【50】系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」

発表者

○鐘ケ江弘美（農研機構）、松下 景（農研機構）、林 武司（農研機構）、後藤明俊（農研機構）、竹崎あかね（農研機構）、矢野昌裕（農研機構）、菊井玄一郎（農研機構）、米丸淳一（農研機構）

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2021.p050

概要

作物の系譜情報は育種を行う上で必要不可欠であり、特に交配親の選定において極めて重要である。しかし、系譜を含めた育種情報は研究機関ごとに散在しているため、これらの育種情報が統合化されたデータベースは存在していない。そこで、我々は育種データを活用した育種の加速化を目的として、育種情報の統合化とデータベース構築を進めている。
昨年は育種方法に関するオントロジー・RDFモデル（doi:10.18908/togo2020.p006）について発表した。具体的には、系統を「ノード」、 系統間の関係を「エッジ」として、系譜情報をネットワーク状のデータ （グラフ）として表示し、系統間の関係を分かりやすく表現した。
今年は果樹など様々な作物種においてRDF形式で系譜情報を整備した。形質・遺伝子情報での色付け機能を追加し、系譜と特性の関係を把握することが容易になった。育種や作物データの解析に系譜情報を広く活用するため、育種の様々な情報（ゲノム情報および表現型情報など）と系譜情報に品種・系統の同一IDを利用し、系譜データベースをハブとして位置づけた。本発表では、これらの育種データの統合利用を可能にするツールを実装した系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」（https://pedigree.db.naro.go.jp/）について紹介する。

発表資料

• 系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」（PDF：944KB）

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