国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【45】植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの正規版公開

発表者

○市原寿子(かずさ研)、原田大士朗(かずさ研)、ゲルフィアンドレア(かずさ研)、小原光代(かずさ研)、山田学(かずさ研)、白澤沙知子(かずさ研)、フォーセットジェフリー(かずさ研)、田村卓郎(筑波大)、杉原英志(筑波大)、中谷明弘(東京大)、中村保一(かずさ研)、平川英樹(かずさ研)、田畑哲之(かずさ研)、 磯部祥子(かずさ研)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p045

概要

植物科学分野において、多様な種のシーケンシングや過去に解読された種のリシーケンシングが行われ、同一種内の品種・系統間、種間のゲノム比較による多型・ハプロタイプの解析や、それらの結果を踏まえた育種研究等が加速している。
Plant GARDEN(Genome And Resource Database Entry)(https://plantgarden.jp)では、こうした時代の到来に先んじたデータ整備とシステム開発を進めてきた。2012年に公開した植物ゲノム統合データベースPGDBjの収録データの再整理と共に、2017年から収集を開始した新たな情報と統合し、また、SNPs解析パイプラインや遺伝子アノテーションプログラムを開発した。
既公開であるPlant GARDEN・β版のユーザー意見を反映した改良を行い、2020年7月に正規版を公開した。正規版では特に、コンテンツを的確に認識し易いデザインに変更し、また、横断検索エンジンプログラムElasticsearchをPlant GARDENで利用するためのAPIを開発、実装した。本発表では、新しく追加された機能を中心に、Plant GARDEN 正規版を紹介する。

発表資料

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