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【NBDCヒトデータベース】 国立がん研究センター研究所 分子病理分野 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0032)

国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC)に参画する我が国の代表研究チームより、日本人検体より得られた高度に純化した正常ヒト肝細胞のエピゲノムデータが初めて公開されました(研究題目: ヒト消化器ならびに泌尿器上皮細胞の標準エピゲノム解析)。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

【統合化推進プログラム】SSBDの論文が公開されました

 理化学研究所 生命システム研究センターの大浪修一チームリーダーらによる、生命動態の定量データと動画像のデータベースSSBD(Systems Science of Biological Dynamics)の論文が公開されました。

論文情報
 SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena
 Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Koji Kyoda and Shuichi Onami
 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/07/12/bioinformatics.btw417.abstract

データベース情報
 SSBD(Systems Science of Biological Dynamics)
 http://ssbd.qbic.riken.jp/
 SSBDは生命動態の定量データとその取得に利用した動画像を再利用が容易なかたちで包括的に管理することを目的に構築されたデータベースです。単一分子、細胞、細胞核などのスケールにおける様々な手法により取得された様々な生物種のデータを収集しています。手法としては実験解析およびコンピュータシミュレーションともに対象としています。

研究開発課題の概要
  研究開発課題 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース
 研究代表者 大浪 修一
 所属・役職 理化学研究所 生命システム研究センター チームリーダー

【NBDCヒトデータベース】 兵庫医科大学 呼吸器内科 からの制限公開データ(Type I )を公開しました(hum0053)

研究題目:悪性中皮腫のプロファイリングによる新規分子標的の同定
からの制限公開データを公開しました。研究内容はこちら

当該データの利用には、データ利用申請が必要です。申請の際には、NBDCヒトデータ共有ガイドラインおよびNBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを熟読してください。

NBDC RDFポータルについての記事が「情報管理」2016年7月号に掲載されました。

JSTが発行する学術情報の流通・利用に関する月刊誌「情報管理」2016年7月号に、NBDC RDFポータルについての記事が掲載されました。

 

[記事紹介]NBDC RDFポータル:セマンティックに統合された生命科学データの利用を加速するために(情報管理Vol.59,No.4)

【プレス発表】ビフィズス菌が優勢になる乳児の腸内フローラ形成機構を解明―母乳に含まれるオリゴ糖の主要成分の利用がカギ―

 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所(研究当時:東京工業大学)の黒川顕教授および東京工業大学の森宙史助教らは、ヤクルト本社中央研究所、帝京大学医学部の研究グループと共同で、乳児期のビフィズス菌優勢の腸内フローラ形成には、母乳オリゴ糖の主要な構成成分であるフコシルラクトース(FL)が重要であることを突き止めました。

 FLを利用できるビフィズス菌が定着した乳児は、そうでない乳児に比べて便中のビフィズス菌の占有率や酢酸濃度が高く、大腸菌群の占有率やpHが低いことがわかりました。そして、ビフィズス菌に利用されるFLを輸送するABC輸送体が、ビフィズス菌優勢の腸内フローラの形成において中心的な役割を担っていることを解明しました。これはビフィズス菌のオリゴ糖利用性が、乳児とビフィズス菌の共生関係の構築に重要であることを示し、乳幼児期におけるビフィズス菌優勢の腸内フローラの意義の解明につながることが期待されます。

 本研究では、乳児糞便のメタゲノム解析と併せて、乳児糞便から単離したビフィズス菌29株のゲノムを解読し、統合化推進プログラムの一環で開発された手法により、遺伝子アノテーションおよび比較ゲノム解析を実施しています。各菌株がもつ遺伝子群を詳細に比較解析し、FL利用の中心的役割を果たす新規ABC輸送体を明らかにしていますが、この新規ABC輸送体が、これまで世界中で研究されてきたヒト腸内環境や自然環境中の細菌フローラにどの程度存在するのかなど、微生物統合データベースMicrobeDB.jpを利用する事で容易に解析する事が可能となっています。

 本成果の研究で得られたデータは、公共データベースに登録するとともに、MicrobeDB.jpにも統合化される予定です。

 詳細はプレスリリースをご覧ください。

論文情報
 論文タイトル : A key genetic factor for fucosyllactose utilization affects infant gut microbiota development
 掲載誌 : Nature Communications
 DOI : 10.1038/ncomms11939

研究開発課題の概要
 研究開発課題  ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
 研究代表者  黒川 顕
 所属・役職  情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 教授

統合データベース講習会:AJACSこまち(2016年8月8日~9日)の参加申し込みを開始しました。

AJACSこまちポスター統合データベース講習会:AJACSは、生命科学分野のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方はどなたでもご参加いただけます。たくさんの皆さまのご参加をお待ちしています。

  • 日時:2016年8月8日(月)10:30~17:00
    8月9日(火)9:30~15:30
  • 会場:秋田県産業技術センター 高度技術研究館
    (秋田市新屋字砂奴寄4-11)
  • 定員:約30名
  • 参加費:無料
  • 応募方法:募集ページの応募フォームよりお申し込みください。
    (申込締切:8月1日(月)12:00まで)
  • 問い合わせ先:統合データベース講習会事務局(AJACS[AT]biosciencedbc.jp)
    ([AT]を @ にかえて下さい)

【生命科学系データベースアーカイブ】「ChIP-Atlas」(九州大学 沖真弥助教)を追加しました。

「ChIP-Atlas」は、Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベースです。

ChIP-Atlas アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

【生命科学系データベースアーカイブ】「Metabolonote」を追加しました。

「Metabolonote」は、メタボロミクス研究で取得された実験データのメタデータのデータベースです。

Metabolonote アーカイブ

生命科学系データベースアーカイブ

「All-in-one合同講習会2016~バイオビッグデータ解析入門~」(2016年7月23日) を開催します。

 日本の基盤的生命科学データベースの構築・管理・運営機関である、バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)、日本 DNA データバンク(DDBJ)、創薬等支援技術基盤プラットフォーム(PDIS) 情報拠点では、データベースの利用法等について実習形式で紹介する2回目の合同講習会「All-in-one合同講習会2016~バイオビッグデータ解析入門~」を開催します。
All-in-one flyer

    • 日時:2016年7月23日(土) 10:00~17:00 (受付は 9:30から)
    • 会場:VisLab OSAKA(グランフロント大阪/大阪市北区)
    • 定員:40名程度
    • 参加費:無料
    • 参加申込および詳細はこちら(DDBJのサイトへリンクします)

みなさまのご参加をお待ちしております。

 

 


講習会チラシ(PDF:5.5MB)

「トーゴーの日シンポジウム2016」ポスター発表参加者募集!

 NBDCでは、毎年10月5日を「トーゴーの日」とし、ライフサイエンス分野のデータベース統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるシンポジウムを開催しております。
 2016年度の「トーゴーの日シンポジウム2016~統合データベース、実りの時へ~」(10月5日・6日開催)では、本シンポジウムをより実りあるものにするため、ライフサイエンス分野にかかわらず日本国内でデータベースの開発や運用に携わる方々、あるいはデータベースを様々な形で研究に利用しているユーザの方々にご発表いただき、シンポジウム参加者とデータベースについて幅広く議論していただければと考え、ポスター発表参加者を広く募集いたします。特に、ユーザから活用例をご紹介いただくことは、データベースの利活用を促進し、また、今後のデータベースの開発・運用にとっても大変参考になると考えます。多くの方からの応募をお待ちしています(応募締切は7月11日12:00)。

 詳しくは、こちらをご覧ください。