param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

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###  Step 1
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in_f <- "out_contig.fa"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "result_step1.txt"            #出力ファイル名を指定してout_fに格納

fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存

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###  Step 2
################
in_f <- "out_scaffold.fa"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "result_step2.txt"            #出力ファイル名を指定してout_fに格納

fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存

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###  Step 3
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in_f <- "out_gapClosed.fa"             #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "result_step3.txt"            #出力ファイル名を指定してout_fに格納

fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
