国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【50】系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」

発表者

○鐘ケ江弘美(農研機構)、松下 景(農研機構)、林 武司(農研機構)、後藤明俊(農研機構)、竹崎あかね(農研機構)、矢野昌裕(農研機構)、菊井玄一郎(農研機構)、米丸淳一(農研機構)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

作物の系譜情報は育種を行う上で必要不可欠であり、特に交配親の選定において極めて重要である。しかし、系譜を含めた育種情報は研究機関ごとに散在しているため、これらの育種情報が統合化されたデータベースは存在していない。そこで、我々は育種データを活用した育種の加速化を目的として、育種情報の統合化とデータベース構築を進めている。
昨年は育種方法に関するオントロジー・RDFモデル(doi:10.18908/togo2020.p006)について発表した。具体的には、系統を「ノード」、 系統間の関係を「エッジ」として、系譜情報をネットワーク状のデータ (グラフ)として表示し、系統間の関係を分かりやすく表現した。
今年は果樹など様々な作物種においてRDF形式で系譜情報を整備した。形質・遺伝子情報での色付け機能を追加し、系譜と特性の関係を把握することが容易になった。育種や作物データの解析に系譜情報を広く活用するため、育種の様々な情報(ゲノム情報および表現型情報など)と系譜情報に品種・系統の同一IDを利用し、系譜データベースをハブとして位置づけた。本発表では、これらの育種データの統合利用を可能にするツールを実装した系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」(https://pedigree.db.naro.go.jp/)について紹介する。

発表資料

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