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統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル)採択課題 (平成26年度)

研究総括 長洲 毅志(エーザイ株式会社 プロダクトクリエーション本部 ポートフォリオ戦略・推進部 顧問)
研究開発期間 6ヶ月間
研究開発開始 2014年9月

 

研究開発課題名 PDBjタンパク質をゲノムにマップしたpdbBAMの作成
研究代表者 城田 松之
所属・役職 東北大学大学院医学系研究科 助教
概   要  本研究では、PDBjに含まれる立体構造が解析されたタンパク質のアミノ酸配列について対応するmRNA配列に変換した後、ヒトゲノムDNA配列にマッピングし、ゲノム上の位置と変異情報を示すpdbBAMファイルを構築する。これにより、個人ゲノム解析結果をゲノムブラウザで閲覧したときに、変異情報と既知の構造情報を一目で把握することを可能にする。本研究は個人ゲノム解析と構造生物学の橋渡しをするものであり、これらの研究成果を個別化医療や創薬に効率的に応用できるツールを目指す。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:599KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
中間報告会(PDF:6.7MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果報告会(PDF:1.28MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 研究開発終了報告書(PDF:1.01MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果物リンク pdbBAM
研究開発課題名 RDFストア間データ連結フレームワークの開発およびオーソログ解析への適用
研究代表者 千葉 啓和
所属・役職 基礎生物学研究所 ゲノム情報研究室 研究員
概   要  さまざまなバイオデータベースのSPARQLエンドポイントが整備されることによって、インターネット上の分散データベースが実現されつつある。これらを統合的に解析し知識発見するためには、分散したデータの連結を可能にする技術が必須である。本課題では、RDFストア間でのデータ連結を容易に行うことのできる汎用的なフレームワークを開発する。解析事例として、オーソログデータベースを中心とした遺伝子情報の統合を行い、知識発見を試みる。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:916KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
中間報告会(PDF:313KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果報告会(PDF:2.16MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 研究開発終了報告書(PDF:388KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果物リンク SPANG
研究開発課題名 生化学反応ネットワーク統合解析環境の拡張
研究代表者 西田 孝三
所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター テクニカルスタッフ
概   要  マルチオミクス・パスウェイ・ドラッグターゲット情報を統合した生化学反応ネットワーク統合解析環境の拡張を行う。昨年度の研究開発で行ったワークフローを整備し、分子間相互作用ネットワーク解析プラットフォームCytoscapeが掲げるCyberinfrastructureへの対応を念頭に置いた解析環境の汎用化を推し進める。また昨年度成果では大腸菌に限定していた解析対象の生物種を改め、本年度はシロイヌナズナへも解析の適用が可能であることを示し汎用性の向上を実証する。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:532KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
中間報告会(PDF:385KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果報告会(PDF:947KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 研究開発終了報告書(PDF:735KB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果物リンク keggutil
togotrial2014
研究開発課題名 HLA遺伝子完全配列決定パイプラインの構築
研究代表者 細道 一善
所属・役職 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門 外来研究員
概   要  HLA(ヒト主要組織適合抗原)はヒトの免疫応答の入り口としての役割を果たす重要な分子であり、リウマチや糖尿病など100種近くの生活習慣病、自己免疫疾患、がん、造血幹細胞移植に伴うGVH病、薬剤副作用との関連など数多くの医学的興味を有する。本申請ではNGSによるHLA遺伝子配列決定法ならびにタイピング法の解析パイプラインを構築すると共にHLA databaseのデータとして公開することを目的とする。
発表資料 キックオフミーティング(PDF:2.4MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
中間報告会(PDF:25MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果報告会(PDF:2.86MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
報告書 研究開発終了報告書(PDF:1.59MB) クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
成果物リンク p-galaxy
p-galaxy help, HLA ANALYSIS TOOLS
(五十音順に掲載)