国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【49】植物ゲノム統合データベースPlant GARDENにおける微生物、メタボローム統合データベースとの連携

発表者

〇平川英樹(かずさ研)、藤澤貴智(遺伝研)、長崎英樹(かずさ研)、森 宙史(遺伝研)、福島敦史(理研)、ジェルフィ アンドレア(かずさ研)、市原寿子(かずさ研)、中村保一(遺伝研)、金谷重彦(奈良先端科学技術大)、有田正規(遺伝研)、黒川 顕(遺伝研)、磯部祥子(かずさ研)、田畑哲之(かずさ研)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

統合化推進プログラムにおいて、植物ではPlant GARDEN、微生物ではMicrobeDB.jp、メタボロームではMetaboBankが構築されており、それぞれが扱う以下の主要なデータセットについてRDF化が行なわれている。

  • Plant GARDEN:植物ゲノム、遺伝子、アノテーション、DNAマーカー、QTL
  • MicrobeDB.jp:メタ16Sデータ、メタゲノム解析データ、オントロジーアノテーションされたサンプル属性情報
  • MetaboBank:実験で得られた代謝産物に関する生データや実験に関するメタデータ

植物ゲノム統合では、PubTatorにより各植物種に関する病気や遺伝子、化合物などの情報について文献キュレーションを行い、DBCLSのTogoDBを用いて得られたデータに対してRDF化を行っている。現在、SPARQLエンドポイントを構築しており、各統合化データベースの連携によって、更なるデータ統合を図っている。SPARQLを用いることで、植物種名や遺伝子、化合物(代謝産物)などでクエリ検索し、新たな知識発見ができるようになることを試みている。現在の進捗状況について発表する。

発表資料

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