catch phrase
文字サイズ変更  font-L font-M font-S

統合データ解析トライアル採択課題

平成27年度採択(2015年5月~2016年3月)

研究開発課題名 ChIP-seq SRAの統合的可視化とバイオデータベースとの連携
研究代表者 沖 真弥
所属・役職 九州大学大学院医学研究院 助教
概   要  国際塩基配列データベースに登録されている、ChIP-seq解析(次世代シークエンサを用いたクロマチン免疫沈降法)の生データ全てをスパコンで計算処理する。その結果をウェブサイトを通じて公開し、どのタンパク質がゲノム上のどこに結合しているかが一目でわかるように可視化させる。また、全てのデータについて抗原名や細胞組織名などの情報を付加することで、絞り込み検索を可能にするだけでなく、統合化推進プログラムで開発されたデータベースとの連携を充実させる。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:5.83MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015 ポスター発表(PDF:2.9MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 配合生薬の横断検索のためのソフトウエアツールの開発
研究代表者 桂樹 哲雄
所属・役職 豊橋技術科学大学大学院工学研究科 助教
概   要  伝統的配合生薬を医療の一部として利用しようという機運が世界的に高まってきているが、それらの生薬情報は一部を除き文献ベースである。今後見込まれるデータベース開発に先立ち、本研究では、配合生薬と効能の情報を横断的に検索するためのスマートフォン向けアプリケーションと、そのデータ基盤を開発する。データをプラグインとして導入することで、様々な国の配合生薬の情報を横断的に検索できるようにする。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:444KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015 ポスター発表(PDF:1.1MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 高精度全電子計算に基づくレクチン-糖鎖間相互作用解析
研究代表者 中野 祥吾
所属・役職 静岡県立大学食品栄養科学部 助教
概   要  糖鎖およびレクチンデータベースに登録されている糖鎖、レクチンおよび糖‐レクチン複合体構造について第一原理計算を行う。また、糖鎖の動的な構造ゆらぎやレクチンの点変異を考慮したレクチンへの結合能を理論的に予測する新規アルゴリズムを開発し、実際のレクチン-糖鎖系への適用を行う。異分野の研究者による糖鎖およびレクチンデータベースの利用拡大を目指して、可視化ソフトウェア開発を行い、相互作用解析結果を疾患・医薬品・環境物質データベースなどと相互リンクさせる。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:1.36MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015 ポスター発表(PDF:1.5MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
(五十音順に掲載)