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よくある質問(FAQ)

バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会について

以下のFAQを一読してもご不明な点がある場合は、NGS[AT]biosciencedbc.jpまでお問い合わせ下さい。
 [AT]を@にかえて下さい。
 またメール本文中に氏名および返信先メールアドレスを明記の上、お問い合わせ下さい。

Q1-1. 受講に必要な条件(レベル)を教えて下さい。

学生・社会人、部分受講・全日受講を問わず受講可能です。
ただし、受講必須要件を満たす方からの受講申込を受け付けます。
また、NGSの概論的な講義は実施しません。平成28年度は、リード、ペアエンドなどの基本的な用語やLinux基礎、スクリプト言語、NGS原理の説明等については、平成26、27年度の講義資料・動画や参考図書などを活用した事前学習(自習)となります。
受講希望項目の基礎知識を取得しておくことをお勧めします。

Q1-2. 中国人留学生(博士1年)も参加が可能であれば、登録したいと考えています。現在の彼のコミュニケーション能力ですが、日本語はまだあまりよく理解できません。また、英語も日本語よりもはやや理解できますが、難しい会話を理解することはできません。このような状況ですが、彼も参加してついていけるでしょうか?

同じ研究室内の方のオブザーバ参加、あるいは受講生同士での助け合いができれば、どうにかついていけるかもしれませんが、現実的には厳しいかもしれません。

Q2.応募者多数により受講定員を上回った場合は抽選とのことですが、昨年受講したことは影響しますか?

影響いたしません。

Q3.昨年と内容は違いますか?

違います。
平成28年度講習会開催概要に記載している「*昨年度との違いや対応関係について(PDF:0.38MB)」をご参照下さい。

Q4.キャンセル待ちはありますか?

残念ながらキャンセル待ち予約を実施する予定はありません(キャンセルが発生した場合も追加での受け付けは行いません)。講師の許可が得られた講義については、平成26、27年度同様、後日講義ビデオの公開(統合TV)や講義資料のダウンロードが可能となる予定ですので、受講できなかった場合はそちらをご利用ください(ただし、公開時期については未定です)。

Q5.受講費用/参加費用はかかりますか?

無料です。

Q6.スケジュール(日時、詳しい講習内容、レベル、担当講師)を教えて下さい。

詳しい内容は、平成28年度開催概要を御参照下さい。

Q7.受講を申し込みましたが、申し込みが受付けられたのかどうか心配です。

受講申込フォームで「申込」ボタンをクリックし、「申込を受け付けました。確認メールを送信しました。確認メールが届かない場合、担当者まで御連絡ください。」という画面が表示されれば、申し込みは受け付けられています。申し込みと同時に確認メールが自動発信されますのでご確認ください。メールシステムにより配信されなかった場合、後日担当者より再送されます。受講確定のご案内は、受講申込締め切り後に別途お送り致しますので、お間違いのないようにお願い致します。

Q8.受講を申し込みましたが、都合が悪くなってしまいました(申込内容を変更したいです)。

この講習会に関するお問い合わせは、NGS[AT]biosciencedbc.jpまでお願いします([AT]を@かえて下さい)。
御名前、御所属および変更内容をお知らせください。

Q9.受講が確定していますが、都合が悪くなってしまいました。代わりに研究室の(社内の)他のメンバーが受講しても構いませんか?

大変申し訳ありませんが、受講申込者ご本人様以外の方は、受付致しません。

Q10.期間が約2週間と長いのですが、自身の専門性(例えばコンピュータリテラシーとサーバー設計)で習得済みの場合、その単元をスキップして次の単元から参加することはできるでしょうか?

本講習会は部分受講(講義ごとに受講する)が可能です。受講希望の講義のみ、お申し込み下さい。 但し、プログラムのインストール作業や、共有フォルダの設定などが完了しているという前提で別の単元を行う予定です。

Q11.受講終了後になんらかの資格として認められるのでしょうか?

特に資格として公認されるものではありません。

Q12.講義資料をもらうことはできるでしょうか。

抽選漏れや予め都合がつかず受講申込ができない場合、またやむを得ず欠席した場合等、理由を問わず、提供できる資料については後日、NBDCポータル/人材支援サイトよりダウンロードして頂くことができるようにいたします。

講習はビデオ撮影し、これも可能な限り公開いたします。

平成26、27年度の講義資料・動画については、NBDCポータル/人材支援サイトより公開しております。
また、講習会で使用した実習環境をご自身の計算機上にインストールする手順とソフトウェアについても平成27年度NGSハンズオン講習会/講義資料・動画より公開しておりますので、参考にして下さい。

Q13.実習環境について、Windows PCおよびMacintoshのどちらの方が適当でしょうか。

適当なOSに関してはなんとも言えません。貸与可能PCはWindowsです。講師の多くはmacユーザーだと思います。可能であれば両方もってきておいたほうが無難かもしれません。

Q14.Mac OS Xでも大丈夫でしょうか。

OS Xでも大丈夫かどうかは、やってみないとわかりません。

Q15.PCのOSは、Windows7 でも Windows8 でも良いのでしょうか?スペック(Q19.)を満たすPCであればOSに制約はありませんか?

