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クレジット
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生命科学系 データベースカタログ
検索:
English
分類 - Category
カタログ - Catalog
組織 - Organization
DB型 - DB Type
プロジェクト - Project
HSGに見つかるタンパク質
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ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載している。 各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定している。
水素・水和水を含むタンパク質の構造
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ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
水素および水和水を含むタンパク質の立体構造を中性子回折法による決定し、公開している。 同データベース内に、PDB由来のX線構造解析データ、中性子回折データが含まれる。
ヒト免疫系細胞のSAGE遺伝子発現
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遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
ヒト免疫系細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
遺伝子多様性データベース公開システム (GDBS)
タイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報、および感受性候補領域の詳細情報についてのデータベースに加え、解析に用いたソフトウェアを公開している。
マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル
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脳形成遺伝子発現DB
マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。 (2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。
老人病SNPデータベース
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老年病に関連する多型
東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の性別、年齢区分、病態、多型を掲載する。 これらの情報は、GEAD (geriatric autopsy database) という別データベースとして収集されており、ここには前述データのほか、喫煙歴、アルコール摂取歴、病理所見、アテローム性動脈硬化の程度が記載されている。
線虫RNAi遺伝子機能阻害の表現型
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線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果
線虫C.elegansの生殖細胞系で特異的に発現している遺伝子について、RNAi遺伝子機能阻害を行い、その表現型を分類した。
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
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疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
生体内ペプチドのファクトデータベース (PEPTIDOME)
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生体内ペプチドの特性
生体内のペプチドを網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理した。
極限環境微生物DB（Extremo Base）
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極限環境微生物ゲノム／アノテーション
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
完全長cDNAデータベース (FLJ-DB)
経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られた、オリゴキャップ法の完全長ヒトcDNAクローンの配列決定による3万個の完全長cDNA配列のデータベース
代謝物標準スペクトル
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代謝産物標準スペクトル
代謝産物(化合物）のNMRおよびMSの標準スペクトルを測定した。 検索インターフェースを通じてのみ利用できる。 「NMR標準スペクトル」との関係は明記されていない。
ミヤコグサEST
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ミヤコグサEST Index
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のEST、3' ESTのコンセンサス配列とそのアノテーションが掲載されている。 10819328のsupplementデータ。
ヒメツリガネゴケEST遺伝子発現
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ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているヒメツリガネゴケ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンのEST配列を掲載している。
チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN)
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チンパンジー全長cDNA配列
チンパンジーの脳、肝臓、精巣、上皮組織より作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定し、その一部の全長配列を決定した。 12727913, 15677748 のsupplementデータ。
タンパク3000成果データベース
文部科学省「タンパク3000プロジェクト」の現状と成果をまとめたデータベース
スサビノリEST
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スサビノリEST Index
スサビノリ(Journal of Phycology)のESTとそのアノテーション(BLASTXによる)が掲載されている。 10907854, Journal of Phycology 39,923-930(2003) のsupplementデータ。
シロイヌナズナ全長cDNAクローンカタログ
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シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているシロイヌナズナ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンの全長配列を掲載している。
シロイヌナズナのアクティベーションタグライン
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シロイヌナズナアクチベーションタギングラインデータベース
シロイヌナズナのアクティベーションタグラインで、T1世代で表現型に変化の現れたものについて、その表現型の記述が写真と共に掲載されている。 本来は変異株を配布する目的で構築されている。
ゲノムネットワークプラットフォーム
文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」のゲノム機能情報の解析で得られた成果の中で、ヒト･マウスcDNAのCAGEタグシーケンシングデータ、及び酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用データのデータベース
クラミドモナスEST
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クラミドモナスEST Index
クラミドモナスEST、そのコンティグ配列、コンティグに対するアノテーション(BLASTXによる)が登録されている。 11089912, Phycologia,43,722-726(2004) のsupplementデータ。
カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase)
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カニクイザル全長cDNA配列
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄，脾臓，膵臓，腎臓，心臓，胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供している。 また、以下のコンテンツも公開されている。 １．霊長類の進化解析のリソースとして4004遺伝子のヒト-カニクイザルアラインメント ２．カニクイザルのcDNAクローン，BACクローン，マイクロサテライトマーカーをアカゲザルゲノム上にマッピングしたゲノムブラウザ
カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ
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カタユウレイボヤ遺伝子発現
カタユウレイボヤの遺伝子発現を、ESTおよびin-situ hybridizationにより解析した結果が掲載されている。 cDNAライブラリは組織および発生ステージごとに16種類作成されている。 ESTクラスタリング結果、ゲノム（JGIより取得）へのマップ結果が掲載されている。 In-situ hybridizationは画像のほか、発現位置／ステージの記述があり、検索可能である。
カイコ完全長cDNAデータベース
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カイコ完全長cDNA配列
カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。
Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins
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mouse basement membrane bodymap
４４種のマトリックス蛋白に対すポリorモノクロ抗体を用意し E16.5マウス胎児の全身矢状面と頭のセクションを免疫組織染色 カラー画像と注釈のＤＢ 臓器名と蛋白名で画像検索 list of target proteins http://www.matrixome.com/bm/EnterBodymap/Protein/protein.asp
fRNAdb
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機能性RNAの配列・文献情報データベース
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果のデータベースの一つ。既知、及び新規機能性RNAの配列情報や文献情報のデータベース
dbQSNP
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ヒト遺伝子プロモータ領域の多型
ヒト遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0k上流および0.2k下流まで）に存在するSNPについて、配列とアレル頻度情報（実験データ）を収集したデータベース。 SNPのタイピングと定量化はSSCP解析による。
a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA
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微生物ゲノム／アノテーション
NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。 9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010 のsupplementデータ。
Yeast snoRNA Database
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出芽酵母snoRNA
出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。
Yeast Intron Database
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酵母イントロンの注釈書
出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。 既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。
XDB
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アフリカツメガエル遺伝子発現
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。
WormBase
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線虫ゲノム／アノテーション
C.elegansおよび他の線虫の生物学的情報を収集したデータベース。 ゲノム（構造、機能、多型、比較ゲノム）、遺伝子（構造、発現、表現型、RNAi）、系統（系統株、遺伝学、マーカー）、文献情報が収集されている。
VPARA（Vibrio parahaemolyticus）
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腸炎ビブリオゲノム配列データベース
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベース。データ全体の一括ダウンロードも可能。
UT Genome Browser (Medaka)
クローン情報やアセンブリ状況を確認するためのプロジェクト支援環境
Transcription Analysis of BY-2
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タバコ培養細胞BY-2株のEST
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果（EST相互のBLASTN検索結果）が掲載されている。
The NAISTrap database or NAISTrap データベース
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遺伝子トラップ法で破壊されたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成した。 トラップされた遺伝子の(部分)配列が、その相同性検索結果とともに掲載されている。
The Mouse Genome Informtics (MGI)
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マウスゲノム／アノテーション
Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。 MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。 注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。
Streptomyces avermitilisゲノムデータベース
,
Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション
Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。 物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。 論文(PubMed:11572948, 12692562)のsupplementデータ。
Silver Project (Ape Genome Sequencing)
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類人猿ゲノム配列／種間比較結果
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
SilkBase
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カイコEST遺伝子発現
カイコESTとそのライブラリ情報、BLASTXによるアノテーションが掲載されている。
SGD - Saccharomyces Genome Database
,
酵母ゲノム／アノテーション
出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。 アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。 遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。
SGD
,
スギゲノムデータベース
スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供 (ウェブサイトより引用）
SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
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出芽酵母変異株の形態
出芽酵母の変異株の形態（出芽の状態）を分類したデータベース。 形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。
SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database）
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ヒト組織・細胞の遺伝子発現
「RefExA」は、ヒト正常組織、正常細胞、ガン細胞の様々な株について遺伝子発現を解析した結果が収録されている。 「LSBM GeNet」は、各種疾病状態の細胞、薬剤投与細胞の遺伝子発現解析結果が収録されている。 「HUVEC DB」は、HUVEC（ヒト血管内皮細胞）にTNF-alphaなどの刺激を与えた際の遺伝子発現変化を解析した結果が収録されている。 いずれも遺伝子発現はGeneChipを用いて解析されている。
S.pombe genome project
,
酵母ゲノム／アノテーション
Sanger Instituteで行われた分裂酵母ゲノムプロジェクトで生成したデータを掲載したデータベース。 ゲノム配列とそのアノテーション、GOアノテーション、クローンライブラリ、マッピング用リソース（tiling path、遺伝地図、物理地図）が掲載されている。
Rice Tos17 Insertion Mutant Database
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イネトランスポゾン遺伝子破壊株一覧
イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成し、それをリソースとして配布している。 変異株検索のために、トランスポゾンに隣接する塩基配列を持つ。
Rice Proteome Database
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イネプロテオーム
イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース。 プロテオーム解析のプロトコルが掲載されている。
Rice Mitochondrial Genome Information (RMG)
2002年に全配列が解読されたイネのミトコンドリアゲノムに関するデータベース。
Rice Expression Database (RED)
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イネマイクロアレイ遺伝子発現
イネcDNAマイクロアレイを用いて計測した遺伝子発現データが掲載されている。 NIAS, STAFF由来のデータの他、同マイクロアレイを用いて別プロジェクトで行った結果も含まれている。 DBの論文はTrends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
RhizoBase
,
根粒菌ゲノム／アノテーション
根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。
Rat Genome Database (RGD)
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ラットゲノム／アノテーション
ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。
Rat Brain Sections: Super-fine images
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ラットの脳の断面画像
ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。 画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。
RPOP:RIKEN Populus Data Base
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ポプラEST配列のアノテーション
10種のPopulusの完全長cDNAから得られたESTを掲載している。ゲノム上にマップされたものの取得や、blast検索が可能
RPG
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リボソームタンパク質遺伝子
リボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベース。 各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、および、オルソロググループごとのマルチプルアラインメントが掲載されている。 ヒトデータはプロジェクトで取得。 その他の種のデータは公開DBより取得。
ROUGE
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マウス未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたクローン(mKIAA/mFLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 HUGEのマウス版。
RMOS
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Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
RIKEN SciNeS - RIKEN Hub Database
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理化学研究所総合データベース
国際標準に準拠したセマンティックウェブ方式でデータベースを構築することができる共通基盤システム 大規模なデータを共同研究の中で利用するための様々なデータベース間連携機能を持つ 研究者がデータを発表し、他の研究者とセキュアな情報共有を行うことが可能なバーチャルラボの構築 理研の様々な成果を閲覧できる
RGP Rice cDNA Sequence Database
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イネEST
NIASで配列決定したESTとそのクラスタリング結果が掲載されている。
RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース
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シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。 RARGEの一部。
RARGE
,
シロイヌナズナ研究ポータルサイト
理研で行われているシロイヌナズナ研究に関連するデータおよびリソースの検索サイト。 全長cDNA、マイクロアレイ実験結果、トランスポゾン変異株、遺伝子のゲノム上の位置とスプライスパターンが登録されている。
RAFL cDNAs
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シロイヌナズナ全長cDNA配列
シロイヌナズナ全長cDNA配列とそのBLASTXアノテーションを掲載している。 RARGEの一部。
Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese P
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ヒトマイクロサテライト多型
日本人におけるマイクロサテライトマーカーのヘテロ接合度を調べた。 対象となるマーカーは、de CODE Genetics 2002 (Kong A etal. Nat. Genet. 2002) より得ている。
Pig genomics infromation system
中国とデンマークの共同ゲノムプロジェクトのポータル的なページ。 ゲノム配列とＥＳＴ配列がプロジェクト由来データでゲノムアノテーション的なことをしてる。 配列データはすべてINSDにあるようです。
Phenome Analysis of Ds transposon-tagging line in Arabidopsi
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シロイヌナズナトランスポゾン挿入変異株
シロイヌナズナのDsトランスポゾン挿入変異株の一覧が、変異遺伝子座とその位置（UTRかコード領域か、exonかintronか）とともに掲載されている。 変異株の形態（一次カテゴリー:8、二次カテゴリー:50）による検索も可能であるが、表現型の一覧を取得することはできない。 詳細情報の表示にはMIPSのサイトが使用されている。
PhenoSITE :Phenotype Semantic Information with Terminology of Experiments
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マウス変異株の表現型の記述の統一規則
マウス変異株の表現型を記述する語句をGOに類似の形式で階層的に定義している。 Simple category for GSC mouse, Extend representation build of GSCMPE, Mammalian Phenotype （Jackson Lab.のMGIで使用、マウスに限定されない模様）, Mouse adult grossanatomy の4カテゴリーから構成される。 表現型スクリーニングの標準手法（プロトコル）、および、その際に使用する語句も定義されている。 対象となるのは理研で構築されたENU誘導マウス変異株で、その表現型と染色体マップ結果の対応テーブルが掲載されている。
PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
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ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能（現在はサービス停止？）。
PHYSCObase
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ヒメツリガネゴケEST配列
ヒメツリガネゴケmRNA、EST、コンティグ（ESTのアセンブル結果）、実験プロトコルを収集したデータベース。 配列の一括ダウンロードも可能。
PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース
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シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の概要紹介
トランスポゾン変異株データベースの概要を記述したページ
PEDE
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Pig Expression Data Explorer
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないＥＳＴやｃＤＮＡ配列があるかどうか不明。ＩＮＳＤにすでに登録されているのでは？
PEDB
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前立腺の遺伝子発現
ヒトおよびマウスの前立腺における遺伝子発現をEST、マイクロアレイ、マススペクトロメトリー（タンパク）で解析し、その結果を掲載したデータベース。
Nocardia farcinica genome
Nocardia farcinica IFM 10152 （グラム陽性好気性放線菌、ノカルジア感染症の原因）の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）とそのアノテーションを掲載する。 15466710のsupplementデータ。
NBRP-Barley
,
オオムギESTと種子の画像
3品種+野生型オオムギより発生ステージ／組織の異なる9 cDNAライブラリを作成し、そのEST解析を行い、その配列を公開している。 ESTデータはHarvESTと重複している。 また、岡山大より配布可能なGermplasm（生殖質？）の一覧表が掲載されており、その一部については、種および発芽の写真も掲載されている。 また、Corecollection と呼ばれる（遺伝的多様性を考慮した）代表的品種の一覧も掲載されている。
Mycoplasma penetrans genome
,
マイコプラズマゲノム／アノテーション
マイコプラズマ (Mycoplasma penetrans) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されている。 12466555のsupplementデータ。
Mouse DNA Microarray
,
マウス遺伝子発現の系統間の比較
マウスC57BL/6J株と129X1SvJ株の間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓の遺伝子発現を比較した結果を掲載している。 計測にはAgilentマイクロアレイが使用されている。 15029957のsupplementデータ。
Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes
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カタユウレイボヤ・マイクロアレイ遺伝子発現
カタユウレイボヤEST解析に用いたcDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて、embryonic retinoic acidターゲット遺伝子候補(9287)の発現プロファイルを解析した結果が掲載されている。 論文(PubMed:12828686)のsupplementデータ。 その他に、91遺伝子のin-situ hybridization画像が掲載されている。理学部物質科学科
MiBASE
,
トマトEST
トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。 15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。
Medaka EST database
,
メダカ遺伝子発現
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している
MaizeGDB
,
トウモロコシゲノム／アノテーション
トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。
MAtDB
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
Arabidopsis Genome Initiative で決定されアノテーションされた全配列が登録されている。 ミトコンドリアゲノム、葉緑体ゲノムも同様にアノテーションされ登録されている。
MAGEST
,
マボヤEST
マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。
MAEDA (Micro Array Expression DAta search)
,
シロイヌナズナ・マイクロアレイ遺伝子発現
7000の全長cDNAより作成したマイクロアレイを用い、シロイヌナズナ遺伝子発現を解析した。URL GEO:GSE4203, GPL3181
Lotus japonicus Genome Sequence Project
,
ミヤコグサゲノム／アノテーション
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ、葉緑体配列が掲載されている。 12056416, 11853318, 11214967, 11853317のsupplementデータ。
LeESTデータベース
,
シイタケEST配列
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定、BLASTN検索結果とともに掲載。
Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME)
,
イネ全長cDNA配列
イネ全長cDNA配列とそのアノテーション（相同遺伝子、クラスタリング結果、TIGR-GIコンティグへのマップ、InterProモチーフ探索結果、GOアサイン結果）が掲載されている。 12869764のsupplementデータ。
KT抗体データベース
,
線虫の胚のタンパク質の局在
線虫の胚におけるタンパク質のステージ特異性および局在を、抗体染色により調べた画像が掲載されている。 抗体の配布も行われている。
KAIKO cDNA
,
カイコEST
カイコESTがcDNAライブラリ（strain、発生ステージ、組織、性別）ごとに整理されている。 各ESTによるBLASTX検索結果も掲載されている。
JSNP
,
日本人の遺伝子多型
日本人集団において、遺伝子もしくはその近傍に一般的に見られる多様性を収集したデータベース。
JMDBase/Japan Metabolic disease DataBase
,
ヒト代謝性疾患関連SNP
ヒトの代謝性疾患(特に高血圧、糖尿病）に関連するSNPを独自のアルゴリズムで検出した。 15716494は手法の有効性に関する論文で、5遺伝子・3人種（日本人、米国黒人、白人）で検証している。
Integrated Rice Genome Explorer (INE)
,
イネゲノム／アノテーション
イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。
HarvEST
,
作物植物のEST
オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。 DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供） オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。
HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large proteins
,
ヒト未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさヒトcDNAプロジェクトで得られたクローン(KIAA/FLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 本来の目的は、巨大タンパク（50kDa以上）に対応する未同定遺伝子の解析。 cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、Pfam, SOSUIによるモチーフ探索結果が登録されている。
HIV感染症統合データベース(HIV-DB)
ウイルス配列はＩＮＳＤの部分集合に過ぎないが ウイルスホストの臨床情報が６００人程度分添付されているようである。微妙な数なので用途は不明。 臨床情報を見るためには登録が必要。
HGS (Human Genome Sequencing)
（GDBの続きだったが中止）
GiiB-JST mtSNP
,
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース
7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。 個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。同じ論文をサイトしてるＩＮＳＤエントリー(ミトコンゲノム）が672件あり。
Escherichia coli K-12 総合データベース
,
GenoBase
奈良先端大で構築されている、大腸菌に関連する様々な情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF、そのアミノ酸配列、2D-PAGEによるプロテオームデータ、マイクロアレイによる遺伝子発現データ、文献情報、バイオインフォマティクス解析結果（ORFのクラスタリング、コドン使用頻度の偏り、遺伝子発現プロファイルのクラスタリング）が含まれる。
GadFly
,
ショウジョウバエゲノム／アノテーション
ショウジョウバエゲノムプロジェクトで生成した各種データを集約したサイト。 (1) ゲノム配列およびアノテーション。 (2) in-situ hybridizationによる遺伝子発現パターン。 マイクロアレイで検証されている。 アノテーションはコントロールされた語を用いて人手で行われている。 (3) ESTおよび全長cDNA配列。 (4) トランスポゾン配列。 (5) 単一のP transposable element による遺伝子破壊株。 (6) Drosophila種間の比較ゲノム。 (7) SNPマップ。
GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database -
,
ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ挿入系統
ショウジョウバエのGal4エンハンサートラップ挿入系統について、挿入サイト、遺伝子発現パターン、表現型を解析した。 リソースの配布も行う。
GALAXY
,
N型糖鎖の構造
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載する。
Full-Toxoplasma
,
トキソプラズマ全長cDNA
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされている。
Full-Malaria
,
マラリア原虫全長cDNA
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ）
FLJ Human cDNA Database
,
FLJヒト完全長cDNAデータベース
経済産業省「タンパク質機能解析事業／スプライシング・バリントの取得技術の開発」で取得・配列解析したヒトスプライシング・バリントcDNA配列データベースと、オリゴキャップ法での全FLJヒト完全長cDNA配列データベース（全長解析配列数約5万及び5’末端配列解析数約150万）。
ExtremoBase
,
極限環境生物ゲノムデータベース
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (location list
,
マウス突然変異株の変異遺伝子と位置
同上。 こちらは染色体上の位置でソートしたリスト。
ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (gene-name lis
,
マウス突然変異株の変異遺伝子と位置
ENUで誘導されたマウス変異株を、遺伝子上の変異を基準にして選別し、リストアップしている。 「表現型スクリーニングによる変異株ライブラリ」構築時に、致死もしくは不妊が原因でG2株構築に至らなかったG1個体の精子を素材としている。 リソースの配布も行う。 変異遺伝子の名称でソートしたリスト。
ENA
,
European Nucleotide Archive
解析的に処理された配列情報を掲載しているデータベース。サンプルや実験・計算情報などの入力データ、配列のクオリティや計算の設定などの出力結果、アノテーションなどの解釈が加えられたデータが入っている
EGTC
,
遺伝子トラップ法でトラップされたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規遺伝子トラップ系(exchangable gene trap system)を用いてトラップクローンを作成した。 それをもとに遺伝子導入もしくは破壊を行い、系統化したリソース（卵、精子）は配布されている。 トラップされた遺伝子のタグ配列、相同性検索結果、変異系統の情報が掲載されている。
E.coli O157:H7 Sakai genome project
,
病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース
大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列、pO157プラスミド配列、pOSAK1プラスミド配列、およびそれらのアノテーションを掲載したデータベース。 データ全体の一括ダウンロードも可能。
Database of genomes and transcriptional regulations for fila
,
麹菌のEST
いくつかの条件下で麹菌cDNAライブラリを作成し、その5' ESTを決定した。 配列はFASTA相同性検索を通じてのみアクセス可能。 プロモータ解析を行う予定のようで、そのためのゲノムクローンの構築方法が記載されている。 その他、Aspergillus nidulansのコスミドクローン(1クローン)の配列が掲載されている。
DBTSS
,
転写開始位置
全長cDNAクローンのESTをゲノムにマップすることで転写開始点を決定しデータベース化した。 現在の対象はヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、マラリア原虫、原始紅藻
D-HaploDB
,
ヒト全胞状奇胎SNP
日本人の全胞状奇胎(complete hydatidiform mole)をサンプルとして、28万SNPをマイクロアレイを用いてタイピングし、ハプロタイプ解析を行った。
CyanoBase
,
シアノバクテリアゲノムデータベース
シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。 8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292 のsupplementデータ。
CropNet
Genome mapping in crop plants
Cricket EST DB and Expression DB
,
コオロギEST配列
コオロギEST配列、クラスタリング結果、相同性検索結果が掲載されている。
CluSTr - Clusters of Swiss-Prot and TrEMBL proteins
Automatic classification of SWISS-PROT+TrEMBL proteins
Ciona intestinalis EST project database
Chick Eye EST DB and Expression DB
Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB)
,
マウス小脳遺伝子発現
マウス小脳における出生後の遺伝子発現を様々な手法で解析した結果が掲載されている。 試用された手法はfluorescence differential display、cDNA microarray、GeneChipで、小脳で発現している遺伝子についてはRT-PCR、in-situ hybridizaionで詳細にパターンを調べている。 in-situの結果は画像で表示され、語句による記述は見当たらない。
Cancer Gene Expression Database (CGED)
ATAC-PCRによるがん関連遺伝子の発現データベース
CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database)
,
シアノバクテリア遺伝子アノテーションワークベンチ
シアノバクテリア研究コミュニティーが遺伝子アノテーションを行うためのワークベンチ。 一般ユーザはデータの検索、参照、一括ダウンロードが可能。
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
CGHデータベース
,
ヒト腫瘍細胞に見られる染色体異常
Comparative Genomic Hybridization法を用いて、ヒト腫瘍細胞より染色体レベルの異常を調べた。 検出される異常は、コピー数減少(loss)、過剰(gain)、増幅(amplification)。
CASP8
,
Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction
タンパク質構造予測の分野に関する分析結果を載せているデータベース
CAGE
,
CAGE遺伝子発現／転写開始位置
CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。
C. elegans RNAi Phenome Database
,
線虫RNAi遺伝子破壊株
線虫のRNAi遺伝子破壊株の表現型を網羅的に収集し、表現型をあらかじめ定義された語句で記述している。 表現型をもとに遺伝子をクラスタリングした結果が掲載されており、系統樹の形式で表示される。
Brain Gene Expression Database (BGED)
,
マウス脳遺伝子発現
マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。 遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。
Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW
,
脳画像データベース
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳の3D画像を、MRI断層画像より再構成して作成した。
BombMap
,
カイコゲノム地図
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューア(Javaアプレット)により、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)
BodyMap
,
遺伝子発現パターン
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。
BloodSAGE
血球細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
BSORF
,
枯草菌ゲノム／アノテーション
枯草菌ゲノム上のORFとそのアノテーション、対応する変異株、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されている。
BED (Brain EST Database)
,
マウス脳由来EST
マウス脳における遺伝子発現をEST解析により計測したデータベース。
Atlas (ISH Data Base)
,
細胞性粘菌の遺伝子発現
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。 収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。
Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB
,
麹菌ゲノムデータベース
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。
Aspergillus oryzae EST DataBase
,
麹菌ESTデータベース
「麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。」酒類総合研究所 麹菌EST解析ホームページ（http://www.nrib.go.jp/ken/EST2/est.htm）より引用
Archaeal Gene Network (Arch GeNet)
,
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)のタンパク質／遺伝
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
Arabidopsis thaliana EST Index
,
シロイヌナズナEST 解析情報データベース
シロイヌナズナESTとそのアノテーション(BLASTXによる）が掲載されている。 10907847のsupplementデータ。
ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)
,
alternative splicing をリッチに含むマウスEST
マウス細胞株より構築したalternative splicingをリッチに含むライブラリの、タグシーケンスを行った。 配列はEnsemblゲノムに対してマップすることでパターン分類を行っている模様。
ARTADEdb
,
シロイヌナズナエキソンの検証結果
理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。
ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC)
,
古細菌ゲノム／アノテーション
数種の古細菌のゲノム配列、遺伝子構造と配列（核酸、アミノ酸）、偽遺伝子、オペロン、株の情報が収集されている。 PubMed:9679194, PubMed:11121031のsupplementデータ。
ABA
,
ホヤ発生過程の形態
カタユウレイボヤの受精卵からオタマジャクシ幼生までの発生過程の各ステージについて、形態の画像を収集したデータベース。 mid-tailbud期の３次元再構成像、細胞系譜の図、あり。
5'SAGE
,
ヒト5' SAGE遺伝子発現
ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。
データバンク - Databank
2DPAGEのデータを論文からキュレートしてデータベース化したもの。ここのスポット強度情報まで詳細にアクセスすることができ、embl様のフォーマットでテキストを取得可能
次世代シーケンサのリード配列を集めているデータベース Trace Archivesと呼ばれる配列データレポジトリクラスターの一部。
配列の特異的反応領域データベース
実験に利用する塩基配列の領域情報(配列のどこがどの遺伝子とハイブリダイズするかなど)を格納したデータベース
Entrez塩基配列データベース
GenBankでEST・GSSに含まれない配列、RefSeq、Whole Geneme Shotgan(WGS)、Third Party Annotation(TPA)の配列を掲載している塩基配列に関する中心的なデータベース
生物種のゲノムプロジェクトごとに塩基配列・アミノ酸配列をまとめたデータベース。配列の大きさやゲノム中の位置の情報を載せている。
GenBankレコードの内、GSSにあたるレコードについての載せているデータベース
マウス神経細胞の遺伝子発現データベース
トランスジェニックマウスとハイブリダイゼーションを使ったマウス神経細胞の遺伝子発現データベース
魚類写真資料データベース
このデータベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています 2006年7月 収録写真件数を40,000件から54,583件 に増やしました。
生命科学系データベースアーカイブ
各研究機関が保有する生命科学系のデータベースに対して、利用者が簡単にアクセスして検索やダウンロードを行うことができるサービス。ほとんどのデータベースに詳しいメタデータと明確な利用許諾が付与されている。 開発元：ライフサイエンス統合データベースセンター
dbSNP
,
米国多型データバンク
SNPおよび短い挿入／欠失多型を収集したデータベース。
dbEST
,
米国ESTデータバンク
GenBank EST division として収集されているデータセット。
The Mouse Genome Informtics (MGI)
,
マウスゲノム／アノテーション
Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。 MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。 注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。
Entrez SNP
,
SNP
１〜数塩基の置換、挿入/欠失や反復等の多型情報データベース。収録されているデータはdbSNPと共通だが、Entrez との連携により様々な検索が可能となっている。
SGD - Saccharomyces Genome Database
,
酵母ゲノム／アノテーション
出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。 アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。 遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。
Rat Genome Database (RGD)
,
ラットゲノム／アノテーション
ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。
PubChem Substance
,
低分子の化学物質に関するデータベース
「物質」に関するデータベース 低分子化合物の情報を掲載している。投稿された物質に関する構造や薬、代謝反応、文献などの情報をまとめて見ることができる。
PubChem Bio Assay
,
低分子化合物の生物学的なスクリーニングデータのデータベース
bio assayのデータを集めたデータベース。PubChemデータベースに登録されている低分子化合物を使った生理活性のスクリーニングデータ(プロトコルや結果のデータテーブルなど)を見ることができる。
Peptidome
,
マススペクトルデータベース
マススペクトルと同定されたタンパク質情報のデータベース。 同定されたタンパク質及び同定のために使用されたペプチド情報のリストと証拠であるスペクトルデータ、実験のプロトコルやサンプルの情報が手に入る。
PDDB
,
the Prion Disease Database
マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量
PDBj (Protein Data Bank Japan)
,
日本タンパク質構造データバンク
タンパク質立体構造のデータバンクの日本ノード。 米国RCSB、欧州MSD-EBIと共同でwwPDBを運営している。
PDB
,
タンパク質立体構造データバンク
主としてX線結晶構造解析もしくはNMRで決定されたタンパク質立体構造を収集するデータバンク。
NDB
,
核酸立体構造データバンク
核酸立体構造情報を研究者より受付け、データベース化して公開している。
Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)
,
マウスマイクロサテライト
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。 マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。 特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。
KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
パスウェイ、配列、分子情報を統合的にまとめて整理している知識ベース。情報は文献や実験データからキュレーションされている
Japanese GenomeNet
,
京都大学バイオインフォマティクスセンターのポータルサイト
京都大学バイオインフォマティクスセンターで提供されているデータベース・解析サービスのポータルサイト。DBGET, KEGGやKAASなどの上位のもの
GenBank(R)
,
米国核酸配列データバンク
各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、欧州EBI (EMBL)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
GEO - Gene Expression Omnibus
,
米国遺伝子発現データバンク
NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。 マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。
ExPASy-SWISS 2D PAGE database
収集法：まだ不明 データ：材料記載、スポットＩＤ、スポット蛋白名称、ゲル画像 蛋白名称でそれが同定されてる２Ｄゲルが出てくる 材料名称でその材料の２ＤＰＡＧＥ画像とスポットリストが出てくる ２ＤＧＥＬの図のある論文のフィギュアを集めたようなもの 結構考え事に役に立つ 遅いので韓国ミラーのほうがやや早い
EST
GenBankの内、ESTに関してのデータを掲載しているデータベース
ENTREZ
,
NCBI横断検索
NCBIで提供されているデータベースを横断的に検索するサービス。各データベースに指定した検索ワードがどれくらいヒットしたかを一望することができ、各データベースの検索結果ページに直接飛ぶことができる。
EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005.
