各サービスへのコメント （2006年度 ライフサイエンスDB統合の進め方へのユーザー評価の結果とその対応）
戦略立案
戦略立案へのコメント
- 短期間でこれだけのアイデアを捻出し記述したことは高く評価できると思う。反面、DB統合は単に寄せ集めではなく、包括的総合的な見方をどう打開するかの方法が課題であり、まだ全体を貫くような新しい構想が生まれていないので今後の展開に高く期待している。
- これまでの個別DBからようやく統合化されるということで、是非進めるべきである。
- ライフサイエンス関係のデータベースの利便性を高める、という目的に対しては、今回の方向性でいいように思います。あとは、「統合」という言葉にどこまで重きを置くか、次第ではないでしょうか。
- 短期間のプロジェクトでありながら随所に新鮮な発想と担当者の意欲が感じられ、高く評価します。今後、臨床系DBとの連携強化、そのための技術開発を期待します。
- これからのライフサイエンスが分野融合の中核となることも想定頂き、分野外のユーザーからの利用（これは現状でかなり役立つと思います）だけでなく、分野内のユーザーが分野外の関連情報、知識の取得についても利便性を拡大頂けると役立つと思います。
- データバンク統合において、「データ内容について質的な表現」とあるが、これは客観的事実（データ数など）についての記載にとどめるべきで、統合事業担当者による点数付け・主観的評価は安易にしないようにするべきである。DBのみならずサイエンス全般において、評価の持つ意味は大きいが、しばしば評価者の能力が問題になるので。
- どういう「統合」をすればいいのか、もう少し議論が必要かもしれません。
- 永続的なＤＢを構築するという視点で統合化を進めて欲しい。
- ここ（戦略）が非常にわかり難かった。特に目次部分。トップダウンでプロジェクトを作るときに参考資料とするためのものかもしれないが、官僚が使った場合これでわかるのだろうか？研究者の利用は限られないか？統合データベースの内部資料として整備するのは必要だと思うがかなりマニアックだと思う。学会要旨集は大きな需要があるだろう。
- それぞれは良く出来ていると思うが全体を俯瞰すると一つのプロジェクトとしての姿が見えない。それを最初に示して欲しい。
統合化
DNAバンク・GEO目次へのコメント
- DNAバンクの目次、とくにプロジェクトの分類には、文献情報とデータベース内情報との絶妙な融合を見る感がしました。さらにすすんで、関連文献のMeSH用語などでも検索可能になればさらに自由な利用ができると思いますがいかがでしょうか。
- 学会要旨は有用でKnowWho?としても使えそう、可能ならば研究室リンクも欲しい。研究動向も一見でも分かりやすく、色々に読み取れる可能性があり、意思決定支援に使えると思います。INSDCは分類と日本語化によって効率的な検索が可能になったと評価できます。
- 遺伝子発現は様々なデータがあり判断が難しいが、グラフで一見して比較できて、色々な切り口で見れるのは大変良いと思いますので、ヒト以外にも拡張して欲しいと思います。
- INSDC/GEO目次は、意欲的な試みだと思いました。まとめ方や運営・分類方法については、まだまだ改善の余地があると思いますが、有用になることが期待できるように思いました。
- 遺伝子発現バンク (GEO) 目次、遺伝子名称シソーラスはとても便利だと思いました。 継続的に更新して欲しいです。
- 学会要旨統合サイトは最も利用価値があると思います。またGEOを見やすくしていただいて大変嬉しく思います。
アナトモグラフィー/BodyParts3Dへのコメント
- 組織標本のような静止画像や動画は増加すると思われますので推進下さい。また、ディレクトリ型のＤＢに対して、横断的に曖昧検索出来るツールがあると便利かと思いますが如何でしょうか。
解剖分類タガーへのコメント
- DB統合には新しい技術開発が最も必要です。特に無尽蔵に増大する情報をどう収集,選別するかの人のコストを最小限に押える事が必要だと思います。動植物解剖学分類タガーですが、無脊椎動物には拡張されないのでしょうか。
学会要旨検索についてのコメント
- 学会要旨の検索・閲覧機能に期待します。
- 学会の要旨が検索・閲覧できることは、大変役に立つと思います。どのような学会を選定していくのかが大変かもしれませんが、今はほとんどの学会が電子媒体で要旨を管理していますから可能な限り多くの学会が賛同していただければと思います。
- 【再掲】学会要旨は有用でKnowWho?としても使えそう、可能ならば研究室リンクも欲しい。研究動向も一見でも分かりやすく、色々に読み取れる可能性があり、意思決定支援に使えると思います。INSDCは分類と日本語化によって効率的な検索が可能になったと評価できます。
- 【再掲】学会要旨統合サイトは最も利用価値があると思います。またGEOを見やすくしていただいて大変嬉しく思います。
