国立研究開発法人 科学技術振興機構

各サービスの今後の開発項目

2021年3月15日

NBDCが運営するWebサービスにおける今後の開発項目をお知らせします。本ページは、原則、1年ごとに追加・更新されます。
各開発項目がリリースされたら、本サイトの新着情報にてお知らせいたします。

前年度以前にリリース済みの開発項目は、「リリース済みの開発項目」ページからご確認いただけます。

お困りのことや欲しい機能などがありましたら、フォームを通じてお教えください。

ご注意:本ページの項目はリリースをお約束するものではありません。検討の過程で変更されたり、中止されたりする場合があります。

Integbioデータベースカタログ

項目 説明 リリース予定

類語・類似表現を含む検索機能の追加

キーワード検索時に類語検索ができるようにします。現在は、入力したキーワードに完全一致する結果のみヒットしますが、この機能追加により、類義語や表現の違い(例:「癌」と「がん」など)をシステム側で吸収して検索できるようにします。求める情報をより効率的にかつ漏れなく得られるようになると期待しています。類義語や表現の辞書は適宜アップデートしていきます。

2020年度

生命科学データベース横断検索

項目 説明 リリース予定

公開を終了したデータベースの検索

過去本サービスの検索対象であったデータベースで、現在は閉鎖しているデータベース由来の検索結果を表示するようにします。過去どのような知見が公開されていたかについての手がかりを得ることができます。

未定

生命科学系データベース アーカイブ

直近の開発項目はありません。

NBDCヒトデータベース

項目 説明 リリース予定

データ提供申請・利用申請のWebフォーム化

NBDCヒトデータベースへのデータ提供申請・利用申請をWebフォーム化します。現在はExcel形式の申請書に記入し、メールで送付いただいています。この変更により、申請時の負荷を軽減します。

リリース済み(2020年9月)

データ提供・利用に係るアクセス認証方法の刷新

データ提供・利用に係るアクセス認証方法について、公開鍵方式を利用した通信に変更します。現在はアクセスID・パスワードを郵送でご案内しています。この変更によって、データ提供・利用を迅速化します。

未定

制限公開データを対象としたバリアント検索機能の実装

寄託された非制限公開データを対象に、バリアントを検索できるようにします。本機能には、GA4GHで開発されたBeacon検索を利用します。

未定

「機関外サーバ」の拡充

機関外サーバ」として利用可能なスーパーコンピュータの整備を随時進めます。解析環境の選択肢をより多く提供します。

随時

TogoVar

項目 説明 リリース予定

バリアント頻度データの追加(GEM-J Whole Genome Aggregation)

「GEM Japan」プロジェクトから提供予定の約7,500人の全ゲノムシークエンスデータを解析し、バリアント頻度情報を収録します。このデータは、日本人集団のゲノム理解と疾患解明研究に資する重要な基礎情報になると期待しています。

リリース済

詳細

バリアント頻度データの追加(gnomAD)

新たにgnomADのバリアント頻度データを収録します。利用者は、TogoVarが収録する日本人集団と、gnomADが有する様々な集団との間でバリアント頻度を比較できるようになります。ゲノム構造の集団間の違いや集団特異的な構造を知る手がかりになると期待しています。

2020年度

文献情報の追加(LitVar)

各バリアントの詳細ページのPublications欄(当該バリアントに関係する文献一覧)を充実させます。PubTatorに加え、新たに「PubTatorCentral」および「LitVar」と連携します。これにより、当該バリアントに関連する報告の有無をより網羅的に知る事ができるようになります。

リリース済(2020年7月)

関連疾患情報の追加(MGeND)

各バリアントの詳細ページの「Clinical Significance」欄(バリアントに関連する疾患関連情報)を充実させます。ClinVarに加え、新たにMGeNDと連携します。これにより、日本人集団より得られた疾患と関連するバリアントの情報を知る事ができるようになります。これまでは主に欧米の集団を用いて報告された関連疾患情報のみを掲載していました。

2020年度

拡張検索機能の追加

個々の研究ニーズに合致した高度な情報探索ができるように、より柔軟で、複雑なクエリに対応できる検索画面を追加します。例えば、ClinVarのデータをもとに、薬剤の副反応との関連が知られるバリアントだけを絞り込み、かつ当該バリアントの日本人集団における頻度を知ることもできるようになります。

2020年度

GRCh 38対応

最新の参照ゲノム配列(GRCh 38)に対応したバリアント情報を、GRCh 37とは別に掲載します。GRCh 37からGRCh 38へ、LiftOverによる変換を行う予定です。

未定

NBDCグループ共有データベース

直近の開発項目はありません。

NBDC RDFポータル

直近の開発項目はありません。

PURL.jp

直近の開発項目はありません。

HOWDY-R

直近の開発項目はありません。

TogoProt

直近の開発項目はありません。

関連リンク

お問い合わせ・ご意見

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