,
欧州核酸配列データバンク
欧州各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
DDBJ Trace Archive
Trace Archive は大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), 塩基判定 (base call), 品質評価(quality estimate)のアーカイブです。 Trace Archive (NCBI) およびEnsembl Trace Server とともにデータベースを共同構築しています。
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
,
日本核酸配列データバンク
主として日本の研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、欧州EBI (EMBL)と定期的にデータを交換することで全世界のデータを収集している。
Cell Line Catalog
癌細胞バンクにおいて供給している癌細胞株のカタログ
CIBEX
,
日本遺伝子発現データバンク
マイクロアレイによる遺伝子発現データの提供を研究者より受付け、公開している。
BioImage
,
生物学的画像データバンク
生物学的に有用な画像（特に顕微鏡写真）を研究者より受け付けてデータベース化し、それを公開している。 画像登録時には付随する書誌情報をメタデータとして登録する。 マルチスライス画像にも対応。
BMRB - BioMagResBank
,
生体高分子のNMRデータのデータベース
Wisconsin大学MadisonのBioMagResBankによって運営される、生体高分子のNMRデータのデータベース。 NMRにより決定された生体高分子の立体構造データを研究者より受付け、データベース化して公開している。 データベース構築に際してPDB, NDBと協力しており、BMRB経由で両バンクにデータが登録されている。
ArrayExpress
,
欧州マイクロアレイ遺伝子発現データバンク
EBIで運営されている、マイクロアレイによる遺伝子発現データを受け付けて公開するデータベース。 アレイ（デザイン）、遺伝子発現、プロトコルをそれぞれ別個に登録できる。 現在対応するデータタイプはCHiP-chip, CGH, 遺伝子発現, タンパク質アレイ, RNAi。
Androgen Receptor Gene Mutations Database
,
アンドロゲンレセプター遺伝子変異データベース
アンドロゲンレセプターの変異に関する総合的な情報(文献、部位、相互作用情報等)を画像やPDF形式で提供している。
プログラム - Program
配列タグ部位のデータベース
PCR用プライマーペアのデータベース。STSの配列情報、ゲノム上の位置、そのSTSを使ってPCRした際に得られる遺伝子の情報がまとめられている。
GenBankに掲載されている配列データを遺伝子別にクラスター化してエントリーとしてまとめたデータベース。染色体上へのマッピング情報や発現解析情報(組織や発現時期)、機能情報が載っている。
真核生物のホモロググループのデータベース
ホモロジーと思われる配列をグループ化したものを1つのエントリーとしている。それらの配列に共通の性質を他のデータベースを利用して載せている。それぞれの配列の比較結果も見ることができる
蛋白質・核酸複合体構造データベース
PDBよりタンパク質－核酸複合体のエントリを収集した。
タンパク質代表チェイン
,
代表的タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)
PDBに登録されているタンパク質を配列と構造の類似性からグループ化したデータベース。 各グループの代表タンパク質を指定のルールに従って選択するインターフェースがある。
リンク情報データベースLinkDB
,
公共DB間クロスリファレンス
分子生物学分野の多数のデータベースの間で構築したクロスリファレンス。 あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できる。
ヒト新規遺伝子候補データベース
ヒトゲノムにプログラムDIGITを適用して探索した遺伝子候補のリスト。
タンパク質立体構造データベース(GENIUS Ⅱ)
ゲノム配列中上に予測されたコード領域に、タンパク質立体構造を対応付けてデータベース化した。 基本はPSI-BLASTによる相同タンパク質の検索。
アミノ酸・塩基相互作用データベース
PDBより核酸を含むエントリを抽出し、核酸－アミノ酸相互作用の有無で検索できるよう整理した。
yMGV - Yeast microarray global viewer
,
酵母の遺伝子発現
出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。
viral probe databse
INSDのVirusdivisionをすべて整理して それぞれに同定目的に使えるＰＣＲプライマーをしつらえてくれてる。 同様の目的のＤＢかなりあり。これはひとつの分野つくってます。
snoOPY
10種の生物のsnoRNA(核小体低分子RNA)を収集した。
mutview
遺伝病情報をビジュアル(染色体や臓器の画像を使って)で検索することができる。配列データベースやOMIMなどへのリンク情報ももつ
The mi-R ontology database
,
miRò
ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。
eF-site
,
タンパク質機能部位の表面特性
タンパク質の機能部位の表面の特性を算出したデータベース。 PDB構造を素材に、静電ポテンシャル表面、疎水的特性、Connolly表面を計算し、その結果をデータベース化している。
dbProP (a Protein Polymorphism database)
,
タンパク質多型を導く遺伝子変化
タンパク質アミノ酸配列に変化を及ぼす遺伝子配列変化、すなわち、コード領域のSNP、alternative splicingを収集したデータベース。 対象はヒト。
The tmRNA website
,
tmRNAの注釈書
tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。
The tmRDB and SRPDB resources.
,
tmRNA
tmRNA（tRNAとmRNA両方の機能を持つ安定な低分子RNAで、バクテリアに広く存在する）、SRP RNA (signal recognition particle RNA) 、proteolysisタグペプチド、関連タンパク質を収集したデータベース。 各配列のほか、マルチプルアラインメント、トポロジー構造（tmRNA, SRP RNAのみ）、立体構造が収録されている。
The UCSC Genome Browser Database: update 2006.
,
ゲノム自動アノテーション
ゲノム配列の公開された脊椎動物および主要なモデル生物について、機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションはその種類ごと（マーカー、BACエンドマップ位置、RefSeqエントリ、Genescan結果、ESTマップ位置など多種）にトラックとして独立に管理されている。 プロテオーム（Proteome Browser）、in-situ画像（VisiGene）は別枠になっている。
SubtiList
,
枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対するアノテーション（遺伝子位置と機能アサインメント、参考文献へのリンク）を登録したデータベース。仏パスツール研究所によって運営されている。
STACK
,
ヒトEST自動クラスタリング結果
ヒトESTおよびmRNAを、発現組織、発生ステージ、関連する病気ごとにカテゴリ分類し、各カテゴリを独自の手法でクラスタリングした結果を納めたデータベース。 Splicing variantの記述あり。 DB構築用システムも公開されている。
SSDB (Sequence Similarity Database)
,
アミノ酸配列相互の比較結果
既知のゲノム上のタンパク質コーディング遺伝子について、そのアミノ酸配列を相互に比較した結果を整理したデータベース。
Rice PIPELINE
,
イネゲノム機能解析統合ツール
複数のイネ関連データベース(KOME、RED等)を統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索(BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。(AgriTogoより引用)
Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS)
,
イネゲノム自動アノテーション
イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベース。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されている。
Ribosomal Database Project (RDP-II)
,
rRNA配列
既知のrRNA配列をGenBankより収集したデータベース。 同時に提供されているアラインメントは配列と２次構造の両方を考慮する独自のアルゴリズムで構築されている。 生物種分類の階層をベースにエントリを整理したブラウザあり。
RPSD
,
イネ蛋白質構造データベース
イネタンパク質の構造を収集したデータベースで、PDB由来の立体構造と、GTOP由来の予測構造からなる。
Protein Clusters
,
タンパク質クラスタのデータベース
RefSeqに登録されているデータをBLASTを使った配列相同性に基づいてクラスタリングし、各クラスターごとにまとめたデータベース。エントリー中のそれぞれのタンパク質には系統や機能、ゲノム情報の位置などのアノテーションが付加されている。
PrognoScan
,
遺伝子発現と癌患者予後の関連の横断検索データベース
遺伝子発現と癌患者予後の関連を横断検索するためのデータベース。 １）臨床情報の付随した癌発現プロファイルデータの網羅的なコレクション、および２）minimum P-value approachを用いた遺伝子発現に基づく生存解析ツール、 の２つの特徴を持つ。 開発機関：九州工業大学
ProMode
様々なタンパク質の基準振動モードによる揺らぎを計算により求めた。その結果はアニメーションにより参照できる。
ProDom
,
タンパク質ドメイン／ファミリー
既知のアミノ酸配列を機械的に分類し、ドメインを抽出して構築したデータベース。 SWISS-PROT, trEMBLを素材にPSI-BLASTを用いてファミリー分類を行う。 各ファミリーでマルチプルアラインメントを行ってドメインを探索する。 全アミノ酸配列を用いたProDom、決定済みゲノム由来のアミノ酸配列のみを用いたProDom-CGがある。
PicSNP/A Catalog of Non-Synonymous SNP
,
ヒト非同義置換SNP
非同義置換SNPを機械的に収集した。 素材はNCBIヒトゲノムドラフト配列のアノテーションで、そのFeatureに記述された遺伝子配列およびSNPをSwissProtと比較して非同義置換SNPを選別している。 該当遺伝子のGOによる分類結果も掲載されている。
PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。
PIR-PSD
,
タンパク質配列
2004年まではアミノ酸配列を収集するバンクとして機能。 現在は、UniProtの一部としてタンパク質アノテーション用リソースおよびツールを提供。 PIRSFは進化的観点からタンパク質全長配列をクラス分類したデータベース。 iProClassはUniProtKBに対して、PDB, COG, Pfam, GenBank, GEO, OMIM, PubMed, GO, DIP, Swiss-2DPAGE, KEGG などの様々な相互参照インデックスを付与したデータベース。
PDBSTR
PDBをKEGG用に再構成した。
NRSub
,
枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。
Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)
,
マウスマイクロサテライト
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。 マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。 特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。
MitoFish
,
魚類ミトコンドリアデータベース
魚類のミトコンドリアゲノム配列をGenBankおよびRefSeqより収集し、種分類に関する情報をFishBase, NCBI Taxonomy Browser, TheCatalog of Fishes, Fish Database of Japan より、文献情報をPubMedより、関連配列をDDBJより取得して関連付けたデータベース。
Microbial Genome Workbench
公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。
MBGD
,
微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ
ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。
LigandBox
KEGG DRUGの各リガンド構造の３D画像データベース。画像は、分子シミュレーションシステムmyPrestoを使って得られた。
LIGAND
,
生体関連化学物質
生命現象に関連した化学物質とその反応を収集したデータベース。 COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME(Enzyme Nomenclature由来) よりなる。
Kinase Pathway Database
,
キナーゼのパスウェイ
ゲノム配列決定済みの主な真核生物について、タンパク質キナーゼが収集され、クラスおよび機能、生物間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造の各情報とともに掲載されている。 タンパク間相互作用は、文献の自然言語処理により取得している。
Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS)
カイコゲノム (BAC, WGSアセンブリ)上に予測された遺伝子や機能領域を公開する。 アノテーションは機械的に行われ、GeneScan, FGENESH, MZEF, SplicePredictor, BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF, tRNAscan-SE, PSORT, SOSUIが使用された。
KATANA
シロイヌナズナの遺伝子アノテーションを各種DBより収集し、まとめて検索、参照可能な形式にまとめた。
KAIKO BLAST
カイコゲノムに特化したBLAST検索システム
InterPro
,
タンパク質特性・機能の注釈書
タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位の情報を複数のソースから収集し、専門家の手で統合したデータベース。 タンパク質各々のアミノ酸配列は、InterProtKBとして別途収集されている。
IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobu
,
免疫学関連タンパク質の注釈書
ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン(IG)、T細胞レセプター(TR)、主要組織適合性複合体(MHC)、その他免疫関連タンパク質(RPI)を収集したデータベース。 IMGT/LIGM-DB（IG, TR配列）、IMGT/MHC-DB（MHC配列）、IMGT/PRIMER-DB（IG、TRに対するプライマ）、IMGT/GENE-DB（ヒト、マウスの免疫系関連遺伝子をゲノムを基準に整理）、IMGT/3Dstructure-DB（立体構造既知の免疫系関連遺伝子）の5つのデータセットからなる。
Het-PDB Navi
PDBエントリ中に出現する低分子の立体構造を収集し、その分子種により分類した。
Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース）
,
肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果
肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。INSD(DDBJ)から抜き出した肝炎ウイルス配列の機械的な整理。メジャーアップデートに対応して更新している。
HOWDY
,
ヒトゲノム自動アノテーション
世界で公開されているデータベース中のヒトゲノムデータを収集し、染色体上に各エントリを貼り付けることで相互に関連付けたデータベース。
HAL
独自のアルゴリズムによりヒトゲノム中から発見した遺伝子を掲載。 各種DBに掲載されている予測遺伝子や、各種アルゴリズムによる予測結果を統合することにより遺伝子を定義している模様。 ヒト、チンパンジー、マウス、ラット、イヌ、ニワトリのデータセットあり。
Glycan
,
糖鎖関連パスウェイ
糖鎖の構造および関連するパスウェイをKEGG, CarbBank, 論文より収集したデータベース。 糖鎖の可能な構造を生成するツールも含まれる。 KEGG LIGANDの一部
Genome Information Broker
,
微生物ゲノム自動アノテーション
微生物ゲノムを中心に、DDBJへ登録された全長ゲノム配列を収集し、各ゲノム上のORFに対して構造、遺伝子名、機能、特性などを付与してデータベース化。
GTOP (Rice Version)
,
Genomes TO Protein structures and functions (Rice Version)
GTOP
,
タンパク質予測構造
既知のゲノム上に予測もしくは確定されている全ORFについて、立体構造予測および機能解析を行い、結果をデータベース化した。 立体構造予測（by Reverse PSI-BLAST）、機能解析（by BLAST）、モチーフ解析(by prosite)、ファミリー分類(by Pfam)、膜貫通領域予測(by SOSUI)、coiled-coil領域予測(by Multicoil)、繰返し配列解析(by RepAlign)の各結果が登録されている。
GPCRDB
,
Gタンパク質結合受容体
Gタンパク質結合受容体情報を公開データベースより取得し、それらに解析結果を付与して整理したデータベース。 配列、変異位置、立体構造（PDB由来データと予測モデル）、リガンド結合定数、ファミリーごとのマルチプルアラインメントと系統樹が掲載されている。
GLIDA
,
Gタンパク質共役レセプタ−リガンド相互作用
Gタンパク質共役レセプタとリガンドの相互作用が公開データベースより収集され結合されている。
GENES
,
既知ゲノム上遺伝子配列
既知のゲノム上の遺伝子を公開済みデータより収集し、他のKEGGシステムと統合して利用できるようIDを割り当てた。
FREP
,
マウスcDNA機能リピート配列
マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。
FACTS
,
マウスcDNA−文献リンク
理研マウス全長cDNAクローンに対して文献情報をマップしたデータベース。 配列より相同性検索で予測された機能と、文献よりキーワードベースで取得された機能情報を連結することで構築されている。
EpoDB - Erythropoiesis Database
,
赤血球新生関連遺伝子
脊椎動物の赤血球新生時に発現する遺伝子とその配列、発現情報を、公開データベースより収集して整理したデータベース。
Ensembl
,
ゲノム自動アノテーション
ゲノム配列の公開された真核生物（特に脊椎動物）に対して機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションプラットフォーム自体も提供されており、別グループが独自のゲノムDB構築に利用している例も多い。
EXPRESSION
,
マイクロアレイ遺伝子発現データ
マイクロアレイによる遺伝子発現データをKEGG genomeおよびKEGG pathwayへ統合することを目的として構築された。 ラン藻、枯草菌、大腸菌、ヒト、出芽酵母の発現データが登録されている。
EICO DB
,
マウスのインプリンティング遺伝子の発現
マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。
DBGET
,
KEGGデータベース簡易検索システム
KEGGおよび一般的な分子生物学データベースをキーワードで検索する簡易インターフェース。
DB-SPIRE
PROSITEとBLOCKSをつかってタンパク質のモチーフをPDBファイルにアノテーション。PDBのSEQRES行とATOM行に対してアノテーションを行っているため、計4種類のデータが存在する
DART
遺伝子の解析をWeb上で行うことができるサイト、マイクロアレイデータとの比較やプライマーの設計、BLAST等を行うことが可能
Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝
,
サイトカインのシグナルパスウェイ
サイトカインのシグナルパスウェイに関連する情報が収集されている。 ケモカインのリガンドと受容体の対応関係、受容体の立体構造およびドメイン構造、受容体の生物種間の系統関係、キナーゼの一覧と外部データベースへのリンクが掲載されている。
Cytokine Family cDNA Database (dbCFC)
,
サイトカイン遺伝子／タンパク質
サイトカイン遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報を公開データベースより収集し、ファミリーごと、遺伝子ごとに整理したデータベース。 詳細情報は全てオリジナルDBへのリンクで記載されている。（ポータルとして機能）
ConfC
同一タンパク質の立体構造の変化を集めたデータベース。構造変化は(1)進化的構造変化、(2)結合によるコンフォメーション変化、(3)構造の柔軟性の3つに分けている。同一タンパク質かどうかは構造比較、配列ひかくによって判断している
CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank
,
コドン使用頻度
GenBankのCDS情報をベースに、様々な生物種におけるコドンの使用頻度を算出したデータベース。
CSDBase - Cold Shock Domain database
寒冷ショックドメイン(CSD)を持ったタンパク質のデータを入手することが出来るデータベース。PDBファイルや配列、分子量などの定量値が手に入る。
CSA - Catalytic Site Atlas
タンパク質の触媒残基を配列上にマッピングしているデータベース。触媒部位の特定には、文献から得られたデータ、及び計算によるマッピングの両方で行われている。
COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins
,
タンパク質オルソログ・グループ
ゲノムが解析された原核／単細胞真核生物のタンパク質を、オルソロググループに分類したデータベース。 グループは機能カテゴリ（GOアノテーション）ごとに分類されている。 真核生物ゲノム上で予測されたオルソログを同様に分類したデータベースはKOGとして別途公開されている。
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
BodyMap-Xs
,
遺伝子発現種間比較整理
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができる. 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとってある.
Blocks
,
タンパク質保存領域
既知のタンパク質ファミリーごとに、高度に保存されている領域をギャップなしでアラインメントし、その結果を収集したデータベース。
Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)
選択的スプライシングによるエキソン選択パターンを、ゲノムとcDNAを比較することにより予測している。 対象生物種は、ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、イネ。
AARSDB
,
アミノアシルtRNA合成酵素
既知のアミノアシルtRNA合成酵素（進化的に初期の段階で出現したと信じられている酵素）を収集したデータベース。 生物種および対応するアミノ酸により分類されている。
7回膜貫通タンパク質データベース(SEVENS)
,
Gタンパク共役型受容体遺伝子の予測結果
Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収集した。
3DinSight
複数のタンパク質データベースを連結し、各DB間でエントリをリンク追跡できるよう整理した。
3DMET : database collecting three-dimensional structures of natural metabolites.
代謝物の3次元、2次元構造データベース。化合物に関する各種の定量的な特徴も掲載している
バイオリソース - BioResource
保有麹菌株リスト
,
酒類総合研究所 保有麹菌株リスト
酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリスト。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができる。この他に酵母、火落菌・腐造乳酸菌 のリストもある。
NBRP-nenkin
,
細胞性粘菌 ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)
粘菌の国内に保有されているモノを中心とした株及びDictyostelium discoideum予測遺伝子について全長ORFをカバーするcDNAの分譲を行っているサービス
NBRP-Rat
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト「ラット」
京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設によって収集・保存されているラット系統の検索、提供依頼などが行える。
NBRP 大腸菌
,
NBRP-Prokaryotes(E.coli)
管理方法、保有機関の異なる大腸菌株の受注をまとめてサポートしているサービス。
NBRP ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ
,
NBRP-Human and Animal Cells
ヒトＥＳ細胞の注文を行うための手続き情報を得ることができるサイト
NBRP chrysanthemum
,
広義キク属 ナショナルバイオリソースプロジェクト
被子植物最大の科であるキク科に属する広義キク属の系統をアジア原産種を中心に収集・保存・提供しており、郵送での分譲依頼が可能である。 広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設によって運営されている。
NBRP Zebrafish
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト ゼブラフィッシュ
ゼブラフィッシュ系統の検索・提供依頼が行えるほか、ゼブラフィッシュプロジェクトの新着情報やメーリングリストへの登録、ゼブラフィッシュを用いた研究に役立つ情報へのリンクなどが整備されている。
NBRP Yeast
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト（酵母）
出芽酵母及び分裂酵母の菌株やプラスミド、cDNAなどの収集・保存・提供を行っている。
NBRP Xenopus
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト ネッタイツメガエル
発生生物学分野での有用なモデル生物であるネッタイツメガエル系統のデータベース。 広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設によって運営されている。
NBRP Tomato
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト - トマト
トマトの野生の系統や変異型の系統、及び完全長cDNAの分譲を行っているサービス
NBRP Silkworm Base
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト カイコ
変態や昆虫ホルモン研究の代表的モデル生物であり、野生での生息が確認されていない唯一の「家畜化された昆虫」であるカイコ(Bombyx mori)の系統データベース。九州大学大学院農学研究院 遺伝子資源開発研究センターにより運営されている。
NBRP Pathogenic microbes
,
病原微生物統合データベース
分譲可能な細菌・放線菌、真菌、原虫の検索を行うことができる。検索結果から各配布先の注文ページに飛ぶことができる
NBRP Oryzabase
,
イネ研究ポータルサイト
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイト。 種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されている。
NBRP Medaka
小型魚類のモデル生物であるメダカについて、系統の収集・保存・提供を行うとともに、ゲノム配列・BAC/ESTなどのリソースを整備している。
NBRP Legume Base
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト Legume Base
ミヤコグサ、大豆の変異体を分譲しているサービス。種子や完全長cDNAの注文が可能。
NBRP KOMUGI
,
コムギ統合データベース
コムギの遺伝学研究の過程で構築された各種実験系統を趣旨で配布しているサービス。検索結果から直接注文することができる
NBRP Japanese Monkey
,
NBRP ニホンザル
ニホンザルの提供依頼の受付やシンポジウム・サル取り扱い講習の告知などを行っているが、Web上からアクセスできる系統・個体情報などはない。自然科学研究機構 生理学研究所によって運営されている。
NBRP CITRES
,
カタユウレイボヤリソース
ヒトと同じ脊索動物門に、世代時間が短い事から遺伝学・発生学のモデル生物として有用なカタユウレイボヤの系統・変異体データベース。
NBRP C.elegans
,
実験動物「線虫」変異体データベース
線虫の変異体の受注をするための変異体検索ページ
NBRP Bacillus subtilis
,
枯草菌 National BioResource Project
枯草菌遺伝子破壊株のデータベースであり、キーワード検索と菌株分譲の依頼が可能である。国立遺伝学研究所 原核生物遺伝研究室によって運営されている。
NBRP Asagao
,
アサガオホームページ
園芸植物として突然変異体が多く、トランスポゾン研究のモデル生物として用いられるアサガオの保存・収集を行っている。研究者だけではなく、一般にも年一回種子の提供を行っている。
NBRP Algae Resource Database
,
藻類 ナショナルバイオリソースプロジェクト
酸素発生型の光合成生物から陸上植物を除いた生物種の分類である「藻類」について、収集し保存されている株が閲覧・検索できる。現在は国立環境研を中心に運営されている。
NBRP
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト
２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイト 国内のほかの資源サイトについても最もよく整理されている http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp 「ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）」は、ライフサイエンスの研究に広く用いられる実験材料としてのバイオリソース（実験動植物、細胞、 DNAなどの遺伝子材料。ここでは「生物遺伝資源」と同義語として扱う。）のうち、国が特に重要と認めたものについて、体系的な収集、保存、提供体制を整備することを目的とした国家プロジェクトです。
NBRC Distribution of Full-length Human cDNA Clones
ヒトcDNAクローンの購入をするための検索ページ。新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）『完全長cDNA構造解析プロジェクト』及び『タンパク質機能解析・活用 プロジェクト：スプライシング・バリアントの取得技術の開発』にて取得された約３万の「ヒト完全長cDNAクローン」約２万５千の「ヒトSplicing-Variant cDNAクローン」を買うことができる
NBRC Culture Catalogue
NBRCで保管している微生物株の検索ページ。HITしたものはNBRCから購入することができる。キーワードによる検索とDNA配列の相同性検索に対応
JMSR(Japan Mouse Strain Resources Database)
,
日本マウス系統データベース
国内機関から入手可能なマウスの各系統を検索することができるサービス。どのように構築した系統であるかやどのような研究に応用可能かなどの情報が掲載されており、検索結果がテーブルとして一覧表示される
JCRB細胞バンク
,
Japanese Collection of Research Bioresources
JCRBは遺伝子バンク(http://genebank.nibio.go.jp/)と細胞バンク(http: //cellbank.nibio.go.jp/cellbank.html)、実験動物研究資源バンク(http: //animal.nibio.go.jp/)からなる。遺伝子バンクでは疾患・創薬研究の基盤となる研究資源の開発・保存・供給、細胞バンクでは培養細胞の寄託受け入れ・保存・配布、実験動物研究資源バンクでは、マウスの分譲、保護預かりサービスとして凍結胚・精子の作成やそれらからの生体作出を行っている。これらの資源は、JCRBをマスターバンクとし、ヒューマンサイエンス研究資源バンク（HSRRB)(http://www.jhsf.or.jp/index_b.html)を通じて国内外に有償配布される。
IMSR (International Mouse Strain Resources)
,
国際マウス系統データベース
米ジャクソン研究所と英Medical Research Councilによって設立された、世界最大のマウス系統データベース。
DGRC - Drosophila Genetic Resource Center
,
ショウジョウバエ統合検索システム
ナショナルバイオリソースプロジェクト「ショウジョウバエ」事業担当機関である京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学で保存されている系統の統合検索と、それぞれの系統の提供依頼ができる。
Clone Registry
,
ゲノムのクローンとライブラリのデータベース
a database that integrates information about genomic clones and libraries, including sequence data, genomic position, and distributor information.
CARD R-BASE
保存されているマウス（Inbred, Spontaneous/Chemical induced mutant, Transgenic, Targeted mutant, Gene trap, Insertion mutant）の系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関するデータに加え、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する 命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報が掲載されている。
BRC JCM (Japan Collection of Microorganisms)
,
理研 微生物材料開発室
微生物の細胞株を寄託、提供を行っているサービス。学名や菌株、培地で検索することができる
BRC Experimental Plant Devision
,
理研 BRC 実験植物開発室
植物の種子、DNA、細胞株の寄託、提供を行っているサービス
BRC Experimental Animal Division
,
理研 BRC 実験動物開発室
マウス、ラットの変異体の寄託と提供を行っているサービス
BRC DNA BANK
,
理研バイオリソースセンター DNAバンク
DNAクローンの寄付の受付け、提供を行っているサービス。
BRC CELL BANK
,
理研 細胞材料検索サービス
各種細胞株の受注を受け付けるサービスを行っているサイト。細胞種、動物、用途で細胞を検索することができる。
BRC (RIKEN BioResource Center)
,
理研バイオリソースセンター
実験動物・実験植物・細胞材料・DNA材料・微生物材料など幅広いバイオリソースを収集、保存し提供する理化学研究所の機関。生物種や材料別に、系統・株のデータベースが運営されている。
AddGene
iPS細胞作成用プラスミドの配布-NPOのAddgene
知識モデル - Knowledge Model
配列データベースに塩基配列もしくはアミノ酸配列が保存されている生物の系統情報を体系的にまとめているデータベース。エントリーは生物種別に用意されている
糖鎖抗原と抗体の辞書
,
糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope)
糖鎖抗原とそれを認識する抗体を収集した辞書。 抗原側情報としては、糖鎖、それを認識する抗体、それを持つ糖タンパク質、それを部分構造とする糖脂質、その生合成および分解に関する酵素が収集されている。 抗体側情報としては、抗体、それが認識する糖鎖の配列、それを用いたimmunoprecipitation, immunobloting, histochemistry実験例、入手先が収集されている。
タンパク質−リガンド相互作用の辞書
,
生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT
タンパク質－リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベース。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されている。
ライフサイエンス分野の用語の辞書
,
ライフサイエンス辞書
ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書。 英和検索、和英検索、共起検索が可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できる。
オミックブラウズ (OmicBrowse)
,
多次元ゲノムアノテーションビューア
OmicsSpaceとして構築されたゲノムアノテーションDBのブラウザ。 （以下OmicsSpaceの解説） OSML (OmicSpace Markup Language)という専用のXMLで記述されたゲノムアノテーションDB。 相互作用を記述するために、縦横軸をゲノムとした２次元上にデータを配置する。 更にその平面をgenomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, phenomic planes と順に重ね、面間のトレースを可能としている。 これに加え、データセット軸、オントロジー軸が定義される。 データは文献より収集される他、相互作用データがKEGG, MetaCycより収集されている。
Transcription Product Database (TraP)
The Signaling PAthway Database (SPAD)
,
シグナル伝達パスウェイの知識モデル
シグナル伝達パスウェイを収集し可視化したデータベース。 パスウェイは細胞外シグナル分子に応じて、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスに分類されている。
The Gene Ontology (GO) project in 2006.
