library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

###  Step 1  ###
in_f <- "out_contig.fa"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
length(fasta)                          #配列数を表示

###  Step 2  ###
in_f <- "out_scaffold.fa"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
length(fasta)                          #配列数を表示

###  Step 3  ###
in_f <- "out_gapClosed.fa"             #入力ファイル名を指定してin_fに格納
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
length(fasta)                          #配列数を表示