- 学会要旨のサイトは、研究者のあいだを結びつける現実的な方法だと思います。分子研究俯瞰は、俯瞰のために使う軸（今回の案では生物軸、研究分野の軸、発現解析法の軸） をうまく選定することがカギだと思います。
- 企業ユーザーにとって学会要旨は特許の先行技術の検索にも役立ちます。細かいですが、発表日又は要旨の公開日が重要なのでその点をご検討頂けると有り難いです。
- Pharmacogenomicsの面からは、臨床薬理学会、薬物動態学会等も検索できると便利です。
- 学会要旨は役に立つと思います。数が多いので日本を代表するものに限ってもよい。他は各学会が公開していく制度にしていってはどうか。DNAバンク、遺伝子発現バンクはライフサイエンス研究の基盤的DBで役に立つ。
- 学会要旨は役に立つと思います。数が多いので日本を代表するものに限ってはどうでしょうか。DNAバンク、遺伝子発現バンクはライフサイエンス研究の基盤的DBで役に立つ。他省のバンクも加える。
- 日本の学会要旨統合は、できるだけ広い範囲で公開されるのであればたいへん有用である。多くの学会の協力を取り付けるためのincentiveを工夫する必要があるだろう。
- 学会要旨統合サイトは、非常にすばらしい試みだと思います。すばらしいからこそ、一般公開を前提に進めていって欲しいと思います。「要望があれば一般公開も検討」ではなく、一般公開を前提に、という意味あいです。著作権など、各種問題があるのはよくわかりますが、だからこそ、この「ライフサイエンスデータベース統合」として、国をあげて取り組まれるべき問題ではないでしょうか。内部利用を前提にしたデータベースは、他のとりくみとoverlapすることも想定され、あまり生産的でないと思います
- 日本語の文献ＤＢ不足が以前から不満だったので、学会要旨の取り組みはとても評価しています。できればＩＩの辞書やオントロジーと合わせて、海外文献要旨に対する実用的な機械翻訳（部分的におかしくても、専門家なら要旨全体の意味を取り違えない程度の機械翻訳）にも挑戦して欲しいです。
- 研究を俯瞰できるようにすることは歓迎します。が、キーワードを知らないと目的分野の要旨やデータベースを見つけ出すことが難しいので、要旨中の単語や付属するキーワードを用いて、要旨やデータベースのクラスタリングを行う仕組みがあるともっといいと思います。これにより、ある要旨を与えると、（複数の尺度に基づいて）類似研究を探してくれる検索システムをつくれると研究推進の助けになります。
- 学会によっては、発表前の要旨は学会員でないと事前に閲覧できないような学会もあると思います。本DBでは、公表後の要旨のDBを作成するということでしょうか？
- 学会要旨は学会を超えて検索できるようになるととても便利。同じ要旨であちこちに出していることが白日の下に出されるのでちょっと恥ずかしくもある。
- 学会要旨は学会数を増やし、継続してレコードを増やして欲しい。シノニムの辞書を作成して類似レコード検索ができると、さらに使いやすくなるかもしれない。データベースの目次作成については、有用であるがまとめ方が最も重要なポイントになるので、ユーザーの意見を聞いて項目を設定していただきたい。
- 要旨中の遺伝子・蛋白質・化合物などの分子を認識し、他のデータベースにリンクされると便利かもしれません。
辞書についてのコメント
- 辞書、オントロジーの充実に期待したい。
- シソーラス・オントロジーなどについては、これら用語のメンテナンスと同時に、研究者に利用してもらう努力が不可欠だと思います（それがなければ、価値はゼロ、場合によっては混乱を招くだけなのでマイナスにもなりかねません）。ですので、世界的に利用してもらえるような政治力もにらんだ上で、進めていただくことができれば、とてもすばらしいものになると思います。
- 実務者として大いに役立つ部分が多い（たとえば、統合技術開発・提供の辞書シソーラスや多型知識表現技術開発など）。是非、よりクオリティを高めつつ提供して欲しい。
- シソーラス、オントロジーともに極めて重要であり、継続して欲しいが、国内で作成するだけではなく、海外との標準化を視野に活動してほしい。
- シソーラスは非常に有用。一括ダウンロード用のみならず、個別の遺伝子についてユーザーが調べられる検索サイトを同時に作れないか？同じ主旨のサイトはあるが、この事業としてやっていただけると安心感がある。
- オントロジーや辞書の日本語対応は必要なので進めて欲しい。種名には英名もつけて欲しいです。大変ですが実験手法なども充実されることを望みます。
- 技術や辞書は仕様が公開され、ユーザによって修正・拡張可能になっていればよいのでどんどん構築/開発して、可能性を追求していってください。
