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統合化推進プログラム採択課題

平成26年度採択(2014年4月~2017年3月)

研究開発課題名 生物種メタボロームモデル・データベースの構築
研究代表者 有田 正規
所属・役職 理化学研究所 環境資源科学研究センター チームリーダー
概   要  本研究課題では、イネやトマトのような作物、油をつくる藻類のような有用微生物について、モデル生物としてよく研究されているシロイヌナズナや酵母と同等レベルの代謝情報(化合物およびスペクトル情報)を提供するデータベースを構築する。生物種ごとに整理した化合物データを、代謝マップを通してゲノム情報とリンクさせ、医薬学のみならず生態学や栄養学にも役立つウェブサイトを構築する。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:1.26MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:1.1MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:0.8MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.5MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース
研究代表者 金久 實
所属・役職 京都大学 化学研究所 特任教授
概   要  ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連を理解するために、個々の遺伝子だけでなく、複数の遺伝子から構成された機能モジュール、さらには遺伝子、タンパク質、環境因子、医薬品等から構成された相互作用ユニットに関する知識をデータベース化し、ゲノム情報を有効利用するための統合データベースリソースを開発する。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:448KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:839KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2015年7月7日)(PDF:1.51MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:1.6MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
研究代表者 黒川 顕
所属・役職 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 教授
概   要  微生物統合DB「MicrobeDB.jp」を真菌類、藻類を対象として拡張するとともに、データの収集や更新の自動化など持続可能なシステムの構築、解析結果を提示するアプリケーション群(Stanza)の開発、また不特定多数のイノベータをも対象としたユーザビリティの向上などを徹底することで、単なる統計量の羅列ではなく、大規模データから新規知識発見を容易に引き出すことが可能なシステムを構築する。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:900KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:2.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:3.1MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.5MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合
研究代表者 菅野 純夫
所属・役職 東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授
概   要  本研究課題では、ヒト疾患ゲノム解析より見いだされた突然変異がトランスクリプトームにいかなる影響を及ぼすのか、近傍のエピゲノム(ヒストン修飾、DNAメチル化パターン)、トランスクリプトーム(発現量、スプライスパターン)の多階層オミクス情報を網羅的に記載する。データの統合は臨床がんゲノム解析を志向したものを端緒に行うが、最終的には疾患の別を超えて、あるいは時には生物種を超えてデータの統合を目指す。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:1.41MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:2.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2015年7月13日)(PDF:4.03MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:4.9MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築
研究代表者 田畑 哲之
所属・役職 かずさDNA研究所 所長
概   要  Plant Genome DataBase Japan (PGDBj)による植物ゲノムDBや関連情報の統合をさらに進めるため、遺伝子オルソログDB、植物リソースDB、DNAマーカーDBを拡充する。さらに、DB間連携、オントロジー整備、ゲノムアノテーション情報の高度化による横断検索の効率化を行なう。これにより、植物遺伝学研究や植物バイテク研究の加速、新品種育成への活用につながるDBの構築を目指す。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:1.27MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:3.1MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:3.9MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース
研究代表者 徳永 勝士
所属・役職 東京大学大学院医学系研究科 教授
概   要  これまでに構築してきた「ヒトゲノムバリエーションデータベース」における遺伝情報と疾患・臨床情報との関係性データを一層充実させる。さらに、NBDCと連携してより多くの新規データを受け入れ、登録データの公開・再配布をより広範に行うことにより、疾患の遺伝要因や疾患間の共通性・異質性の解明、遺伝疫学・ゲノムコホートなどの基盤構築、そして個別化医療の実現に貢献する。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:0.99MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:3.6MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2015年7月10日)(PDF:3.36MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:6.0MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用
研究代表者 中村 春木
所属・役職 大阪大学 蛋白質研究所 所長/教授
概   要  PDB(蛋白質構造データバンク)とBMRB(NMR実験情報データバンク)を日米欧の国際協力により継続的に構築・公開し、特に蛋白質・リガンド複合体構造データ登録の仕組みを整備する。また、これまでに開発した統合化技術に基づき二次データベースと種々のサービスを高度化する他、利用者・登録者への教育とアノテータの育成を行い、他の生命データベースとの統合化による構造生命科学の基盤を与える研究開発とする。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:3.98MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:4.1MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:5.8MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.6MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発
研究代表者 成松 久
所属・役職 産業技術総合研究所 生命工学領域 創薬基盤研究部門 総括研究主幹
概   要  ライフサイエンスデータベース全般の共通基盤であるセマンティックウェブ技術を用い、糖鎖科学と周辺のライフサイエンス研究分野の融合を目指す。研究開発の技術課題としては、国際協働体制を拡大し、国際糖鎖構造データリポジトリシステムを開発するとともに、全糖鎖構造データの標準化作業を進める。並行して糖鎖関連データベースの開発と標準化対応開発を進めることによって、他分野データベースとのより高度な統合を目指す。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:2.44MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:3.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2015年8月4日)(PDF:0.9MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:4.6MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.6MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 生命と環境のフェノーム統合データベース
研究代表者 桝屋 啓志
所属・役職 理化学研究所 バイオリソースセンター ユニットリーダー
概   要  遺伝子の多様性の結果として現れる生命の表現型(フェノタイプ)の情報を、モデル動物(マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、メダカ)、ゲノム編集研究など、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化してオープンに公開する。集約されたフェノタイプ情報は、ゲノム情報や分子情報とともに横断的に利活用することで、新たな生命科学イノベーションの原動力となると期待される。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:947KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2014(PDF:1.8MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2015年8月10日)(PDF:3.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2016(PDF:3.9MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 平成26年度(PDF:0.5MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
(五十音順に掲載)

平成27年度採択(2015年4月~2018年3月)

研究開発課題名 プロテオーム統合データベースの構築
研究代表者 石濱 泰
所属・役職 京都大学 大学院薬学研究科 教授
概   要  国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、多彩な生物種・翻訳後修飾・絶対発現量も含めた世界初の横断的統合プロテオームデータベースjPOST(Japan ProteOme STandard Repository&Database)を開発し、ライフサイエンス統合データベースに欠けている「たんぱく質」という必要不可欠な生命素子情報を広く国内外に公開することを目指す。
発表資料 サイトビジット(2015年5月28日)(PDF:2.05MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015(PDF:1.8MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2016年7月7日)(PDF:3.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
研究開発課題名 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース
研究代表者 大浪 修一
所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター チームリーダー
概   要  生命動態システム科学のデータベースの統合を発展させるため、統合データフォーマットやデータベースツールの充実化、新規データの統合を図りつつ、当分野の研究手法のより広い生命科学研究への適用を促進することを目指し、細胞生物学と発生生物学の画像データの当分野の統合データベースへの統合を進める。さらに、他の統合データベースとの連携の深化、国際的な連携体制の構築やデータベース管理の効率化も実施する。
発表資料 サイトビジット(2015年5月28日)(PDF:2.34MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
トーゴーの日シンポジウム2015(PDF:16.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
サイトビジット(2016年7月6日)(PDF:5.2MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果物リンク 生命動態関連データベース
(五十音順に掲載)