国立研究開発法人 科学技術振興機構

「ChIP-Atlas」ユーザビリティ調査のご協力者募集!《NBDCメルマガ特別号》

2020年1月23日

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*本メールマガジンは、科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のイベントにご参加いただいた方、およびNBDCメルマガにご登録いただいた方にお送りしています。

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■「ChIP-Atlas」
ユーザビリティ調査のご協力者募集!
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NBDCで開発を支援している「ChIP-Atlas」のユーザビリティ調査を実施します。
「ChIP-Atlas」をより良いデータベースに育てていくため、皆様のご協力をお願いいたします。

★事前アンケートフォーム★
https://jp.surveymonkey.com/r/3WDHSDK
(スマホからもご回答いただけます。)

「ChIP-Atlas」は九州大学大学院医学研究院の沖真弥先生が開発した高機能なChIP-seqデータベースです。
NCBI、EMBL-EBI、DDBJに公開されているほぼ全てのChIP-seqデータを網羅し、さまざまなエピゲノミクス解析が出来ます。
原著論文: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30413482
ChIP-Atlas URL: https://chip-atlas.org/

【ChIP-Atlasの機能】
1) Peak Browser
 調べたい遺伝子領域にどのようなサンプルで、どの転写因子が結合しているかが一目で分かります。
2) Target Genes
 調べたい転写因子がどのようなサンプルで、どの遺伝子の発現を制御しているかを予測します。
3) Colocalization
 ゲノム上で共局在する転写因子の組合せを予測します。
4) Enrichment Analysis
 一連の遺伝子リストやSNPsのゲノム座標のリストから、それらの遺伝子群の発現を制御している転写因子を予測します。
 例えば、組織特異的転写因子や特定の発生段階に特異的な転写因子を調べることなどが出来ます。
※ ChIP-Atlasをお使いいただくためには、Integrative Genomics Viewer (IGV)のインストールが必要です。
  IGVダウンロード(無料):https://software.broadinstitute.org/software/igv/download

【ChIP-Atlasユーザビリティテストの概要】
① 事前アンケート: 所要時間 3~5分程度
② オンラインインタビュー: 1時間~1時間半程度
(無料の電子会議ソフトを使い、ご協力者のご都合のよい日時に合わせて実施いたします)

・ ①の事前アンケートにご回答下さった方から3~5名を選び、②のオンラインインタビューを実施します。
・ 事前に設定したタスクにそってChIP-Atlasをお使いいただき、良かった点や改善要望などをインタビュー形式でお聞きします。
・ 研究の機密に関する内容はお聞きしません。お答えできない質問には無回答で結構です。
・ ご専門領域と各種データベースの活用経験を考慮し、初心者から上級者まで幅を持たせて選抜いたします。

(個人情報の取り扱いについて)
・事前アンケートおよびオンラインインタビューはNBDCのサービス向上を目的に実施いたします。
・取得した回答内容および個人情報は、本調査目的以外には使用いたしません。
・本アンケートおよびオンラインインタビューで取得した回答内容および個人情報の保護・管理は、JSTおよび当該業務委託先株式会社ポップインサイトのプライバシーポリシーに基づき適切に管理いたします。
・なお、JSTと株式会社ポップインサイトとの間で機密保持契約を締結しております。
 - JST-NBDC プライバシーポリシー(「サイトポリシー」>「個人情報」)
  https://biosciencedbc.jp/sitepolicies/
 - 株式会社ポップインサイト プライバシーポリシー
  https://popinsight.jp/privacy.php

<参考情報>
NBDCが公開しているデータベース&解析ツール群
https://biosciencedbc.jp/service/

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