語サイトと協力して、隔週とかでピックアップしたトピックスの分かりやすい解説講演を統合TVに載せてくれると助かります(似たようなことを自前で行っている研究室も多いのではないでしょうか?)。
* 上記各項目でのコメントと重複するが、(1)一次データ提供型DBと、データ二次利用・価値付加型DBの共存・共栄を図るための場の提供、(2)生命科学分野のDBの検索に特化した強力な検索エンジンの開発、(3)その検索エンジンにも対応した、各DBが守るべき基礎的共通ルールの作成、(4)シルバー人材活用も視野に入れた人材育成。
* 様々な情報を可視化して、状況判断の助けになるようなシステムがほしい。
* 人材育成の一環として、インターン制度を検討してみてほしい。
* キーワードとキーワードの関連性(分野・階層・個別制限可能に)を視覚化し、関連性をもとにキーワード探索を深めていくことが可能なツールがあればおもしろい。
* 関連情報を検索する場合、Entrezのcross-databaseを利用しています。今回のプロジェクトはそれよりもグローバルな検索が可能なDBの統合を目指して頂きたいと思います。あくまで検索画面は簡単で、奥が深くより詳細な網羅的な情報が取得できるようなものが必要です。
* 複数の人間が複数の形で作っているデータベースは、ともすれば統合すれば、有用性が増すものも多い。このようなものをどんどんマッチングさせていって、統合化するような積極的なデータベースプロジェクトの進行を切に願う。さらに、生物系の研究者が、有用なデータベースを作りたいと思ったときに、コンピューターの知識などハード面での協力体制を作ってもらって、かつ長期間、最新の情報が維持されるような有益なデータベースを育成するようなプロジェクトも立ち上げてほしい。
* たとえば、1つの遺伝子に注目して、ゲノム配列、miRNA、生物種差、ドメイン・モチーフ構造、立体構造、機能、遺伝子多型などがすべてリンクされているデータベース。言ってみれば、Genecardsをさらに使いやすくした日本人向けのデータベースが作れるといいです。
* 非常に有益なデータベースでも資金の面で閉鎖せざるを得ないものもあるようです。そういったデータベースの受け皿を作って運用できるようなサービスを考えてほしいと思います。
* 個別的な話で恐縮ですが、MBGDをうまく使えば、目玉の1つになるような気がします。
* トップページに検索窓があり、各サービスのエントリー数が表示されるような global Entrez のような機能があれば使いやすいのではないか。全ページ英語版を作成し、海外のライフサイエンス研究者のアクセスが多くなるようなサイトを目指して欲しい。そのようなものになれば日本の研究者も多く使用すると思う。
* 開発中医薬品の臨床情報(薬理動態、薬理効果、安全性)の包括的な分析データベースの構築と疾患遺伝子型及び表現型との相関データベース体制の構築 。
* (1)継続的な更新が可能となるような枠組みについての検討があるといいと思います.(2)確かに統合データベースというプロジェクト名ではありますが,データベースの統合にはこだわらなくていいと思います.実際に何らかのデータベースを統合したところで,ほとんど有用でなかったり,維持管理が高コストであったり,オリジナルのデータベースとの時差が起こる等の理由で多くが破綻してしまったり,消えてしまっている一方,現状残っているデータベースの多くは,オリジナルのデータを提供している(例えば,Entrezであれば,Entrez Geneや,Ensembl であれば Ensembl geneなど)ことを考えると,ユーザがデータベースを統合して利用するために必要なツールや,一次データの作成・提供に集中した方がいいのではないでしょうか.(3)世界で広く利用されている標準化に個別データベースを対応させるためのサポート(手法やガイドラインのドキュメント化や,実際の作業の支援等)を考えられてはいかがでしょうか.
* 広く浅くの統合よりは、我が国発のユニークなデータベースを「深く」統合したコンテンツ作りをしていただけるとよいのではないかと思います。
* 思ったよりはたくさんの中身があり,うまく整理すれば利用できそうです.ただし,メニューから項目を選択する形式だけでなく,何かファジーに選べるような方法はないでしょうか.たとえば,概念や言葉を2次元に配置しておいて,その上をサーフしていき,詳しく見たいところでズームするとさらにその下位概念や関連概念がズームアップするというような感じはどうでしょう.
* ライフサイエンスの教科書を目指す、という目標を掲げていたように記憶しています。そのあたりが未だ見えてきていないように感じます。難しいテーマかもしれませんが、何かしら形を示していただきたいところです。
* はじめから日本語での利用しか念頭においていないように見えるのですが。日本語サービスが不必要だとは言いませんが、これはやはり世界の科学者コミュニティにどれだけのインパクトを与えたかで評価されるべきなのではないでしょうか。人材育成についても、大学院制度やインターン制度を使って、本気でアノテーターを育成するためのプログラムをたちあげてみてはいかがでしょうか。
* 継続は力なり。常に最新の情報が反映されていることを望みます。
* 各種キーワード検索でのゆらぎ・辞書検索の実現。例えば「癌」と入力したら「がん」でも「cancer」でも検索して欲しい。
* まずは、今あるDB等をきちんと整理し、維持、改廃、評価され続けることが希望です。一方、時間がたてば以前有用だったDBも別のDBに取って代わられたり、価値をなくしたりすることがあると思います。その中には、アノテーション等を最新にすれば価値が見直せるものもあると思うので、そういうものを再構築し再提供するとかいう試みも必要だと思います。
* 自分で探すと手間がかかる(とくに各省庁関係のプロジェクトの最終的な成果情報)ものを丹念に追跡して、一覧して見せてくれる人たちがいるというのはそれだけでもすごいことだと思います。これを継続するとともに、それらのデータセットが全体としてどういう姿になっているか(例えばGEO目次)、どうやって使えるか(例えば統合TV)などの、参考になる情報を付け加えていってほしいと思います。
* データベースは情報が古くなると使い物にならないので、このデータベースが維持・更新されていくのかが懸念されます。このプロジェクトが終わったらデータベースの更新も終わりになるのでは、せっかくの成果が無駄になってしまいます。今後も継続してユーザからの要望を集め、改良や新しい機能の追加が続けられれば、研究者にとってより有用なサイトになると思います。
* ブラウザ依存のインターフェースは最悪です。
* 全体的にただの寄せ集めでしかない。このような企画は昔からあり、新規性が感じられない。誰でもが思い付くことを大規模にやっただけ。そして、これまで同様にこのサービスも消えて行くでしょう。10年後に現在と変わらぬアクティビティーで維持されていたら評価に値するでしょう。
* 多様なデータベース間の関係を(階層性も含めて)表現したものが必要と思われる。現在のものは、単にデータベースのコレクションとなっているように見える。関係付けのための統合DB自体のポリシーを決めてみては?
* 各DBの組み合わせ解析など解析のアイデアを投じて共有できる機能があると今まで気がつかなかったアイデアが生まれたり思わぬ協力者が現れたりしないでしょうか。

