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【横断検索】12件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から12件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「臨床研究情報ポータルサイト」:臨床研究情報ポータルサイトでは、国内の3つの臨床情報登録センター(大学病院医療情報ネットワーク研究センター〔UMIN-CTR〕、日本医薬情報センター〔JAPIC〕、日本医師会治験促進センター〔JMACCT〕)に登録された情報を横断的に検索できます。身体の部位、病名、薬名等のフリーワードで検索でき、国内の治験情報の他に、WHOのICTRPの臨床試験データ、国内・海外の治療薬についての情報が閲覧できます。
  • 「APASD(Asian-Pacific Alien Species Database)」:近年、世界的な物や人の移動が著しく拡大するとともに、世界各国で昆虫を含む動物、植物、微生物などの侵略的外来生物が増加し、これらは農作物に直接被害を与えるだけでなく、固有の生物多様性や生態系に対する深刻なかく乱要因にもなっています。アジア・太平洋諸国においても、外来生物がもたらす被害は大きく、この地域における外来生物の動態を把握し、蔓延防止および経済的生態的被害軽減策に関する情報を蓄積する必要があります。そのために、アジア・太平洋諸国の農業生態系に生息する外来生物に関わる最新情報をデータベース化し、インターネットによる情報の共有化を推進しています。
  • 「RED II INAHO[アーカイブデータ]」:The Rice Expression Database II INAHO(RED II INAHO)は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。edii_inaho_experimentテーブルから実験データを取得できます。また、redii_inaho_probeテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。 文献 Yazaki J, Kishimoto N, Nagata Y, Ishikawa M, Fujii F, Hashimoto A, Shimbo K, Shimatani Z, Kojima K, Suzuki K, Yamamoto M, Honda S, Endo A, Yoshida Y, Sato Y, Takeuchi K, Toyoshima K, Miyamoto C, Wu J, Sasaki T, Sakata K, Yamamoto K, Iba K, Oda T, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S. Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice. DNA Res. 2003 Dec 31;10(6):249-61. PMID: 15029956 Yazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S. Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis. Physiol Genomics. 2004 Apr 13;17(2):87-100. PMID: 14982972
  • 「ChIP-Atlas」:論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。1) Peak Browser ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。2) Target Genes 転写因子からターゲット遺伝子を予測します。3) Colocalization 転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。4) in silico ChIP 既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。
  • 「AIIC(福田弘巳博士寄贈ハナバチ類標本データベース(BeeFukuda))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(中央アジア産ハナバチ類標本データベース(BeeCAsia))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(外国産ハナバチ類多田内標本データベース(BeeFTadauchi))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(九州大学昆虫学教室所蔵寄生蜂類標本データベース(ProctELKU))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(佐々治寛之博士寄贈甲虫類標本データベース(COLSasaji))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(大塚勳氏寄贈熊本県産甲虫類標本データベース(COLOtsuka))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(愛媛大学所蔵甲虫類標本データベース(COLEUMJ))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(岩手県陸前高田市立博物館所蔵修復被災昆虫類標本データベース(RDS))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。

【生命科学系データベースアーカイブ】「イネプロテオームデータベース」 (農研機構 作物研究所 小松節子上席研究員)を追加しました。

イネプロテオームデータベース」は、イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。

イネプロテオームデータベース アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【NBDCヒトデータベース】オーダーメイド医療の実現プログラム からのアトピーGWAS結果をオープンデータとして公開しました(hum0014.v4)

オーダーメイド医療の実現プログラムの成果として、アトピーのGWAS結果(hum0014.v4.AD.v1)をオープンデータとして公開しました。 データ内容はこちら

【生命科学系データベースアーカイブ】「JSNP」 (東京大学 医科学研究所、国立研究開発法人 科学技術振興機構)を追加しました。

「JSNP」は、日本人の持つ約19万7000の多型データにアノテーションを付加したデータベースです。

JSNP アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル)平成27年度研究成果報告会(2016年3月10日)を開催します。

以下の日程で、統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル)平成27年度研究成果報告会を開催いたします。
皆様の参加をお待ちしております。

日時:2016年3月10日(木) 15:00 ~ 17:05 (開場 14:30)
会場:JST東京本部(サイエンスプラザ) B1F 大会議室
定員:100名(参加費無料)
詳細:こちらをご覧下さい。

【NBDCヒトデータベース】アルツハイマー病総合診断体系実用化プロジェクト(J-ADNI全国臨床研究)の制限公開データを公開しました。

制限公開データ(Type I)1件(hum0043.v1)が公開されました。データの詳細はこちら

【NBDCヒトデータベース】オーダーメイド医療の実現プログラム からの糖尿病GWAS結果をオープンデータとして公開しました(hum0014.v3)

オーダーメイド医療の実現プログラムの成果として、2型糖尿病のGWAS結果(hum0014.v3.T2DM-1.v1 および hum0014.v3.T2DM-2.v1)をオープンデータとして公開しました。 データ内容はこちら

ライフサイエンス分野のデータベースに関するアンケート調査の結果を公開しました。

2014年12月24日~2015年2月15日に実施した「ライフサイエンス分野のデータベースに関するアンケート調査」の結果を公開いたしました。

結果はこちらをご覧ください。

アンケートの実施に際しましては、多くの方から貴重なご意見をいただきましたこと、御礼申し上げます。

【横断検索】3件のデータベースが検索できるようになりました。

「生命科学データベース横断検索」から3件のDBが追加で検索できるようになりました。

  • 「Rice Expression Database[アーカイブデータ]」:The Rice Expression Database(RED)は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルか らの生データと正規化されたデータを保持しています。特定の研究テーマに興味がある場合、red_subject_infoテーブルから適切な「Research ID」を見つけることができます。その後、選択した研究のための実験データを取得します。また、red_estテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。
  • 「AIIC(立川哲三郎博士寄贈寄生蜂類タイプ標本データベース TachikawaType)」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。
  • 「AIIC(中條道夫博士寄贈甲虫類タイプ標本データベース(M.ChujoType))」:日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。

【生命科学系データベースアーカイブ】「RED II INAHO」 (農業生物資源研究所 菊池尚志上級研究員)を追加しました。

「RED II INAHO」は、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。

RED II INAHO アーカイブ

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