,
遺伝子オントロジーの知識モデル
遺伝子、遺伝子の産物、配列を記述するのに使用する、構造化されコントロールされた語彙を提供するデータベース。
TRSIG（翻訳シグナルデータベース）
TMPDB
,
膜貫通タンパク質知識モデル
実験的に検証されている膜貫通タンパク質が文献を通じて収集され、トポロジーに応じて分類されている。
SIDER Side Effect Resource
,
薬剤の副作用情報データベース
薬剤の副作用情報を文献空のテキストマイニングによってデータベース構築している。薬剤別、副作用別に検索することができる
Rice Research
REBASE
,
制限酵素辞書
制限酵素、DNAメチルトランスフェラーゼ、および制限サイト修飾関連タンパク質のデータベース。 酵素の配列、立体構造、ソース、認識／切断配列、類似の酵素、メチレーション感受性、商業的な入手先の記述がある。 WWWの他、一括ダウンロードも可能。
ProTherm
,
タンパク質の熱力学的パラメータの辞書
野生型および変異型のタンパク質について、熱力学的パラメータを中心に、2次構造、接触可能性、実験条件、手法、活性を収集したデータベース。 収集されるパラメータはGibbs自由エネルギー、エンタルピー変化、熱容量変化、相転移温度。
ProNIT
,
タンパク質−核酸間の熱力学的相互作用の知識モデル
タンパク質－核酸間の実験的に決定された熱力学的相互作用を収集したデータベース。 タンパク質側情報、核酸側情報、文献情報、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が収集されている。
PhenoSITE :Phenotype Semantic Information with Terminology of Experiments
,
マウス変異株の表現型の記述の統一規則
マウス変異株の表現型を記述する語句をGOに類似の形式で階層的に定義している。 Simple category for GSC mouse, Extend representation build of GSCMPE, Mammalian Phenotype （Jackson Lab.のMGIで使用、マウスに限定されない模様）, Mouse adult grossanatomy の4カテゴリーから構成される。 表現型スクリーニングの標準手法（プロトコル）、および、その際に使用する語句も定義されている。 対象となるのは理研で構築されたENU誘導マウス変異株で、その表現型と染色体マップ結果の対応テーブルが掲載されている。
PLACE
,
植物シスエレメントの知識モデル
植物のシスエレメントのモチーフを文献より収集したデータベース。 全データのダウンロード可能。
ODB
,
オペロンの知識モデル
多数の種のオペロンを論文やデータベースから収集し再構成したデータベース。 予測によるオペロン候補探索を行う機能がある。
NMR標準スペクトル
,
NMR標準スペクトルの辞書
代謝産物(化合物）の標準NMRケミカルシフトを収集した。 SpingAssignというNMRピークアサインシステムを通じてのみ利用できる。 素材となったDBの詳細は不明だが、ExPASy Biochemical Pathways, BMRB (BioMagResBank, www.bmrb.wisc.edu), SDBS (有機化合物スペクトルデータベース, www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi), NMRShiftDB (http://www.nmrshiftdb.org/) は使用されている模様。 植物を対象としたDB利用事例の文献として17035691がある。
Mesh
,
生物学の用語集
PubMedで検索用用語あるいはカテゴリとして各文献に付けられているNLMで統制された生物学用語を構築しているデータベース。用語集は階層構造によって各用語が関連付けられている。
MDeR
,
ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ
ライフサイエンスデータベースにおける統一的なデータの概念・表現・定義を提供することで、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用を可能とし、新たなデータセットに対するメタデータ要素の作成を支援するサイト 開発元：科学技術振興機構
KEGG Pathway
,
生体分子間相互作用の知識モデル
パスウェイ（分子間相互作用）マップを収集したデータベース。 代謝マップ、細胞内外情報伝達マップ、ヒト病気関連マップが収集されている。
INOH pathway database
モデル生物のパスウェイデータを文献から抽出し、コンピュータに読める形式に変換し、提供している。 SWISS-PROT とGene Ontology (GO)へのリンクもはっている。
Genomic Object Net Pathway Database
パスウェイをマッピングするためのツール
GENA (Gene Name Dictionary)
遺伝子の類義語リストを遺伝子別にまとめているサイト
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DBTGR
,
ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル
ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。
DBTBS
,
枯草菌プロモータ／転写因子の知識モデル
枯草菌の転写制御に関連するプロモータ、転写因子、制御される遺伝子の情報を収集したデータベース。 論文を情報源として、実験的に検証された対象のみを収集している。
CleanEx
Expression reference database, linking heterogeneous expression data tofacilitate cross-dataset comparisons
Cell System Markup Language (CSML)
代謝・シグナル・遺伝子調節パスウェイを表現する(可視化やモデリング、シミュレーション等)ために利用可能な共通のXML定義を行うプロジェクト。各パスウェイのXMLファイルのダウンロードもすることができる
Biomarker Candidates
,
バイオマーカー検索サービス
任意のキーワードより、それに対応するバイオマーカーの候補を検索するサービス（それをサポートするDB）。 ユーザ指定のキーワードを、医学系ドキュメント（由来はMedline, OMIM, PPI）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる化合物をマーカー候補としてリストアップする。 同時に、キーワードに対する遺伝子／タンパク質を同様に検索し、さらにその遺伝子／タンパク質に対応する化合物を検索し、ヒット結果をマーカー候補とする。 ドキュメント中のヒット化合物の名称の位置を参照できる。
BioTermNet
MEDLINEやPRIMEから単語の共起を調べて概念ネットワークを構成したデータベース
BRITE
,
生体システム関連相互関係の知識モデル
生体システムに関連する様々な相互関係を階層化して表現したデータベース。 遺伝子オルソログ、タンパク質ファミリー、タンパク質相互作用、化合物と反応、薬剤、病気などが含まれる。
BRENDA
,
酵素の辞書
酵素に関する情報を文献より手動で抽出しまとめたデータベース。 EC番号を基準に整理され、構造、配列、機能、反応特性、単離方法、安定性、ソースとなった生物種／組織／局在、病気との関連が記述されている。
AAindex
,
アミノ酸特性値の辞書
20種のアミノ酸の物理化学的・生物学的特性値（インデックス）、およびアミノ酸間の類似度のマトリクスを収集したデータベース。
A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB)
,
酵素触媒機構の知識モデル
PDBおよびSWISS-PROTに登録されている酵素を、ドメイン構成、EC番号、触媒機構、リガンド構造から分類されている。 情報源は文献とPDBエントリ中の記述である。
辞典 - Dictionary
GenotypeとPhenotypeの関係に関する分子生物学的な研究テーマの情報を集めたデータベース。研究データだけでなく、プロジェクトや研究者、関連論文、研究史などの情報が手に入る。
生物学文献のアブストラクトや引用文献情報データベース
医学・生理学の文献を検索することが可能なデータベース。MEDLINEを使用し文献のアブストラクト情報を掲載している。 さらにMEDLINEには載っていない引用文献リストや関連文献リストも掲載している
ヒト遺伝子疾患データベース
ヒトの遺伝子疾患情報が載っていて、表現型と遺伝子型の関連について調べることができるデータベース
動物遺伝子疾患データベース
ヒト、マウスを除く動物の遺伝子疾患情報をテキストとして載せているデータベース。 OMIMやPubMed、NCBI Phenotypeデータベースへのリンクも貼っている
野菜図鑑
書籍「グラフィック100万人の野菜図鑑」の電子版。独立行政法人農畜産業振興機構が提供している。
貯穀害虫・天敵図鑑
貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 選択検索により、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)
老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
病原真菌データベース
植物細菌病の診断と病原細菌の同定
日本産糸状菌類図鑑
農業環境に生息する糸状菌の情報を格納したデータベースです。 一覧表より各糸状菌の分類、形態(画像付)等の解説情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
日本産アリ類画像データベース
日本ショウジョウバエデータベース（JDD：Japan Drosophila Data
微生物データベースシステム (MRCD)
哺乳類頭蓋の画像データベース
原生生物情報サーバー
「原生生物とその他の微生物の画像（静止画 61094枚，内訳：総計714属，3067種，11855サンプル，および，動画 1294 クリップ，淡水産が主）と関連情報を提供しています。」 Soken このデータベースは，総合研究大学院大学 共同研究「生物形態資料画像データベースの構築」（研究計画３年，1997-1999），および，平成９年度科学技術振興調整費による 知的基盤整備推進制度採択課題 「生物系研究資材のデータベース化及びネットワークシステム構築のための基盤的研究開発」 （研究計画５年，1997-2001）に参加しています。また，このデータベースは科研費（試験研究Ｂ 課題番号 07558052）の補助を受けました。
免疫組織化学総合データベース
ヒト疾患関連変異
,
ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース
ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM, GDB, (おそらく)文献より収集し、その位置を染色体上に、発祥部位をヒト身体/臓器にマッピングした。 変異による遺伝子構造の変化(アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されている。 疾患ごとに7種のサブDBが構築されている。（KMaiDB, KMboodDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMmuscleDB, KMsyndromeDB）
ヒトDNAブック
アクアDNAブック
eProtS (タンパク質構造百科辞典)
,
タンパク質立体構造の辞典
生物学的に重要なタンパク質について、立体構造およびタンパク質の解説が収録されている。 収録タンパク質はグループに分類されている。
Wnt Database
,
Wntタンパク質の辞典
Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。 生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。 シグナルパスウェイ情報（画像）あり。
RMOS
,
Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
Protein Mutant Database (PMD)
,
タンパク質変異の総説（論文集）
タンパク質の変異について記載された論文を収集したデータベース。 論文情報として、著者、雑誌およびページ、タイトル、PubMedIDが、該当タンパク質の情報として、概要、生物種、N末配列、変異位置とパターン、Swiss-Prot, PIR, PDBへのリンクが掲載されている。
Prolysis
,
プロテアーゼの辞典
プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤を収集したデータベース。 プロテアーゼの生化学的特性、立体構造、阻害剤の構造と特性を収録。 入力アミノ酸配列より、プロテアーゼ切断部位を検索するツールあり。
PRF
,
タンパク質配列・文献の辞典
タンパク質文献データベースであるPRF/LITDB、アミノ酸配列データベースであるPRF/SEQDB、合成物質データベースであるPRF/SYNDBが掲載されている。 データはいずれも文献より取得している。
PEC
,
大腸菌遺伝子の辞典
大腸菌ゲノム上の全遺伝子について、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献より分類）、関連する大腸菌株、欠失株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、他の生物種との比較結果が掲載されている。 Minimal Genome Projectにおいてゲノムを欠損させた株の情報が平行して掲載されている。 特に実験的機能解析に重要な情報を集積することを目的としている。
NBRP Oryzabase
,
イネ研究ポータルサイト
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイト。 種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されている。
LipidBank
,
脂質データベース
日本脂質生化学会の公式データベース。生理活性脂質について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集している。 構造はChemDraw形式で提供される。こちらは旧サイトで新しいデータベースはwikiで公開されている。(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)これはmediawikiに独自の検索システムを追加したもので、登録したユーザによってページを直接編集できる。
KMsyndromeDB
MutationViewのサブDBで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載する。
KMmuscleDB
MutationViewのサブDBで、デュシャンヌ型筋ジストロフィー、福山型先天性筋ジストロフィーに関するデータを掲載する。
KMheartDB
MutationViewのサブDBで、心筋症に関するデータを掲載する。
KMeyeDB
MutationViewのサブDBで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載する。
KMearDB
MutationViewのサブDBで、聴覚障害に関するデータを掲載する。
KMcancerDB
MutationViewのサブDBで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載する。
KMbrainDB
MutationViewのサブDBで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載する。
KMbloodDB
MutationViewのサブDBで、慢性骨髄性白血病に関するデータを掲載する。
KMaiDB
MutationViewのサブDBで、APECED, APT1(自己免疫関連疾患とその関連遺伝子？）に関するデータを掲載する。 情報源は文献 論文で報告のあったメンデル病の変異の座標を共通の座標にまとめてマップしなおす手作業でできている
J*FLY
,
ショウジョウバエの辞典
既知のショウジョウバエ遺伝子の一覧、実験プロトコル集（ムービーあり）、形態の画像、ストックセンター、国内外の研究室・研究者が掲載されている。
HGMD® - Human Gene Mutation Database
Known (published) gene lesions underlying human inherited disease
GiiB-JST mtSNP
,
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース
7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。 個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。同じ論文をサイトしてるＩＮＳＤエントリー(ミトコンゲノム）が672件あり。
Gallery of Biomolecules
Drug transpoter DB
,
薬物トランスポーターに関する辞典
薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベース。 トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウス／ラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されている。
Database for Genetic Engineering of Microalgae
COPE
Cytokines On-line Pathfinder Encyclopedia 全サイトカインに対する辞書的説明。 自動と手作業の混合。 ただで見えるが明示的に著作権の存在を宣言してる。 長く続けている老舗で 内容はよい評価を得ているようです。 サイトカインの専門家の意見がききたいところ。
Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematolo
,
腫瘍細胞遺伝学の総説
腫瘍やガン関連病の細胞遺伝学的情報や臨床情報を収集したデータベース。 遺伝子（核酸、タンパク質、変異、関連する病気）、細胞遺伝学／臨床情報（臨床像、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、複合遺伝子、融合タンパク質）、ガン関連病（遺伝モード、臨床像、腫瘍形成リスク、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、タンパク質、変異）が、それぞれ別個に収集されている。 臨床例のレポートも収集されている。
Ancient Genome Encyclopedia : AGE
解析サービス - Analysis Service
シロイヌナズナの相関する遺伝子の検索ツール
,
遺伝子相関検索
シロイヌナズナGeneChip遺伝子発現データをあらかじめ相関解析しておき、それを対象に検索を行うサービスを提供する。 検索キーに指定された遺伝子と相関のある遺伝子が、その相関係数、アノテーションとともに出力される。 ベースとなる相関解析結果は ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp) として別途公開されている。
データ統合検索システム（GPS:Genome-Phenome Superhighway）
ゲノムネット
クラスタ切り出しソフトウェア
,
遺伝子発現クラスタ切り出しツール
GeneChip遺伝子発現データのクラスタリング結果より、指定遺伝子を含むクラスタを指定範囲で切り出すツール。 その結果はJavaにより図示され、そこから更にツリーを参照して一部を切り出すことができる。 現在のところサーバ上に準備されているのは、理研およびMaxPlanckで行われた、シロイヌナズナのAffymetrix GeneChip遺伝子発現データである。
オミックブラウズ (OmicBrowse)
,
多次元ゲノムアノテーションビューア
OmicsSpaceとして構築されたゲノムアノテーションDBのブラウザ。 （以下OmicsSpaceの解説） OSML (OmicSpace Markup Language)という専用のXMLで記述されたゲノムアノテーションDB。 相互作用を記述するために、縦横軸をゲノムとした２次元上にデータを配置する。 更にその平面をgenomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, phenomic planes と順に重ね、面間のトレースを可能としている。 これに加え、データセット軸、オントロジー軸が定義される。 データは文献より収集される他、相互作用データがKEGG, MetaCycより収集されている。
siDirect
SayaMatcher
Rice PIPELINE
,
イネゲノム機能解析統合ツール
複数のイネ関連データベース(KOME、RED等)を統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索(BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。(AgriTogoより引用)
Protein Interaction Prediction Server (PIPS)
PosMed (Positional MEDLINE)
,
ポジショナルクローニング支援用論文検索ツール
任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力するサービスを提供する。 最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索する。 次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けを行う。（このとき染色体上領域が限定されている場合は、それに該当する範囲のヒットのみ対象となる） さらに、OmicsSpace中の生体内相互作用の情報を参照してキー遺伝子に関連する遺伝子を探索し、それに対応する情報（オリジナル論文を含む）も出力する。 詳細情報の表示にはOmicBrowseを使用する。
OmicScan
,
生物学関連文献全テキスト検索ツール
任意のキーワードに間接的に関連する生物学オブジェクト（OmicSpace中に定義されている語句など）を検索するサービス。 ユーザ指定のキーワードを、生物学系ドキュメント（Medline, OMIM, PPIなど、OmicSpace自体も対象？）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる語句より推論し、キーワードに直接／間接的に関連する生物学オブジェクトをドキュメントソース／DBごとにリストアップする。 詳細はOmicBrowseにより参照する。
MusBanks
,
マウス変異株のポータルサイト
任意のキーワードから、対応する遺伝子およびその変異株を検索・推論するサービスを提供する。 推論の仕組みにはPosMedを使用している。 最初に指定キーワードをMEDLINE検索する。 次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けを行う。 さらに、各遺伝子に対応した変異株を出力する。 遺伝子、変異株の一覧はシステム中にDBとして持っていると思われる。
MEDIE
MEDIE is an intelligent search engine to retrieve biomedical correlations from MEDLINE, based on indexing by Natural Language Processing and Text Mining techniques.
KEGG DAS
GSCope3
,
発現データによるパスウェイのランキング
SOMによりクラスタリングされた遺伝子発現データと、KEGGパスウェイデータの相関を解析し、発現データでサポートされると思われるパスウェイをランク付けして抽出するツール。 入力として、KEGGパスウェイ、SOMクラスタ、両IDをつなぐappendixファイルが必要。
Biomarker Candidates
,
バイオマーカー検索サービス
任意のキーワードより、それに対応するバイオマーカーの候補を検索するサービス（それをサポートするDB）。 ユーザ指定のキーワードを、医学系ドキュメント（由来はMedline, OMIM, PPI）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる化合物をマーカー候補としてリストアップする。 同時に、キーワードに対する遺伝子／タンパク質を同様に検索し、さらにその遺伝子／タンパク質に対応する化合物を検索し、ヒット結果をマーカー候補とする。 ドキュメント中のヒット化合物の名称の位置を参照できる。
BRITE - Biomolecular Relations in Information Transmission a
Molecular interactions and pathways database, part of the KEGG system
ALICE
カタログ - Catalog
遺伝子発現バンク (GEO) 目次
GEOに登録されている全データを、測定方法別、測定対象生物種のカテゴリ別、測定対象臓器別などに分類し表示するデータベース
病原真菌（カビ，酵母，キノコ）・放線菌の画像一覧
,
真菌・放線菌ギャラリー
ナショナルバイオリソースプロジェクトで研究された病原真菌・放線菌の画像を公開しているサイト。種によってコロニー、光顕、電顕と写真の種類が 異なる
理研 メタボロームプラットフォーム (PRIMe)
,
理研植物科学研究センター・メタボローム基盤研究グループポータ
理研植物科学研究センター「NMR標準スペクトル」「代謝産物標準スペクトル」「遺伝子相関検索」「クラスタ切り出しソフトウェア」が掲載されたポータルで、そのほかに「二次代謝物構造DB（奈良先端大のKNAｐSAｃK, kanaya.naist.jp/KNApSAcK/）」「BL-SOMクラスタリング」が掲載されている。
日本分類学会連合公式ホームページ
,
日本分類学連合
日本分類学会連合は、日本国内の生物の分類に関わる学会の連合組織として、分類学全般に関わる研究および教育を推進し、分類学分野の普及と発展に寄与することを目的に設立されました。趣旨に賛同する学協会の参加により組織運営されています。 (HP設立趣旨より引用）
多様性サイトカタログ
,
日本における生物多様性関連Webサイト一覧
「ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイトを調べてみました。まだ，調査途中で，すべてのサイトを網羅できているわけではありませんが，おおよその概要はつかめるのではないかと思います。」と謙遜してるが非常に充実している。 掲載サイト数：448
biometadatabase
,
世界分子ＤＢカタログ
DB相互運用のときにプログラムがルックアップしてDBを自動で探す未来のためのDBのカタログ それぞれが検索や解析で提供しているプログラムを明記してある。できるだけ人間にもわかる説明をつけてくれている
WINGpro
ライフサイエンス分野のデータベースに関する情報を収集、整理、分類したデータベース 開発元：科学技術振興機構
The Wellcome Trust Sanger Institute
,
ゲノムリサーチセンター
Sanger CenterのTOPページ。センターの紹介やデータベース、ソフトウェア、研究活動など、そこで行われていることの全情報にここからアクセスすることができる。
S-net
,
サイエンスミュージアムネット
全国の科学系博物館の情報や、自然史系の標本に関する情報を検索できるポータルサイト 開発元：国立科学博物館
Pathguide
パスウェイに関するデータベース等のリソース集。データベースのタイトルとURLを、蛋白質相互作用、代謝パスウェイ、シグナル伝達などのカテゴリーから調べることが可能。それに加え、生物種、公開度、パスウェイデータの標準化法などで検索することも可能。
MEDALS
,
METI Life science integrated database portal site
1989年以降に経済産業省（METI）関連の機関により実施されたライフサイエンスプロジェクトによる成果物（データベース・ツール）のポータルサイト 開発元：バイオ産業情報化コンソーシアム
LSDB
,
ライフサイエンス統合データベース
文部科学省「統合データベースプロジェクト」の成果をまとめたデータベース * 統合データベースの開発、運営 * 文献情報との連携やデータへの注釈付加 * 分担機関（東大、東京医科歯科大、京大）による化合物・医薬品、臨床・疾患等の医療に関わるデータベースの統合化 * 補完課題を実施する機関（理化学研究所、産業技術総合研究所、国立遺伝学研究所、九州工業大学）によるデータベース統合化の加速 * 維持困難となった有用データベースの受入 * データベース開発のための人材育成
KEGG
,
KEGGシステムポータルサイト
KEGGシステム全体のトップページ。 配下にPATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, DRUG, CLYCAN, REACTION, KAASがある。
Jabion
,
日本語バイオポータルサイト
日本語バイオポータルサイト「Jabion」< http://www.bioportal.jp/ >は平成16年に開設され国立情報学研究所を中心に運営している生物学や生命科学のバイオポータルサイトです。日本語で研究情報をわかりやすく解説することを目指し、コラムやニュースでは生物学や生命科学研究の進展をイラストや解説とともに紹介しています。また独自で生物学用語辞書を作成し公開しています。ゲノムビューワーではゲノムに関する専門的な情報を日本語で利用できます。今回のポスターではJabionの新しいインタフェースを紹介します。 （ http://togodb.dbcls.jp/symposium2009/show/64 から引用） 開発元：国立情報学研究所
J-GLOBAL
,
科学技術総合リンクセンター
遺伝子名や思いつくキーワード、研究者の名前等をもとに、関連する文献、特許などを次々とたどり、連携する外部サイトの詳細等を入手することができるポータルサイト 開発元：科学技術振興機構
INSD総覧と検索
塩基配列データベース(DDBJ/EMBL/GenBank) INSDの各エントリ中のリファレンス情報等をもとに、全エントリを研究プロジェクト単位に束ね、さらに研究プロジェクトを研究の型別に分類したデータベース
GBIFポータル
世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイト 開発元：GBIF(Global Biodiversity Information Facility)
DBSB
,
システムバイオロジー統合データベース
注釈 - Annotation
生物の進化関係や個体群の差異研究のために利用された配列データセットを閲覧できるデータベース。マルチプルアラインメントの結果をパラメータをいじりながらブラウザ上で確認できる。
Macromolecular structures、Conserved domains and protein classification、Small molecules and their biological activity、Biological Systemsの4つのデータベースグループで構成されたタンパク質の構造情報総合データベース
SwissProt、PIR、PDB、PRFの持つアミノ酸配列、およびGenBank・RefSeqに登録されているデータベースの配列を翻訳したアミノ酸配列を掲載したデータベース
ゲノムプロジェクト情報データベース
ゲノムワイドでのシーケンス、アセンブリ、アノテーションプロジェクトの一覧、解説情報、文献データを掲載しているデータベース
遺伝子単位でエントリーを作っているデータベース。NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載している
遺伝子の発現量や分子数のプロファイル情報データベース
遺伝子発現のプロファイル情報を検索できる。検索結果ページではサンプルごとの発源量を棒グラフで確認できる。
タンパク質間で保存されたドメインデータベース
配列比較により得られたタンパク質のドメイン情報(構造・機能・配列情報)を掲載したデータベース。データの情報元はPfam, SMART, COG, PRK, TGRFAMなどの外部ソース及びNCBI curated-domains
持続可能型社会への貢献遺伝子データベース
自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試み、注釈の結果を記載したデータベース。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの一環として行われている。
tRNADB-CE
,
エキスパートがキュレートしたtRNAのDB
難培養性微生物由来の断片ゲノム配列を含む原核生物の大半のDNA配列を対象に、学生が中心となって3種類のプログラム(tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder)でtRNA遺伝子の候補配列を推定し,プログラム間で差異の生じている場合（全候補配列の約3％）については、3名のtRNA実験分野のエキスパート （井口八郎・元京都大学教授、武藤昱・弘前大学名誉教授、山田優子・元自治医科大学講師）が精査を行った後にtRNAとしてデータベースに収録した。断片ゲノム配列をも解析対象に加えているので、14万件以上のtRNA遺伝子を収録しており、従来のデータベースの4倍量の遺伝子を収録している。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの成果。
Yeast Intron Database
,
酵母イントロンの注釈書
出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。 既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。
UCSC GenomeBrowser for Functional RNA
,
機能性RNAのUCSC GenomeBrowser表示DB
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果の中で、UCSC GenomeBrowser上に機能性RNAを表示するデータベース
The tmRNA website
,
tmRNAの注釈書
tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。
The Homeodomain Resource
,
a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family
ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。
SubtiWiki
,
the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki
グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌のゲノムアノテーションを行っているデータベース。wikiを利用していて、ユーザーがアノテーションを行えるようになっている。
SMART
,
タンパク質ドメインモデルの注釈書
タンパク質のドメインを表すモデルを手動で構築し、それを収集したデータベース。 シグナル伝達、細胞外、クロマチン関連タンパク質ドメインファミリーが登録されている。 各ドメインの系統的分布範囲、機能クラス、立体構造、機能的に重要な残基の情報が併せて登録されている。 Normal SMARTは、SWISS-PROT, trEMBL, Ensembl proteome （安定版）を素材にしたデータベース。 GenomicSMARTは、全長が決定されたゲノムに由来するタンパクのみを素材にしたデータベース。
SCOP - Structural Classification Of Proteins
,
タンパク質立体構造の分類注釈書
立体構造既知のタンパク質を、そこに含まれるドメインの進化的および構造上の関連性から階層的に分類したデータベース。分類は専門家が手動で行っている。
Rice Annotation Database (RAD)
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネPAC/PACコンティグ上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、イネ転写産物をマップしたデータベース。 スプライスサイトパターン、アミノ酸頻度、コドン使用頻度、遺伝子長、GOアノテーション、MIPS機能分類の集計が掲載されている。
RAP-DB
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネゲノム上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、転写産物（イネの他、複数種の植物ESTを含む）、BAC、マーカー、変異株情報をマップしたデータベース。
Pfam
,
タンパク質モチーフの注釈書
タンパク質の共通ドメインやファミリーより構成したマルチプルアラインメント、およびそれをHMMで表現したモデルを収集したデータベース。 Curation済みのPfam-Aと、PRODOMに登録されたファミリーから自動的に構築されたPfam-Bに分けられる。
OLIGAMI - OLIGomer Architecture and Molecular Interface
,
タンパク質の４次構造分類
生体高分子のオリゴマー構造を、インタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることのできるデータベース。PDB中の全ての立体構造について４次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられている。
O-GLYCBASE
,
O-glycosylatedタンパク質の注釈書
O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベース。 各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されている。
MEROPS: the peptidase database.
,
ペプチダーゼ／阻害剤の注釈書
ペプチダーゼとそれを阻害するタンパク質を収集したデータベース。 ペプチダーゼおよび阻害タンパク質は構造を基準に階層的に分類されており、ファミリー分類がなされているものはそれを基準に、そうでないもの（最近のデータ）は相同性を基準に分類される。 （後者はCLANと呼ばれる） その他、低分子の阻害剤も収集されている。
InterPro
,
タンパク質特性・機能の注釈書
タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位の情報を複数のソースから収集し、専門家の手で統合したデータベース。 タンパク質各々のアミノ酸配列は、InterProtKBとして別途収集されている。
IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobu
,
免疫学関連タンパク質の注釈書
ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン(IG)、T細胞レセプター(TR)、主要組織適合性複合体(MHC)、その他免疫関連タンパク質(RPI)を収集したデータベース。 IMGT/LIGM-DB（IG, TR配列）、IMGT/MHC-DB（MHC配列）、IMGT/PRIMER-DB（IG、TRに対するプライマ）、IMGT/GENE-DB（ヒト、マウスの免疫系関連遺伝子をゲノムを基準に整理）、IMGT/3Dstructure-DB（立体構造既知の免疫系関連遺伝子）の5つのデータセットからなる。
IMB Jena Image Library
,
生体高分子立体構造の注釈書
PDB, NDBのデータを、分子種、特徴的な部分構造(SITE)、hetero compoundの有無から再整理したデータベース。
HGVbase
,
ヒトゲノム多様性に関する注釈書
ヒトゲノム多様性（多くはSNPだが、その他にindel, tandem repeat）を収集したデータベースで、直近の遺伝子との物理的、機能的関係が記述されている。 データは公開データベース、文献から取得されるほか、以前は研究グループからの提供も受付けていたが現在は中止。 dbSNPと定期的にデータ交換。
H-Invitational Database
,
ヒト遺伝子アノテーション統合データベース
INSD中のcDNA配列の遺伝子単位でのクラスタ化とオーバーラップ関係の計算と分類に目視で判定を一部加えたジャンボリーの成果DB 独自の遺伝子IDを発行してる 機能情報はNCBIのOMIMやEntrezを使っているのでEntrez gene ベース。 全長ｃDNAのサブスタンシャルな部分は通産NEDOcDNAプロジェクトが公開しているも
Glycoconjugate Data Bank:Structure
,
糖鎖構造データベース
GEO Dataset
,
GEOのデータを実験別にまとめたデータベース
GEOのスタッフによって編集されている。同一のプラットフォーム、実験条件や後処理、であるサンプルを集めてエントリーを構築している。またGEOの種々の解析ツール(発現プロファイルやクラスタ)をエントリー中から使用することができる
FANTOM
,
マウス全長cDNAに関する注釈書
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベース。 （転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されている。
Dr. Zompo
,
Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
DeinoBase
DPInteract
,
大腸菌DNAタンパク質結合サイトの注釈書
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベース。 既知のサイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されている。 各サイトにはアノテーションが行われている。
DIP - Database of Interacting Proteins
,
タンパク質相互作用の注釈書
タンパク質間相互作用の実験的証拠を文献より収集、整理したデータベース。 実験手法をベースに各エントリの信頼性を評価し、最も信頼できるサブセットをCOREとして準備している。
DBTGR
,
ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル
ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
CleanEx
Expression reference database, linking heterogeneous expression data tofacilitate cross-dataset comparisons
ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest
低分子化合物に関するオントロジーデータベース。IUPACの述語体系に基づいて分類されている。
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
CCDS
,
公共データベース間でのコンセンサスCDSの構築
ヒト・マウスにおいてNCBI、EBI、UCSC、WTSIの間でCDSの配列・位置情報を共通化するプロジェクトのデータベース。 CDSごとに配列情報と各種データベースへのリンクがまとめられている。 データはNCBIのFTPサイトから入手可能
NAR category
UCbase & miRfunc
,
超保存配列に関係するマイクロRNAの機能データベース
ヒト・マウス・ラットのマイクロRNAと、超保存エレメント(ultraconserved elements)のデータベース
Transterm
,
転写物配列に含まれる翻訳調節因子配列についての配列データベース
mRNA配列とそれに関連のある翻訳制御因子のデータベース
The PAZAR database
,
調節塩基配列アノテーションツールキットと連携したデータベースモール構築のためのプログラムライブラリ
調節塩基配列アノテーションの構築・保守のためのソフトウェア・フレームワーク。個々のデータベースを店舗に見立てた情報モール
PTM-Switchboard
,
出芽酵母の転写因子、転写因子ターゲット遺伝子、転写因子の翻訳後修飾を行う酵素についての遺伝子データベース
転写因子のふるまいを制御する翻訳後修飾(PTM)のカタログ
RNA配列データベース - RNA sequence database
5S Ribosomal RNA Database
5S rRNA sequences
オルガネラ（細胞小器官） - Organelle
Chloroplast Function Database
,
葉緑体機能データベース
タンパク質配列データベース - Protein sequence databases
タンパク質配列モチーフと活性部位 - Protein sequence motifs and active sites
TMFunction
,
膜タンパク質の機能データベース
TMFunction は膜タンパク質のαへリックスとβバレルの機能とそれに対応する残基のデータベースです。Uniprot、PDB、Pubmedへのリンクを持ちます。
ヒトとその他の脊椎動物 - Human and other Verteblate Genomics
ヒトORFs - Human ORFs
HGPD
,
ヒト遺伝子・タンパク質データベース
「HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。」引用（http://www.jbic.or.jp/activity/prtin_pj/hgpd.html）
モデル生物と比較ゲノム - Model organisms, comparative genomics
FREP
,
マウスcDNA機能リピート配列
マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。
ヒト遺伝子と疾患 - Human Genes and Diseases
遺伝子, システム, 疾患特異的データベース - Gene-, system- or disease-specific databases
RAPID
,
アジア人原発性免疫不全症リソース
アジア諸国の主要な免疫不全病における分子改変の抄録
免疫学データベース - Immunological Database
IMGT/HLA
Polymorphic sequences of human MHC and related genes
塩基配列 - Nucleotide Sequence Databases
コーディング・ノンコーディングDNA - Coding and non-coding DNA
Vista Enhancer Browser
トランスジェニックマウスを用いた in vivo におけるエンハンサー活性の定量実験データベース
VectorDB
,
分子生物学のベクター配列データベース
分子生物学で通常用いられる多くのベクターについての、アノテーションや配列情報のデータベース
UniVec Database
UgMicroSatdb
Unigeneから取得したマイクロサテライトのデータベース
UTRome
線虫（C.elegans.）における3' UTRのデータベース
UTRdb
真核生物の5'、3'非翻訳領域のデータベース
TranspoGene
７生物種における可動性遺伝因子による影響のデータベース
TassDB
,
タンデムスプライス部位のデータベース
TRDB
,
タンデムリピートのデータベース
TIGR Plant Transcript Assemblies
STRBase
ヒトゲノム中のショートタンデムリピートのデータベース。
SNPSTR
,
SNPとマイクロサテライトの組からなるデータベース
ヒト、マウス、ラット、イヌ、ニワトリにおけるSNPとマイクロサテライトの組(SNPSTR)からなるデータベース
S/MARt DB
,
The S/MAR transaction Database
足場/マトリックス付着領域および核マトリックスタンパクのデータベース
RetrOryza
イネのLTR型レトロトランスポゾンのデータベース
RegTransBase
,
原核生物の制御性相互作用データベース
原核生物における制御性の相互作用と、転写因子結合領域のデータベース
RECODE
Pseudogene.org
,
偽遺伝子データベース
真核生物および原核生物の偽遺伝子データベース
PolymiRTS
,
miRSNP Database
推定上のmiRNAターゲット部位における変異のデータベース
Plant Repeat Databases
植物ゲノムの反復配列データベース
Patent Sequence DB
,
Patome
特許および文献情報から得られた生物学的な配列のデータベース
PANDIT
マルチプルシーケンスアライメントと系統樹のデータベース
OriDB
DNAメチル化データベース
,
MethDB
DNAメチル化に関する46種、160組織と72の表現型データが6667の実験により登録されている。
MICAS
,
マイクロサテライト解析サーバー
L1Base
LINE-1 (L1)は非LTRトランスポゾンのグループで唯一の自律性トランスポゾンであり、哺乳類ゲノムの約18-20%を構成している。(LINE:長鎖散在反復配列)
Database of Genomic Islands
,
Islander
微生物ゲノムから得られたゲノムアイランドのデータベース
InSatDb
,
Insect Microsatellite Database
IS Finder
,
バクテリアの挿入配列データベース
HumHot
ヒト減数分裂時の組み換え好発部位(ホットスポット)のデータベース
GyDB
,
Gypsy Database
A Scientific Wiki Networking devoted to the Molecular Diversity and Evolutionary Relationships of Mobile Genetic Elements, Viruses and related host genes.
GISSD
,
グループIイントロンの配列と構造データベース
FREP
,
マウスcDNA機能リピート配列
マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。
ECRbase
脊椎動物で進化的に保存された領域、プロモーター、転写因子結合部位のデータベース
DiProDB
,
ジヌクレオチド配列の熱力学特性データベース
ジヌクレオチドの熱力学・構造その他の特性の一覧
Ciliate IES-MDS database
,
下毛類繊毛虫の配列データベース
CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank
,
コドン使用頻度
GenBankのCDS情報をベースに、様々な生物種におけるコドンの使用頻度を算出したデータベース。
CORG
,
脊椎動物間の調節領域予測データベース
ACLAME
,
転移性遺伝子要素の分類
国際塩基配列データベース(INSD) - International Nucleotide Sequence Database Collaboration
GenBank(R)
,
米国核酸配列データバンク
各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、欧州EBI (EMBL)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005.