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8. その他

 

その他 へのコメント

* 今後の本当に対象とすべきユーザは主に大学院生なので、大学院生などへの広報が効果的かと思います。例えば、実験医学や細胞工学などで何回かに分けて連載してみると結構効果があがるかもしれません。もちろん、「蛋白質 核酸 酵素」もデータベース化されているので同様のことはすでに検討されていることと思いますが。
* 日本でもNCIで行われているCaGridのような研究開発が必要であると考える。
* 日頃、統合データベースの成果を利用している訳ではないので、成果の評価ができるかが心配だったが、この評価画面はその点がうまく工夫されていて、とてもよかった。ただ、それぞれのプロジェクトにどのぐらいの予算が投じられているかがわからないと、適切な評価が難しいようにも感じた。
* 最後の6の「今後当プロジェクトで提供すべきサービスについて」具体的にはそれぞれの項目に書き込みましたので、記入していません。やはり、統合DBを構築していく若手のみなさんにとっても、また、いろいろなレベルから使わせもらうユーザにとっても、それぞれのインセンティブが自然と高まるような広い意味ので「人間工学」的な見地からの仕組みや工夫、そして、持続性をもたせ規模が大きくなればなるほどコンテンツも利用価値も相乗的に高まっていくような統合DBを期待していますし、実際にその方向で稼働しているとおもいます。
* プロジェクトの目標として「情報へ案内する」「検索サービスを提供する」といった目標を掲げているが、もう少し具体的な大目標を掲げて欲しい。現在はそこそこの便利ツールを作り散らしているように見受けられる。「DB統合に必要な新しい基盤技術を創る」というのは研究として重要なテーマでもあるので本腰を入れて行なってもらいたい。
* DBばかり見て廻ってるオタク連中や、逆に実際のユーザではないシニアPIの意見はさておき、実際に手を動かしているウェット系若手の素朴な意見もちゃんと吸い上げられておりますでしょうか?
* 私はバイオインフォマティクスの専門家でなく、一利用者に過ぎません。このプロジェクトの目的は、分子生物学を利用する研究者がだれでも簡単に利用できるようなデータベースを構築する点にあるはずです。まずはやさしく使えるような形にしていただきたい。まだ専門性が高い部分が多いのではないでしょうか。
* 昨年秋に一度お話をしたこともありますが,生物そのもののさまざまな性質や形態に関する情報をこのデータベースとして整備していただくとよいと思います.私自身もある程度そうしたものをまとめていますが,むしろ,さまざまな生物のゲノムを解読している方々それぞれにお願いして記入していただくような形で,統合データベースのプロジェクトとして,各生物の基本的な情報を整理して検索できるようにならないでしょうか.データベース検索で何かの生物がでてきても専門外のものはどんな生き物かもよくわかりません.是非お考えいただければと思います.

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