国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【48】植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2021年度・第2四半期版)

発表者

○市原寿子(かずさ研)、平川英樹(かずさ研)、ジェルフィ アンドレア(かずさ研)、小原光代(かずさ研)、山田 学(かずさ研)、白澤沙知子(かずさ研)、田村卓郎(筑波大)、杉原英志(筑波大)、中村保一(かずさ研)、中谷明弘(東京大)、田畑哲之(かずさ研)、磯部祥子(かずさ研)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

多様な植物種のゲノム配列が次々に決定されている。また、一つの植物種でも品種やバージョンの異なる多様で多数のゲノムが公開されている。参照ゲノム配列と複数品種のリシークエンスデータの比較によって、種内の多型やハプロタイプの解析ができる。その知見は植物科学や作物育種へ応用され、日常的なゲノムデータの利用者の幅が広がった。Plant GARDEN(Genome And Resource Database Entry; https://plantgarden.jp)は、それらのゲノムデータを一元化し、誰でも目的の情報へ簡単にアクセスできるように開発した植物ゲノムポータルサイトである。
2021年7月現在までに、131種・165件のゲノム配列、127種・約800万件の遺伝子情報、39種・約31万件のDNAマーカー、106種・約6000件のSequence Read Archive(SRA)と約50億件の塩基多型を公開した。Plant GARDENとユーザーのデータを比較するためのツールや、タブレット端末での閲覧に適したインターフェースも開発している。本発表では最新のコンテンツと開発状況を紹介する。

発表資料

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