- 統合に際し、分野間における用語や概念の互換性は重要である。たとえば遺伝子名や遺伝子座名の命名法と表記方法に分野ごとに異なるルールがあり混乱しやすい（大文字小文字の使い分け、斜体の使用など）。加えて日本の場合は、妙な用語使用（kinaseを口語ではカイネースと発音するのに表記はキナーゼとするなど）が非常に多く混乱に拍車をかける。こういった状況が、分野を超えた俯瞰や人材養成の観点から大きな障害になっていると考えている。そこで、単にデータベースをまとめるのではなく、学術的な用語・概念も統合を進めほしい。その意味で最初に行うべき最重要課題として、学術用語集の用語の英語の発音に近い表記にした用語への大幅改定がおかれるべきではなかろうか。
- 統合する上で、実際に問題なのは技術ではなく用語・概念の不統一だと思います。その意味で最初に目指すべきはGeneOntology?のような姿という気がします。
- 中途半端な技術や辞書は役に立たないので、構築/開発するのならば質と永続性を重視して欲しいです。
遺伝子名称シソーラスについてのコメント
- 【再掲】遺伝子発現バンク (GEO) 目次、遺伝子名称シソーラスはとても便利だと思いました。 継続的に更新して欲しいです。
- 大変でしょうが、遺伝子名シソーラスはRefseq番号など慣用名？も含めて欲しい。でないと、素人が統合ボディマップなどを検索しにくい。
- 遺伝子名称シソーラスには、遺伝子名の日本語訳も半自動的に付与できないでしょうか？文章になってなくても、名詞句の解釈が大体合ってれば、十分役立つと思います。
- 遺伝子名称シソーラスは、スプライシングバリアントを別遺伝子として扱うのかどうかで出来上がり象も使い勝手も違うものになります。
- 「遺伝子名称シソーラス」は、HUGO Gene Nomenclature CommitteeやEntrezGene?等とどのように違うものとして想定されているのかよくわかりませんでした。もし、違いがあり有用なものであるのであれば、日本だけでなく世界的に利用してもらえるものを目指すべきだと思います。でなければ、日本人の研究者も使わないと思います。もし、目指すところにそれほど違いがなく、単に「彼らのデータに不備がある」程度でしたら、独自データベースにこだわらず、HUGO/NCBI等に、コメントを送ってあげるべきだと思います。
受入れテンプレートについてのコメント
- とにかく一次データについては膨大・多種多様であり、質・量も玉石混淆であるものをまずはarchiveとして集めてみて、その中からどのように検索・選択・整理・統合していくかを考えていくしかないのでは？
全般のコメント
- 一見地味ですが情報・知識の計算機処理には非常に重要な分野と思います。益々の充実を期待します。
- 情報の分類と日本語化は予想以上に有効な研究支援であることが実感できました。英語は斜め読みできませんし、大きな時間節約になります。後は人々の評価の観点も入ると良いと思います。
- できれば、素人でも使い勝手のよいDBに仕上げて欲しい。個別のDBと統合されたDBの関係がわかるようにして欲しい。
- ヒトに関しては、他にもデータの統合を目指しているDBがあると思うので、それらとの違いを明確にできるかをはっきりさせる必要があると思います。
- 「分子」というのであれば、遺伝子やプロテインのみでなく、たとえば酵素に対する補酵素や基質、阻害分子なども対象に加えてほしいと思います。
- 今回の分野の幅が遺伝子発現データに限られているのでコメントが難しいかと思います。
ポータル
DB横断検索についてのコメント
- 私の持つ「統合データベース」というイメージに一番近いのがここ（ポータル）でしたが、現実には違いました。私のイメージは、NCBIのSearch All databasesのようなものです。キーワードを入れてボタンを押すと、日本中の「使える」DBに行って検索してくれて、その結果を返してくれる。現状では「統合」でなく、「ばらばら」データベースな気がします。
Webリソースポータルについてのコメント
- Webリソースポータルのまとめ方は初心者に極めて有用だと思う。DBポータルは意図は分かるがまとめかたが今ひとつの感じ。一覧性はWebリソースポータルの様にして、その他に、自分の知りたいことを文章で入力して検索できれば使い易いと思う。
- ＷＥＢリソースポータルは、とても興味深い試みだと思います。メンテナンスを考えれば、こちらもWiki化することを考えても良いようにも思いますが、手法はどうであれ、このようなリソースは有用だと思います
- 特に、WEBリソースポータルに期待しています。オーソライズされた「解説」だけでなく、比較サイトのように口コミによる評価や最新情報、原論文へのリンクもあると便利だと思います。
ポータル・WingProについてのコメント
- 初心者、研究者がこのサイトに入れば自分の欲しい情報源に導いてくれるので有益である。産業界からは歓迎されると思います。連携の調査の中で「今後の連携の仕組み」は大切。国の政策、各省プロジェクトの成果、アカディミアのDB、商用DBまでまさに日本のライフサイエンス全体を俯瞰することが可能になると思います。