,
欧州核酸配列データバンク
欧州各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
,
日本核酸配列データバンク
主として日本の研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、欧州EBI (EMBL)と定期的にデータを交換することで全世界のデータを収集している。
転写調節部位と転写因子 - Transcriptional regulator sites and transcription factors
MachiBase
,
ショウジョウバエ転写開始点タグデータベース
ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2）から収集した各々3-400万個の転写開始点タグ情報の公開データベース
遺伝子構造、イントロン・エクソン、スプライス部位 - Gene structure, introns and exons, splice sites
ECgene
ChimerDB
,
融合遺伝子配列のデータベース
ASTD
,
選択的スプライシングと転写産物の多様性データベース
ASDB
,
選択的スプライシングのデータベース
ASAP II
,
Alternative Splicing Annotation Project II
ARTADEdb
,
シロイヌナズナエキソンの検証結果
理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。
植物データベース - Plant database
シロイヌナズナ - Arabidopsis thaliana
ATTED-II
,
シロイヌナズナの共発現データベース
シロイヌナズナのトランス因子とシス要素予想のデータベース。各遺伝子の遺伝子発現パターングラフを提示している
構造データベース - Structure Databases
タンパク質構造 - Protein structure
PiSITE
,
タンパク質相互作用部位データベース
PDBを利用した蛋白質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベース
GTOP
,
タンパク質予測構造
既知のゲノム上に予測もしくは確定されている全ORFについて、立体構造予測および機能解析を行い、結果をデータベース化した。 立体構造予測（by Reverse PSI-BLAST）、機能解析（by BLAST）、モチーフ解析(by prosite)、ファミリー分類(by Pfam)、膜貫通領域予測(by SOSUI)、coiled-coil領域予測(by Multicoil)、繰返し配列解析(by RepAlign)の各結果が登録されている。
AS-ALPS
ヒトとマウスの選択的スプライシングを解析するのに有用な情報を提供するデータベース
脊椎動物以外のゲノム - Genomics Databases (non-vertebrate)
単細胞真核生物ゲノム - Unicellular eukaryotes genome databases
Full-Malaria
,
マラリア原虫全長cDNA
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ）
DictyBase
細胞性粘菌のゲノムデータベース
対象 - Target
DNA
cDNA
HGPD
,
ヒト遺伝子・タンパク質データベース
「HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。」引用（http://www.jbic.or.jp/activity/prtin_pj/hgpd.html）
Full-Malaria
,
マラリア原虫全長cDNA
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ）
ゲノム - Genome
a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA
,
微生物ゲノム／アノテーション
NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。 9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010 のsupplementデータ。
SpBase
,
ウニゲノムデータベース
ウニや関連する棘皮動物のゲノム情報データベース
RhizoBase
,
根粒菌ゲノム／アノテーション
根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。
NIG Mouse Genome Database
,
遺伝研マウスゲノムデータベース
マウスのMSM系統のゲノムデータベース 開発元：国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室
Lotus japonicus Genome Sequence Project
,
ミヤコグサゲノム／アノテーション
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ、葉緑体配列が掲載されている。 12056416, 11853318, 11214967, 11853317のsupplementデータ。
CyanoBase
,
シアノバクテリアゲノムデータベース
シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。 8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292 のsupplementデータ。
Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB
,
麹菌ゲノムデータベース
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。
立体構造 - 3D Structure
NDB
,
核酸立体構造データバンク
核酸立体構造情報を研究者より受付け、データベース化して公開している。
モチーフ - Motif
FREP
,
マウスcDNA機能リピート配列
マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。
多型 - Polymorphism
遺伝子単位でエントリーを作っているデータベース。NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載している
遺伝子多様性データベース公開システム (GDBS)
タイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報、および感受性候補領域の詳細情報についてのデータベースに加え、解析に用いたソフトウェアを公開している。
老人病SNPデータベース
,
老年病に関連する多型
東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の性別、年齢区分、病態、多型を掲載する。 これらの情報は、GEAD (geriatric autopsy database) という別データベースとして収集されており、ここには前述データのほか、喫煙歴、アルコール摂取歴、病理所見、アテローム性動脈硬化の程度が記載されている。
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
,
疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
標準SNPs解析事業
The SNP Consortium database
,
国際 HapMap 計画
SNP Consortium data
ヒト疾患関連変異
,
ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース
ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM, GDB, (おそらく)文献より収集し、その位置を染色体上に、発祥部位をヒト身体/臓器にマッピングした。 変異による遺伝子構造の変化(アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されている。 疾患ごとに7種のサブDBが構築されている。（KMaiDB, KMboodDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMmuscleDB, KMsyndromeDB）
mutview
遺伝病情報をビジュアル(染色体や臓器の画像を使って)で検索することができる。配列データベースやOMIMなどへのリンク情報ももつ
dbSNP
,
米国多型データバンク
SNPおよび短い挿入／欠失多型を収集したデータベース。
dbQSNP
,
ヒト遺伝子プロモータ領域の多型
ヒト遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0k上流および0.2k下流まで）に存在するSNPについて、配列とアレル頻度情報（実験データ）を収集したデータベース。 SNPのタイピングと定量化はSSCP解析による。
dbProP (a Protein Polymorphism database)
,
タンパク質多型を導く遺伝子変化
タンパク質アミノ酸配列に変化を及ぼす遺伝子配列変化、すなわち、コード領域のSNP、alternative splicingを収集したデータベース。 対象はヒト。
SNPデータベース(日本人の標準的SNP頻度情報)
,
日本人の一塩基多型データベース
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターと科学技術振興機構との共同プロジェクトとして実施されたSNP探索プロジェクトで発見されたSNPをゲノム上にマップし、公開したwebページ
SNPedia
SNPedia shares information about the effects of variations in DNA, citing peer-reviewed scientific publications.
Entrez SNP
,
SNP
１〜数塩基の置換、挿入/欠失や反復等の多型情報データベース。収録されているデータはdbSNPと共通だが、Entrez との連携により様々な検索が可能となっている。
Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese P
,
ヒトマイクロサテライト多型
日本人におけるマイクロサテライトマーカーのヘテロ接合度を調べた。 対象となるマーカーは、de CODE Genetics 2002 (Kong A etal. Nat. Genet. 2002) より得ている。
PicSNP/A Catalog of Non-Synonymous SNP
,
ヒト非同義置換SNP
非同義置換SNPを機械的に収集した。 素材はNCBIヒトゲノムドラフト配列のアノテーションで、そのFeatureに記述された遺伝子配列およびSNPをSwissProtと比較して非同義置換SNPを選別している。 該当遺伝子のGOによる分類結果も掲載されている。
PharmGKB
Variation in drug response based on human variation
Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)
,
マウスマイクロサテライト
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。 マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。 特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。
KMsyndromeDB
MutationViewのサブDBで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載する。
KMmuscleDB
MutationViewのサブDBで、デュシャンヌ型筋ジストロフィー、福山型先天性筋ジストロフィーに関するデータを掲載する。
KMheartDB
MutationViewのサブDBで、心筋症に関するデータを掲載する。
KMeyeDB
MutationViewのサブDBで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載する。
KMearDB
MutationViewのサブDBで、聴覚障害に関するデータを掲載する。
KMcancerDB
MutationViewのサブDBで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載する。
KMbrainDB
MutationViewのサブDBで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載する。
KMbloodDB
MutationViewのサブDBで、慢性骨髄性白血病に関するデータを掲載する。
KMaiDB
MutationViewのサブDBで、APECED, APT1(自己免疫関連疾患とその関連遺伝子？）に関するデータを掲載する。 情報源は文献 論文で報告のあったメンデル病の変異の座標を共通の座標にまとめてマップしなおす手作業でできている
JSNP
,
日本人の遺伝子多型
日本人集団において、遺伝子もしくはその近傍に一般的に見られる多様性を収集したデータベース。
JMDBase/Japan Metabolic disease DataBase
,
ヒト代謝性疾患関連SNP
ヒトの代謝性疾患(特に高血圧、糖尿病）に関連するSNPを独自のアルゴリズムで検出した。 15716494は手法の有効性に関する論文で、5遺伝子・3人種（日本人、米国黒人、白人）で検証している。
HGVbase
,
ヒトゲノム多様性に関する注釈書
ヒトゲノム多様性（多くはSNPだが、その他にindel, tandem repeat）を収集したデータベースで、直近の遺伝子との物理的、機能的関係が記述されている。 データは公開データベース、文献から取得されるほか、以前は研究グループからの提供も受付けていたが現在は中止。 dbSNPと定期的にデータ交換。
GiiB-JST mtSNP
,
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース
7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。 個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。同じ論文をサイトしてるＩＮＳＤエントリー(ミトコンゲノム）が672件あり。
GWAS
GWASデータベースは、GWAS（ゲノムワイド関連解析：非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたアレル頻度やジェノタイプ頻度などのデータベースである。
D-HaploDB
,
ヒト全胞状奇胎SNP
日本人の全胞状奇胎(complete hydatidiform mole)をサンプルとして、28万SNPをマイクロアレイを用いてタイピングし、ハプロタイプ解析を行った。
制御領域 - Regulatory Region
配列タグ部位のデータベース
PCR用プライマーペアのデータベース。STSの配列情報、ゲノム上の位置、そのSTSを使ってPCRした際に得られる遺伝子の情報がまとめられている。
遺伝子単位でエントリーを作っているデータベース。NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載している
TRSIG（翻訳シグナルデータベース）
PPDB
,
PlantPromoterDB
植物のプロモーターデータベースで、次のような特徴がある。 （１）ナズナのプロモーターDBとしてはRARGE, AGRIS, AthaMapに続く４番目のDB （２）イネでは初めてのプロモーターDB （３）コアプロモーター構造を認識出来る（他のDBは出来ない） （４）独自に抽出した300程度のシス配列候補を活用し、認識配列セットは植物種ごとに用意している（今後もこの特徴は維持していく予定） （５）ナズナに関してはCapTrapper-MPSS法による高密度転写開始点情報を掲載（未発表データ）
PEDB
,
哺乳類プロモーター/エンハンサーデータベース
TSSからヒトとマウスそれぞれの遺伝子と転写開始点を同定し、ゲノム情報を用いてオーソログ16268遺伝子を決定。そこから４３４のオーソログのシンテニー領域を同定し、そのうちノンコーディング部位にある転写因子の結合サイトをTRANSFACを参照してデータベース化した。
MachiBase
,
ショウジョウバエ転写開始点タグデータベース
ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2）から収集した各々3-400万個の転写開始点タグ情報の公開データベース
EPD
,
The Eukaryotic Promoter Database
Eukaryotic POL II promoters with experimentally-determined transcriptionstart sites
DBTSS
,
転写開始位置
全長cDNAクローンのESTをゲノムにマップすることで転写開始点を決定しデータベース化した。 現在の対象はヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、マラリア原虫、原始紅藻
DBTBS
,
枯草菌プロモータ／転写因子の知識モデル
枯草菌の転写制御に関連するプロモータ、転写因子、制御される遺伝子の情報を収集したデータベース。 論文を情報源として、実験的に検証された対象のみを収集している。
配列 - sequence
GenBankに掲載されている配列データを遺伝子別にクラスター化してエントリーとしてまとめたデータベース。染色体上へのマッピング情報や発現解析情報(組織や発現時期)、機能情報が載っている。
次世代シーケンサのリード配列を集めているデータベース Trace Archivesと呼ばれる配列データレポジトリクラスターの一部。
配列の特異的反応領域データベース
実験に利用する塩基配列の領域情報(配列のどこがどの遺伝子とハイブリダイズするかなど)を格納したデータベース
Entrez塩基配列データベース
GenBankでEST・GSSに含まれない配列、RefSeq、Whole Geneme Shotgan(WGS)、Third Party Annotation(TPA)の配列を掲載している塩基配列に関する中心的なデータベース
真核生物のホモロググループのデータベース
ホモロジーと思われる配列をグループ化したものを1つのエントリーとしている。それらの配列に共通の性質を他のデータベースを利用して載せている。それぞれの配列の比較結果も見ることができる
ゲノムプロジェクト情報データベース
ゲノムワイドでのシーケンス、アセンブリ、アノテーションプロジェクトの一覧、解説情報、文献データを掲載しているデータベース
生物種のゲノムプロジェクトごとに塩基配列・アミノ酸配列をまとめたデータベース。配列の大きさやゲノム中の位置の情報を載せている。
遺伝子単位でエントリーを作っているデータベース。NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載している
GenBankレコードの内、GSSにあたるレコードについての載せているデータベース
遺伝子の発現量や分子数のプロファイル情報データベース
遺伝子発現のプロファイル情報を検索できる。検索結果ページではサンプルごとの発源量を棒グラフで確認できる。
極限環境微生物DB（Extremo Base）
,
極限環境微生物ゲノム／アノテーション
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
持続可能型社会への貢献遺伝子データベース
自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試み、注釈の結果を記載したデータベース。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの一環として行われている。
完全長cDNAデータベース (FLJ-DB)
経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られた、オリゴキャップ法の完全長ヒトcDNAクローンの配列決定による3万個の完全長cDNA配列のデータベース
ヒト新規遺伝子候補データベース
ヒトゲノムにプログラムDIGITを適用して探索した遺伝子候補のリスト。
シロイズナズナcDNA百科事典
,
シロイヌナズナDNAブック RIKEN Arabidopsis cDNA Encyclopedia DNABook TM
シロイズナズナcDNAの解説、PCR、Transcriptionのプロトコルを公開。さらにRIKEN DNA resourceと連携してクローンの提供も行っている。
ゲノムネットワークプラットフォーム
文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」のゲノム機能情報の解析で得られた成果の中で、ヒト･マウスcDNAのCAGEタグシーケンシングデータ、及び酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用データのデータベース
viral probe databse
INSDのVirusdivisionをすべて整理して それぞれに同定目的に使えるＰＣＲプライマーをしつらえてくれてる。 同様の目的のＤＢかなりあり。これはひとつの分野つくってます。
a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA
,
微生物ゲノム／アノテーション
NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。 9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010 のsupplementデータ。
Yeast Intron Database
,
酵母イントロンの注釈書
出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。 既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。
VPARA（Vibrio parahaemolyticus）
,
腸炎ビブリオゲノム配列データベース
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベース。データ全体の一括ダウンロードも可能。
Triticeae Mapped EST DataBase (TriMEDB)
,
大麦小麦cDNAデータベース
大麦と小麦の間で関係のあるcDNAマーカーをゲノム上にマッピング、アノテーションしたデータベース
THz database
,
THz分光測定データベース
低分子化合物のスペクトルデータを画像ファイルで提供。生データはtxt,pdfでダウンロード可能。ユーザからの投稿も受け付けている。
SubtiWiki
,
the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki
グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌のゲノムアノテーションを行っているデータベース。wikiを利用していて、ユーザーがアノテーションを行えるようになっている。
Streptomyces griseusゲノムデータベース
抗結核薬ストレプトマイシンを生産するStreptomyces griseusのゲノム配列データベース
Streptomyces avermitilisゲノムデータベース
,
Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション
Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。 物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。 論文(PubMed:11572948, 12692562)のsupplementデータ。
Silver Project (Ape Genome Sequencing)
,
類人猿ゲノム配列／種間比較結果
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
Rice Mitochondrial Genome Information (RMG)
2002年に全配列が解読されたイネのミトコンドリアゲノムに関するデータベース。
RhizoBase
,
根粒菌ゲノム／アノテーション
根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。
RPG
,
リボソームタンパク質遺伝子
リボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベース。 各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、および、オルソロググループごとのマルチプルアラインメントが掲載されている。 ヒトデータはプロジェクトで取得。 その他の種のデータは公開DBより取得。
ROUGE
,
マウス未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたクローン(mKIAA/mFLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 HUGEのマウス版。
RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia
,
シロイヌナズナcDNA,トランスポゾン,マイクロアレイデータベース
シロイヌナズナ統合データベース。BLAST, Full-length cDNAs, Transposon Mutants, Microarray, Genome Map, Alternative Splicing, Transcription Factor (RARTF), Phenotypic information in transposon mutants (RAPID), Phenotypic information of nuclear-encoded chloroplast proteinsへアクセスできる。
RAPID
,
アジア人原発性免疫不全症リソース
アジア諸国の主要な免疫不全病における分子改変の抄録
PLACE
,
植物シスエレメントの知識モデル
植物のシスエレメントのモチーフを文献より収集したデータベース。 全データのダウンロード可能。
PHYSCObase
,
ヒメツリガネゴケEST配列
ヒメツリガネゴケmRNA、EST、コンティグ（ESTのアセンブル結果）、実験プロトコルを収集したデータベース。 配列の一括ダウンロードも可能。
ODB
,
オペロンの知識モデル
多数の種のオペロンを論文やデータベースから収集し再構成したデータベース。 予測によるオペロン候補探索を行う機能がある。
Nocardia farcinica genome
Nocardia farcinica IFM 10152 （グラム陽性好気性放線菌、ノカルジア感染症の原因）の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）とそのアノテーションを掲載する。 15466710のsupplementデータ。
NRSub
,
枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。
Mycoplasma penetrans genome
,
マイコプラズマゲノム／アノテーション
マイコプラズマ (Mycoplasma penetrans) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されている。 12466555のsupplementデータ。
MitoFish
,
魚類ミトコンドリアデータベース
魚類のミトコンドリアゲノム配列をGenBankおよびRefSeqより収集し、種分類に関する情報をFishBase, NCBI Taxonomy Browser, TheCatalog of Fishes, Fish Database of Japan より、文献情報をPubMedより、関連配列をDDBJより取得して関連付けたデータベース。
Microbial Genome Workbench
公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。
Lotus japonicus Genome Sequence Project
,
ミヤコグサゲノム／アノテーション
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ、葉緑体配列が掲載されている。 12056416, 11853318, 11214967, 11853317のsupplementデータ。
Integrated Rice Genome Explorer (INE)
,
イネゲノム／アノテーション
イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。
Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース）
,
肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果
肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。INSD(DDBJ)から抜き出した肝炎ウイルス配列の機械的な整理。メジャーアップデートに対応して更新している。
HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large proteins
,
ヒト未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさヒトcDNAプロジェクトで得られたクローン(KIAA/FLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 本来の目的は、巨大タンパク（50kDa以上）に対応する未同定遺伝子の解析。 cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、Pfam, SOSUIによるモチーフ探索結果が登録されている。
HOWDY
,
ヒトゲノム自動アノテーション
世界で公開されているデータベース中のヒトゲノムデータを収集し、染色体上に各エントリを貼り付けることで相互に関連付けたデータベース。
HIV感染症統合データベース(HIV-DB)
ウイルス配列はＩＮＳＤの部分集合に過ぎないが ウイルスホストの臨床情報が６００人程度分添付されているようである。微妙な数なので用途は不明。 臨床情報を見るためには登録が必要。
HGS (Human Genome Sequencing)
（GDBの続きだったが中止）
Genome Information Broker
,
微生物ゲノム自動アノテーション
微生物ゲノムを中心に、DDBJへ登録された全長ゲノム配列を収集し、各ゲノム上のORFに対して構造、遺伝子名、機能、特性などを付与してデータベース化。
GenBank(R)
,
米国核酸配列データバンク
各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、欧州EBI (EMBL)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
Full-Tsetse
,
ツェツェバエ完全長cDNAデータベース
Full-Toxoplasma
,
トキソプラズマ全長cDNA
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされている。
Full-Mite
,
ダニ完全長cDNAデータベース
Full-Echinococcosis
,
エキノコックス完全長cDNAデータベース
Full-Cryptosporidium
,
クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベース
Full-Babesia
,
バベシア完全長cDNAデータベース
Full-Anopheles
,
ハマダラカ完全長cDNAデータベース
FLJ Human cDNA Database
,
FLJヒト完全長cDNAデータベース
経済産業省「タンパク質機能解析事業／スプライシング・バリントの取得技術の開発」で取得・配列解析したヒトスプライシング・バリントcDNA配列データベースと、オリゴキャップ法での全FLJヒト完全長cDNA配列データベース（全長解析配列数約5万及び5’末端配列解析数約150万）。
ExtremoBase
,
極限環境生物ゲノムデータベース
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
EST
GenBankの内、ESTに関してのデータを掲載しているデータベース
EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005.
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欧州核酸配列データバンク
欧州各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。
EGTC
,
遺伝子トラップ法でトラップされたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規遺伝子トラップ系(exchangable gene trap system)を用いてトラップクローンを作成した。 それをもとに遺伝子導入もしくは破壊を行い、系統化したリソース（卵、精子）は配布されている。 トラップされた遺伝子のタグ配列、相同性検索結果、変異系統の情報が掲載されている。
E.coli O157:H7 Sakai genome project
,
病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース
大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列、pO157プラスミド配列、pOSAK1プラスミド配列、およびそれらのアノテーションを掲載したデータベース。 データ全体の一括ダウンロードも可能。
Dr. Zompo
,
Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
DeinoBase
Database of genomes and transcriptional regulations for fila
,
麹菌のEST
いくつかの条件下で麹菌cDNAライブラリを作成し、その5' ESTを決定した。 配列はFASTA相同性検索を通じてのみアクセス可能。 プロモータ解析を行う予定のようで、そのためのゲノムクローンの構築方法が記載されている。 その他、Aspergillus nidulansのコスミドクローン(1クローン)の配列が掲載されている。
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DaphniaBASE
,
ミジンコデータベース
ミジンコ類のクローン配列、及びそのクローン配列に対するblast検索の結果のデータベース
DDBJ Trace Archive
Trace Archive は大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), 塩基判定 (base call), 品質評価(quality estimate)のアーカイブです。 Trace Archive (NCBI) およびEnsembl Trace Server とともにデータベースを共同構築しています。
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
,
日本核酸配列データバンク
主として日本の研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、欧州EBI (EMBL)と定期的にデータを交換することで全世界のデータを収集している。
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
Cytokine Family cDNA Database (dbCFC)
,
サイトカイン遺伝子／タンパク質
サイトカイン遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報を公開データベースより収集し、ファミリーごと、遺伝子ごとに整理したデータベース。 詳細情報は全てオリジナルDBへのリンクで記載されている。（ポータルとして機能）
CyanoBase
,
シアノバクテリアゲノムデータベース
シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。 8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292 のsupplementデータ。
CropNet
Genome mapping in crop plants
Comparasite
全長シークエンスの比較ゲノム解析のためのデータベース
CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank
,
コドン使用頻度
GenBankのCDS情報をベースに、様々な生物種におけるコドンの使用頻度を算出したデータベース。
Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB
,
麹菌ゲノムデータベース
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。
Ancient Genome Encyclopedia : AGE
Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)
選択的スプライシングによるエキソン選択パターンを、ゲノムとcDNAを比較することにより予測している。 対象生物種は、ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、イネ。
ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC)
,
古細菌ゲノム／アノテーション
数種の古細菌のゲノム配列、遺伝子構造と配列（核酸、アミノ酸）、偽遺伝子、オペロン、株の情報が収集されている。 PubMed:9679194, PubMed:11121031のsupplementデータ。
オントロジー - ontology
ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest
低分子化合物に関するオントロジーデータベース。IUPACの述語体系に基づいて分類されている。
BioTermNet
MEDLINEやPRIMEから単語の共起を調べて概念ネットワークを構成したデータベース
タンパク質
PAGE
2DPAGEのデータを論文からキュレートしてデータベース化したもの。ここのスポット強度情報まで詳細にアクセスすることができ、embl様のフォーマットでテキストを取得可能
HGPD
,
ヒト遺伝子・タンパク質データベース
「HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。」引用（http://www.jbic.or.jp/activity/prtin_pj/hgpd.html）
構造比較
PDDB
,
the Prion Disease Database
マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量
ConfC
同一タンパク質の立体構造の変化を集めたデータベース。構造変化は(1)進化的構造変化、(2)結合によるコンフォメーション変化、(3)構造の柔軟性の3つに分けている。同一タンパク質かどうかは構造比較、配列ひかくによって判断している
結晶構造解析 - crystal structure analysis
Heavy-atom Database System (HATODAS)
,
重原子データベース HATODAS
既知の重元素標識タンパクがデータベース化されており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列をに入力すると、標識物質として使える可能性の高い重元素標識試薬が出力される。
HATODAS Data
,
RIKEN Harima Heavy-atom Database [Data]
Heavy-atom Database System (HATODAS) http://hatodas.harima.riken.go.jp/ の基となった実験データ500件を、理研生命情報基盤研究部門の公開基盤「理研サイネス」内で公開したデータベース。
立体構造 - 3D structure
Macromolecular structures、Conserved domains and protein classification、Small molecules and their biological activity、Biological Systemsの4つのデータベースグループで構成されたタンパク質の構造情報総合データベース
タンパク質間で保存されたドメインデータベース
配列比較により得られたタンパク質のドメイン情報(構造・機能・配列情報)を掲載したデータベース。データの情報元はPfam, SMART, COG, PRK, TGRFAMなどの外部ソース及びNCBI curated-domains
水素・水和水を含むタンパク質の構造
,
ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
水素および水和水を含むタンパク質の立体構造を中性子回折法による決定し、公開している。 同データベース内に、PDB由来のX線構造解析データ、中性子回折データが含まれる。
蛋白質・核酸複合体構造データベース
PDBよりタンパク質－核酸複合体のエントリを収集した。
タンパク質代表チェイン
,
代表的タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)
PDBに登録されているタンパク質を配列と構造の類似性からグループ化したデータベース。 各グループの代表タンパク質を指定のルールに従って選択するインターフェースがある。
ノイラミニダーゼ(抗インフルエンザ薬標的タンパク質)立体構造予
タンパク質立体構造データベース(GENIUS Ⅱ)
ゲノム配列中上に予測されたコード領域に、タンパク質立体構造を対応付けてデータベース化した。 基本はPSI-BLASTによる相同タンパク質の検索。
タンパク3000成果データベース
文部科学省「タンパク3000プロジェクト」の現状と成果をまとめたデータベース
eProtS (タンパク質構造百科辞典)
,
タンパク質立体構造の辞典
生物学的に重要なタンパク質について、立体構造およびタンパク質の解説が収録されている。 収録タンパク質はグループに分類されている。
eF-site
,
タンパク質機能部位の表面特性
タンパク質の機能部位の表面の特性を算出したデータベース。 PDB構造を素材に、静電ポテンシャル表面、疎水的特性、Connolly表面を計算し、その結果をデータベース化している。
TMPDB
,
膜貫通タンパク質知識モデル
実験的に検証されている膜貫通タンパク質が文献を通じて収集され、トポロジーに応じて分類されている。
SCOP - Structural Classification Of Proteins
,
タンパク質立体構造の分類注釈書
立体構造既知のタンパク質を、そこに含まれるドメインの進化的および構造上の関連性から階層的に分類したデータベース。分類は専門家が手動で行っている。
RPSD
,
イネ蛋白質構造データベース
イネタンパク質の構造を収集したデータベースで、PDB由来の立体構造と、GTOP由来の予測構造からなる。
ProTherm
,
タンパク質の熱力学的パラメータの辞書
野生型および変異型のタンパク質について、熱力学的パラメータを中心に、2次構造、接触可能性、実験条件、手法、活性を収集したデータベース。 収集されるパラメータはGibbs自由エネルギー、エンタルピー変化、熱容量変化、相転移温度。
ProMode
様々なタンパク質の基準振動モードによる揺らぎを計算により求めた。その結果はアニメーションにより参照できる。
PDBj (Protein Data Bank Japan)
,
日本タンパク質構造データバンク
タンパク質立体構造のデータバンクの日本ノード。 米国RCSB、欧州MSD-EBIと共同でwwPDBを運営している。
PDBSTR
PDBをKEGG用に再構成した。
PDB
,
タンパク質立体構造データバンク
主としてX線結晶構造解析もしくはNMRで決定されたタンパク質立体構造を収集するデータバンク。
OLIGAMI - OLIGomer Architecture and Molecular Interface
,
タンパク質の４次構造分類
生体高分子のオリゴマー構造を、インタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることのできるデータベース。PDB中の全ての立体構造について４次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられている。
IMB Jena Image Library
,
生体高分子立体構造の注釈書
PDB, NDBのデータを、分子種、特徴的な部分構造(SITE)、hetero compoundの有無から再整理したデータベース。
Het-PDB Navi
PDBエントリ中に出現する低分子の立体構造を収集し、その分子種により分類した。
Gallery of Biomolecules
GTOP
,
タンパク質予測構造
既知のゲノム上に予測もしくは確定されている全ORFについて、立体構造予測および機能解析を行い、結果をデータベース化した。 立体構造予測（by Reverse PSI-BLAST）、機能解析（by BLAST）、モチーフ解析(by prosite)、ファミリー分類(by Pfam)、膜貫通領域予測(by SOSUI)、coiled-coil領域予測(by Multicoil)、繰返し配列解析(by RepAlign)の各結果が登録されている。
ConfC
同一タンパク質の立体構造の変化を集めたデータベース。構造変化は(1)進化的構造変化、(2)結合によるコンフォメーション変化、(3)構造の柔軟性の3つに分けている。同一タンパク質かどうかは構造比較、配列ひかくによって判断している
CSDBase - Cold Shock Domain database
寒冷ショックドメイン(CSD)を持ったタンパク質のデータを入手することが出来るデータベース。PDBファイルや配列、分子量などの定量値が手に入る。
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
CASP8
,
Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction
タンパク質構造予測の分野に関する分析結果を載せているデータベース
BMRB - BioMagResBank
,
生体高分子のNMRデータのデータベース
Wisconsin大学MadisonのBioMagResBankによって運営される、生体高分子のNMRデータのデータベース。 NMRにより決定された生体高分子の立体構造データを研究者より受付け、データベース化して公開している。 データベース構築に際してPDB, NDBと協力しており、BMRB経由で両バンクにデータが登録されている。
7回膜貫通タンパク質データベース(SEVENS)
,
Gタンパク共役型受容体遺伝子の予測結果
Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収集した。
3DinSight
複数のタンパク質データベースを連結し、各DB間でエントリをリンク追跡できるよう整理した。
局在 - Localization
KT抗体データベース
,
線虫の胚のタンパク質の局在
線虫の胚におけるタンパク質のステージ特異性および局在を、抗体染色により調べた画像が掲載されている。 抗体の配布も行われている。
アミノ酸特性 - Amino Acid Characteristic
DB-SPIRE
PROSITEとBLOCKSをつかってタンパク質のモチーフをPDBファイルにアノテーション。PDBのSEQRES行とATOM行に対してアノテーションを行っているため、計4種類のデータが存在する
CSA - Catalytic Site Atlas
タンパク質の触媒残基を配列上にマッピングしているデータベース。触媒部位の特定には、文献から得られたデータ、及び計算によるマッピングの両方で行われている。
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
AAindex
,
アミノ酸特性値の辞書
20種のアミノ酸の物理化学的・生物学的特性値（インデックス）、およびアミノ酸間の類似度のマトリクスを収集したデータベース。
抗体 - Antibody
糖鎖抗原と抗体の辞書
,
糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope)
糖鎖抗原とそれを認識する抗体を収集した辞書。 抗原側情報としては、糖鎖、それを認識する抗体、それを持つ糖タンパク質、それを部分構造とする糖脂質、その生合成および分解に関する酵素が収集されている。 抗体側情報としては、抗体、それが認識する糖鎖の配列、それを用いたimmunoprecipitation, immunobloting, histochemistry実験例、入手先が収集されている。
IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobu
,
免疫学関連タンパク質の注釈書
ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン(IG)、T細胞レセプター(TR)、主要組織適合性複合体(MHC)、その他免疫関連タンパク質(RPI)を収集したデータベース。 IMGT/LIGM-DB（IG, TR配列）、IMGT/MHC-DB（MHC配列）、IMGT/PRIMER-DB（IG、TRに対するプライマ）、IMGT/GENE-DB（ヒト、マウスの免疫系関連遺伝子をゲノムを基準に整理）、IMGT/3Dstructure-DB（立体構造既知の免疫系関連遺伝子）の5つのデータセットからなる。
機能 - Function
Macromolecular structures、Conserved domains and protein classification、Small molecules and their biological activity、Biological Systemsの4つのデータベースグループで構成されたタンパク質の構造情報総合データベース
タンパク質間で保存されたドメインデータベース
配列比較により得られたタンパク質のドメイン情報(構造・機能・配列情報)を掲載したデータベース。データの情報元はPfam, SMART, COG, PRK, TGRFAMなどの外部ソース及びNCBI curated-domains
Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins
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mouse basement membrane bodymap
４４種のマトリックス蛋白に対すポリorモノクロ抗体を用意し E16.5マウス胎児の全身矢状面と頭のセクションを免疫組織染色 カラー画像と注釈のＤＢ 臓器名と蛋白名で画像検索 list of target proteins http://www.matrixome.com/bm/EnterBodymap/Protein/protein.asp
Wnt Database
,
Wntタンパク質の辞典
Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。 生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。 シグナルパスウェイ情報（画像）あり。
REBASE
,
制限酵素辞書
制限酵素、DNAメチルトランスフェラーゼ、および制限サイト修飾関連タンパク質のデータベース。 酵素の配列、立体構造、ソース、認識／切断配列、類似の酵素、メチレーション感受性、商業的な入手先の記述がある。 WWWの他、一括ダウンロードも可能。
Protein Clusters
,
タンパク質クラスタのデータベース
RefSeqに登録されているデータをBLASTを使った配列相同性に基づいてクラスタリングし、各クラスターごとにまとめたデータベース。エントリー中のそれぞれのタンパク質には系統や機能、ゲノム情報の位置などのアノテーションが付加されている。
Prolysis
,
プロテアーゼの辞典
プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤を収集したデータベース。 プロテアーゼの生化学的特性、立体構造、阻害剤の構造と特性を収録。 入力アミノ酸配列より、プロテアーゼ切断部位を検索するツールあり。
MEROPS: the peptidase database.
