【30】PDB、BMRB登録システムの機能強化

発表者

○岩田武史（大阪大）、横地政志（大阪大）、池川恭代（大阪大）、宮ノ入洋平（大阪大）、児嶋長次郎（大阪大、横浜国立大）、藤原敏道（大阪大）、栗栖源嗣（大阪大）

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2021.p030

概要

日本蛋白質構造データバンク（PDBj）がデータ拠点となっているPDB、BMRBに登録される構造及び実験データは近年増加傾向が顕著です。この増加に対処するため、双方の登録システム（OneDep及びBMRBdep）の機能強化を行なっています。
OneDepの生成するwwPDB検証レポートでは、電子密度マップの係数がwwPDB基準（Buster）で標準化され（結晶回折法）、NMR構造については、新たにNMR制限情報の検証結果が追加されました。PDBエントリーの増加に伴ってCCD ID及びPDB IDの枯渇問題が明らかとなり、従来の文字数制限の拡張が予定されています。
今年度、PDBjのBMRBグループはBMRBj（Biological Magnetic Resonance Data Bank Japan、旧称PDBj-BMRB）に改名しました。BMRBjグループは、NMRデータ登録者とのコミュニケーションの円滑化、NMR実験データの可視化を推進しています。OneDepまたはBMRBdepを経由したNMR実験データを詳細に検証した結果が、専用のウェブページにグラフィック表示されるように改善しました。今後、登録データの品質向上に役立つことが期待されます。既存の全BMRBエントリーに対しても同様の検証結果が表示されるようになりました。

発表資料

• PDB、BMRB登録システムの機能強化（PDF：8.28MB）