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2016年度「統合データベース講習会:AJACS」受入れ機関の募集を開始しました。

『あなたの大学や研究所・企業などで、「統合データベース講習会:AJACS」を開催してみませんか?』

bosyu2016 posterバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、現在、2016年度中に「統合データベース講習会:AJACS」を開催してくださる機関を募集しています。

  • 募集期間:2016年1月12日(火)13:00 ~ 2月17日(水)12:00 まで
  • 募集件数:数件
  • 費用負担:講習会の開催に必要な費用(講師の旅費や謝礼)は、NBDCで負担します。
  • 詳細  :こちらをご覧下さい。
         

 ※「統合データベース講習会:AJACS」は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。

【NBDCヒトデータベース】JSNP DATABASEから公開されていたデータが統合されました(hum0014.v2)

これまでJSNP DATABASEから公開されていたデータをhum0014(研究題目:オーダーメイド医療の実現プログラム)に統合しました。 データ内容はこちら

ChIP-Seqデータの可視化と解析を行う「ChIP-Atlas」が公開されました。

 統合データ解析トライアルの研究代表者である沖 真弥氏(九州大学大学院医学研究院)がDBCLSと共同開発した「ChIP-Atlas」が公開されました。
 「ChIP-Atlas」は、既報のChIP-seqデータを利活用するためのサービスです。
 公開NGSデータレポジトリを情報源として、どんな分子がどこに結合しているかゲノムブラウザ上で一目でわかります。
 また、転写因子の標的遺伝子や共局在因子の検索、ユーザデータと既存データの比較解析も行えます。
 ぜひご利用ください。

【参考】統合データ解析トライアル平成27年度採択課題

トーゴーの日シンポジウム2015のポスター発表のデータを公開しました。

「トーゴーの日シンポジウム2015 ~統合データベースとオープンライフサイエンス~」(2015年10月5日・10月6日)のポスター発表のデータを公開しました。

ポスター発表(10月5日・10月6日)

【生命科学系データベースアーカイブ】「RED」(農業生物資源研究所)を追加しました。

「RED」は、イネゲノムプロジェクトにおいて8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したデータベースです。

REDアーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

統合データベース講習会:AJACS薩摩(2016年1月26日~27日)の参加申し込みを開始しました。

AJACS薩摩ポスター統合データベース講習会は、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2016年1月26日(火)9:30~17:30
    1月27日(水)9:30~16:40
  • 会場:鹿児島大学医学部共通教育棟6階マルチメディア情報演習室(桜ヶ丘キャンパス)
    (鹿児島市桜ヶ丘8丁目35番1号)
  • 定員:約50名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:1月20日(水)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【横断検索】7件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から7件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「FANTOM5」:FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション(機能注釈)を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムである。その役割はトランスクリプトーム解析の分野を軸に発展・拡大してきた。また、プロジェクトの研究対象は、ゲノムの転写産物という「要素」の理解から、転写制御ネットワークという「システム」つまり「生命体のシステム」の理解へ、より高次の階層に向けて着実に進められている。 FANTOM5では、FANTOM3ならびにFANTOM4の研究成果を発展させ、様々な種類の細胞について、ヒトゲノムにコードされているプロモーターと転写因子制御ネットワークを明らかにすることを目指している。現在、ヒトの主要な組織、200種以上の癌細胞、30種類の細胞分化やマウス発生の経時解析用サンプル、200種以上の初代培養細胞、などから抽出したRNAについて、Heliscope1分子シーケンサーによるdeepCAGE解析を進めている。FANTOM5での研究により、人体を構成する正常な細胞の性質を制御する遺伝子制御部位について、その活性を細胞の種類ごとに測定した包括的データが得られた。これは、ゲノムから読み解かれる情報を用いた網羅的かつ体系的な「正常細胞の定義」の基礎となるものである。臨床において病理診断で用いられる組織像などによる細胞の分類には限界があり、細胞の種類を定義づける決定的な方法が存在しなかったが、本研究で得られた細胞の定義を今後さらに充実させることで、ヒトゲノムが生成し得る細胞の全体像が明らかになると期待できる。従って今回の成果は、細胞の多様性がどのように制御されているかという問題の解決だけでなく、病的な状態を定義するために必要な「何が正常なのか」という「正常細胞の定義」の基本になるといえる。がんなどの細胞を「正常細胞の定義」で比較することで、どのような異常が発生しているのかを詳細に解析することが可能になり、有効な抗がん剤などの評価に貢献すると期待できる。
  • 「ASTRA」:6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース。ゲノム配列への完全長cDNAのマッピング結果より選択的スプライシングと選択的転写開始によって構造変化を起こしている遺伝子を検索、そのパターンを表示し、アミノ酸配列を出力する。
  • 「MassBase」:質量分析装置による代謝産物の分析データについて、分析データそのもの(生データ)を、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベースです。分析機器から出力された直後の生データを、必要最低限なサンプル情報とともに公開しています。様々な生物種の質量分析装置による分析生データを取得し、in silicoスクリーニングなどの解析を行うことができる。また、KOMICS(http://www.kazusa.or.jp/komics/)で配布している解析ツールを用いることで、代謝物アノテーションや比較解析などを行うことができる。
  • 「DTA DATABASE」:DTA法によってタンパク質を解析した結果を集めたデータベースです。DTA (二面角の推移分析)により定性された高解像度、包括的、非冗長タンパク質のモーションや主なチェーン二面角の大規模な変化に関する情報を収録しています。データは様々な方向からの並べ替えや検索が可能です。またタンパク質のペアリストも利用できます。
  • 「貝類データベース」:貝類のデータベースです。貝類の画像(主に貝殻)と和名、学名、採集地、分布範囲、参考文献などが収録されています。データは画像を使って形から、もしくは学名や和名から検索できます。
  • 「日本核医学会学会誌」:日本核医学会の機関誌として、年4回発行している和文誌「核医学」と、年10回発行している英文誌「Annals of Nuclear Medicine」のサイトです。「核医学」のオンラインでの閲覧は会員専用サイトへのログインが必要です。「Annals of Nuclear Medicine」はログインなしでFull textが閲覧できます。
  • 「SKIP 幹細胞情報データベース」:ヒト由来のiPS細胞や疾患iPS細胞、ES細胞などの幹細胞を中心に、細胞の基本情報を収録したデータベースです。由来組織、ベクター、PubMed、キーワード等、様々な項目から検索でき、誰もが簡単に目的とする幹細胞情報にアクセスすることができます。また、研究者が樹立した細胞情報を自身で登録し、研究者(研究室)独自のデータベースを構築して利用することも可能です。登録した幹細胞情報を研究者間で共有したり、一般に公開することも可能です。
  • 「トーゴーの日シンポジウム2015 ~統合データベースとオープンライフサイエンス~」(2015年10月5日・10月6日)の講演動画と講演スライドを公開しました。

    「トーゴーの日シンポジウム2015 ~統合データベースとオープンライフサイエンス~」(2015年10月5日・10月6日)の
    講演動画と講演スライドを公開しました。

    講演動画/講演スライド(10月5日)
    講演動画/講演スライド(10月6日) 

    【生命科学系データベースアーカイブ】「FANTOM5」(理化学研究所)を追加しました。

    「FANTOM5」は、ヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物や転写因子の活性に関するデータベースです。

    FANTOM5アーカイブ

    生命科学系データベースアーカイブ

    「NBDC RDFポータル」の運用を開始しました。

    2015年11月30日より、「NBDC RDFポータル」の運用を開始しました。
    「NBDC RDFポータル」は、さまざまな研究機関が作成した生命科学分野のRDF形式データを集積する日本初のポータルサイトです。登録されたデータの説明や統計情報、スキーマ図などを閲覧したり、RDFデータをダウンロードしたりできるほか、RDFデータを利用するためのSPARQL endpointも提供されています。

    皆様からのデータの登録、サイトのご利用をお待ちしております。

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