国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【30】PDB、BMRB登録システムの機能強化

発表者

○岩田武史(大阪大)、横地政志(大阪大)、池川恭代(大阪大)、宮ノ入洋平(大阪大)、児嶋長次郎(大阪大、横浜国立大)、藤原敏道(大阪大)、栗栖源嗣(大阪大)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

日本蛋白質構造データバンク(PDBj)がデータ拠点となっているPDB、BMRBに登録される構造及び実験データは近年増加傾向が顕著です。この増加に対処するため、双方の登録システム(OneDep及びBMRBdep)の機能強化を行なっています。
OneDepの生成するwwPDB検証レポートでは、電子密度マップの係数がwwPDB基準(Buster)で標準化され(結晶回折法)、NMR構造については、新たにNMR制限情報の検証結果が追加されました。PDBエントリーの増加に伴ってCCD ID及びPDB IDの枯渇問題が明らかとなり、従来の文字数制限の拡張が予定されています。
今年度、PDBjのBMRBグループはBMRBj(Biological Magnetic Resonance Data Bank Japan、旧称PDBj-BMRB)に改名しました。BMRBjグループは、NMRデータ登録者とのコミュニケーションの円滑化、NMR実験データの可視化を推進しています。OneDepまたはBMRBdepを経由したNMR実験データを詳細に検証した結果が、専用のウェブページにグラフィック表示されるように改善しました。今後、登録データの品質向上に役立つことが期待されます。既存の全BMRBエントリーに対しても同様の検証結果が表示されるようになりました。

発表資料

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