,
ペプチダーゼ／阻害剤の注釈書
ペプチダーゼとそれを阻害するタンパク質を収集したデータベース。 ペプチダーゼおよび阻害タンパク質は構造を基準に階層的に分類されており、ファミリー分類がなされているものはそれを基準に、そうでないもの（最近のデータ）は相同性を基準に分類される。 （後者はCLANと呼ばれる） その他、低分子の阻害剤も収集されている。
GPCRDB
,
Gタンパク質結合受容体
Gタンパク質結合受容体情報を公開データベースより取得し、それらに解析結果を付与して整理したデータベース。 配列、変異位置、立体構造（PDB由来データと予測モデル）、リガンド結合定数、ファミリーごとのマルチプルアラインメントと系統樹が掲載されている。
DB-SPIRE
PROSITEとBLOCKSをつかってタンパク質のモチーフをPDBファイルにアノテーション。PDBのSEQRES行とATOM行に対してアノテーションを行っているため、計4種類のデータが存在する
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
BRENDA
,
酵素の辞書
酵素に関する情報を文献より手動で抽出しまとめたデータベース。 EC番号を基準に整理され、構造、配列、機能、反応特性、単離方法、安定性、ソースとなった生物種／組織／局在、病気との関連が記述されている。
AARSDB
,
アミノアシルtRNA合成酵素
既知のアミノアシルtRNA合成酵素（進化的に初期の段階で出現したと信じられている酵素）を収集したデータベース。 生物種および対応するアミノ酸により分類されている。
A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB)
,
酵素触媒機構の知識モデル
PDBおよびSWISS-PROTに登録されている酵素を、ドメイン構成、EC番号、触媒機構、リガンド構造から分類されている。 情報源は文献とPDBエントリ中の記述である。
モチーフ、ドメイン - Motif, domain
タンパク質間で保存されたドメインデータベース
配列比較により得られたタンパク質のドメイン情報(構造・機能・配列情報)を掲載したデータベース。データの情報元はPfam, SMART, COG, PRK, TGRFAMなどの外部ソース及びNCBI curated-domains
SMART
,
タンパク質ドメインモデルの注釈書
タンパク質のドメインを表すモデルを手動で構築し、それを収集したデータベース。 シグナル伝達、細胞外、クロマチン関連タンパク質ドメインファミリーが登録されている。 各ドメインの系統的分布範囲、機能クラス、立体構造、機能的に重要な残基の情報が併せて登録されている。 Normal SMARTは、SWISS-PROT, trEMBL, Ensembl proteome （安定版）を素材にしたデータベース。 GenomicSMARTは、全長が決定されたゲノムに由来するタンパクのみを素材にしたデータベース。
Pfam
,
タンパク質モチーフの注釈書
タンパク質の共通ドメインやファミリーより構成したマルチプルアラインメント、およびそれをHMMで表現したモデルを収集したデータベース。 Curation済みのPfam-Aと、PRODOMに登録されたファミリーから自動的に構築されたPfam-Bに分けられる。
O-GLYCBASE
,
O-glycosylatedタンパク質の注釈書
O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベース。 各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されている。
InterPro
,
タンパク質特性・機能の注釈書
タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位の情報を複数のソースから収集し、専門家の手で統合したデータベース。 タンパク質各々のアミノ酸配列は、InterProtKBとして別途収集されている。
DB-SPIRE
PROSITEとBLOCKSをつかってタンパク質のモチーフをPDBファイルにアノテーション。PDBのSEQRES行とATOM行に対してアノテーションを行っているため、計4種類のデータが存在する
CASP8
,
Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction
タンパク質構造予測の分野に関する分析結果を載せているデータベース
Blocks
,
タンパク質保存領域
既知のタンパク質ファミリーごとに、高度に保存されている領域をギャップなしでアラインメントし、その結果を収集したデータベース。
変異 - Mutation
Protein Mutant Database (PMD)
,
タンパク質変異の総説（論文集）
タンパク質の変異について記載された論文を収集したデータベース。 論文情報として、著者、雑誌およびページ、タイトル、PubMedIDが、該当タンパク質の情報として、概要、生物種、N末配列、変異位置とパターン、Swiss-Prot, PIR, PDBへのリンクが掲載されている。
PDDB
,
the Prion Disease Database
マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量
Androgen Receptor Gene Mutations Database
,
アンドロゲンレセプター遺伝子変異データベース
アンドロゲンレセプターの変異に関する総合的な情報(文献、部位、相互作用情報等)を画像やPDF形式で提供している。
プロテオーム - Proteome
HSGに見つかるタンパク質
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ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載している。 各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定している。
生体内ペプチドのファクトデータベース (PEPTIDOME)
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生体内ペプチドの特性
生体内のペプチドを網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理した。
eSOL
,
大腸菌全蛋白質の可溶性データベース
eSOL (Solubility database of all E.coli proteins)は、再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベースです。
Rice Proteome Database
,
イネプロテオーム
イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース。 プロテオーム解析のプロトコルが掲載されている。
Peptidome
,
マススペクトルデータベース
マススペクトルと同定されたタンパク質情報のデータベース。 同定されたタンパク質及び同定のために使用されたペプチド情報のリストと証拠であるスペクトルデータ、実験のプロトコルやサンプルの情報が手に入る。
ExPASy-SWISS 2D PAGE database
収集法：まだ不明 データ：材料記載、スポットＩＤ、スポット蛋白名称、ゲル画像 蛋白名称でそれが同定されてる２Ｄゲルが出てくる 材料名称でその材料の２ＤＰＡＧＥ画像とスポットリストが出てくる ２ＤＧＥＬの図のある論文のフィギュアを集めたようなもの 結構考え事に役に立つ 遅いので韓国ミラーのほうがやや早い
配列 - Sequence
SwissProt、PIR、PDB、PRFの持つアミノ酸配列、およびGenBank・RefSeqに登録されているデータベースの配列を翻訳したアミノ酸配列を掲載したデータベース
シロイヌナズナ蛋白質修飾部位データベース
タンパク質のマススペクトルデータより同定されたタンパク修飾部位情報の提供
SALAD Database
ゲノム内・ゲノム間で進化上保存された様々なアミノ酸配列(モチーフ)を期待値最大化法(MEME)で抽出し、その抽出モチーフの類似性・組み合わせでアノテーションを分類した比較ゲノムデータベース 開発元：農業生物資源研究所
Protein Clusters
,
タンパク質クラスタのデータベース
RefSeqに登録されているデータをBLASTを使った配列相同性に基づいてクラスタリングし、各クラスターごとにまとめたデータベース。エントリー中のそれぞれのタンパク質には系統や機能、ゲノム情報の位置などのアノテーションが付加されている。
ProDom
,
タンパク質ドメイン／ファミリー
既知のアミノ酸配列を機械的に分類し、ドメインを抽出して構築したデータベース。 SWISS-PROT, trEMBLを素材にPSI-BLASTを用いてファミリー分類を行う。 各ファミリーでマルチプルアラインメントを行ってドメインを探索する。 全アミノ酸配列を用いたProDom、決定済みゲノム由来のアミノ酸配列のみを用いたProDom-CGがある。
PRF
,
タンパク質配列・文献の辞典
タンパク質文献データベースであるPRF/LITDB、アミノ酸配列データベースであるPRF/SEQDB、合成物質データベースであるPRF/SYNDBが掲載されている。 データはいずれも文献より取得している。
PIR-PSD
,
タンパク質配列
2004年まではアミノ酸配列を収集するバンクとして機能。 現在は、UniProtの一部としてタンパク質アノテーション用リソースおよびツールを提供。 PIRSFは進化的観点からタンパク質全長配列をクラス分類したデータベース。 iProClassはUniProtKBに対して、PDB, COG, Pfam, GenBank, GEO, OMIM, PubMed, GO, DIP, Swiss-2DPAGE, KEGG などの様々な相互参照インデックスを付与したデータベース。
NRSub
,
枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。
Microbial Genome Workbench
公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。
MIPS
Databases at Munich Information Center for Protein Sequences
Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース）
,
肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果
肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。INSD(DDBJ)から抜き出した肝炎ウイルス配列の機械的な整理。メジャーアップデートに対応して更新している。
HIV感染症統合データベース(HIV-DB)
ウイルス配列はＩＮＳＤの部分集合に過ぎないが ウイルスホストの臨床情報が６００人程度分添付されているようである。微妙な数なので用途は不明。 臨床情報を見るためには登録が必要。
GENES
,
既知ゲノム上遺伝子配列
既知のゲノム上の遺伝子を公開済みデータより収集し、他のKEGGシステムと統合して利用できるようIDを割り当てた。
Cytokine Family cDNA Database (dbCFC)
,
サイトカイン遺伝子／タンパク質
サイトカイン遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報を公開データベースより収集し、ファミリーごと、遺伝子ごとに整理したデータベース。 詳細情報は全てオリジナルDBへのリンクで記載されている。（ポータルとして機能）
CluSTr - Clusters of Swiss-Prot and TrEMBL proteins
Automatic classification of SWISS-PROT+TrEMBL proteins
COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins
,
タンパク質オルソログ・グループ
ゲノムが解析された原核／単細胞真核生物のタンパク質を、オルソロググループに分類したデータベース。 グループは機能カテゴリ（GOアノテーション）ごとに分類されている。 真核生物ゲノム上で予測されたオルソログを同様に分類したデータベースはKOGとして別途公開されている。
Conserved Domains and Protein Classification
タンパク質の保存ドメインを位置特異的プロファイルとして提供している
パスウェイ - Pathway
Wnt Database
,
Wntタンパク質の辞典
Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。 生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。 シグナルパスウェイ情報（画像）あり。
The Signaling PAthway Database (SPAD)
,
シグナル伝達パスウェイの知識モデル
シグナル伝達パスウェイを収集し可視化したデータベース。 パスウェイは細胞外シグナル分子に応じて、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスに分類されている。
Pathguide
パスウェイに関するデータベース等のリソース集。データベースのタイトルとURLを、蛋白質相互作用、代謝パスウェイ、シグナル伝達などのカテゴリーから調べることが可能。それに加え、生物種、公開度、パスウェイデータの標準化法などで検索することも可能。
Macrophage Curated Database
マクロファージの分化・増殖にかかわるLPS,PMA刺激に関連する文献を基に、マクロファージ動的パスウェイをCSML形式（細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係を、システムダイナミクスを含め記述するためのXMLフォーマット）で作成したデータベース 作成元：東京大学医科学研究所 DNA情報解析分野
Kinase Pathway Database
,
キナーゼのパスウェイ
ゲノム配列決定済みの主な真核生物について、タンパク質キナーゼが収集され、クラスおよび機能、生物間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造の各情報とともに掲載されている。 タンパク間相互作用は、文献の自然言語処理により取得している。
KEGG Pathway
,
生体分子間相互作用の知識モデル
パスウェイ（分子間相互作用）マップを収集したデータベース。 代謝マップ、細胞内外情報伝達マップ、ヒト病気関連マップが収集されている。
INOH pathway database
モデル生物のパスウェイデータを文献から抽出し、コンピュータに読める形式に変換し、提供している。 SWISS-PROT とGene Ontology (GO)へのリンクもはっている。
Glycan
,
糖鎖関連パスウェイ
糖鎖の構造および関連するパスウェイをKEGG, CarbBank, 論文より収集したデータベース。 糖鎖の可能な構造を生成するツールも含まれる。 KEGG LIGANDの一部
GSCope3
,
発現データによるパスウェイのランキング
SOMによりクラスタリングされた遺伝子発現データと、KEGGパスウェイデータの相関を解析し、発現データでサポートされると思われるパスウェイをランク付けして抽出するツール。 入力として、KEGGパスウェイ、SOMクラスタ、両IDをつなぐappendixファイルが必要。
Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝
,
サイトカインのシグナルパスウェイ
サイトカインのシグナルパスウェイに関連する情報が収集されている。 ケモカインのリガンドと受容体の対応関係、受容体の立体構造およびドメイン構造、受容体の生物種間の系統関係、キナーゼの一覧と外部データベースへのリンクが掲載されている。
BRITE
,
生体システム関連相互関係の知識モデル
生体システムに関連する様々な相互関係を階層化して表現したデータベース。 遺伝子オルソログ、タンパク質ファミリー、タンパク質相互作用、化合物と反応、薬剤、病気などが含まれる。
ポータル - portal
Wnt Database
,
Wntタンパク質の辞典
Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。 生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。 シグナルパスウェイ情報（画像）あり。
Pathguide
パスウェイに関するデータベース等のリソース集。データベースのタイトルとURLを、蛋白質相互作用、代謝パスウェイ、シグナル伝達などのカテゴリーから調べることが可能。それに加え、生物種、公開度、パスウェイデータの標準化法などで検索することも可能。
Database
,
The Journal of Databases and Curation
Database: The Journal of Biological Databases and Curation provides a platform for the presentation of novel ideas in database research surrounding biological information, and aims to help strengthen the bridge between database developers and users.
医学 - Medical
The Contents Library of Medical Information
,
診断・治療情報コンテンツライブラリー
主に第一線で診療に当たる医師のためのオンライン学習コンテンツ
統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル
琉球大学遺伝性疾患データベース第9版
有機溶剤中毒症例データベース
（データベーストップページより引用） このデータベースは、日本産業衛生学会有機溶剤中毒研究会が1984年から2000年にかけて刊行した「有機溶剤中毒症例集」をベースに電子化したものです。症例を発表した文献の有無、業務上認定申請及び決定状況などは、すべて症例収集当時のもので す。また、各症例の診断はすべて症例報告者によってなされたもので、有機溶剤中毒であることが確定的な例から中毒の可能性がある例まで、幅広い診断確度の例が含まれています。
Japan Adult Cardiovascular Srgery Databese
,
日本成人心臓血管外科手術データベース
心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果
小児慢性特定疾患治療研究事業
各年度における小児慢性特定疾患治療研究事業の全国登録状況
周産期母子医療センターネットワークデータベース解析報告
2003年以降に全国の総合周産期母子医療センターおよび主要新生児医療施設に入院して治療を受けた出生体重1500g以下の新生児を対象としたデータベース。集計結果はPDFで公開されている
アトピー性皮膚炎―よりよい治療のためのEvidence-based medicine (EBM)とデータ集
厚生労働省研究班「アトピー性皮膚炎の既存治療法のEBMによる評価と有用な治療法の普及」（主任研究者：古江増隆）（2002～2004年度）による研究結果を基に作成されたデータベース。医療関係者向けのデータ集と一般向けのQ&Aから構成される。
Integrated Clinical Omics Database
,
iCOD
統合的医療データベース（integrated Clinical Omics Database: iCOD）は、網羅的かつ詳細な臨床、病理、分子情報の症例データベース。 症例一覧機能から、症例毎の詳細な情報の閲覧や、キーワード等による症例の検索が可能。 臨床オミックス解析機能では、疾患を細胞レベルから臨床レベルにいたる生命機能システムの異常として捉えるための２次元３層マップ、正則化正準相関分析を搭載。
Tropical Medicine and Health DATABASE
日本熱帯医学会誌のコンテンツデータベース
Kidney Development Database
Kidney development and gene expression
IBMD
,
統合医科学データベース
ヒトを対象とした医科学分野において、がんに関する疾患DB（東京医科歯科大、GeMDBJ）、神経難病に関する疾患DB（大阪大学）を要素データベースとして、データ交換方式、疾患情報モデル、異なる疾患分野の間で概念の関連付けを可能とする情報構造化技術、データベースのクオリティーコントロール技術・セマンティック検索、多言語環境における日本語ベース検索といった技術を開発し、散在する医科学データベースを多階層の統合医科学DBとして実証的に構築することを目的とする。
H-ANGEL
,
ヒト解剖学的遺伝子発現ライブラリデータベース
病理学 - Pathology
血液腫瘍画像データベース
匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄像・末梢血顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。
Pathology Core Pictures
,
病理各論コア画像
「医学教育モデル・コア・カリキュラム」の主旨に則り、６年間の医学教育を理解するために必要最低限の病理画像のデータベース
消化管医用画像データベース
匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている
乳腺腫瘍画像データベース
匿名化された乳腺腫瘍の症例について、超音波によるエコー像・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。
がん診療画像レファレンスデータベース
,
国立がんセンター がん診療画像レファレンスデータベース
がんの臨床画像を症例ごとに登録したデータベース。症例一覧からの検索に加え、診断名や臓器・画像の種別からの検索が可能である。
PDDB
,
the Prion Disease Database
マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量
H-ANGEL
,
ヒト解剖学的遺伝子発現ライブラリデータベース
病気,ガン - Disease,Cancer
統合がんゲノムデータベース
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
,
疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
乳腺腫瘍画像データベース
匿名化された乳腺腫瘍の症例について、超音波によるエコー像・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。
dbGaP
遺伝子型と表現型(Genotypes And Phenotypes)の関連について、GWAS(ゲノムワイド関連解析)研究などの結果を蓄積したデータベース。NCBIにより管理されており、PubMedやOMIMを引用するなど連携が図られている。
RAPID
,
アジア人原発性免疫不全症リソース
アジア諸国の主要な免疫不全病における分子改変の抄録
PrognoScan
,
遺伝子発現と癌患者予後の関連の横断検索データベース
遺伝子発現と癌患者予後の関連を横断検索するためのデータベース。 １）臨床情報の付随した癌発現プロファイルデータの網羅的なコレクション、および２）minimum P-value approachを用いた遺伝子発現に基づく生存解析ツール、 の２つの特徴を持つ。 開発機関：九州工業大学
Human p53, human hprt, rodent lacI and rodent lacZ databases
Mutations at the human p53 and hprt genes; rodent transgeniclacI andlacZ mutations
HGMD® - Human Gene Mutation Database
Known (published) gene lesions underlying human inherited disease
Cell Line Catalog
癌細胞バンクにおいて供給している癌細胞株のカタログ
Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematolo
,
腫瘍細胞遺伝学の総説
腫瘍やガン関連病の細胞遺伝学的情報や臨床情報を収集したデータベース。 遺伝子（核酸、タンパク質、変異、関連する病気）、細胞遺伝学／臨床情報（臨床像、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、複合遺伝子、融合タンパク質）、ガン関連病（遺伝モード、臨床像、腫瘍形成リスク、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、タンパク質、変異）が、それぞれ別個に収集されている。 臨床例のレポートも収集されている。
ARSA
表現型 - phenotype
GenotypeとPhenotypeの関係に関する分子生物学的な研究テーマの情報を集めたデータベース。研究データだけでなく、プロジェクトや研究者、関連論文、研究史などの情報が手に入る。
The mi-R ontology database
,
miRò
ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。
The Homeodomain Resource
,
a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family
ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。
アノテーション - Annotation
GenotypeとPhenotypeの関係に関する分子生物学的な研究テーマの情報を集めたデータベース。研究データだけでなく、プロジェクトや研究者、関連論文、研究史などの情報が手に入る。
RIKENで集められたキャッサバのcDNAに関する外部データベースを横断的に検索可能にしている。検索にはキーワード検索、BLAST検索が対応している。
データ統合検索システム（GPS:Genome-Phenome Superhighway）
fRNA Database
機能性RNAプロジェクトのデータベース群のホストサイト。RNAの二次構造予測、ncRNAのデータベース、RNAの二次構造データを追加したUCSC Genome Browser、RNAsの関連文献を集めたデータベース、RNA懐石の各種ツールがを提供している
WormBase
,
線虫ゲノム／アノテーション
C.elegansおよび他の線虫の生物学的情報を収集したデータベース。 ゲノム（構造、機能、多型、比較ゲノム）、遺伝子（構造、発現、表現型、RNAi）、系統（系統株、遺伝学、マーカー）、文献情報が収集されている。
TriFLDB:Triticeae Full-Length CDS Database
,
大麦、小麦完全長CDS配列/アノテーション
大麦、小麦の完全長CDS配列に対するアノテーションデータを提供している 完全長CDS配列の予測、ホモロジー検索、予想されたアミノ酸配列に基づいた発現タンパク質のクラスター化、ドメイン予測、gene ontologyの割り当て、イネ・トウモロコシゲノムとのホモロジーマッピングを行い、各エントリーに掲載している。
The UCSC Genome Browser Database: update 2006.
,
ゲノム自動アノテーション
ゲノム配列の公開された脊椎動物および主要なモデル生物について、機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションはその種類ごと（マーカー、BACエンドマップ位置、RefSeqエントリ、Genescan結果、ESTマップ位置など多種）にトラックとして独立に管理されている。 プロテオーム（Proteome Browser）、in-situ画像（VisiGene）は別枠になっている。
The Mouse Genome Informtics (MGI)
,
マウスゲノム／アノテーション
Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。 MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。
The Homeodomain Resource
,
a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family
ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。 注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。
SubtiWiki
,
the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki
グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌のゲノムアノテーションを行っているデータベース。wikiを利用していて、ユーザーがアノテーションを行えるようになっている。
SubtiList
,
枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対するアノテーション（遺伝子位置と機能アサインメント、参考文献へのリンク）を登録したデータベース。仏パスツール研究所によって運営されている。
Streptomyces avermitilisゲノムデータベース
,
Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション
Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。 物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。 論文(PubMed:11572948, 12692562)のsupplementデータ。
SGD - Saccharomyces Genome Database
,
酵母ゲノム／アノテーション
出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。 アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。 遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。
S.pombe genome project
,
酵母ゲノム／アノテーション
Sanger Instituteで行われた分裂酵母ゲノムプロジェクトで生成したデータを掲載したデータベース。 ゲノム配列とそのアノテーション、GOアノテーション、クローンライブラリ、マッピング用リソース（tiling path、遺伝地図、物理地図）が掲載されている。
Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS)
,
イネゲノム自動アノテーション
イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベース。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されている。
Rice Annotation Database (RAD)
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネPAC/PACコンティグ上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、イネ転写産物をマップしたデータベース。 スプライスサイトパターン、アミノ酸頻度、コドン使用頻度、遺伝子長、GOアノテーション、MIPS機能分類の集計が掲載されている。
Rat Genome Database (RGD)
,
ラットゲノム／アノテーション
ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。
RIKEN SciNeS - RIKEN Hub Database
,
理化学研究所総合データベース
国際標準に準拠したセマンティックウェブ方式でデータベースを構築することができる共通基盤システム 大規模なデータを共同研究の中で利用するための様々なデータベース間連携機能を持つ 研究者がデータを発表し、他の研究者とセキュアな情報共有を行うことが可能なバーチャルラボの構築 理研の様々な成果を閲覧できる
RAP-DB
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネゲノム上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、転写産物（イネの他、複数種の植物ESTを含む）、BAC、マーカー、変異株情報をマップしたデータベース。
PEC
,
大腸菌遺伝子の辞典
大腸菌ゲノム上の全遺伝子について、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献より分類）、関連する大腸菌株、欠失株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、他の生物種との比較結果が掲載されている。 Minimal Genome Projectにおいてゲノムを欠損させた株の情報が平行して掲載されている。 特に実験的機能解析に重要な情報を集積することを目的としている。
MaizeGDB
,
トウモロコシゲノム／アノテーション
トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。
LSDB
,
ライフサイエンス統合データベース
文部科学省「統合データベースプロジェクト」の成果をまとめたデータベース * 統合データベースの開発、運営 * 文献情報との連携やデータへの注釈付加 * 分担機関（東大、東京医科歯科大、京大）による化合物・医薬品、臨床・疾患等の医療に関わるデータベースの統合化 * 補完課題を実施する機関（理化学研究所、産業技術総合研究所、国立遺伝学研究所、九州工業大学）によるデータベース統合化の加速 * 維持困難となった有用データベースの受入 * データベース開発のための人材育成
KazusaMart
BioMartを使って、光合成細菌34生物種のゲノムデータベースを中心とした遺伝子情報を格納したデータベース 開発元：かずさDNA研究所
KazusaAnnotation
インターネットを介して遺伝子注釈を蓄積、編集、表示、共有するシステム 開発元：かずさDNA研究所
Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS)
カイコゲノム (BAC, WGSアセンブリ)上に予測された遺伝子や機能領域を公開する。 アノテーションは機械的に行われ、GeneScan, FGENESH, MZEF, SplicePredictor, BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF, tRNAscan-SE, PSORT, SOSUIが使用された。
KATANA
シロイヌナズナの遺伝子アノテーションを各種DBより収集し、まとめて検索、参照可能な形式にまとめた。
HAL
独自のアルゴリズムによりヒトゲノム中から発見した遺伝子を掲載。 各種DBに掲載されている予測遺伝子や、各種アルゴリズムによる予測結果を統合することにより遺伝子を定義している模様。 ヒト、チンパンジー、マウス、ラット、イヌ、ニワトリのデータセットあり。
H-Invitational Database
,
ヒト遺伝子アノテーション統合データベース
INSD中のcDNA配列の遺伝子単位でのクラスタ化とオーバーラップ関係の計算と分類に目視で判定を一部加えたジャンボリーの成果DB 独自の遺伝子IDを発行してる 機能情報はNCBIのOMIMやEntrezを使っているのでEntrez gene ベース。 全長ｃDNAのサブスタンシャルな部分は通産NEDOcDNAプロジェクトが公開しているも
GadFly
,
ショウジョウバエゲノム／アノテーション
ショウジョウバエゲノムプロジェクトで生成した各種データを集約したサイト。 (1) ゲノム配列およびアノテーション。 (2) in-situ hybridizationによる遺伝子発現パターン。 マイクロアレイで検証されている。 アノテーションはコントロールされた語を用いて人手で行われている。 (3) ESTおよび全長cDNA配列。 (4) トランスポゾン配列。 (5) 単一のP transposable element による遺伝子破壊株。 (6) Drosophila種間の比較ゲノム。 (7) SNPマップ。
FANTOM
,
マウス全長cDNAに関する注釈書
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベース。 （転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されている。
Ensembl
,
ゲノム自動アノテーション
ゲノム配列の公開された真核生物（特に脊椎動物）に対して機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションプラットフォーム自体も提供されており、別グループが独自のゲノムDB構築に利用している例も多い。
EICO DB
,
マウスのインプリンティング遺伝子の発現
マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。
Dr. Zompo
,
Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
DeinoBase
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database)
,
シアノバクテリア遺伝子アノテーションワークベンチ
シアノバクテリア研究コミュニティーが遺伝子アノテーションを行うためのワークベンチ。 一般ユーザはデータの検索、参照、一括ダウンロードが可能。
ArkDB
Genome databases for farm and other animals
細胞 - Cell
JCRB細胞バンク
,
Japanese Collection of Research Bioresources
JCRBは遺伝子バンク(http://genebank.nibio.go.jp/)と細胞バンク(http: //cellbank.nibio.go.jp/cellbank.html)、実験動物研究資源バンク(http: //animal.nibio.go.jp/)からなる。遺伝子バンクでは疾患・創薬研究の基盤となる研究資源の開発・保存・供給、細胞バンクでは培養細胞の寄託受け入れ・保存・配布、実験動物研究資源バンクでは、マウスの分譲、保護預かりサービスとして凍結胚・精子の作成やそれらからの生体作出を行っている。これらの資源は、JCRBをマスターバンクとし、ヒューマンサイエンス研究資源バンク（HSRRB)(http://www.jhsf.or.jp/index_b.html)を通じて国内外に有償配布される。
CellMontage
CellMontageは、遺伝子発現データベースから、発現プロファイルが類似した細胞や器官を検索するシステムです。 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
Cell Line Catalog
癌細胞バンクにおいて供給している癌細胞株のカタログ
CELLPEDIA
,
ヒト細胞データベース
CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。 各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています。 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
オルガネラ - Organelle
Organellome Database
オルガネラの画像データベース 開発元：基礎生物学研究所 高次細胞機構研究部門
Organelles Movie Database
オルガネラの動画データベース 開発元：基礎生物学研究所 高次細胞機構研究部門
Functional Analysis Database
植物オルガネラ研究のプロトコール集 開発元：基礎生物学研究所 高次細胞機構研究部門
マクロファージ - macrophage
Macrophage Curated Database
マクロファージの分化・増殖にかかわるLPS,PMA刺激に関連する文献を基に、マクロファージ動的パスウェイをCSML形式（細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係を、システムダイナミクスを含め記述するためのXMLフォーマット）で作成したデータベース 作成元：東京大学医科学研究所 DNA情報解析分野
比較ゲノム - Comparative Genomics
生物の進化関係や個体群の差異研究のために利用された配列データセットを閲覧できるデータベース。マルチプルアラインメントの結果をパラメータをいじりながらブラウザ上で確認できる。
真核生物のホモロググループのデータベース
ホモロジーと思われる配列をグループ化したものを1つのエントリーとしている。それらの配列に共通の性質を他のデータベースを利用して載せている。それぞれの配列の比較結果も見ることができる
SSDB (Sequence Similarity Database)
,
アミノ酸配列相互の比較結果
既知のゲノム上のタンパク質コーディング遺伝子について、そのアミノ酸配列を相互に比較した結果を整理したデータベース。
OmicBrowse
,
種間オミクス情報比較
複数の種間のゲノム、フェノーム、進化的なつながりを格納した、オミクスデータベース
MBGD
,
微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ
ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。
DeinoBase
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
CropNet
Genome mapping in crop plants
BodyMap-Xs
,
遺伝子発現種間比較整理
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができる. 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとってある.
低分子化合物 - Compound
代謝物標準スペクトル
,
代謝産物標準スペクトル
代謝産物(化合物）のNMRおよびMSの標準スペクトルを測定した。 検索インターフェースを通じてのみ利用できる。 「NMR標準スペクトル」との関係は明記されていない。
ゲノムネット医薬品データベース
JAPIC 医薬品添付文書情報を KEGG DRUG にある様々な情報と統合したデータベースです。 開発元：京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
PubChem Bio Assay
,
低分子化合物の生物学的なスクリーニングデータのデータベース
bio assayのデータを集めたデータベース。PubChemデータベースに登録されている低分子化合物を使った生理活性のスクリーニングデータ(プロトコルや結果のデータテーブルなど)を見ることができる。
PharmGKB
Variation in drug response based on human variation
New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN
,
新規化合物一覧
新規に発見された化合物ごとに構造式、単離した生物種、活性、文献情報を掲載している。
NMR標準スペクトル
,
NMR標準スペクトルの辞書
代謝産物(化合物）の標準NMRケミカルシフトを収集した。 SpingAssignというNMRピークアサインシステムを通じてのみ利用できる。 素材となったDBの詳細は不明だが、ExPASy Biochemical Pathways, BMRB (BioMagResBank, www.bmrb.wisc.edu), SDBS (有機化合物スペクトルデータベース, www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi), NMRShiftDB (http://www.nmrshiftdb.org/) は使用されている模様。 植物を対象としたDB利用事例の文献として17035691がある。
LigandBox
KEGG DRUGの各リガンド構造の３D画像データベース。画像は、分子シミュレーションシステムmyPrestoを使って得られた。
KNApSAcK
,
二次代謝産物データベースシステム
植物の二次代謝産物のデータベース。分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができる。 開発元：奈良先端科学技術大学院大学 比較ゲノム学講座
Drug transpoter DB
,
薬物トランスポーターに関する辞典
薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベース。 トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウス／ラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されている。
ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest
低分子化合物に関するオントロジーデータベース。IUPACの述語体系に基づいて分類されている。
3DMET : database collecting three-dimensional structures of natural metabolites.
