【45】植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの正規版公開
発表者
○市原寿子（かずさ研）、原田大士朗（かずさ研）、ゲルフィアンドレア（かずさ研）、小原光代（かずさ研）、山田学（かずさ研）、白澤沙知子（かずさ研）、フォーセットジェフリー（かずさ研）、田村卓郎（筑波大）、杉原英志（筑波大）、中谷明弘（東京大）、中村保一（かずさ研）、平川英樹（かずさ研）、田畑哲之（かずさ研）、 磯部祥子（かずさ研）
※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。
DOI
概要
植物科学分野において、多様な種のシーケンシングや過去に解読された種のリシーケンシングが行われ、同一種内の品種・系統間、種間のゲノム比較による多型・ハプロタイプの解析や、それらの結果を踏まえた育種研究等が加速している。
Plant GARDEN（Genome And Resource Database Entry）(https://plantgarden.jp）では、こうした時代の到来に先んじたデータ整備とシステム開発を進めてきた。2012年に公開した植物ゲノム統合データベースPGDBjの収録データの再整理と共に、2017年から収集を開始した新たな情報と統合し、また、SNPs解析パイプラインや遺伝子アノテーションプログラムを開発した。
既公開であるPlant GARDEN・β版のユーザー意見を反映した改良を行い、2020年7月に正規版を公開した。正規版では特に、コンテンツを的確に認識し易いデザインに変更し、また、横断検索エンジンプログラムElasticsearchをPlant GARDENで利用するためのAPIを開発、実装した。本発表では、新しく追加された機能を中心に、Plant GARDEN 正規版を紹介する。
発表資料
- 植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの正規版公開（PDF：1.71MB）
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