国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【3】TogoID: データベース統合の基盤となるID変換サービス

発表者

○池田秀也(DBCLS)、千葉啓和(DBCLS)、藤原豊史(DBCLS)、原薗陛正(NBDC)、井手隆広(NBDC)、片山俊明(DBCLS)、川島秀一(DBCLS)、箕輪真理(DBCLS)、三橋信孝(DBCLS)、守屋勇樹(DBCLS)、内藤雄樹(DBCLS)、仲里猛留(DBCLS)、信定知江(NBDC)、大田達郎(DBCLS)、小野浩雅(DBCLS)、申在紋(DBCLS)、鈴木拓真(NBDC)、高月照江(DBCLS)、建石由佳(NBDC)、豊岡理人(NBDC)、山本泰智(DBCLS)、八塚 茂(NBDC)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

概要

TogoID(https://togoid.dbcls.jp/)は、生命科学分野におけるデータベース (DB) のID間の変換を行うことができるWebアプリケーションである。
遺伝子、タンパク質、化合物、疾患、遺伝子多型といった幅広いカテゴリーに渡る62種(2021年7月時点)のIDを対象としている。カテゴリー内でのIDの変換のみならず、関連する他のカテゴリーのIDへの変換も可能である。ID間の意味的な関係はRDFで表現することを目指している。
Webインタフェース上では、変換されたIDをクリップボードへ直接コピーしたり、変換前後のID対応の一覧をCSV形式でダウンロードしたりすることができる。またAPIも提供しており、他のアプリケーションからのID変換にも利用することができる。
ID間の対応関係は、各DBのRDFデータ、API、フラットファイルからの抽出によって整備しており、GitHubレポジトリ(https://github.com/dbcls/togoid-config)で管理・公開している。対象DBのIDに関するメタデータや、IDペアの更新方法、頻度などを管理することで、最新のID間の対応関係を得られるようにしている。
ID間の対応関係を整備することはDB統合の基本であり、本サービスはDB間をまたいだ知識発見の基盤となるものである。

発表資料

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