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平成27年度NGSハンズオン講習会

  平成27年度は、平成26年度の実績を踏まえ、講義内容の改善等を行い、ハンズオンに特化した、より効果的なNGS講習会を開催しました。

H27年度概要

H27年度講義日程参考資料

H26年度講習会の情報についてはこちらをご覧ください。

H27年度実施報告書・講義資料・動画等

講習会実施報告書(PDF:2.17MB)および受講者アンケート集計結果(データ集)(PDF:662KB)

講義資料・動画 *講義資料一覧のファイル名をクリックすると資料ファイル(PDF等)がダウンロードできます。

実施日実施時間大項目項目レベル習得技術担当講師(敬称略)講義資料・
動画(統合TV)
7月22日(水)
10:30-12:00
PC環境の構築
Bio-Linux8とRのインストール状況確認
 
・Linux導入
・R導入
・NGS解析に必要な
 環境構築技術
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
7月23日(木)
10:30-12:00
UNIX/Linuxと
スクリプト言語
Linux基礎
初級
UNIXの基礎の理解
13:15-14:45
中級
15:00-16:30
16:45-18:15
7月24日(金)
10:30-12:00
スクリプト言語
中級
シェルスクリプト
服部 恵美
(アメリエフ)
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
7月27日(月)
10:30-12:00
中級
Perl
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
7月28日(火)
10:30-12:00
中級
Python
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
7月29日(水)
10:30-12:00
データ解析環境R
R基礎1
初級
R言語の基礎(インストールから利用まで)
13:15-14:45
R基礎2
初級
・ファイルの読み込み
・行列演算の基本
15:00-16:30
R各種パッケージ
中級
パッケージのインストール法と代表的なパッケージの利用法
16:45-18:15
7月30日(木)
10:30-12:00
Bioconductorの利用法1
中級
データの型やバージョンの違い
13:15-14:45
15:00-16:30
Bioconductorの利用法2
中級
FASTA/FASTQファイルの各種解析
16:45-18:15
8月3日(月)
10:30-12:00
NGS解析[A日程]
NGS解析基礎
初級
・ファイル形式
・可視化 (IGV)
・quality check
・マッピング
・アセンブル
山口 昌雄
(アメリエフ)
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
8月4日(火)
10:30-12:00
ゲノムReseq、変異解析
初級
代表的なパイプラインについての実習:ゲノムReseq、変異解析
山口 昌雄
(アメリエフ)
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
8月5日(水)
10:30-12:00
RNA-seq
初級
代表的なパイプラインについての実習:RNA-seq、マッピングから定量化まで
山口 昌雄
(アメリエフ)
13:15-14:45
15:00-16:30
代表的なパイプラインについての実習:RNA-seq、カウントデータ取得以降の統計解析
16:45-18:15
8月6日(木)
10:30-12:00
ChIP-seq
初級
代表的なパイプラインについての実習:ChIP-seq、及び統合解析
森岡 勝樹
(理化学研究所)
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
8月26日(水)
10:30-12:00
NGS解析[B日程]
NGS解析基礎
初級
・ファイル形式
・可視化 (IGV)
・quality check
・マッピング
・アセンブル
山口 昌雄
(アメリエフ)
8月3日に同じ
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
8月27日(木)
10:30-12:00
ゲノムReseq、変異解析
初級
代表的なパイプラインについての実習:ゲノムReseq、変異解析
山口 昌雄
(アメリエフ)
8月4日に同じ
13:15-14:45
15:00-16:30
16:45-18:15
8月28日(金)
10:30-12:00
RNA-seq
初級
代表的なパイプラインについての実習:RNA-seq、マッピングから定量化まで
山口 昌雄
(アメリエフ)
8月5日に同じ
13:15-14:45
15:00-16:30
代表的なパイプラインについての実習:RNA-seq、カウントデータ取得以降の統計解析
8月5日に同じ
16:45-18:15

※講師所属は講習会開催時点