代謝物の3次元、2次元構造データベース。化合物に関する各種の定量的な特徴も掲載している
薬物 - Medicine
ゲノムネット医薬品データベース
JAPIC 医薬品添付文書情報を KEGG DRUG にある様々な情報と統合したデータベースです。 開発元：京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
SIDER Side Effect Resource
,
薬剤の副作用情報データベース
薬剤の副作用情報を文献空のテキストマイニングによってデータベース構築している。薬剤別、副作用別に検索することができる
PubChem Substance
,
低分子の化学物質に関するデータベース
「物質」に関するデータベース 低分子化合物の情報を掲載している。投稿された物質に関する構造や薬、代謝反応、文献などの情報をまとめて見ることができる。
PharmGKB
Variation in drug response based on human variation
Drug transpoter DB
,
薬物トランスポーターに関する辞典
薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベース。 トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウス／ラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されている。
代謝産物 - Metabolic Product
代謝物標準スペクトル
,
代謝産物標準スペクトル
代謝産物(化合物）のNMRおよびMSの標準スペクトルを測定した。 検索インターフェースを通じてのみ利用できる。 「NMR標準スペクトル」との関係は明記されていない。
PubChem Substance
,
低分子の化学物質に関するデータベース
「物質」に関するデータベース 低分子化合物の情報を掲載している。投稿された物質に関する構造や薬、代謝反応、文献などの情報をまとめて見ることができる。
NMR標準スペクトル
,
NMR標準スペクトルの辞書
代謝産物(化合物）の標準NMRケミカルシフトを収集した。 SpingAssignというNMRピークアサインシステムを通じてのみ利用できる。 素材となったDBの詳細は不明だが、ExPASy Biochemical Pathways, BMRB (BioMagResBank, www.bmrb.wisc.edu), SDBS (有機化合物スペクトルデータベース, www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi), NMRShiftDB (http://www.nmrshiftdb.org/) は使用されている模様。 植物を対象としたDB利用事例の文献として17035691がある。
KNApSAcK
,
二次代謝産物データベースシステム
植物の二次代謝産物のデータベース。分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができる。 開発元：奈良先端科学技術大学院大学 比較ゲノム学講座
形態 - Form
WorTS
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Worm TS mutant Database
表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース(WorTS, Worm TS mutant Database)
SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
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出芽酵母変異株の形態
出芽酵母の変異株の形態（出芽の状態）を分類したデータベース。 形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。
Rat Brain Sections: Super-fine images
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ラットの脳の断面画像
ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。 画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。
Phenome Analysis of Ds transposon-tagging line in Arabidopsi
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シロイヌナズナトランスポゾン挿入変異株
シロイヌナズナのDsトランスポゾン挿入変異株の一覧が、変異遺伝子座とその位置（UTRかコード領域か、exonかintronか）とともに掲載されている。 変異株の形態（一次カテゴリー:8、二次カテゴリー:50）による検索も可能であるが、表現型の一覧を取得することはできない。 詳細情報の表示にはMIPSのサイトが使用されている。
MCTDB
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Medaka Craniofacial Trait DataBase
Medakaの顔貌形質（craniofacial trait）の画像データベース。新屋（遺伝研）らによる各個体の頭部画像（側面・上面・下面）の検索と閲覧が可能。HNIとHd-rRおよびそれらのF1/F2のデータを含む。任意に選択した制御点間の距離を目的形質として、値の分布の表示や正規性の検定、区間マッピングによる関連遺伝子座の推定が可能。
C. elegans RNAi Phenome Database
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線虫RNAi遺伝子破壊株
線虫のRNAi遺伝子破壊株の表現型を網羅的に収集し、表現型をあらかじめ定義された語句で記述している。 表現型をもとに遺伝子をクラスタリングした結果が掲載されており、系統樹の形式で表示される。
Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW
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脳画像データベース
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳の3D画像を、MRI断層画像より再構成して作成した。
ABA
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ホヤ発生過程の形態
カタユウレイボヤの受精卵からオタマジャクシ幼生までの発生過程の各ステージについて、形態の画像を収集したデータベース。 mid-tailbud期の３次元再構成像、細胞系譜の図、あり。
遺伝子発現 - Gene Expression
GenBankに掲載されている配列データを遺伝子別にクラスター化してエントリーとしてまとめたデータベース。染色体上へのマッピング情報や発現解析情報(組織や発現時期)、機能情報が載っている。
遺伝子の発現量や分子数のプロファイル情報データベース
遺伝子発現のプロファイル情報を検索できる。検索結果ページではサンプルごとの発源量を棒グラフで確認できる。
マウス神経細胞の遺伝子発現データベース
トランスジェニックマウスとハイブリダイゼーションを使ったマウス神経細胞の遺伝子発現データベース
シロイヌナズナの相関する遺伝子の検索ツール
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遺伝子相関検索
シロイヌナズナGeneChip遺伝子発現データをあらかじめ相関解析しておき、それを対象に検索を行うサービスを提供する。 検索キーに指定された遺伝子と相関のある遺伝子が、その相関係数、アノテーションとともに出力される。 ベースとなる相関解析結果は ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp) として別途公開されている。
ヒト免疫系細胞のSAGE遺伝子発現
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遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
ヒト免疫系細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル
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脳形成遺伝子発現DB
マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。 (2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。
線虫RNAi遺伝子機能阻害の表現型
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線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果
線虫C.elegansの生殖細胞系で特異的に発現している遺伝子について、RNAi遺伝子機能阻害を行い、その表現型を分類した。
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
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疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
ミヤコグサEST
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ミヤコグサEST Index
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のEST、3' ESTのコンセンサス配列とそのアノテーションが掲載されている。 10819328のsupplementデータ。
ヒメツリガネゴケEST遺伝子発現
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ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているヒメツリガネゴケ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンのEST配列を掲載している。
チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN)
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チンパンジー全長cDNA配列
チンパンジーの脳、肝臓、精巣、上皮組織より作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定し、その一部の全長配列を決定した。 12727913, 15677748 のsupplementデータ。
スサビノリEST
,
スサビノリEST Index
スサビノリ(Journal of Phycology)のESTとそのアノテーション(BLASTXによる)が掲載されている。 10907854, Journal of Phycology 39,923-930(2003) のsupplementデータ。
シロイヌナズナ全長cDNAクローンカタログ
,
シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているシロイヌナズナ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンの全長配列を掲載している。
クラミドモナスEST
,
クラミドモナスEST Index
クラミドモナスEST、そのコンティグ配列、コンティグに対するアノテーション(BLASTXによる)が登録されている。 11089912, Phycologia,43,722-726(2004) のsupplementデータ。
クラスタ切り出しソフトウェア
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遺伝子発現クラスタ切り出しツール
GeneChip遺伝子発現データのクラスタリング結果より、指定遺伝子を含むクラスタを指定範囲で切り出すツール。 その結果はJavaにより図示され、そこから更にツリーを参照して一部を切り出すことができる。 現在のところサーバ上に準備されているのは、理研およびMaxPlanckで行われた、シロイヌナズナのAffymetrix GeneChip遺伝子発現データである。
カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase)
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カニクイザル全長cDNA配列
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄，脾臓，膵臓，腎臓，心臓，胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供している。 また、以下のコンテンツも公開されている。 １．霊長類の進化解析のリソースとして4004遺伝子のヒト-カニクイザルアラインメント ２．カニクイザルのcDNAクローン，BACクローン，マイクロサテライトマーカーをアカゲザルゲノム上にマッピングしたゲノムブラウザ
カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ
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カタユウレイボヤ遺伝子発現
カタユウレイボヤの遺伝子発現を、ESTおよびin-situ hybridizationにより解析した結果が掲載されている。 cDNAライブラリは組織および発生ステージごとに16種類作成されている。 ESTクラスタリング結果、ゲノム（JGIより取得）へのマップ結果が掲載されている。 In-situ hybridizationは画像のほか、発現位置／ステージの記述があり、検索可能である。
カイコ完全長cDNAデータベース
,
カイコ完全長cDNA配列
カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。
yMGV - Yeast microarray global viewer
,
酵母の遺伝子発現
出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。
The mi-R ontology database
,
miRò
ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。
dbEST
,
米国ESTデータバンク
GenBank EST division として収集されているデータセット。
XDB
,
アフリカツメガエル遺伝子発現
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。
Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。２成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の検索、解析が可能。
Transcription Analysis of BY-2
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タバコ培養細胞BY-2株のEST
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果（EST相互のBLASTN検索結果）が掲載されている。
The NAISTrap database or NAISTrap データベース
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遺伝子トラップ法で破壊されたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成した。 トラップされた遺伝子の(部分)配列が、その相同性検索結果とともに掲載されている。
SilkBase
,
カイコEST遺伝子発現
カイコESTとそのライブラリ情報、BLASTXによるアノテーションが掲載されている。
STACK
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ヒトEST自動クラスタリング結果
ヒトESTおよびmRNAを、発現組織、発生ステージ、関連する病気ごとにカテゴリ分類し、各カテゴリを独自の手法でクラスタリングした結果を納めたデータベース。 Splicing variantの記述あり。 DB構築用システムも公開されている。
SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
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出芽酵母変異株の形態
出芽酵母の変異株の形態（出芽の状態）を分類したデータベース。 形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。
SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database）
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ヒト組織・細胞の遺伝子発現
「RefExA」は、ヒト正常組織、正常細胞、ガン細胞の様々な株について遺伝子発現を解析した結果が収録されている。 「LSBM GeNet」は、各種疾病状態の細胞、薬剤投与細胞の遺伝子発現解析結果が収録されている。 「HUVEC DB」は、HUVEC（ヒト血管内皮細胞）にTNF-alphaなどの刺激を与えた際の遺伝子発現変化を解析した結果が収録されている。 いずれも遺伝子発現はGeneChipを用いて解析されている。
Rice Expression Database (RED)
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イネマイクロアレイ遺伝子発現
イネcDNAマイクロアレイを用いて計測した遺伝子発現データが掲載されている。 NIAS, STAFF由来のデータの他、同マイクロアレイを用いて別プロジェクトで行った結果も含まれている。 DBの論文はTrends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
RMOS
,
Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
RGP Rice cDNA Sequence Database
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イネEST
NIASで配列決定したESTとそのクラスタリング結果が掲載されている。
RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース
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シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。 RARGEの一部。
RAFL cDNAs
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シロイヌナズナ全長cDNA配列
シロイヌナズナ全長cDNA配列とそのBLASTXアノテーションを掲載している。 RARGEの一部。
PrognoScan
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遺伝子発現と癌患者予後の関連の横断検索データベース
遺伝子発現と癌患者予後の関連を横断検索するためのデータベース。 １）臨床情報の付随した癌発現プロファイルデータの網羅的なコレクション、および２）minimum P-value approachを用いた遺伝子発現に基づく生存解析ツール、 の２つの特徴を持つ。 開発機関：九州工業大学
PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
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ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能（現在はサービス停止？）。
PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース
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シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の概要紹介
トランスポゾン変異株データベースの概要を記述したページ
PEDE
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Pig Expression Data Explorer
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないＥＳＴやｃＤＮＡ配列があるかどうか不明。ＩＮＳＤにすでに登録されているのでは？
PEDB
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前立腺の遺伝子発現
ヒトおよびマウスの前立腺における遺伝子発現をEST、マイクロアレイ、マススペクトロメトリー（タンパク）で解析し、その結果を掲載したデータベース。
NBRP-Barley
,
オオムギESTと種子の画像
3品種+野生型オオムギより発生ステージ／組織の異なる9 cDNAライブラリを作成し、そのEST解析を行い、その配列を公開している。 ESTデータはHarvESTと重複している。 また、岡山大より配布可能なGermplasm（生殖質？）の一覧表が掲載されており、その一部については、種および発芽の写真も掲載されている。 また、Corecollection と呼ばれる（遺伝的多様性を考慮した）代表的品種の一覧も掲載されている。
Mouse DNA Microarray
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マウス遺伝子発現の系統間の比較
マウスC57BL/6J株と129X1SvJ株の間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓の遺伝子発現を比較した結果を掲載している。 計測にはAgilentマイクロアレイが使用されている。 15029957のsupplementデータ。
Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes
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カタユウレイボヤ・マイクロアレイ遺伝子発現
カタユウレイボヤEST解析に用いたcDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて、embryonic retinoic acidターゲット遺伝子候補(9287)の発現プロファイルを解析した結果が掲載されている。 論文(PubMed:12828686)のsupplementデータ。 その他に、91遺伝子のin-situ hybridization画像が掲載されている。理学部物質科学科
MiBASE
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トマトEST
トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。 15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。
Medaka EST database
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メダカ遺伝子発現
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している
MAGEST
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マボヤEST
マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。
MAEDA (Micro Array Expression DAta search)
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シロイヌナズナ・マイクロアレイ遺伝子発現
7000の全長cDNAより作成したマイクロアレイを用い、シロイヌナズナ遺伝子発現を解析した。URL GEO:GSE4203, GPL3181
LeESTデータベース
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シイタケEST配列
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定、BLASTN検索結果とともに掲載。
Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME)
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イネ全長cDNA配列
イネ全長cDNA配列とそのアノテーション（相同遺伝子、クラスタリング結果、TIGR-GIコンティグへのマップ、InterProモチーフ探索結果、GOアサイン結果）が掲載されている。 12869764のsupplementデータ。
KAIKO cDNA
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カイコEST
カイコESTがcDNAライブラリ（strain、発生ステージ、組織、性別）ごとに整理されている。 各ESTによるBLASTX検索結果も掲載されている。
Integrated Rice Genome Explorer (INE)
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イネゲノム／アノテーション
イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。
HarvEST
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作物植物のEST
オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。 DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供） オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。
GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database -
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ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ挿入系統
ショウジョウバエのGal4エンハンサートラップ挿入系統について、挿入サイト、遺伝子発現パターン、表現型を解析した。 リソースの配布も行う。
GEO Dataset
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GEOのデータを実験別にまとめたデータベース
GEOのスタッフによって編集されている。同一のプラットフォーム、実験条件や後処理、であるサンプルを集めてエントリーを構築している。またGEOの種々の解析ツール(発現プロファイルやクラスタ)をエントリー中から使用することができる
GEO - Gene Expression Omnibus
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米国遺伝子発現データバンク
NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。 マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。
FANTOM4
FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態をdeepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。 （ http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp から引用） 開発元：理化学研究所 オミックス基盤研究領域
EpoDB - Erythropoiesis Database
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赤血球新生関連遺伝子
脊椎動物の赤血球新生時に発現する遺伝子とその配列、発現情報を、公開データベースより収集して整理したデータベース。
EXPRESSION
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マイクロアレイ遺伝子発現データ
マイクロアレイによる遺伝子発現データをKEGG genomeおよびKEGG pathwayへ統合することを目的として構築された。 ラン藻、枯草菌、大腸菌、ヒト、出芽酵母の発現データが登録されている。
EICO DB
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マウスのインプリンティング遺伝子の発現
マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。
Dr. Zompo
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Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DBTGR
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ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル
ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。
DART
遺伝子の解析をWeb上で行うことができるサイト、マイクロアレイデータとの比較やプライマーの設計、BLAST等を行うことが可能
Cricket EST DB and Expression DB
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コオロギEST配列
コオロギEST配列、クラスタリング結果、相同性検索結果が掲載されている。
CleanEx
Expression reference database, linking heterogeneous expression data tofacilitate cross-dataset comparisons
Ciona intestinalis EST project database
Chick Eye EST DB and Expression DB
Cancer Gene Expression Database (CGED)
ATAC-PCRによるがん関連遺伝子の発現データベース
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
CIBEX
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日本遺伝子発現データバンク
マイクロアレイによる遺伝子発現データの提供を研究者より受付け、公開している。
CAGE Expression Clustering Viewer
,
マウスCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE Expression Clustering Viewer
,
ヒトCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE
,
CAGE遺伝子発現／転写開始位置
CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。
Brain Gene Expression Database (BGED)
,
マウス脳遺伝子発現
マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。 遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。
BodyMap-Xs
,
遺伝子発現種間比較整理
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができる. 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとってある.
BodyMap
,
遺伝子発現パターン
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。
BloodSAGE
血球細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
BED (Brain EST Database)
,
マウス脳由来EST
マウス脳における遺伝子発現をEST解析により計測したデータベース。
Atlas (ISH Data Base)
,
細胞性粘菌の遺伝子発現
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。 収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。
ArrayExpress
,
欧州マイクロアレイ遺伝子発現データバンク
EBIで運営されている、マイクロアレイによる遺伝子発現データを受け付けて公開するデータベース。 アレイ（デザイン）、遺伝子発現、プロトコルをそれぞれ別個に登録できる。 現在対応するデータタイプはCHiP-chip, CGH, 遺伝子発現, タンパク質アレイ, RNAi。
Archaeal Gene Network (Arch GeNet)
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好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)のタンパク質／遺伝
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
Arabidopsis thaliana EST Index
,
シロイヌナズナEST 解析情報データベース
シロイヌナズナESTとそのアノテーション(BLASTXによる）が掲載されている。 10907847のsupplementデータ。
ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)
,
alternative splicing をリッチに含むマウスEST
マウス細胞株より構築したalternative splicingをリッチに含むライブラリの、タグシーケンスを行った。 配列はEnsemblゲノムに対してマップすることでパターン分類を行っている模様。
ARTADEdb
,
シロイヌナズナエキソンの検証結果
理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。
5'SAGE
,
ヒト5' SAGE遺伝子発現
ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。
EST
GenBankに掲載されている配列データを遺伝子別にクラスター化してエントリーとしてまとめたデータベース。染色体上へのマッピング情報や発現解析情報(組織や発現時期)、機能情報が載っている。
マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル
,
脳形成遺伝子発現DB
マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。 (2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。
クラミドモナスEST
,
クラミドモナスEST Index
クラミドモナスEST、そのコンティグ配列、コンティグに対するアノテーション(BLASTXによる)が登録されている。 11089912, Phycologia,43,722-726(2004) のsupplementデータ。
カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase)
,
カニクイザル全長cDNA配列
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄，脾臓，膵臓，腎臓，心臓，胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供している。 また、以下のコンテンツも公開されている。 １．霊長類の進化解析のリソースとして4004遺伝子のヒト-カニクイザルアラインメント ２．カニクイザルのcDNAクローン，BACクローン，マイクロサテライトマーカーをアカゲザルゲノム上にマッピングしたゲノムブラウザ
カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ
,
カタユウレイボヤ遺伝子発現
カタユウレイボヤの遺伝子発現を、ESTおよびin-situ hybridizationにより解析した結果が掲載されている。 cDNAライブラリは組織および発生ステージごとに16種類作成されている。 ESTクラスタリング結果、ゲノム（JGIより取得）へのマップ結果が掲載されている。 In-situ hybridizationは画像のほか、発現位置／ステージの記述があり、検索可能である。
カイコ完全長cDNAデータベース
,
カイコ完全長cDNA配列
カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。
dbEST
,
米国ESTデータバンク
GenBank EST division として収集されているデータセット。
XDB
,
アフリカツメガエル遺伝子発現
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。
Transcription Analysis of BY-2
,
タバコ培養細胞BY-2株のEST
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果（EST相互のBLASTN検索結果）が掲載されている。
SilkBase
,
カイコEST遺伝子発現
カイコESTとそのライブラリ情報、BLASTXによるアノテーションが掲載されている。
STACK
,
ヒトEST自動クラスタリング結果
ヒトESTおよびmRNAを、発現組織、発生ステージ、関連する病気ごとにカテゴリ分類し、各カテゴリを独自の手法でクラスタリングした結果を納めたデータベース。 Splicing variantの記述あり。 DB構築用システムも公開されている。
RGP Rice cDNA Sequence Database
,
イネEST
NIASで配列決定したESTとそのクラスタリング結果が掲載されている。
RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース
,
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。 RARGEの一部。
PEDB
,
前立腺の遺伝子発現
ヒトおよびマウスの前立腺における遺伝子発現をEST、マイクロアレイ、マススペクトロメトリー（タンパク）で解析し、その結果を掲載したデータベース。
NBRP-Barley
,
オオムギESTと種子の画像
3品種+野生型オオムギより発生ステージ／組織の異なる9 cDNAライブラリを作成し、そのEST解析を行い、その配列を公開している。 ESTデータはHarvESTと重複している。 また、岡山大より配布可能なGermplasm（生殖質？）の一覧表が掲載されており、その一部については、種および発芽の写真も掲載されている。 また、Corecollection と呼ばれる（遺伝的多様性を考慮した）代表的品種の一覧も掲載されている。
MiBASE
,
トマトEST
トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。 15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。
Medaka EST database
,
メダカ遺伝子発現
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している
MAGEST
,
マボヤEST
マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。
LeESTデータベース
,
シイタケEST配列
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定、BLASTN検索結果とともに掲載。
KAIKO cDNA
,
カイコEST
カイコESTがcDNAライブラリ（strain、発生ステージ、組織、性別）ごとに整理されている。 各ESTによるBLASTX検索結果も掲載されている。
Integrated Rice Genome Explorer (INE)
,
イネゲノム／アノテーション
イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。
HarvEST
,
作物植物のEST
オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。 DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供） オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。
Dr. Zompo
,
Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
Cricket EST DB and Expression DB
,
コオロギEST配列
コオロギEST配列、クラスタリング結果、相同性検索結果が掲載されている。
Ciona intestinalis EST project database
Chick Eye EST DB and Expression DB
BodyMap-Xs
,
遺伝子発現種間比較整理
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができる. 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとってある.
BodyMap
,
遺伝子発現パターン
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。
Atlas (ISH Data Base)
,
細胞性粘菌の遺伝子発現
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。 収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。
Arabidopsis thaliana EST Index
,
シロイヌナズナEST 解析情報データベース
シロイヌナズナESTとそのアノテーション(BLASTXによる）が掲載されている。 10907847のsupplementデータ。
ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)
,
alternative splicing をリッチに含むマウスEST
マウス細胞株より構築したalternative splicingをリッチに含むライブラリの、タグシーケンスを行った。 配列はEnsemblゲノムに対してマップすることでパターン分類を行っている模様。
PCR
Cancer Gene Expression Database (CGED)
ATAC-PCRによるがん関連遺伝子の発現データベース
Brain Gene Expression Database (BGED)
,
マウス脳遺伝子発現
マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。 遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。
SAGE, CAGE
ヒト免疫系細胞のSAGE遺伝子発現
,
遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
ヒト免疫系細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
GEO - Gene Expression Omnibus
,
米国遺伝子発現データバンク
NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。 マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。
FANTOM4
FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態をdeepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。 （ http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp から引用） 開発元：理化学研究所 オミックス基盤研究領域
CAGE Expression Clustering Viewer
,
マウスCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE Expression Clustering Viewer
,
ヒトCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE
,
CAGE遺伝子発現／転写開始位置
CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。
BloodSAGE
血球細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
5'SAGE
,
ヒト5' SAGE遺伝子発現
ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。
マイクロアレイ - micro array
シロイヌナズナの相関する遺伝子の検索ツール
,
遺伝子相関検索
シロイヌナズナGeneChip遺伝子発現データをあらかじめ相関解析しておき、それを対象に検索を行うサービスを提供する。 検索キーに指定された遺伝子と相関のある遺伝子が、その相関係数、アノテーションとともに出力される。 ベースとなる相関解析結果は ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp) として別途公開されている。
マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル
,
脳形成遺伝子発現DB
マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。 (2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。
統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
,
疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
クラスタ切り出しソフトウェア
,
遺伝子発現クラスタ切り出しツール
GeneChip遺伝子発現データのクラスタリング結果より、指定遺伝子を含むクラスタを指定範囲で切り出すツール。 その結果はJavaにより図示され、そこから更にツリーを参照して一部を切り出すことができる。 現在のところサーバ上に準備されているのは、理研およびMaxPlanckで行われた、シロイヌナズナのAffymetrix GeneChip遺伝子発現データである。
yMGV - Yeast microarray global viewer
,
酵母の遺伝子発現
出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。
Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。２成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の検索、解析が可能。
The NAISTrap database or NAISTrap データベース
,
遺伝子トラップ法で破壊されたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成した。 トラップされた遺伝子の(部分)配列が、その相同性検索結果とともに掲載されている。
SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database）
,
ヒト組織・細胞の遺伝子発現
「RefExA」は、ヒト正常組織、正常細胞、ガン細胞の様々な株について遺伝子発現を解析した結果が収録されている。 「LSBM GeNet」は、各種疾病状態の細胞、薬剤投与細胞の遺伝子発現解析結果が収録されている。 「HUVEC DB」は、HUVEC（ヒト血管内皮細胞）にTNF-alphaなどの刺激を与えた際の遺伝子発現変化を解析した結果が収録されている。 いずれも遺伝子発現はGeneChipを用いて解析されている。
Rice Expression Database (RED)
,
イネマイクロアレイ遺伝子発現
イネcDNAマイクロアレイを用いて計測した遺伝子発現データが掲載されている。 NIAS, STAFF由来のデータの他、同マイクロアレイを用いて別プロジェクトで行った結果も含まれている。 DBの論文はTrends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
RMOS
,
Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
RAFL cDNAs
,
シロイヌナズナ全長cDNA配列
シロイヌナズナ全長cDNA配列とそのBLASTXアノテーションを掲載している。 RARGEの一部。
Mouse DNA Microarray
,
マウス遺伝子発現の系統間の比較
マウスC57BL/6J株と129X1SvJ株の間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓の遺伝子発現を比較した結果を掲載している。 計測にはAgilentマイクロアレイが使用されている。 15029957のsupplementデータ。
Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes
,
カタユウレイボヤ・マイクロアレイ遺伝子発現
カタユウレイボヤEST解析に用いたcDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて、embryonic retinoic acidターゲット遺伝子候補(9287)の発現プロファイルを解析した結果が掲載されている。 論文(PubMed:12828686)のsupplementデータ。 その他に、91遺伝子のin-situ hybridization画像が掲載されている。理学部物質科学科
Medaka EST database
,
メダカ遺伝子発現
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している
MAEDA (Micro Array Expression DAta search)
,
シロイヌナズナ・マイクロアレイ遺伝子発現
7000の全長cDNAより作成したマイクロアレイを用い、シロイヌナズナ遺伝子発現を解析した。URL GEO:GSE4203, GPL3181
GEO - Gene Expression Omnibus
,
米国遺伝子発現データバンク
NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。 マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。
EXPRESSION
,
マイクロアレイ遺伝子発現データ
マイクロアレイによる遺伝子発現データをKEGG genomeおよびKEGG pathwayへ統合することを目的として構築された。 ラン藻、枯草菌、大腸菌、ヒト、出芽酵母の発現データが登録されている。
EICO DB
,
マウスのインプリンティング遺伝子の発現
マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DART
遺伝子の解析をWeb上で行うことができるサイト、マイクロアレイデータとの比較やプライマーの設計、BLAST等を行うことが可能
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
CIBEX
,
日本遺伝子発現データバンク
マイクロアレイによる遺伝子発現データの提供を研究者より受付け、公開している。
ArrayExpress
,
欧州マイクロアレイ遺伝子発現データバンク
EBIで運営されている、マイクロアレイによる遺伝子発現データを受け付けて公開するデータベース。 アレイ（デザイン）、遺伝子発現、プロトコルをそれぞれ別個に登録できる。 現在対応するデータタイプはCHiP-chip, CGH, 遺伝子発現, タンパク質アレイ, RNAi。
Archaeal Gene Network (Arch GeNet)
,
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)のタンパク質／遺伝
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
ARTADEdb
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シロイヌナズナエキソンの検証結果
理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。
画像 - Image
魚類写真資料データベース
このデータベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています 2006年7月 収録写真件数を40,000件から54,583件 に増やしました。
病原真菌（カビ，酵母，キノコ）・放線菌の画像一覧
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真菌・放線菌ギャラリー
ナショナルバイオリソースプロジェクトで研究された病原真菌・放線菌の画像を公開しているサイト。種によってコロニー、光顕、電顕と写真の種類が 異なる
牧野標本館タイプ標本データベース
植物細菌病の診断と病原細菌の同定
日本産糸状菌類図鑑
農業環境に生息する糸状菌の情報を格納したデータベースです。 一覧表より各糸状菌の分類、形態(画像付)等の解説情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
日本産アリ類画像データベース
哺乳類頭蓋の画像データベース
乳腺腫瘍画像データベース
匿名化された乳腺腫瘍の症例について、超音波によるエコー像・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化している。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されている。
JCB DataViewer
Journal of Cell Biology(JCB) 誌に掲載された論文に含まれる顕微鏡画像などを閲覧できる。
Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW
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脳画像データベース
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳の3D画像を、MRI断層画像より再構成して作成した。
BioImage
,
生物学的画像データバンク
生物学的に有用な画像（特に顕微鏡写真）を研究者より受け付けてデータベース化し、それを公開している。 画像登録時には付随する書誌情報をメタデータとして登録する。 マルチスライス画像にも対応。
相互作用 - Interaction
タンパク質−リガンド相互作用の辞書
,
生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT
タンパク質－リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベース。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されている。
タンパク質間相互作用 (PPI)
ゲノムネットワークプラットフォーム
文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」のゲノム機能情報の解析で得られた成果の中で、ヒト･マウスcDNAのCAGEタグシーケンシングデータ、及び酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用データのデータベース
アミノ酸・塩基相互作用データベース
PDBより核酸を含むエントリを抽出し、核酸－アミノ酸相互作用の有無で検索できるよう整理した。
Transcription Product Database (TraP)
The Signaling PAthway Database (SPAD)
,
シグナル伝達パスウェイの知識モデル
シグナル伝達パスウェイを収集し可視化したデータベース。 パスウェイは細胞外シグナル分子に応じて、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスに分類されている。
The Homeodomain Resource
,
a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family
ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。
ProNIT
,
タンパク質−核酸間の熱力学的相互作用の知識モデル
タンパク質－核酸間の実験的に決定された熱力学的相互作用を収集したデータベース。 タンパク質側情報、核酸側情報、文献情報、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が収集されている。
PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。
PLACE
,
植物シスエレメントの知識モデル
植物のシスエレメントのモチーフを文献より収集したデータベース。 全データのダウンロード可能。
LIGAND
,
生体関連化学物質
生命現象に関連した化学物質とその反応を収集したデータベース。 COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME(Enzyme Nomenclature由来) よりなる。
Kinase Pathway Database
,
キナーゼのパスウェイ
ゲノム配列決定済みの主な真核生物について、タンパク質キナーゼが収集され、クラスおよび機能、生物間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造の各情報とともに掲載されている。 タンパク間相互作用は、文献の自然言語処理により取得している。
KEGG Pathway
,
生体分子間相互作用の知識モデル
パスウェイ（分子間相互作用）マップを収集したデータベース。 代謝マップ、細胞内外情報伝達マップ、ヒト病気関連マップが収集されている。
KEGG
,
KEGGシステムポータルサイト
KEGGシステム全体のトップページ。 配下にPATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, DRUG, CLYCAN, REACTION, KAASがある。
INOH pathway database
モデル生物のパスウェイデータを文献から抽出し、コンピュータに読める形式に変換し、提供している。 SWISS-PROT とGene Ontology (GO)へのリンクもはっている。
Genomic Object Net Pathway Database
パスウェイをマッピングするためのツール
GLIDA
,
Gタンパク質共役レセプタ−リガンド相互作用
Gタンパク質共役レセプタとリガンドの相互作用が公開データベースより収集され結合されている。
Database of genomes and transcriptional regulations for fila
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麹菌のEST
いくつかの条件下で麹菌cDNAライブラリを作成し、その5' ESTを決定した。 配列はFASTA相同性検索を通じてのみアクセス可能。 プロモータ解析を行う予定のようで、そのためのゲノムクローンの構築方法が記載されている。 その他、Aspergillus nidulansのコスミドクローン(1クローン)の配列が掲載されている。
Database of Base-Amino Acid Interactions
(From top page) Database of Base-Amino Acid Interactions enables users to find pairs of bases and amino acids that are within a threshold distance in a given protein-nucleic acid complex structure.
DPInteract
,
大腸菌DNAタンパク質結合サイトの注釈書
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベース。 既知のサイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されている。 各サイトにはアノテーションが行われている。
DIP - Database of Interacting Proteins
,
タンパク質相互作用の注釈書
タンパク質間相互作用の実験的証拠を文献より収集、整理したデータベース。 実験手法をベースに各エントリの信頼性を評価し、最も信頼できるサブセットをCOREとして準備している。
DBTGR
,
ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル
ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。
Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝
,
サイトカインのシグナルパスウェイ
サイトカインのシグナルパスウェイに関連する情報が収集されている。 ケモカインのリガンドと受容体の対応関係、受容体の立体構造およびドメイン構造、受容体の生物種間の系統関係、キナーゼの一覧と外部データベースへのリンクが掲載されている。
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
BRITE
,
生体システム関連相互関係の知識モデル
生体システムに関連する様々な相互関係を階層化して表現したデータベース。 遺伝子オルソログ、タンパク質ファミリー、タンパク質相互作用、化合物と反応、薬剤、病気などが含まれる。
Androgen Receptor Gene Mutations Database
,
アンドロゲンレセプター遺伝子変異データベース
アンドロゲンレセプターの変異に関する総合的な情報(文献、部位、相互作用情報等)を画像やPDF形式で提供している。
タンパク-低分子化合物
タンパク質−リガンド相互作用の辞書
,
生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT
タンパク質－リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベース。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されている。
PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。
LIGAND
,
生体関連化学物質
生命現象に関連した化学物質とその反応を収集したデータベース。 COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME(Enzyme Nomenclature由来) よりなる。
GLIDA
,
Gタンパク質共役レセプタ−リガンド相互作用
Gタンパク質共役レセプタとリガンドの相互作用が公開データベースより収集され結合されている。
タンパク質-タンパク質 - protein-protein
タンパク質間相互作用 (PPI)
PiSITE
,
タンパク質相互作用部位データベース
PDBを利用した蛋白質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベース
PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。
DIP - Database of Interacting Proteins
,
タンパク質相互作用の注釈書
タンパク質間相互作用の実験的証拠を文献より収集、整理したデータベース。 実験手法をベースに各エントリの信頼性を評価し、最も信頼できるサブセットをCOREとして準備している。
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
核酸-タンパク - nucleic acid - protein
アミノ酸・塩基相互作用データベース
PDBより核酸を含むエントリを抽出し、核酸－アミノ酸相互作用の有無で検索できるよう整理した。
ProNIT
,
タンパク質−核酸間の熱力学的相互作用の知識モデル
タンパク質－核酸間の実験的に決定された熱力学的相互作用を収集したデータベース。 タンパク質側情報、核酸側情報、文献情報、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が収集されている。
PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databas
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されている。
Database of Base-Amino Acid Interactions
(From top page) Database of Base-Amino Acid Interactions enables users to find pairs of bases and amino acids that are within a threshold distance in a given protein-nucleic acid complex structure.