- 日本語のリソースや日本語で使えるサービスが多い点が良いと思いました。次年度からの本格的事業展開に期待します。
- （ポータルは）このままでも十分有用と思います。この次に串刺し検索、そして更に複合検索が望まれますが、多様なニーズへの対応は大変なので工夫は必要と思います。
- 必要な情報源に導いていただけるので、各研究者から情報の提出を求められる企業の人間としては大変ありがたいです。また、バイオ百科や試薬.comといった研究用資材関連のサイトまで包括的に掲載できると更に良いかと思います。
- Wikiの利用は、とてもよいアイデアだと思います。ただこの場合、「なぜWikipediaを直接利用しないのか？」という疑問が頭をよぎります。おそらく、ユーザとしてもWikipediaに同様の記事が掲載されていれば、そちらの方が都合が良い場合もあるのではないでしょうか？例えば、ライフサイエンス分野については、本プロジェクトとWikipedia Japanが共同でエントリの編集を行う、というような提携は考えられないのでしょうか？
- サービスに関する色々なアイデアを公開し、ユーザーに投票して貰ってニーズの多いものを実現する。この方式を続けると素晴らしいものができると思います。
- ポータルはライフ研究者が今後必要となる物理、化学、数学、コンピューターなどのＤＢへの窓口になるようにも考慮して頂けると有り難い。
- 継続的かつ頻繁に更新される、適切なサイトを提示するようなポータルを目指してほしいと思います。
- ポータルサイトは必要ですが、まとめ方がユーザーの意図に合わない事もあると思います。この点を新技術等で改良していただければ良いかと思います。
- ライフサイエンスで判らないことがあれば、ここに来れば解決できるというポータルサイトを作ってください。データの集め方・見せ方で大きく価値が変わりますね。
- Expasyのポータルサイトのまとめ方の方が直感的でつかいやすい。
- もう少し図入りの解説を増やし、インターフェイスを工夫すると、生物学者も使う気分になるのでは。
施設名称辞書へのコメント
- 施設名称辞書から、各施設のWebへリンクできれば更に良いかと思います。学名対応辞書もありがたいです。
生物アイコンへのコメント
- 生物アイコンセット、いろいろなプレゼンやＤＢで共通の画像が使えるようになり、道路標識のように見ただけで何なのかがイメージできていいと思います。
統合TV, 教材へのコメント
- DBは玉石混淆であるので、ポータルと同時に、いくつかのシナリオ／ユースケースにそって代表的なDBのデータ処理チュートリアル、教材があるとどのDBを利用すればよいか分かりやすくなりよいと思います。
国際連携
BioHackathon2008へのコメント
- 大変期待のできる内容と思います。国際的な標準化、連携の動向から乖離しないことを望みます。
- 海外との標準化についての連携を望みます。日本独自色を出しすぎると、将来にわたって国内研究成果の海外への普及をはかる際に、日本のオントロジー→世界標準のオントロジーへの変換のオーバーヘッドがかかることを懸念します。
辞書へのコメント
- 【再掲】シソーラス・オントロジーなどについては、これら用語のメンテナンスと同時に、研究者に利用してもらう努力が不可欠だと思います（それがなければ、価値はゼロ、場合によっては混乱を招くだけなのでマイナスにもなりかねません）。ですので、世界的に利用してもらえるような政治力もにらんだ上で、進めていただくことができれば、とてもすばらしいものになると思います。
遺伝子名称シソーラスへのコメント
- 【再掲】「遺伝子名称シソーラス」は、HUGO Gene Nomenclature CommitteeやEntrezGene?等とどのように違うものとして想定されているのかよくわかりませんでした。もし、違いがあり有用なものであるのであれば、日本だけでなく世界的に利用してもらえるものを目指すべきだと思います。でなければ、日本人の研究者も使わないと思います。もし、目指すところにそれほど違いがなく、単に「彼らのデータに不備がある」程度でしたら、独自データベースにこだわらず、HUGO/NCBI等に、コメントを送ってあげるべきだと思います。
人材養成
長浜バイオ大でのシニアと学部生の共同アノテーションへのコメント
- 企業を退職した研究者等も候補になり得るのでは。（団塊の世代の大量退職もありますし）
その他
全般へのコメント
- 実務者として大いに役立ちそうな部分が多い
- ユニークな切り口が多く、今後に期待します。定期的に想定するユーザーの意見を聞きながら進めていただきたい。
- 全体的に見て回った感想ですが、それぞれの説明文が細かい字で長く密度が高いため、読んでいて途中でいやになっちゃうことが随所でありました。
