【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂

発表者

○横地政志（大阪大）、岩田武史（大阪大）、池川恭代（大阪大）、Gert-Jan Bekker（大阪大）、 宮ノ入洋平（大阪大）、児嶋長次郎（横浜国大）、藤原敏道（大阪大）、栗栖源嗣（大阪大）

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p050

概要

生体高分子の立体構造に含まれている糖鎖分子の検索のしやすさ、データベース間の相互運用性を改善することを目的として、PDBエントリーの糖鎖のデータ表現方法を改訂しました。これに合わせてPDBjウェブサイトの糖鎖の視覚表現の見直し、RDFを用いた糖鎖データベースとの連携を図りました。この改訂は、野口研究所を含む世界各国の糖鎖科学コミュニティーの支援のもとで行われました。
PDBデータ登録システム（OneDep）について、NMR実験データの登録にあたって、新たに統合ファイルフォーマット（NEFまたはNMR-STAR）を選択することができるようになりました。NMR実験データの包括的なデータ検証及び可視化機能が組み込まれています。wwPDBとして、NMRコミュニティーから選出されたタスクフォースと共に、主だったNMRソフトウェア開発者に対してこの統合ファイルの採用を働きかけています。これによりNMR実験データの保管、配布の簡便化、データ再利用の促進が期待されています。また、NMR実験データをBMRBに登録するシステムを刷新し、使いやすさを大幅に改善しました。

発表資料

• PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂（PDF：1.88MB）