国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【31】生体分子シミュレーション解析におけるProtein Data Bankの高度利用と解析ツールの構築

発表者

〇佐藤壱成(日本大)、山岸賢司(日本大)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

Protein Data Bank (PDB) には、タンパク質、核酸、糖鎖などの生体高分子の立体構造情報が集積されており、18万件を超えるデータが公開されている。私たちの研究室では、PDBを高度に利用して、核酸アプタマーとタンパク質との結合メカニズムを解明することを目指し、量子化学計算や分子動力学(MD)計算など種々の分子シミュレーション解析を進めている。
MD計算においては、MD計算の結果であるトラジェクトリーから、何をどう引き出すかが重要である。現在、このトラジェクトリーを解析したり処理したりする汎用のユーティリティープログラムが多数公開されている。私たちは、核酸アプタマーに対するMD計算を行うにあたり、この汎用プログラムによって解析されたデータを効率的に処理するシェルスクリプトを構築している。このシェルスクリプトは、計算プログラムAMBERに対応した汎用的なユーティリティープログラムであるCPPTRAJの入出力を制御するデータ処理パイプラインである。本発表では、構築したシェルスクリプトについて紹介するとともに、それによって得られた研究成果についても紹介したい。

発表資料

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