国立研究開発法人 科学技術振興機構
ポスター発表

【11】GGGenome&CRISPRdirectアップデート:塩基配列検索およびゲノム編集のためのウェブツール

発表者

○内藤雄樹(DBCLS)

※氏名の前の「○」は、代表発表者であることを表します。

DOI

doi:10.18908/togo2020.p011

概要

高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenome(https://GGGenome.dbcls.jp/)およびCRISPR-Cas9によるゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェアCRISPRdirect(https://crispr.dbcls.jp/)を紹介する。GGGenome(ゲゲゲノム)は、ゲノムや転写産物などの塩基配列を高速に検索することができるツールである。十数塩基程度の短い配列の検索にも対応しており、ミスマッチや挿入・欠失を含む配列であっても検索漏れがないため、核酸医薬品やCRISPR-Cas9のガイドRNAの特異性を確認するためにも役立つ。CRISPRdirectは、GGGenomeによる塩基配列検索を利用することにより、特異性の高いガイドRNAを簡便に設計できるツールである。GGGenomeおよびCRISPRdirectは、多数の実験動植物や作物などのゲノムに対応し、他のデータベースやソフトウェアとも容易に連携できるようAPIを提供している。これらの全ての機能は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できる。また、GGGenomeやCRISPRdirectを企業等の保有するコンピュータ上で実行可能なDockerによるパッケージ版が、株式会社レトリバより発売されている。

発表資料

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