OSはよくわかりません。やってみないとわからないというのが正直なところです。Windows7で講義予定の講師もおります。Windows8でやってみて、不都合があればWindows7の代替ノートPCをお貸しできますので、お気軽にWindows8にチャレンジしてください。

Q16.実習環境について Linux での持ち込みでも問題ないでしょうか。

問題無いかもしれませんし、実習によっては支障が出ることもあるかも知れません。Windowsの貸与可能PCは沢山ありますので、不都合なことがありましたらすぐにそれをお貸しすることができます。

Q17.パソコンを持参する予定ですが、バッテリーがもちません。会場で電源は使用可能でしょうか?

電源は足元に這わせる予定です。

Q18-1.実習環境には何を準備したらよいのでしょうか?

受講が確定された皆様には、後日、実習環境として用意して頂くソフトウェア等についてお知らせ致します。

なお、講習会初日(7月19日)に「PC環境の構築」を実施し、ハンズオン実習環境に必要なBio-Linux8とRのインストール及び状況確認を実施します。ご自身で「PC環境の構築」をされる方は、下記サイトの計算機環境構築の手順を参考に、講習会までに準備をお願いする予定です。「計算機環境構築(Linux系)と必要なソフトウェアのインストール」、「計算機環境構築(アプリケーション系ソフトウェア)」の2つがあります。
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014
7月19日「PC環境の構築」に参加されない方も、LinuxおよびRに関して、下記サイトを参照し、Linux導入、R導入、NGS解析に必要な環境構築技術を修得しておいてください。下記サイトに書かれている内容はひと通り習得済みであることを前提とした内容となる予定です。
Linuxについて http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB
Rについて http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_install

Q18-2.第2部:NGS解析(初~中級)用のovaファイル(Bio-Linux)をインストールしたら、思い通りにキーボード入力できなくなった。

現象1)アルファベットキーの一部に対してテンキーの割り当てが有効となってしまう。
  事例)「ls」と入力したはずが、「3s」と表示される。
この場合、Shift + NumLk キーを押すことで、キーボードマップに生じた不具合を解除することが出来ます。

現象2)アスタリスク「*」が入力できない。
  事例)「ls Do*」と入力したはずが、「ls Do”」と表示される。
日本語キーボードと英語キーボードの違いによる現象です。
第2部用のBio-Linuxをインストールし、ログイン後のウィンドウ右上(時間、音量、バッテリ表示等の並び)に表示される言語選択を確認する。
「En」の英語設定になっていたら、ここを「Ja」に設定変更することで日本語対応になります。

Q19-1.パソコンを持参する予定ですが、どの程度のスペックが必要でしょうか?

64bit, メモリ 8GB以上, CPU 2コア以上, Core2 duo 以上, HDD 50GB以上。

Q19-2.MacBook Air(1.8 GHz Intel Core i7, メモリ4GB)の持ち込みを考えています。

実習中、メモリ 4GB ではエラーとなる部分があることがわかっています。必要スペックを満たす実習機のご用意が難しい場合は、アグリバイオPCを貸与します。同様の質問への回答は全て「やってみなければわかりません」になります。解析できなかったというのもまた、重要な経験だと思います。当日持ち込んだもののマシンスペックが不足した場合は、アグリバイオで60台程度は貸与可能です。

Q19-3.Rとそのパッケージを外付けのHDDなどにインストールすることは可能でしょうか。

外付けHDDなどにインストール、はやったことがないのでわかりません。

Q19-4.バイオリナックスのインストールも外付けハードディスクに入れられればと思います。その方向で検討できるようでしたら、使用するべきHDDのスペックなどをご指示いただけると幸いです。

多ければ多いほど無難、という回答しかできません。外付けHDDはそれほど高価なものではありませんので、1TB程度あれば、外付けHDDへのインストールができるのであればハンズオン講習会以降も引き続き利用できるものと期待されます。

Q19-5.実習で使用する R と Bioconductor のバージョンを教えて下さい。

R 3.3.0、Bioconductor 3.3 で実習テキストを作成、動作確認を実施予定です。

Q20-1.推奨されたすべての条件を満たすパソコンが手元にありません。受講申込時に実習環境について「貸与を希望する」を選択していた場合、パソコンをお貸し頂くことは確実に可能なのでしょうか。

十分な台数の実習用Windows PCを用意しています。

Q20-2.受講申込時に実習環境について「持ち込む」を選択していた場合でも、当日急遽パソコンをお貸し頂くことは可能でしょうか。

スペックを多少満たさなくても、なるべくご自身の持ち込みPCでトライされるのがよろしいかと思います。持ち込みPCに不都合や不具合があった場合は、受講申込時に「PCを持ち込む」を選択していたとしても、当日速やかにWindows PCをお貸ししますのでご安心ください。

Q21.受講申込時にPCの貸与を希望したのですが、貸し出しに関してどのようになっているでしょうか?

受講申込時に貸出希望をされているのであれば、貸与するPCは確保されています。当日貸し出すだけですので、特にソフトウェアのインストール関連で準備の必要はありません。

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