DPInteract
,
大腸菌DNAタンパク質結合サイトの注釈書
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベース。 既知のサイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されている。 各サイトにはアノテーションが行われている。
脂質 - Lipid
LipidBank
,
脂質データベース
日本脂質生化学会の公式データベース。生理活性脂質について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集している。 構造はChemDraw形式で提供される。こちらは旧サイトで新しいデータベースはwikiで公開されている。(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)これはmediawikiに独自の検索システムを追加したもので、登録したユーザによってページを直接編集できる。
マーカー分子 - Marker Molecule
Biomarker Candidates
,
バイオマーカー検索サービス
任意のキーワードより、それに対応するバイオマーカーの候補を検索するサービス（それをサポートするDB）。 ユーザ指定のキーワードを、医学系ドキュメント（由来はMedline, OMIM, PPI）より全文検索し、ヒットしたドキュメントに特異的に現れる化合物をマーカー候補としてリストアップする。 同時に、キーワードに対する遺伝子／タンパク質を同様に検索し、さらにその遺伝子／タンパク質に対応する化合物を検索し、ヒット結果をマーカー候補とする。 ドキュメント中のヒット化合物の名称の位置を参照できる。
RNA
tRNADB-CE
,
エキスパートがキュレートしたtRNAのDB
難培養性微生物由来の断片ゲノム配列を含む原核生物の大半のDNA配列を対象に、学生が中心となって3種類のプログラム(tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder)でtRNA遺伝子の候補配列を推定し,プログラム間で差異の生じている場合（全候補配列の約3％）については、3名のtRNA実験分野のエキスパート （井口八郎・元京都大学教授、武藤昱・弘前大学名誉教授、山田優子・元自治医科大学講師）が精査を行った後にtRNAとしてデータベースに収録した。断片ゲノム配列をも解析対象に加えているので、14万件以上のtRNA遺伝子を収録しており、従来のデータベースの4倍量の遺伝子を収録している。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの成果。
snoOPY
10種の生物のsnoRNA(核小体低分子RNA)を収集した。
ncRNAs database
Noncoding RNAs with regulatory functions
miRBase
Database of microRNAs (small noncoding RNAs)
fRNAdb
,
機能性RNAの配列・文献情報データベース
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果のデータベースの一つ。既知、及び新規機能性RNAの配列情報や文献情報のデータベース
fRNA Database
機能性RNAプロジェクトのデータベース群のホストサイト。RNAの二次構造予測、ncRNAのデータベース、RNAの二次構造データを追加したUCSC Genome Browser、RNAsの関連文献を集めたデータベース、RNA懐石の各種ツールがを提供している
Yeast snoRNA Database
,
出芽酵母snoRNA
出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。
UCSC GenomeBrowser for Functional RNA
,
機能性RNAのUCSC GenomeBrowser表示DB
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果の中で、UCSC GenomeBrowser上に機能性RNAを表示するデータベース
The tmRNA website
,
tmRNAの注釈書
tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。
The tmRDB and SRPDB resources.
,
tmRNA
tmRNA（tRNAとmRNA両方の機能を持つ安定な低分子RNAで、バクテリアに広く存在する）、SRP RNA (signal recognition particle RNA) 、proteolysisタグペプチド、関連タンパク質を収集したデータベース。 各配列のほか、マルチプルアラインメント、トポロジー構造（tmRNA, SRP RNAのみ）、立体構造が収録されている。
Ribosomal Database Project (RDP-II)
,
rRNA配列
既知のrRNA配列をGenBankより収集したデータベース。 同時に提供されているアラインメントは配列と２次構造の両方を考慮する独自のアルゴリズムで構築されている。 生物種分類の階層をベースにエントリを整理したブラウザあり。
RNAmod db
RNA modification db
RNABase
RNA-containing structures from PDB and NDB
RNA Modification Database
Naturally modified nucleosides in RNA
RNA Bibliography
RNAに関する文献データベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
Plant snoRNA DB
snoRNA genes in plant species
5S Ribosomal RNA Database
5S rRNA sequences
miRNA
The mi-R ontology database
,
miRò
ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
rRNA
5S Ribosomal RNA Database
5S rRNA sequences
tRNA
tRNADB-CE
,
エキスパートがキュレートしたtRNAのDB
難培養性微生物由来の断片ゲノム配列を含む原核生物の大半のDNA配列を対象に、学生が中心となって3種類のプログラム(tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder)でtRNA遺伝子の候補配列を推定し,プログラム間で差異の生じている場合（全候補配列の約3％）については、3名のtRNA実験分野のエキスパート （井口八郎・元京都大学教授、武藤昱・弘前大学名誉教授、山田優子・元自治医科大学講師）が精査を行った後にtRNAとしてデータベースに収録した。断片ゲノム配列をも解析対象に加えているので、14万件以上のtRNA遺伝子を収録しており、従来のデータベースの4倍量の遺伝子を収録している。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの成果。
文献 - Reference
GenotypeとPhenotypeの関係に関する分子生物学的な研究テーマの情報を集めたデータベース。研究データだけでなく、プロジェクトや研究者、関連論文、研究史などの情報が手に入る。
生物学文献のアブストラクトや引用文献情報データベース
医学・生理学の文献を検索することが可能なデータベース。MEDLINEを使用し文献のアブストラクト情報を掲載している。 さらにMEDLINEには載っていない引用文献リストや関連文献リストも掲載している
ヒト遺伝子疾患データベース
ヒトの遺伝子疾患情報が載っていて、表現型と遺伝子型の関連について調べることができるデータベース
動物遺伝子疾患データベース
ヒト、マウスを除く動物の遺伝子疾患情報をテキストとして載せているデータベース。 OMIMやPubMed、NCBI Phenotypeデータベースへのリンクも貼っている
老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
ライフサイエンス分野の用語の辞書
,
ライフサイエンス辞書
ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書。 英和検索、和英検索、共起検索が可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できる。
The Gene Ontology (GO) project in 2006.
,
遺伝子オントロジーの知識モデル
遺伝子、遺伝子の産物、配列を記述するのに使用する、構造化されコントロールされた語彙を提供するデータベース。
RNA Bibliography
RNAに関する文献データベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
Parsed MEDLINE® data download service
MEDLINE全体（2005年9月現在。1500万アブストラクト、14億語）のテキストをHPSGパーザーEnjuで解析した結果。リクエストベースで公開。（リクエスト先メールアドレス：genia@is.s.i-tokyo.ac.jp）
Mesh
,
生物学の用語集
PubMedで検索用用語あるいはカテゴリとして各文献に付けられているNLMで統制された生物学用語を構築しているデータベース。用語集は階層構造によって各用語が関連付けられている。
Info-Pubmed
GENA (Gene Name Dictionary)
遺伝子の類義語リストを遺伝子別にまとめているサイト
FACTS
,
マウスcDNA−文献リンク
理研マウス全長cDNAクローンに対して文献情報をマップしたデータベース。 配列より相同性検索で予測された機能と、文献よりキーワードベースで取得された機能情報を連結することで構築されている。
糖鎖 - Sugar chain
糖鎖抗原と抗体の辞書
,
糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope)
糖鎖抗原とそれを認識する抗体を収集した辞書。 抗原側情報としては、糖鎖、それを認識する抗体、それを持つ糖タンパク質、それを部分構造とする糖脂質、その生合成および分解に関する酵素が収集されている。 抗体側情報としては、抗体、それが認識する糖鎖の配列、それを用いたimmunoprecipitation, immunobloting, histochemistry実験例、入手先が収集されている。
JCGGDB
,
日本糖鎖科学統合データベース
まずは、産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース I.質量分析装置による糖鎖構造解析のスペクトルDB (GMDB : GlycoMass Database) II.レクチンDB( LfDB : Lectin frontier Database) III.レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB( LfDB : Lectin frontier Database) IV.糖鎖関連遺伝子DB (GGDB:GlycoGene Database) V.糖転移酵素の基質特異性に関するDB(KEM-C) VI.マウス・線虫等のN型糖タンパク質DB (GlycoProtDB : GlycoProtein Database) を公開し統合を開始します。平成20年度から新たに3大学(立命館大学、名古屋市立大学、名古屋大学)1団体(LipidBank構築委員会)がプロジェクトに加わりました。各機関の糖鎖関連DBと産総研のDBを順次統合して行きます。糖鎖に関するリソース（データ・モデル生物等）を所有している研究機関・大学・企業・団体からのご参加をお待ち致しております。 （ http://jcggdb.jp/seturitu.html から引用） 開発元：産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター
Glycoconjugate Data Bank:Structure
,
糖鎖構造データベース
Glycan
,
糖鎖関連パスウェイ
糖鎖の構造および関連するパスウェイをKEGG, CarbBank, 論文より収集したデータベース。 糖鎖の可能な構造を生成するツールも含まれる。 KEGG LIGANDの一部
GALAXY
,
N型糖鎖の構造
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載する。
生物種 - Organism species
動物界 - Animalia
扁形動物門 - Platyhelminthes
Full-Echinococcosis
,
エキノコックス完全長cDNAデータベース
棘皮動物門 - Echinodermata
SpBase
,
ウニゲノムデータベース
ウニや関連する棘皮動物のゲノム情報データベース
脊索動物門 - Chordata
哺乳類 - Mammalia
マウス - Mouse
マウス脳形成過程遺伝子発現プロファイル
,
脳形成遺伝子発現DB
マウスの出生後の小脳形成過程(2001)、もしくは胚の脳形成過程(2005)における遺伝子発現プロファイルをAffymetrix GeneChipで測定した。 (2001)はPubMed:15018818の、(2005)はPubMed:15893606のsupplementデータ。
老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
マウス遺伝子発現データベース (READ)
マウス系統検索
マウスDNAブック
Immunostaining images of whole mouse sections by all matrix proteins
,
mouse basement membrane bodymap
４４種のマトリックス蛋白に対すポリorモノクロ抗体を用意し E16.5マウス胎児の全身矢状面と頭のセクションを免疫組織染色 カラー画像と注釈のＤＢ 臓器名と蛋白名で画像検索 list of target proteins http://www.matrixome.com/bm/EnterBodymap/Protein/protein.asp
The NAISTrap database or NAISTrap データベース
,
遺伝子トラップ法で破壊されたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成した。 トラップされた遺伝子の(部分)配列が、その相同性検索結果とともに掲載されている。
The Mouse Genome Informtics (MGI)
,
マウスゲノム／アノテーション
Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。 MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。
ROUGE
,
マウス未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたクローン(mKIAA/mFLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 HUGEのマウス版。
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
PhenoSITE :Phenotype Semantic Information with Terminology of Experiments
,
マウス変異株の表現型の記述の統一規則
マウス変異株の表現型を記述する語句をGOに類似の形式で階層的に定義している。 Simple category for GSC mouse, Extend representation build of GSCMPE, Mammalian Phenotype （Jackson Lab.のMGIで使用、マウスに限定されない模様）, Mouse adult grossanatomy の4カテゴリーから構成される。 表現型スクリーニングの標準手法（プロトコル）、および、その際に使用する語句も定義されている。 対象となるのは理研で構築されたENU誘導マウス変異株で、その表現型と染色体マップ結果の対応テーブルが掲載されている。
PDDB
,
the Prion Disease Database
マウスのプリオン病に関するデータベース。このデータベースに掲載されているのは(1)マウス株とプリオン株を組み合わせた時のマウスの病態の経時変化(2)PrPScの脳内デの蓄積量
NIG Mouse Phenotype Database
,
遺伝研マウス表現型データベース
マウスの異なる系統から得られた表現型の観測データをデータベースにしたもの 開発元：国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室
NIG Mouse Genome Database
,
遺伝研マウスゲノムデータベース
マウスのMSM系統のゲノムデータベース 開発元：国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室
MusBanks
,
マウス変異株のポータルサイト
任意のキーワードから、対応する遺伝子およびその変異株を検索・推論するサービスを提供する。 推論の仕組みにはPosMedを使用している。 最初に指定キーワードをMEDLINE検索する。 次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けを行う。 さらに、各遺伝子に対応した変異株を出力する。 遺伝子、変異株の一覧はシステム中にDBとして持っていると思われる。
Mouse Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ)
,
マウスマイクロサテライト
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。 マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。 特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。
Mouse Genome Databases
Mouse DNA Microarray
,
マウス遺伝子発現の系統間の比較
マウスC57BL/6J株と129X1SvJ株の間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓の遺伝子発現を比較した結果を掲載している。 計測にはAgilentマイクロアレイが使用されている。 15029957のsupplementデータ。
MGC - Mammalian Genome Collection
Full-length open reading frame clones for human, mouse, and rat genes
IMSR (International Mouse Strain Resources)
,
国際マウス系統データベース
米ジャクソン研究所と英Medical Research Councilによって設立された、世界最大のマウス系統データベース。
IGTC (International Gene Trap Consortium)
遺伝子トラッピング法(Gene trapping) とは、ES細胞のゲノム配列にトラップベクターをランダムに挿入し、一部の遺伝子の機能を喪失した細胞株を得る手法である。 IGTCではこの方法によって変異が挿入されたマウスES細胞株が約38.5万件、遺伝子数では約14000件が登録されている(2009年9月現在)。遺伝子の機能解析に有用
FREP
,
マウスcDNA機能リピート配列
マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。
FANTOM4
FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態をdeepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。 （ http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp から引用） 開発元：理化学研究所 オミックス基盤研究領域
FANTOM3 (Functional Annotation of Mouse 3)
FANTOM
,
マウス全長cDNAに関する注釈書
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベース。 （転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されている。
ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (location list
,
マウス突然変異株の変異遺伝子と位置
同上。 こちらは染色体上の位置でソートしたリスト。
ENU-based gene-driven mutagenesis in progress (gene-name lis
,
マウス突然変異株の変異遺伝子と位置
ENUで誘導されたマウス変異株を、遺伝子上の変異を基準にして選別し、リストアップしている。 「表現型スクリーニングによる変異株ライブラリ」構築時に、致死もしくは不妊が原因でG2株構築に至らなかったG1個体の精子を素材としている。 リソースの配布も行う。 変異遺伝子の名称でソートしたリスト。
EICO DB
,
マウスのインプリンティング遺伝子の発現
マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。
EGTC
,
遺伝子トラップ法でトラップされたマウス遺伝子
マウスES細胞に対して新規遺伝子トラップ系(exchangable gene trap system)を用いてトラップクローンを作成した。 それをもとに遺伝子導入もしくは破壊を行い、系統化したリソース（卵、精子）は配布されている。 トラップされた遺伝子のタグ配列、相同性検索結果、変異系統の情報が掲載されている。
DoTS (Database Of Transcribed Sequences)
ヒト、マウスのゲノム・EST・転写産物のデータベース
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB)
,
マウス小脳遺伝子発現
マウス小脳における出生後の遺伝子発現を様々な手法で解析した結果が掲載されている。 試用された手法はfluorescence differential display、cDNA microarray、GeneChipで、小脳で発現している遺伝子についてはRT-PCR、in-situ hybridizaionで詳細にパターンを調べている。 in-situの結果は画像で表示され、語句による記述は見当たらない。
CREAT portal
,
マウスmKIAA遺伝子発現、タンパク質発現、タンパク質相互作用
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。 ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。 また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベース） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベース）
CARD R-BASE
保存されているマウス（Inbred, Spontaneous/Chemical induced mutant, Transgenic, Targeted mutant, Gene trap, Insertion mutant）の系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関するデータに加え、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する 命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報が掲載されている。
CAGE Expression Clustering Viewer
,
マウスCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE
,
CAGE遺伝子発現／転写開始位置
CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。
Brain Gene Expression Database (BGED)
,
マウス脳遺伝子発現
マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。 遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。
BodyMap
,
遺伝子発現パターン
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。
BED (Brain EST Database)
,
マウス脳由来EST
マウス脳における遺伝子発現をEST解析により計測したデータベース。
AllGenes
Human and mouse gene index integrating gene, transcript, andproteinannotation
ASSETs (Alternative Splicing Sequence Enriched Tags)
,
alternative splicing をリッチに含むマウスEST
マウス細胞株より構築したalternative splicingをリッチに含むライブラリの、タグシーケンスを行った。 配列はEnsemblゲノムに対してマップすることでパターン分類を行っている模様。
A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC
マウスの変異体の構築、及び表現型の変化のデータベース
ラット - Rat
ラット系統検索
Rat Genome Database (RGD)
,
ラットゲノム／アノテーション
ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。
Rat Brain Sections: Super-fine images
,
ラットの脳の断面画像
ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。 画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
MGC - Mammalian Genome Collection
Full-length open reading frame clones for human, mouse, and rat genes
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
ブタ - Pig
Swine Marker Viewer
,
ブタマーカービューア
ブタのマーカ情報を格納したデータベースです。 キーワード等の絞り込み検索により、マーカの解析情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)
Swine Linkage Map Viewer
,
ブタ連鎖地図
ブタの連鎖解析により得られたマーカ情報を格納したデータベースです。 グラフィカルな連鎖地図ビューアによりマーカの連鎖位置や解析情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
Pig genomics infromation system
中国とデンマークの共同ゲノムプロジェクトのポータル的なページ。 ゲノム配列とＥＳＴ配列がプロジェクト由来データでゲノムアノテーション的なことをしてる。 配列データはすべてINSDにあるようです。
PEDE
,
Pig Expression Data Explorer
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないＥＳＴやｃＤＮＡ配列があるかどうか不明。ＩＮＳＤにすでに登録されているのでは？
Additional data for SSRH
,
ブタ放射線雑種細胞パネル
ブタの放射線雑種細胞パネル(SSRH)情報を格納したデータベースです。 SSRHデータのダウンロードや、グラフィカルなビューアによるSSRH地図情報を参照できます。 (AgriTogoより引用)
霊長類 - Primate
チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN)
,
チンパンジー全長cDNA配列
チンパンジーの脳、肝臓、精巣、上皮組織より作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定し、その一部の全長配列を決定した。 12727913, 15677748 のsupplementデータ。
カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase)
,
カニクイザル全長cDNA配列
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄，脾臓，膵臓，腎臓，心臓，胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供している。 また、以下のコンテンツも公開されている。 １．霊長類の進化解析のリソースとして4004遺伝子のヒト-カニクイザルアラインメント ２．カニクイザルのcDNAクローン，BACクローン，マイクロサテライトマーカーをアカゲザルゲノム上にマッピングしたゲノムブラウザ
Silver Project (Ape Genome Sequencing)
,
類人猿ゲノム配列／種間比較結果
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
NBRP Japanese Monkey
,
NBRP ニホンザル
ニホンザルの提供依頼の受付やシンポジウム・サル取り扱い講習の告知などを行っているが、Web上からアクセスできる系統・個体情報などはない。自然科学研究機構 生理学研究所によって運営されている。
Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW
,
脳画像データベース
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳の3D画像を、MRI断層画像より再構成して作成した。
ヒト - Human
HSGに見つかるタンパク質
,
ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載している。 各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定している。
ヒト免疫系細胞のSAGE遺伝子発現
,
遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
ヒト免疫系細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
遺伝子多様性データベース公開システム (GDBS)
タイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報、および感受性候補領域の詳細情報についてのデータベースに加え、解析に用いたソフトウェアを公開している。
老人病SNPデータベース
,
老年病に関連する多型
東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の性別、年齢区分、病態、多型を掲載する。 これらの情報は、GEAD (geriatric autopsy database) という別データベースとして収集されており、ここには前述データのほか、喫煙歴、アルコール摂取歴、病理所見、アテローム性動脈硬化の程度が記載されている。
疾患に関連する多型、遺伝子発現、タンパク質発現
,
疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)
アルツハイマー、胃ガン、糖尿病、高血圧、喘息に関連する多型(SNP)、遺伝子発現(GeneChipによる)、タンパク質発現(2D-DIGE, LC-MS/MS) が掲載されている。 限定的な患者情報（性別、年齢区分、居住県、病歴、喫煙歴）も掲載されている。 一部の情報の参照にはユーザー登録が必要。
完全長cDNAデータベース (FLJ-DB)
経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られた、オリゴキャップ法の完全長ヒトcDNAクローンの配列決定による3万個の完全長cDNA配列のデータベース
ヒト疾患関連変異
,
ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース
ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM, GDB, (おそらく)文献より収集し、その位置を染色体上に、発祥部位をヒト身体/臓器にマッピングした。 変異による遺伝子構造の変化(アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されている。 疾患ごとに7種のサブDBが構築されている。（KMaiDB, KMboodDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMmuscleDB, KMsyndromeDB）
ヒト新規遺伝子候補データベース
ヒトゲノムにプログラムDIGITを適用して探索した遺伝子候補のリスト。
mutview
遺伝病情報をビジュアル(染色体や臓器の画像を使って)で検索することができる。配列データベースやOMIMなどへのリンク情報ももつ
The mi-R ontology database
,
miRò
ヒトのmiRNAと表現型を関連付けたデータベース。複数のデータベースを統合して、データマイニングで解析を行う。
Integrated Clinical Omics Database
,
iCOD
統合的医療データベース（integrated Clinical Omics Database: iCOD）は、網羅的かつ詳細な臨床、病理、分子情報の症例データベース。 症例一覧機能から、症例毎の詳細な情報の閲覧や、キーワード等による症例の検索が可能。 臨床オミックス解析機能では、疾患を細胞レベルから臨床レベルにいたる生命機能システムの異常として捉えるための２次元３層マップ、正則化正準相関分析を搭載。
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
PrognoScan
,
遺伝子発現と癌患者予後の関連の横断検索データベース
遺伝子発現と癌患者予後の関連を横断検索するためのデータベース。 １）臨床情報の付随した癌発現プロファイルデータの網羅的なコレクション、および２）minimum P-value approachを用いた遺伝子発現に基づく生存解析ツール、 の２つの特徴を持つ。 開発機関：九州工業大学
PicSNP/A Catalog of Non-Synonymous SNP
,
ヒト非同義置換SNP
非同義置換SNPを機械的に収集した。 素材はNCBIヒトゲノムドラフト配列のアノテーションで、そのFeatureに記述された遺伝子配列およびSNPをSwissProtと比較して非同義置換SNPを選別している。 該当遺伝子のGOによる分類結果も掲載されている。
KMsyndromeDB
MutationViewのサブDBで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載する。
KMmuscleDB
MutationViewのサブDBで、デュシャンヌ型筋ジストロフィー、福山型先天性筋ジストロフィーに関するデータを掲載する。
KMheartDB
MutationViewのサブDBで、心筋症に関するデータを掲載する。
KMeyeDB
MutationViewのサブDBで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載する。
KMearDB
MutationViewのサブDBで、聴覚障害に関するデータを掲載する。
KMcancerDB
MutationViewのサブDBで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載する。
KMbrainDB
MutationViewのサブDBで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載する。
KMbloodDB
MutationViewのサブDBで、慢性骨髄性白血病に関するデータを掲載する。
KMaiDB
MutationViewのサブDBで、APECED, APT1(自己免疫関連疾患とその関連遺伝子？）に関するデータを掲載する。 情報源は文献 論文で報告のあったメンデル病の変異の座標を共通の座標にまとめてマップしなおす手作業でできている
JSNP
,
日本人の遺伝子多型
日本人集団において、遺伝子もしくはその近傍に一般的に見られる多様性を収集したデータベース。
JMDBase/Japan Metabolic disease DataBase
,
ヒト代謝性疾患関連SNP
ヒトの代謝性疾患(特に高血圧、糖尿病）に関連するSNPを独自のアルゴリズムで検出した。 15716494は手法の有効性に関する論文で、5遺伝子・3人種（日本人、米国黒人、白人）で検証している。
IBMD
,
統合医科学データベース
ヒトを対象とした医科学分野において、がんに関する疾患DB（東京医科歯科大、GeMDBJ）、神経難病に関する疾患DB（大阪大学）を要素データベースとして、データ交換方式、疾患情報モデル、異なる疾患分野の間で概念の関連付けを可能とする情報構造化技術、データベースのクオリティーコントロール技術・セマンティック検索、多言語環境における日本語ベース検索といった技術を開発し、散在する医科学データベースを多階層の統合医科学DBとして実証的に構築することを目的とする。
HUGE - Human Unidentified Gene-Encoded large proteins
,
ヒト未同定長鎖cDNA配列／アノテーション
かずさヒトcDNAプロジェクトで得られたクローン(KIAA/FLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 本来の目的は、巨大タンパク（50kDa以上）に対応する未同定遺伝子の解析。 cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、Pfam, SOSUIによるモチーフ探索結果が登録されている。
HOWDY
,
ヒトゲノム自動アノテーション
世界で公開されているデータベース中のヒトゲノムデータを収集し、染色体上に各エントリを貼り付けることで相互に関連付けたデータベース。
HGVbase
,
ヒトゲノム多様性に関する注釈書
ヒトゲノム多様性（多くはSNPだが、その他にindel, tandem repeat）を収集したデータベースで、直近の遺伝子との物理的、機能的関係が記述されている。 データは公開データベース、文献から取得されるほか、以前は研究グループからの提供も受付けていたが現在は中止。 dbSNPと定期的にデータ交換。
HGS (Human Genome Sequencing)
（GDBの続きだったが中止）
HGMD® - Human Gene Mutation Database
Known (published) gene lesions underlying human inherited disease
HAL
独自のアルゴリズムによりヒトゲノム中から発見した遺伝子を掲載。 各種DBに掲載されている予測遺伝子や、各種アルゴリズムによる予測結果を統合することにより遺伝子を定義している模様。 ヒト、チンパンジー、マウス、ラット、イヌ、ニワトリのデータセットあり。
H-Invitational Database
,
ヒト遺伝子アノテーション統合データベース
INSD中のcDNA配列の遺伝子単位でのクラスタ化とオーバーラップ関係の計算と分類に目視で判定を一部加えたジャンボリーの成果DB 独自の遺伝子IDを発行してる 機能情報はNCBIのOMIMやEntrezを使っているのでEntrez gene ベース。 全長ｃDNAのサブスタンシャルな部分は通産NEDOcDNAプロジェクトが公開しているも
H-InvDB
Full-length human cDNA clones
GiiB-JST mtSNP
,
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース
7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。 個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。同じ論文をサイトしてるＩＮＳＤエントリー(ミトコンゲノム）が672件あり。
Genew
Human gene nomenclature database: Approved symbols for all human genes
FL-DB
,
Full Length cDNA
完全長ヒトcDNAのデータベース
FLJ Human cDNA Database
,
FLJヒト完全長cDNAデータベース
経済産業省「タンパク質機能解析事業／スプライシング・バリントの取得技術の開発」で取得・配列解析したヒトスプライシング・バリントcDNA配列データベースと、オリゴキャップ法での全FLJヒト完全長cDNA配列データベース（全長解析配列数約5万及び5’末端配列解析数約150万）。
FANTOM4
FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態をdeepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。 （ http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp から引用） 開発元：理化学研究所 オミックス基盤研究領域
EpoDB - Erythropoiesis Database
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赤血球新生関連遺伝子
脊椎動物の赤血球新生時に発現する遺伝子とその配列、発現情報を、公開データベースより収集して整理したデータベース。
DoTS (Database Of Transcribed Sequences)
ヒト、マウスのゲノム・EST・転写産物のデータベース
Database of Genomic Variants
The objective of the Database of Genomic Variants is to provide a comprehensive summary of structural variation in the human genome. We define structural variation as genomic alterations that involve segments of DNA that are larger than >1kb. For the purpose of this database, we focus on variants that are not directly correlated with specific phenotypes. The Database of Genomic Variants provides a useful catalog of control data for studies aiming to correlate genomic variation with phenotypic data. The database is continuously updated with new data from peer reviewed research studies. We always welcome suggestions and comments regarding the database from the research community.
