ポスター発表
【49】植物ゲノム統合データベースPlant GARDENにおける微生物、メタボローム統合データベースとの連携
発表者
〇平川英樹（かずさ研）、藤澤貴智（遺伝研）、長崎英樹（かずさ研）、森 宙史（遺伝研）、福島敦史（理研）、ジェルフィ アンドレア（かずさ研）、市原寿子（かずさ研）、中村保一（遺伝研）、金谷重彦（奈良先端科学技術大）、有田正規（遺伝研）、黒川 顕（遺伝研）、磯部祥子（かずさ研）、田畑哲之（かずさ研）
※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。
DOI
概要
統合化推進プログラムにおいて、植物ではPlant GARDEN、微生物ではMicrobeDB.jp、メタボロームではMetaboBankが構築されており、それぞれが扱う以下の主要なデータセットについてRDF化が行なわれている。
- Plant GARDEN：植物ゲノム、遺伝子、アノテーション、DNAマーカー、QTL
- MicrobeDB.jp：メタ16Sデータ、メタゲノム解析データ、オントロジーアノテーションされたサンプル属性情報
- MetaboBank：実験で得られた代謝産物に関する生データや実験に関するメタデータ
植物ゲノム統合では、PubTatorにより各植物種に関する病気や遺伝子、化合物などの情報について文献キュレーションを行い、DBCLSのTogoDBを用いて得られたデータに対してRDF化を行っている。現在、SPARQLエンドポイントを構築しており、各統合化データベースの連携によって、更なるデータ統合を図っている。SPARQLを用いることで、植物種名や遺伝子、化合物（代謝産物）などでクエリ検索し、新たな知識発見ができるようになることを試みている。現在の進捗状況について発表する。
発表資料
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