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
D-HaploDB
,
ヒト全胞状奇胎SNP
日本人の全胞状奇胎(complete hydatidiform mole)をサンプルとして、28万SNPをマイクロアレイを用いてタイピングし、ハプロタイプ解析を行った。
Collagen Mutation Database
Human type I and type III collagen gene mutations
CleanEx
Expression reference database, linking heterogeneous expression data tofacilitate cross-dataset comparisons
CellMontage
CellMontageは、遺伝子発現データベースから、発現プロファイルが類似した細胞や器官を検索するシステムです。 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
Cancer Gene Expression Database (CGED)
ATAC-PCRによるがん関連遺伝子の発現データベース
CGHデータベース
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ヒト腫瘍細胞に見られる染色体異常
Comparative Genomic Hybridization法を用いて、ヒト腫瘍細胞より染色体レベルの異常を調べた。 検出される異常は、コピー数減少(loss)、過剰(gain)、増幅(amplification)。
CFTR mutation
Human cystic fibrosis mutation db (CFTR)
CELLPEDIA
,
ヒト細胞データベース
CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。 各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています。 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
CAGE Expression Clustering Viewer
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ヒトCAGEクラスタリング
CAGEのデータをk-meansでクラスタリングし、そのクラスターの重心をさらに階層クラスタリングした
CAGE
,
CAGE遺伝子発現／転写開始位置
CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。
BodyMap
,
遺伝子発現パターン
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。
BloodSAGE
血球細胞における遺伝子発現をSAGE法により解析した結果
AllGenes
Human and mouse gene index integrating gene, transcript, andproteinannotation
5'SAGE
,
ヒト5' SAGE遺伝子発現
ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。
鳥類 - Aves
ニワトリ - Chicken
DBH2H
,
head-to-head (h2h) gene pairs
ヒト、マウス、ニワトリ、ラット、フグのゲノムを1対1比較して、オーソロクマッピングしたもの。配列が持つ特徴(snp、CpG アイランドなど)のアノテーション有。マイクロアレイデータによる発現相関データも有
Chick Eye EST DB and Expression DB
魚類 - Pisciformes
魚類写真資料データベース
このデータベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています 2006年7月 収録写真件数を40,000件から54,583件 に増やしました。
アクアDNAブック
ZFIN
小型魚類のモデル生物であるゼブラフィッシュに関するポータルサイト。
UT Genome Browser (Medaka)
クローン情報やアセンブリ状況を確認するためのプロジェクト支援環境
T.rubripes - Search Ensembl Fugu
Ensembl内の、フグゲノムに関する検索が行えるページ。
NBRP Zebrafish
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト ゼブラフィッシュ
ゼブラフィッシュ系統の検索・提供依頼が行えるほか、ゼブラフィッシュプロジェクトの新着情報やメーリングリストへの登録、ゼブラフィッシュを用いた研究に役立つ情報へのリンクなどが整備されている。
NBRP Medaka
小型魚類のモデル生物であるメダカについて、系統の収集・保存・提供を行うとともに、ゲノム配列・BAC/ESTなどのリソースを整備している。
MitoFish
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魚類ミトコンドリアデータベース
魚類のミトコンドリアゲノム配列をGenBankおよびRefSeqより収集し、種分類に関する情報をFishBase, NCBI Taxonomy Browser, TheCatalog of Fishes, Fish Database of Japan より、文献情報をPubMedより、関連配列をDDBJより取得して関連付けたデータベース。
Medaka Genome Initiative (MGI home)
小型の淡水魚であるメダカを研究する研究グループの国際的なワーキンググループによるサイト。メダカゲノムプロジェクトに関する最新情報にアクセスする事ができる。
Medaka EST database
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メダカ遺伝子発現
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ（Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している
MEPD: Medaka Expression Pattern Database
in situ hybridizationによる、メダカの遺伝子発現パターンのデータベース。
MCTDB
,
Medaka Craniofacial Trait DataBase
Medakaの顔貌形質（craniofacial trait）の画像データベース。新屋（遺伝研）らによる各個体の頭部画像（側面・上面・下面）の検索と閲覧が可能。HNIとHd-rRおよびそれらのF1/F2のデータを含む。任意に選択した制御点間の距離を目的形質として、値の分布の表示や正規性の検定、区間マッピングによる関連遺伝子座の推定が可能。
M base
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Medaka Genome Database(M base)
メダカのEST, 染色体地図（連鎖地図）, BACに関するデータベース。
IMCB - FUGU Genome Project
BLAST検索やフグゲノムブラウザーに加え、ヒトゲノムとのシンテニー（相同な配列）を見る事ができる。
EnsemblD.rerio - Search Ensembl Zebrafish -
Ensembl内の、ゼブラフィッシュゲノムに関する検索が行えるページ。
Danio rerio (zebra danio)
,
NCBI Genome Project Result - Danio rerio (zebra danio)
BISMaL
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Biological Information System for Marine Life
水調査船等を用いた深海調査で得られた深海生物に関わる情報のデータベース。学名・和名、採取・観察位置等から検索することができる。 開発元：海洋研究開発機構
両生類 - Amphibia
NCBI Genome Project Result - Xenopus tropicalis (western clawed frog)
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Xenopus tropicalis (western clawed frog)
XDB
,
アフリカツメガエル遺伝子発現
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。
NBRP Xenopus
,
ナショナルバイオリソースプロジェクト ネッタイツメガエル
発生生物学分野での有用なモデル生物であるネッタイツメガエル系統のデータベース。 広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設によって運営されている。
ホヤ - Ascidian
カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ
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カタユウレイボヤ遺伝子発現
カタユウレイボヤの遺伝子発現を、ESTおよびin-situ hybridizationにより解析した結果が掲載されている。 cDNAライブラリは組織および発生ステージごとに16種類作成されている。 ESTクラスタリング結果、ゲノム（JGIより取得）へのマップ結果が掲載されている。 In-situ hybridizationは画像のほか、発現位置／ステージの記述があり、検索可能である。
NBRP CITRES
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カタユウレイボヤリソース
ヒトと同じ脊索動物門に、世代時間が短い事から遺伝学・発生学のモデル生物として有用なカタユウレイボヤの系統・変異体データベース。
Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes
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カタユウレイボヤ・マイクロアレイ遺伝子発現
カタユウレイボヤEST解析に用いたcDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて、embryonic retinoic acidターゲット遺伝子候補(9287)の発現プロファイルを解析した結果が掲載されている。 論文(PubMed:12828686)のsupplementデータ。 その他に、91遺伝子のin-situ hybridization画像が掲載されている。理学部物質科学科
MAGEST
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マボヤEST
マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。
DBTGR
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ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル
ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。
Ciona intestinalis EST project database
CIPRO Ciona intestinalis Protein Database
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ホヤ タンパク質データベース
ABA
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ホヤ発生過程の形態
カタユウレイボヤの受精卵からオタマジャクシ幼生までの発生過程の各ステージについて、形態の画像を収集したデータベース。 mid-tailbud期の３次元再構成像、細胞系譜の図、あり。
節足動物門 - Arthropoda
昆虫学文献データベース(KONCHUR)
昆虫学データベース(KONCHU)
日本産昆虫目録データベース(MOKUROKU)
日本産昆虫学名和名辞書(DJI)
日本産アリ類画像データベース
UNKA (BPH) EST
,
ウンカESTデータベース
トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
TABR
,
熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース
Full-Tsetse
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ツェツェバエ完全長cDNAデータベース
Full-Mite
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ダニ完全長cDNAデータベース
Full-Anopheles
,
ハマダラカ完全長cDNAデータベース
Cricket EST DB and Expression DB
,
コオロギEST配列
コオロギEST配列、クラスタリング結果、相同性検索結果が掲載されている。
AphidBase
,
アブラムシ遺伝子配列データベース
カイコ - Silkworm
カイコ完全長cDNAデータベース
,
カイコ完全長cDNA配列
カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。
SilkBase
,
カイコEST遺伝子発現
カイコESTとそのライブラリ情報、BLASTXによるアノテーションが掲載されている。
Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS)
カイコゲノム (BAC, WGSアセンブリ)上に予測された遺伝子や機能領域を公開する。 アノテーションは機械的に行われ、GeneScan, FGENESH, MZEF, SplicePredictor, BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF, tRNAscan-SE, PSORT, SOSUIが使用された。
KAIKObase
,
カイコ統合ゲノムデータベース
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。 またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。(AgriTogoより引用)
KAIKO cDNA
,
カイコEST
カイコESTがcDNAライブラリ（strain、発生ステージ、組織、性別）ごとに整理されている。 各ESTによるBLASTX検索結果も掲載されている。
KAIKO BLAST
カイコゲノムに特化したBLAST検索システム
KAIKO 2DDB
BombyxTrap DB
,
カイコTrapデータベース
カイコのGAL4エンハンサートラップ挿入系統による発現情報とゲノム挿入位置が格納されたデータベースです。 挿入系統の画像データや観測データをキーワード検索や画像選択によって参照できます。 また挿入近傍(InversePCR)配列により挿入系統ごとのゲノム位置が決められており、ゲノム位置からの検索もできます。(AgriTogoより引用)
Bombyx mori (domestic silkworm)
,
Genome Project Result - Bombyx mori (domestic silkworm)
Bombyx Mutants Photographs
Silkworm Bombyx mori ESTs, mutants, photographs
ミジンコ - Water flea
DaphniaBASE
,
ミジンコデータベース
ミジンコ類のクローン配列、及びそのクローン配列に対するblast検索の結果のデータベース
Daphnia pulex
,
NCBI Genome Project Result - Daphnia pulex
ショウジョウバエ - Drosophila
日本ショウジョウバエデータベース（JDD：Japan Drosophila Data
Project Specific Custom Tracks
miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベース 開発元：産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
J*FLY
,
ショウジョウバエの辞典
既知のショウジョウバエ遺伝子の一覧、実験プロトコル集（ムービーあり）、形態の画像、ストックセンター、国内外の研究室・研究者が掲載されている。
GadFly
,
ショウジョウバエゲノム／アノテーション
ショウジョウバエゲノムプロジェクトで生成した各種データを集約したサイト。 (1) ゲノム配列およびアノテーション。 (2) in-situ hybridizationによる遺伝子発現パターン。 マイクロアレイで検証されている。 アノテーションはコントロールされた語を用いて人手で行われている。 (3) ESTおよび全長cDNA配列。 (4) トランスポゾン配列。 (5) 単一のP transposable element による遺伝子破壊株。 (6) Drosophila種間の比較ゲノム。 (7) SNPマップ。
GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database -
,
ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ挿入系統
ショウジョウバエのGal4エンハンサートラップ挿入系統について、挿入サイト、遺伝子発現パターン、表現型を解析した。 リソースの配布も行う。
FlyView
Drosophila development and genetics
FlyBase
Drosophila sequences and genomic information
Drosophila melanogaster (fruit fly)
,
NCBI Genome Project Result - Drosophila melanogaster (fruit fly)
DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT (DGSP)データベース
DGRC - Drosophila Genetic Resource Center
,
ショウジョウバエ統合検索システム
ナショナルバイオリソースプロジェクト「ショウジョウバエ」事業担当機関である京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学で保存されている系統の統合検索と、それぞれの系統の提供依頼ができる。
線形動物門 - Nematoda
線虫RNAi遺伝子機能阻害の表現型
,
線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果
線虫C.elegansの生殖細胞系で特異的に発現している遺伝子について、RNAi遺伝子機能阻害を行い、その表現型を分類した。
線虫の感覚神経に発現する遺伝子のデータベース
WormBase
,
線虫ゲノム／アノテーション
C.elegansおよび他の線虫の生物学的情報を収集したデータベース。 ゲノム（構造、機能、多型、比較ゲノム）、遺伝子（構造、発現、表現型、RNAi）、系統（系統株、遺伝学、マーカー）、文献情報が収集されている。
WorfDB - Worm ORF Database
Predicted proteins from C. elegans
WorTS
,
Worm TS mutant Database
表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース(WorTS, Worm TS mutant Database)
NBRP C.elegans
,
実験動物「線虫」変異体データベース
線虫の変異体の受注をするための変異体検索ページ
KT抗体データベース
,
線虫の胚のタンパク質の局在
線虫の胚におけるタンパク質のステージ特異性および局在を、抗体染色により調べた画像が掲載されている。 抗体の配布も行われている。
C.elegans mutant DB
C.elegans WWW server
at University of Texas Southwestern
C. elegans RNAi Phenome Database
,
線虫RNAi遺伝子破壊株
線虫のRNAi遺伝子破壊株の表現型を網羅的に収集し、表現型をあらかじめ定義された語句で記述している。 表現型をもとに遺伝子をクラスタリングした結果が掲載されており、系統樹の形式で表示される。
C. elegans Project
Genome sequencing data at the Sanger Institute
植物界 - Plantae
コケ植物門 - Bryophyta
科学博物館 コケ植物インデックス
ヒメツリガネゴケ - Physcomitrella patens
ヒメツリガネゴケEST遺伝子発現
,
ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているヒメツリガネゴケ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンのEST配列を掲載している。
PHYSCObase
,
ヒメツリガネゴケEST配列
ヒメツリガネゴケmRNA、EST、コンティグ（ESTのアセンブル結果）、実験プロトコルを収集したデータベース。 配列の一括ダウンロードも可能。
紅色植物門 - Rhodophyta
スサビノリEST
,
スサビノリEST Index
スサビノリ(Journal of Phycology)のESTとそのアノテーション(BLASTXによる)が掲載されている。 10907854, Journal of Phycology 39,923-930(2003) のsupplementデータ。
緑藻植物門 - Chlorophyta
クラミドモナス統合データベースChlamyBase
クラミドモナスEST
,
クラミドモナスEST Index
クラミドモナスEST、そのコンティグ配列、コンティグに対するアノテーション(BLASTXによる)が登録されている。 11089912, Phycologia,43,722-726(2004) のsupplementデータ。
Dr. Zompo
,
Zostera marina and Posidonia oceanica ESTs
海草のESTにアノテーションを施したデータベース。
被子植物門 - Magnoliophyta
アブラナ科 - Brassicaceae
シロイヌナズナ - Arabidopsis
シロイヌナズナの相関する遺伝子の検索ツール
,
遺伝子相関検索
シロイヌナズナGeneChip遺伝子発現データをあらかじめ相関解析しておき、それを対象に検索を行うサービスを提供する。 検索キーに指定された遺伝子と相関のある遺伝子が、その相関係数、アノテーションとともに出力される。 ベースとなる相関解析結果は ATTED-II (www.atted.bio.titech.ac.jp) として別途公開されている。
仙台シロイヌナズナ種子保存センター (SASSC)
シロイヌナズナ転写因子データベース (RARTF)
シロイヌナズナ蛋白質修飾部位データベース
タンパク質のマススペクトルデータより同定されたタンパク修飾部位情報の提供
シロイヌナズナ全長cDNAクローンカタログ
,
シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ
理研で配布しているシロイヌナズナ全長cDNAクローンの一覧。 各クローンの全長配列を掲載している。
シロイヌナズナのアクティベーションタグライン
,
シロイヌナズナアクチベーションタギングラインデータベース
シロイヌナズナのアクティベーションタグラインで、T1世代で表現型に変化の現れたものについて、その表現型の記述が写真と共に掲載されている。 本来は変異株を配布する目的で構築されている。
シロイズナズナcDNA百科事典
,
シロイヌナズナDNAブック RIKEN Arabidopsis cDNA Encyclopedia DNABook TM
シロイズナズナcDNAの解説、PCR、Transcriptionのプロトコルを公開。さらにRIKEN DNA resourceと連携してクローンの提供も行っている。
クラスタ切り出しソフトウェア
,
遺伝子発現クラスタ切り出しツール
GeneChip遺伝子発現データのクラスタリング結果より、指定遺伝子を含むクラスタを指定範囲で切り出すツール。 その結果はJavaにより図示され、そこから更にツリーを参照して一部を切り出すことができる。 現在のところサーバ上に準備されているのは、理研およびMaxPlanckで行われた、シロイヌナズナのAffymetrix GeneChip遺伝子発現データである。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。 注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。
RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース
,
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。 RARGEの一部。
RARGE
,
シロイヌナズナ研究ポータルサイト
理研で行われているシロイヌナズナ研究に関連するデータおよびリソースの検索サイト。 全長cDNA、マイクロアレイ実験結果、トランスポゾン変異株、遺伝子のゲノム上の位置とスプライスパターンが登録されている。
RAFL cDNAs
,
シロイヌナズナ全長cDNA配列
シロイヌナズナ全長cDNA配列とそのBLASTXアノテーションを掲載している。 RARGEの一部。
Phenome Analysis of Ds transposon-tagging line in Arabidopsi
,
シロイヌナズナトランスポゾン挿入変異株
シロイヌナズナのDsトランスポゾン挿入変異株の一覧が、変異遺伝子座とその位置（UTRかコード領域か、exonかintronか）とともに掲載されている。 変異株の形態（一次カテゴリー:8、二次カテゴリー:50）による検索も可能であるが、表現型の一覧を取得することはできない。 詳細情報の表示にはMIPSのサイトが使用されている。
PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース
,
シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の概要紹介
トランスポゾン変異株データベースの概要を記述したページ
MAtDB
,
シロイヌナズナゲノム／アノテーション
Arabidopsis Genome Initiative で決定されアノテーションされた全配列が登録されている。 ミトコンドリアゲノム、葉緑体ゲノムも同様にアノテーションされ登録されている。
MAEDA (Micro Array Expression DAta search)
,
シロイヌナズナ・マイクロアレイ遺伝子発現
7000の全長cDNAより作成したマイクロアレイを用い、シロイヌナズナ遺伝子発現を解析した。URL GEO:GSE4203, GPL3181
KATANA
シロイヌナズナの遺伝子アノテーションを各種DBより収集し、まとめて検索、参照可能な形式にまとめた。
DART
遺伝子の解析をWeb上で行うことができるサイト、マイクロアレイデータとの比較やプライマーの設計、BLAST等を行うことが可能
CropNet
Genome mapping in crop plants
Arabidopsis thaliana EST Index
,
シロイヌナズナEST 解析情報データベース
シロイヌナズナESTとそのアノテーション(BLASTXによる）が掲載されている。 10907847のsupplementデータ。
Arabidopsis thaliana (mouse-ear cress)
,
NCBI Genome Project Result - Arabidopsis thaliana (mouse-ear cress)
Arabidopsis Gene Expression profile data base
ATTED-II
,
シロイヌナズナの共発現データベース
シロイヌナズナのトランス因子とシス要素予想のデータベース。各遺伝子の遺伝子発現パターングラフを提示している
ARTADEdb
,
シロイヌナズナエキソンの検証結果
理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。
イネ科 - Poaceae
イネ - Rice
植物細菌病の診断と病原細菌の同定
イネDNAブック
WhoGA
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イネ全ゲノムアノテーション
イネゲノム研究チーム(RGP)によるイネゲノムの注釈(アノテーション)情報を収録したデータベースです。 アノテーションビューア(GBrowse)により、アノテーション情報をグラフィカルに参照ができます。 またRGPのアノテーション方法等の説明も掲載されています。(AgriTogoより引用)
Rice Tos17 Insertion Mutant Database
,
イネトランスポゾン遺伝子破壊株一覧
イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成し、それをリソースとして配布している。 変異株検索のために、トランスポゾンに隣接する塩基配列を持つ。
Rice TOGO Browser
,
イネ統合ブラウザ
農林水産生物ゲノム情報統合データベースの情報をグラフィカルに表示するシステムです。 イネゲノムのアノテーション情報、配列情報、物理・連鎖地図情報をグラフィカルなビューアにより参照できます。 (AgriTogoから引用)
Rice Research
Rice Proteome Database
,
イネプロテオーム
イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース。 プロテオーム解析のプロトコルが掲載されている。
Rice Mitochondrial Genome Information (RMG)
2002年に全配列が解読されたイネのミトコンドリアゲノムに関するデータベース。
Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS)
,
イネゲノム自動アノテーション
イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベース。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されている。
Rice Expression Database (RED)
,
イネマイクロアレイ遺伝子発現
イネcDNAマイクロアレイを用いて計測した遺伝子発現データが掲載されている。 NIAS, STAFF由来のデータの他、同マイクロアレイを用いて別プロジェクトで行った結果も含まれている。 DBの論文はTrends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
Rice Annotation Database (RAD)
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネPAC/PACコンティグ上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、イネ転写産物をマップしたデータベース。 スプライスサイトパターン、アミノ酸頻度、コドン使用頻度、遺伝子長、GOアノテーション、MIPS機能分類の集計が掲載されている。
RPSD
,
イネ蛋白質構造データベース
イネタンパク質の構造を収集したデータベースで、PDB由来の立体構造と、GTOP由来の予測構造からなる。
RMOS
,
Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
RGP Rice cDNA Sequence Database
,
イネEST
NIASで配列決定したESTとそのクラスタリング結果が掲載されている。
RAP-DB
,
イネゲノム／遺伝子の注釈書
イネゲノム上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、転写産物（イネの他、複数種の植物ESTを含む）、BAC、マーカー、変異株情報をマップしたデータベース。
NCBI Genome Project Result - Oryza sativa (rice)
,
Oryza sativa (rice)
NBRP Oryzabase
,
イネ研究ポータルサイト
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイト。 種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されている。
Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME)
,
イネ全長cDNA配列
イネ全長cDNA配列とそのアノテーション（相同遺伝子、クラスタリング結果、TIGR-GIコンティグへのマップ、InterProモチーフ探索結果、GOアサイン結果）が掲載されている。 12869764のsupplementデータ。
Integrated Rice Genome Explorer (INE)
,
イネゲノム／アノテーション
イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。
HarvEST
,
作物植物のEST
オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。 DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供） オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。
GTOP (Rice Version)
,
Genomes TO Protein structures and functions (Rice Version)
CROP SCIENCE DATA BASE
,
作物学データベース
作物学の論文情報を格納したデータベースです。 キーワード検索や一覧選択から論文(日本作物学会紀事、Plant Production Science)の全文情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
オオムギ、コムギ - Barley, Wheat
Triticeae Mapped EST DataBase (TriMEDB)
,
大麦小麦cDNAデータベース
大麦と小麦の間で関係のあるcDNAマーカーをゲノム上にマッピング、アノテーションしたデータベース
TriFLDB:Triticeae Full-Length CDS Database
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大麦、小麦完全長CDS配列/アノテーション
大麦、小麦の完全長CDS配列に対するアノテーションデータを提供している 完全長CDS配列の予測、ホモロジー検索、予想されたアミノ酸配列に基づいた発現タンパク質のクラスター化、ドメイン予測、gene ontologyの割り当て、イネ・トウモロコシゲノムとのホモロジーマッピングを行い、各エントリーに掲載している。
NBRP-Barley
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オオムギESTと種子の画像
3品種+野生型オオムギより発生ステージ／組織の異なる9 cDNAライブラリを作成し、そのEST解析を行い、その配列を公開している。 ESTデータはHarvESTと重複している。 また、岡山大より配布可能なGermplasm（生殖質？）の一覧表が掲載されており、その一部については、種および発芽の写真も掲載されている。 また、Corecollection と呼ばれる（遺伝的多様性を考慮した）代表的品種の一覧も掲載されている。
NBRP KOMUGI
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コムギ統合データベース
コムギの遺伝学研究の過程で構築された各種実験系統を趣旨で配布しているサービス。検索結果から直接注文することができる
HarvEST
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作物植物のEST
オオムギ、Brachypodium(?)、シトラス、コーヒー、ササゲ(cowpea)、大豆、イネ、コムギのESTを収集し、そのアセンブル結果と共に公開している。 DBの構築はUniv. California, Riverside だが、配列データ自体はプロジェクト内協力機関から提供を受けている。（例：岡山大はオオムギESTを提供） オオムギ、コムギ、イネ、大豆については、Affymetrix提供のゲノム配列（genome chip の素材となったデータ）が掲載されている。
GrainGenes
Molecular and phenotypic information on wheat, barley, rye, triticale,and oats
CropNet
Genome mapping in crop plants
トウモロコシ - Maize
MaizeGDB
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トウモロコシゲノム／アノテーション
トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。
キク科 - Asteraceae
PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
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ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能（現在はサービス停止？）。
キャッサバ - Cassava
RIKENで集められたキャッサバのcDNAに関する外部データベースを横断的に検索可能にしている。検索にはキーワード検索、BLAST検索が対応している。
ナス科 - Solanaceae
タバコ - Tobacco
タバコBY-2培養細胞ESTクローン キーワード検索
Transcription Analysis of BY-2
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タバコ培養細胞BY-2株のEST
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果（EST相互のBLASTN検索結果）が掲載されている。
トマト - Tomato
NCBI Genome Project Result - Solanum lycopersicum (tomato)
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Solanum lycopersicum (tomato)
MiBASE
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トマトEST
トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。 15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。
マメ科 - Fabaceae
ダイズ完全長cDNAデータベース
ミヤコグサEST
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ミヤコグサEST Index
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のEST、3' ESTのコンセンサス配列とそのアノテーションが掲載されている。 10819328のsupplementデータ。
ミヤコグサEMS変異体データベース
Lotus japonicus Genome Sequence Project
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ミヤコグサゲノム／アノテーション
ミヤコグサ(Lotus japonicus)のゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ、葉緑体配列が掲載されている。 12056416, 11853318, 11214967, 11853317のsupplementデータ。
Lotus japonicus
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NCBI Genome Project
BeanGenes
Beans genome db
菌界 - Fungi
病原真菌（カビ，酵母，キノコ）・放線菌の画像一覧
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真菌・放線菌ギャラリー
ナショナルバイオリソースプロジェクトで研究された病原真菌・放線菌の画像を公開しているサイト。種によってコロニー、光顕、電顕と写真の種類が 異なる
病原真菌データベース
日本産糸状菌類図鑑
農業環境に生息する糸状菌の情報を格納したデータベースです。 一覧表より各糸状菌の分類、形態(画像付)等の解説情報を参照できます。(AgriTogoより引用)
RIKEN -Chemical Genetics Laboratory
LeESTデータベース
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シイタケEST配列
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定、BLASTN検索結果とともに掲載。
Database of genomes and transcriptional regulations for fila
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麹菌のEST
いくつかの条件下で麹菌cDNAライブラリを作成し、その5' ESTを決定した。 配列はFASTA相同性検索を通じてのみアクセス可能。 プロモータ解析を行う予定のようで、そのためのゲノムクローンの構築方法が記載されている。 その他、Aspergillus nidulansのコスミドクローン(1クローン)の配列が掲載されている。
Candida Genome Database
Candida albicans genome database
Candida
Contains genetics, physical map, sequence data and other resources onCandida Albicans
Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB
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麹菌ゲノムデータベース
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。
Aspergillus oryzae EST DataBase
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麹菌ESTデータベース
「麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。」酒類総合研究所 麹菌EST解析ホームページ（http://www.nrib.go.jp/ken/EST2/est.htm）より引用
麹菌 - Aspergillus
保有麹菌株リスト
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酒類総合研究所 保有麹菌株リスト
酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリスト。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができる。この他に酵母、火落菌・腐造乳酸菌 のリストもある。
Aspergillus oryzae RIB 40 genome DB
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麹菌ゲノムデータベース
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベース。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には酒類総合研究所のRIB40株が使われた。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができる。
Aspergillus oryzae EST DataBase
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麹菌ESTデータベース
「麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。」酒類総合研究所 麹菌EST解析ホームページ（http://www.nrib.go.jp/ken/EST2/est.htm）より引用
酵母 - Yeast
酵母PPIデータ
yMGV - Yeast microarray global viewer
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酵母の遺伝子発現
出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。
Yeast snoRNA Database
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出芽酵母snoRNA
出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。
Yeast Intron Database
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酵母イントロンの注釈書
出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。 既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。
Yeast Interacting Proteins Database
UT Genome Browser (Yeast)
The Homeodomain Resource
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a comprehensive collection of sequence, structure, interaction, genomic and functional information on the homeodomain protein family
ホメオドメインの配列、構造、相互作用、ゲノム・機能情報が掲載されたデータベース。
SGD - Saccharomyces Genome Database
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酵母ゲノム／アノテーション
出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。 アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。 遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。
SCMD - Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
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出芽酵母変異株の形態
出芽酵母の変異株の形態（出芽の状態）を分類したデータベース。 形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。
S.pombe genome project
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酵母ゲノム／アノテーション
Sanger Instituteで行われた分裂酵母ゲノムプロジェクトで生成したデータを掲載したデータベース。 ゲノム配列とそのアノテーション、GOアノテーション、クローンライブラリ、マッピング用リソース（tiling path、遺伝地図、物理地図）が掲載されている。
MBGD
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微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ
ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。
Génolevures
A comparison of S. cerevisiae and 14 other yeast species
真正細菌超生物界 - Bacteria
極限環境微生物DB（Extremo Base）
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極限環境微生物ゲノム／アノテーション
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
持続可能型社会への貢献遺伝子データベース
自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試み、注釈の結果を記載したデータベース。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの一環として行われている。
微生物データベースシステム (MRCD)
tRNADB-CE
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エキスパートがキュレートしたtRNAのDB
難培養性微生物由来の断片ゲノム配列を含む原核生物の大半のDNA配列を対象に、学生が中心となって3種類のプログラム(tRNAscan-SE, ARAGORN, tRNAfinder)でtRNA遺伝子の候補配列を推定し,プログラム間で差異の生じている場合（全候補配列の約3％）については、3名のtRNA実験分野のエキスパート （井口八郎・元京都大学教授、武藤昱・弘前大学名誉教授、山田優子・元自治医科大学講師）が精査を行った後にtRNAとしてデータベースに収録した。断片ゲノム配列をも解析対象に加えているので、14万件以上のtRNA遺伝子を収録しており、従来のデータベースの4倍量の遺伝子を収録している。統合データベースプロジェクトの人材育成プログラムの成果。
a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGA
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微生物ゲノム／アノテーション
NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。 9679194, 10382966, 11572479, 11418146, 12044378, 16237012, 12840036, 12692562, 16372010 のsupplementデータ。
Xanthobase
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Xanthomonas oryzae pv. oryzae genome database
イネ白葉枯病菌のゲノム情報を格納したデータベースです。 グラフィカルなビューアによる遺伝子のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報が参照できます。 またお手持ちの配列と白葉枯病菌のゲノム・遺伝子配列との類似性検索も行えます。(AgriTogoより引用)
The tmRNA website
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tmRNAの注釈書
tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。
The international project of sequencing the Bacillus subtili
Streptomyces griseusゲノムデータベース
抗結核薬ストレプトマイシンを生産するStreptomyces griseusのゲノム配列データベース
Streptomyces avermitilisゲノムデータベース
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Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション
Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。 物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。 論文(PubMed:11572948, 12692562)のsupplementデータ。
Rhodococcus Genome Project
RhizoBase
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根粒菌ゲノム／アノテーション
根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。
PseudoCAP
緑膿菌ゲノムデータベース
Nocardia farcinica genome
Nocardia farcinica IFM 10152 （グラム陽性好気性放線菌、ノカルジア感染症の原因）の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）とそのアノテーションを掲載する。 15466710のsupplementデータ。
Mycoplasma penetrans genome
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マイコプラズマゲノム／アノテーション
マイコプラズマ (Mycoplasma penetrans) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されている。 12466555のsupplementデータ。
Microbial Genome Workbench
公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。
MBGD
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微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ
ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。
ExtremoBase
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極限環境生物ゲノムデータベース
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。
DeinoBase
Bifidobacterium adolescentis ATCC15703株の全ゲノム配列
シアノバクテリア(藍藻) - Cyanobacteria
KazusaMart
BioMartを使って、光合成細菌34生物種のゲノムデータベースを中心とした遺伝子情報を格納したデータベース 開発元：かずさDNA研究所
Fluorome - The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Datab
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベース
Database for Genetic Engineering of Microalgae
CyanoClust database
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Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids
シアノバクテリア (34種)と色素体ゲノム(48種)にコードされた全タンパク質配列を相同性によって分類し，簡単なアノテーションをつけたものを公開した。遺伝子名やアノテーションによる検索の他，相同性による検索も可能で，各生物におけるオルソログの系統樹までできる。その他，シアノバクテリアに関する基本情報も提供する。
CyanoBase
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シアノバクテリアゲノムデータベース
シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。 8590279, 8905231, 9435137, 11759840, 11858227, 12240834, 14621292 のsupplementデータ。
CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database)
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シアノバクテリア遺伝子アノテーションワークベンチ
シアノバクテリア研究コミュニティーが遺伝子アノテーションを行うためのワークベンチ。 一般ユーザはデータの検索、参照、一括ダウンロードが可能。
大腸菌 - E. coli
VPARA（Vibrio parahaemolyticus）
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腸炎ビブリオゲノム配列データベース
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベース。データ全体の一括ダウンロードも可能。
Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。２成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の検索、解析が可能。
PEC
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大腸菌遺伝子の辞典
大腸菌ゲノム上の全遺伝子について、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献より分類）、関連する大腸菌株、欠失株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、他の生物種との比較結果が掲載されている。 Minimal Genome Projectにおいてゲノムを欠損させた株の情報が平行して掲載されている。 特に実験的機能解析に重要な情報を集積することを目的としている。
Escherichia coli K-12 総合データベース
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GenoBase
奈良先端大で構築されている、大腸菌に関連する様々な情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF、そのアミノ酸配列、2D-PAGEによるプロテオームデータ、マイクロアレイによる遺伝子発現データ、文献情報、バイオインフォマティクス解析結果（ORFのクラスタリング、コドン使用頻度の偏り、遺伝子発現プロファイルのクラスタリング）が含まれる。
E.coli O157:H7 Sakai genome project
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病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース
大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列、pO157プラスミド配列、pOSAK1プラスミド配列、およびそれらのアノテーションを掲載したデータベース。 データ全体の一括ダウンロードも可能。
枯草菌 - Bacillus subtilis
SubtiWiki
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the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki
グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌のゲノムアノテーションを行っているデータベース。wikiを利用していて、ユーザーがアノテーションを行えるようになっている。
SubtiList
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枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対するアノテーション（遺伝子位置と機能アサインメント、参考文献へのリンク）を登録したデータベース。仏パスツール研究所によって運営されている。
NRSub
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枯草菌ゲノム自動アノテーション
枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。
DBTBS
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枯草菌プロモータ／転写因子の知識モデル
枯草菌の転写制御に関連するプロモータ、転写因子、制御される遺伝子の情報を収集したデータベース。 論文を情報源として、実験的に検証された対象のみを収集している。
BSORF
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枯草菌ゲノム／アノテーション
枯草菌ゲノム上のORFとそのアノテーション、対応する変異株、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されている。
古細菌超生物界 - Archaea
超好熱古細菌DNAブック
Transcription Product Database (TraP)
Microbial Genome Workbench
公開済み細菌、古細菌ゲノム配列を収集し、相同性、キーワード、タンパク質分子量、pIで検索できるよう整理した。
MBGD
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微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ
ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。
Archaeal Gene Network (Arch GeNet)
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好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)のタンパク質／遺伝
好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC)
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古細菌ゲノム／アノテーション
数種の古細菌のゲノム配列、遺伝子構造と配列（核酸、アミノ酸）、偽遺伝子、オペロン、株の情報が収集されている。 PubMed:9679194, PubMed:11121031のsupplementデータ。
ウィルス - Virus
組換えウイルスデータベース
viral probe databse
INSDのVirusdivisionをすべて整理して それぞれに同定目的に使えるＰＣＲプライマーをしつらえてくれてる。 同様の目的のＤＢかなりあり。これはひとつの分野つくってます。
Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース）
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肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果
肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。INSD(DDBJ)から抜き出した肝炎ウイルス配列の機械的な整理。メジャーアップデートに対応して更新している。
HIV感染症統合データベース(HIV-DB)
ウイルス配列はＩＮＳＤの部分集合に過ぎないが ウイルスホストの臨床情報が６００人程度分添付されているようである。微妙な数なので用途は不明。 臨床情報を見るためには登録が必要。
HIV Sequence Database
HIV RNA sequences
HERVd - Human Endogenous Retrovirus database
Human endogenous retrovirus database
原生動物界 - Protista
原生生物情報サーバー
「原生生物とその他の微生物の画像（静止画 61094枚，内訳：総計714属，3067種，11855サンプル，および，動画 1294 クリップ，淡水産が主）と関連情報を提供しています。」 Soken このデータベースは，総合研究大学院大学 共同研究「生物形態資料画像データベースの構築」（研究計画３年，1997-1999），および，平成９年度科学技術振興調整費による 知的基盤整備推進制度採択課題 「生物系研究資材のデータベース化及びネットワークシステム構築のための基盤的研究開発」 （研究計画５年，1997-2001）に参加しています。また，このデータベースは科研費（試験研究Ｂ 課題番号 07558052）の補助を受けました。
Full-Toxoplasma
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トキソプラズマ全長cDNA
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされている。
Full-Malaria
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マラリア原虫全長cDNA
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ）
Full-Cryptosporidium
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クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベース
Full-Babesia
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バベシア完全長cDNAデータベース
細胞性粘菌 - Slime mold
NBRP-nenkin
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細胞性粘菌 ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)
粘菌の国内に保有されているモノを中心とした株及びDictyostelium discoideum予測遺伝子について全長ORFをカバーするcDNAの分譲を行っているサービス
Dictyostelium discoideum
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NCBI Genome Project Result - Dictyostelium discoideum
Atlas (ISH Data Base)
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細胞性粘菌の遺伝子発現
細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。 収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。
[Created by
Life Science Databases(LSDB)
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